基于线粒体DNA部分片段探讨石鲽与星突江鲽的亲缘关系

比较分析了石鲽和星突江鲽线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1175 bp的核苷酸序列,探讨了石鲽与星突江鲽的亲缘关系。2种间共检测到95处核苷酸替代,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在2个蛋白质编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。线粒体COI、Cytb基因和D-loop片段序列分析显示石鲽与星突江鲽间平均遗传距离分别为0.043、0.062和0.153,属于属内种间差异水平。2种鲽鱼在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率由大到小依次为D-loopCytbCOI。贝叶斯法、邻近距离法和最大简约法构建的系统发育树一致,皆显示石鲽与星突江鲽遗传关系很近。基于Cytb基因片段序列的分析结果表明:石鲽与星突江鲽的分歧时间约为185万年,分化事件发生于更新世中期(Middle Pleistocene)。     

星斑川鲽、大菱鲆及其杂交后代的线粒体DNA 序列比较分析

为了揭示星斑川鲽(Platichthys stellatus)♀×大菱鲆(Scophthalmus maximus)♂杂交后代的种质遗传属性,作者采用线粒体(mt)DNA COI基因片段和控制区(D-loop)序列对星斑川鲽、大菱鲆及两种间的杂交后代(星斑川鲽♀×大菱鲆♂)遗传特性进行研究。研究结果显示,基于mtDNA COI和D-loop序列结果显示星斑川鲽和大菱鲆的种间遗传距离分别为22.9%和41.2%,相似的研究结果显示星斑川鲽♀×大菱鲆♂杂交后代与大菱鲆的遗传距离分别为22.9%和41.2%,遗传差异极其显著。而基于mtDNA D-loop序列结果显示星斑川鲽♀×大菱鲆♂杂交后代与星斑川鲽的遗传距离仅为0.4%,并且在mtDNA COI基因片段上两者序列完全一致,杂交后代在线粒体DNA上呈现明显的偏母遗传。     

大口鳒线粒体DNA控制区结构和鲽形目鱼类的系统进化初步研究

测定大口鳒Psettodes erumei线粒体控制区全序列,并与其他7种鲽形目鱼类控制区结构进行比较分析.结果表明,大口鳒线粒体控制区全长大约1601bp,5'端和3'端分别存在56bp和8bp的串联重复序列.除此之外,其控制区结构和其他种类相似,分为终止相关序列区(TAS)、中央保守区(CSB-D、CSB-E、CSB-F)、保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),同时在CSB-D后还识别出鲽形目保守的Poly-T结构.比较了8种鲽形目鱼类控制区全序列和去除重复序列后控制区序列的碱基组成变化,结果显示前者的种间差异明显大于后者,变异系数约是后者的两倍.这种差异主要是由于重复序列的异质性如长度及其拷贝数不同、碱基组成不同所造成的.基于控制区部分序列对鲽形目12种鱼类进行系统分析,结果显示,在鲽形目内部大口鳒分类地位最原始;鲽亚目先与鳎亚目聚在一起,后与鳒亚目聚在一起,这个结果与基于形态特征的系统关系相符.     

中国木叶鲽属鱼类一新纪录种

2008年8月,在浙江舟山附近海域(东海)采集到4尾木叶鲽属鱼类,经鉴定为中国鱼类新纪录种--长木叶鲽,其主要特征为:体棕褐色,有眼侧和无眼侧颢上枝前端有小分枝,鳞片小但不狭长,背鳍鳍条数72～74(73.3);臀鳍鳍条数56～59(57.5);有眼侧胸鳍鳍条数8～10(8.8),无眼侧胸鳍鳍条数为8;有眼侧与无眼侧腹鳍鳍条数均为6;尾鳍鳍条数19～20(19.5),脊椎骨数为36;鳃耙数为3+7.基于线粒体COI基因片段得到的长木叶鲽与角木叶鲽的K2P遗传距离为9.4%,2种间遗传分化达到了种间水平.     

RAPD对圆斑星鲽和条斑星鲽养殖群体的遗传多样性研究

应用RAPD分子标记技术对圆斑星鲽(Verasper variegatus)和条斑星鲽(Verasper moseri)的养殖群体进行群体遗传多样性分析.每个群体各取鱼30尾,并从78条随机引物中筛选出20条用于群体遗传学研究.两个群体共扩增出218条DNA片段,大多数片段大小为250～1500 bp,其中圆斑星鲽185条,条斑星鲽183条.多态片段比例分别为56.76%和64.48%,Nei的多样性指数和Shannon的信息指数分别为0.232 2和0.278 1、0.339 1和0.398 9.这两种星鲽养殖群体间的遗传相似性系数和遗传距离分别为0.672 0和0.397 5.     

