舌鳎亚科鱼类线粒体控制区快速进化及其重复序列延伸机制初步研究

本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus (Lacepède,1802)、长钩须鳎Parapla gusia bilineata (Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii( Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形目其他科的5种鱼类mtDNA控制区结构和序列进行了比较分析.结果显示,3种舌鳎鱼类的线粒体控制区全长从655～1 155 bp,长度差异明显;舌鳎亚科鱼类控制区结构与其他鲽形目鱼类相似性很低,保守区系列中只能识别出CSB-A和TAS.碱基组成比较发现这3种舌鳎鱼类的AT含量比鲽形目其它鱼类要高.分析认为上述事件可能都是由该类群鱼类控制区的快速进化导致的.所有3种舌鳎的控制区在5'端都存在串联重复序列,每个重复单元中都存在类似于TAS的相关序列,并且重复序列可以形成非常稳定的二级结构.这2种特征为形成线粒体重复序列的非正常延伸机制(Illegitimate elongation model)提供了新的证据,同时,推测了这些舌鳎鱼类重复序列可能的延伸过程.     

笛鲷鱼类的线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR扩增直接测序的方法获得了11种笛鲷鱼类的线粒体DNA控制区全序列。结合从GenBank中下载的6种笛鲷鱼类的相应序列进行结构分析,可以将笛鲷鱼类的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区三个区域,找到了终止相关的序列ETAS以及一系列保守序列(CSB-F,CSB-E,CSB-D和CSB-1,CSB-2,CSB-3),并给出了它们的