几种鲆鲽鱼类精子超微结构及生理特性的比较研究

借助透射电镜分别对石鲽(Kareius bicoloratus)、大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)和牙鲆(Paralich- thys olivaceus)成熟精子的超微结构进行了比较研究,进一步测定了石鲽和牙鲆精子的基本生理特性,并研究了17℃和4℃保存精子的活力变化。结果显示3种鱼类精子均为有鞭毛精子,无顶体,尾部轴丝9+2型。不同之处包括:成熟精子的核致密度不同,以石鲽最高,大菱鲆和牙鲆则较低;在大菱鲆和牙鲆精子头部,核前端侧面都有一缺刻状结构,石鲽精子未发现此结构;头部核膜与质膜之间的细胞质含量以大菱鲆的最多;精子中段的线粒体数量不同,大菱鲆较多(10个左右),石鲽次之(8个左右),牙鲆最少,仅为5个左右;中段植入窝深度不同,以大菱鲆陷入核中最深,其他2种比较接近。石鲽和牙鲆精液的pH值比较接近。精子密度以牙鲆较高,为10.18×10~9个/mL±3.37×10~9个/mL。牙鲆和石鲽精子活力的保存时间在17℃下分别为48 h和36 h,4℃下分别为7 d和8 d。精子活力完全失去之前,随着保存时间的延长,精子的激活率和寿命逐渐下降,而涡动时间则相差不大。     

中国近海角木叶鲽（Pleuronichthys?cornutus）种群遗传多样性研究

测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(P)i结果分别为0.979±0.008和0.00655±0.0037,呈现出高单倍型多样度和低核苷酸多态度分布模式。中性检验结果显示,角木叶鲽种群的Fu’s Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明角木叶鲽在历史上经历过种群扩张事件。群体内个体间的平均遗传距离为0.0065,群体间遗传分化指数都为负值(-0.0067~-0.0460)但不显著(P>0.1),AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内个体间(102.15%),均表明我国近海角木叶鲽种群无明显的分化,可以作为一个渔业管理单位加以保护和利用。     

中国木叶鲽属鱼类一新纪录种

2008年8月,在浙江舟山附近海域(东海)采集到4尾木叶鲽属鱼类,经鉴定为中国鱼类新纪录种——长木叶鲽,其主要特征为:体棕褐色,有眼侧和无眼侧颞上枝前端有小分枝,鳞片小但不狭长,背鳍鳍条数72~74(73.3);臀鳍鳍条数56~59(57.5);有眼侧胸鳍鳍条数8~10(8.8),无眼侧胸鳍鳍条数为8;有眼侧与无眼侧腹鳍鳍条数均为6;尾鳍鳍条数19~20(19.5),脊椎骨数为36;鳃耙数为3+7。基于线粒体COI基因片段得到的长木叶鲽与角木叶鲽的K2P遗传距离为9.4%,2种间遗传分化达到了种间水平。     

6种鳗鲡(Anguilla)线粒体DNA COⅠ序列的比较研究

采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅠ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅠ基因片段的长度都为652bp,4种碱基组成非常相似,并且A+T的含量都大于G+C的含量。6种鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列之间有105bp的差异,其中有18处发生碱基颠换,87处发生碱基转换。非洲鳗鲡和欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最大为54bp,同源性为91.72%,而美洲鳗鲡与欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最小为24bp,同源性为96.32%。     

石鲽(Kareius bicoloratus L.)源杀鲑气单胞菌杀鲽亚种生物学性状的研究

采用分类方法，对从两起石鲽(Kareius bicoloratus L．)细菌性败血感染症病例的病(死)鱼中分离到的相应病原菌，进行形态特征、培养特征、自凝性、色素产生情况及生理生化特性等较系统的表观分类学指征鉴定及代表菌株DNA中(G C)％的测定等研究。结果表明，分离菌为杀鲑气单胞菌的新亚种(subsp．nov．)并定名为杀鲑气单胞菌杀鲽亚种(Aeromonas salmonicida subsp．flounderacida subsp．nov．)。经血清型检定，表明60株菌均为同种血清型。选择代表菌株做对健康石鲽、牙鲆、鲤、鲫及泥鳅的人工感染试验，表明了相应的原发病原学意义及较强的致病作用。药敏试验结果表明，对供试37种抗菌药物中的青霉素G等6种耐药，对头孢噻肟等25种高敏，对多黏菌素B、利福平2种敏感，对头孢唑啉等4种在株间存在一定敏感性差异。该研究结果能较全面地反映出该菌的主要生物学性状。     

短沟对虾和斑节对虾酚氧化酶原基因的克隆和序列分析

采用RT-PER原理和长片段扩增技术克隆短沟对虾和斑节对虾酚氧化酶原基因。设计合成特异引物、提取血细胞总RNA，反转录后扩增获得的特异片段回收并克隆到pGEM-TEasyVector系统的T载体上，重组子进行碱基序列测定。结果表明，所克隆的短沟对虾酚氧化酶原基因含起始密码子A1B到终止密码子TGA的2055bp，编码684个氨基酸。斑节对虾酚氧化酶原基因含ATG到TGA的2061bp，编码686个氨基酸。短沟对虾酚氧化酶原推算分子量为78153Da，等电点pI为6．25；斑节对虾则为78581Da，pI为5．83，用DNA分析软件分析显示两种对虾酚氧化酶原基因具有高度的同源性，二者的碱基和推测的氨基酸序列同源性分别为93％和92％；对虾与其他节肢动物酚氧化酶原基因的同源性的高低与种类间亲缘关系相关；不同种类间酚氧化酶活性中心重要组成部分的2个铜结合位点、位于铜结合位点内的6个组氨酸以及与铜结合位点相邻的氨基酸序列高度保守。     

褐牙鲆(♀)、夏鲆(♂)及其杂交子一代线粒体16S rDNA序列遗传特性的初步研究

以线粒体16S rRNA基因部分片段为代表研究雌褐牙鲆Paralichthys olivaceus、雄夏鲆P. dentatus及其杂交子一代间线粒体DNA的遗传特性。母本与父本序列差异较大,属种间差异,在590个位点中有28个变异位点,而且全部为简约信息位点。使用同一对引物扩增亲本与杂交子代,在杂交子代中未检测到父本的线粒体DNA类型,11个处于两种生长阶段的杂交样本仅检测到一种单倍型,而且与母本的一个单倍型为同一种,表明褐牙鲆与夏鲆杂交线粒体DNA遵循母系遗传规律。     

大黄鱼(Larimichthys crocea)IGF-Ⅰ基因的克隆及序列分析

采用RT-PCR和RACE技术克隆了大黄鱼胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)cDNA的全序列,序列全长2027bp,由57bp的5’非翻译区、1409bp的3’非翻译区和561bp的开放阅读框组成。序列分析表明,大黄鱼IGF-Ⅰ编码区包括信号肽、成熟肽(B、C、A、D)和E等6个区域的186个氨基酸,形成成熟肽时,信号肽和E区被切除,成熟肽分子量7.5kDa,等电点(pI)为7.76,成熟肽的B区和A区有6个保守的半胱氨酸残基,形成3对二硫键,起到了稳定IGF-Ⅰ三维结构的作用。与其它物种的IGF-Ⅰ比对后发现A、B区域比较保守,C、D区域保守性较差;E区域的分析结果表明,大黄鱼IGF-ⅠcDNA序列为Ea-4亚型。核苷酸同源性分析发现,大黄鱼IGF-ⅠcDNA与美国红鱼同源性最高,为99.47%;与斜带石斑鱼、金头鲷和褐牙鲆的同源性依次降低,分别为97.68%、97.50%和95.90%。     

烟台海域暴发浒苔ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。     

Molecular analysis of complete ssu to lsu rdna sequence in the harmful dinoflagellatealexandrium tamarense (korean isolate, HY970328M)

New PCR primers (N=18) were designed for the isolation of complete SSU to LSU rDNA sequences from the dinoflagellateAlexandrium tamarense. Standard PCR, employing each primer set selected for amplifications of less than 1.5 kb, successfully amplified the expected rDNA regions of A. tamarense (Korean isolate, HY970328M). Complete SSU, LSU rDNAs and ITS sequences, including 5.8S rDNA, were recorded at 1,800 bp, 520 bp and 3,393 bp, respectively. The LSU rDNA sequence was the first report inAlexandrium genus. No intron was found in the LSU rRNA coding region. Twelve D-domains within the LSU rDNA were put together into 1,879 bp (44.4% G+C), and cores into 1514 bp (42.8% G+C). The core sequence was significantly different (0.0867 of genetic distance, 91% sequence similarity) in comparison withProrocentrum micans (GenBank access. no. X16108). The D2 region was the longest in length (300 bp) and highly variable among the 12 D-domains. In a phylogenetic analysis using complete LSU rDNA sequences of a variety of phytoplankton,A tamarense was clearly separated with high resolution against other species. The result suggests that the sequence may resolve the taxonomic ambiguities ofAlexandrium genus, particularly of the tamarensis complex.     

蛋白核小球藻核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶小亚基部分基因序列的克隆与分析

以单细胞绿藻蛋白核小球藻(Chlorella pyrenoidosa)(藻株编号为NMBluh015-1)为实验材料,利用几种绿藻中的核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶(Rubisco)的小亚基(rbcS)的保守序列,设计简并引物,克隆到rbcS的一条cDNA(245 bp)和3条DNA序列(其编号为CP1、CP2和CP3,长度依次为1425 bp、810 bp、705 bp)。序列比较结果表明,该蛋白核小球藻rbcS cDNA核苷酸序列与普通小球藻(C.vulgaris)、杜氏藻(Dunaliella tertiolecta)(rbcS1和rbcS2)及蛋白核小球藻"太阳小球藻"株的相似性依次为93%、92%(91%)和90%,而其编码的氨基酸序列与杜氏藻相似性最高(80%);3条rbcS DNA序列与绿藻及高等植物rbcS部分序列表现了较高的同源性,其中2条DNA(CP2和CP3)部分区段同源性很高。实验结果表明扩增得到的cDNA和DNA序列为蛋白核小球藻rbcS基因。     

Molecular cloning of superoxide dismutase (Cu/Zn-SOD) from aquatic molluscs

The potential of the first line of the active oxygen-scavenging system, partial cDNA encoding Cu/Zn superoxide dismutase (SOD) was isolated in three aquatic mollusc species: Ruditapes decussatus (marine clam), Dreissena polymorpha (continental water mussel) and Bathymodiolus azoricus (hydrothermal vent mussel). These SOD cDNA fragments were amplified by PCR with degenerate oligonucleotide primers derived from the amino acid sequence conserved in the Cu/Zn-SOD from several other organisms. A partial cDNA of CuZn-SOD was obtained for R. decussates (510 bp), D. polymorpha (510 bp) and B. azoricus (195 bp). The deduced amino acid sequence showed high similarity among the three mollusc species (57-63%) and among other species (50-65%). The residues involved in coordinating copper (His-47, 49, 64, 121) and zinc (His-64, 72, 81 and Asp-84) were well conserved among the three Cu/Zn-SOD sequences.     

中国花鲈细胞色素b基因片段的序列研究(英文)

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

黄斑篮子鱼去毒相关基因的克隆与肝脏组成型表达分析

从基因水平探讨海洋鱼类对海洋藻毒素的去毒分子机理。采用RT-PCR法成功克隆了黄斑篮子鱼Siganus oramin肝脏I时相代谢酶细胞色素P450 1A(CYP1A)、II时相代谢酶alpha型谷胱甘肽S-转移酶(GSTA)和rho型谷胱甘肽S-转移酶(GSTR)、热休克蛋白70 (HSP70)、alpha 1型钠钾ATP酶(ATP1A1)及β-肌动蛋白(beta-actin, ACT)基因cDNA核心序列，序列分别长879 bp、582 bp、588 bp、660 bp、749 bp和554 bp。序列同源性分析发现，属鲈形目的黄斑篮子鱼CYP1A、GSTA和GSTR与同属鲈形目的牙鲆Paralichthys olivaceus、欧洲鲽Pleuronectes platessa、真鲷Pagrus major、鲤形目的斑马鱼Brachydanio rerio 相应氨基酸序列同源性较高，CYP1A和GSTA与非洲爪蟾(两栖类)、鸡(鸟类)、小鼠、大鼠和人(哺乳类)相应氨基酸序列同源性低，这可能与鱼类I、II时相去毒酶基因承担水环境毒素去毒代谢的特殊功能有关；而HSP70、ATP1A和β-肌动蛋白在鱼类、两栖类、鸟类、哺乳类中均有较高的同源性，这可能与这些基因在机体中承担的最基本的生命功能相关。应用半定量RT-PCR的方法，以β-肌动蛋白作为外参照，在指数期增长范围内分别得到了CYP1A、GSTA、GSTR、HSP70和ATP1A1 mRNA与β-肌动蛋白mRNA (%)的比值，确定黄斑篮子鱼肝脏去毒相关基因的组成型表达水平。其中，黄斑篮子鱼肝脏CYP1A、GSTA和GSTR基因组成型表达相对较高，HSP70和ATP1A1基因组成型表达相对较低，这可能与不同基因在黄斑篮子鱼海洋藻毒素去毒分子机理中承担的作用相关，为海洋藻毒素在海洋鱼类中的积聚及代谢去毒分子机制的研究提供了相关数据。     

中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究

以相应引物 PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶 I亚基基因 (COI)片段 ,PCR产物经 T载体连接之后进行克隆、测序 ,得到 70 9bp的碱基序列 ,其 A,T,G,C含量分别为 34.4 1% ,2 7.93% ,2 0 .0 3%和 17.6 3%。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列和日本绒螯蟹 COI序列的差异 ,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列完全相同 ,而与日本绒螯蟹差异非常明显 ,70 9或 6 5 8(不计引物 )位点中核苷酸差异数为 32 ,核苷酸差异率为 4 .5 1%或 4 .86 % (不计引物 ) ,其中 2 5个位点为转换 ,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹 ,或它们为同一种的两个地理亚种的观点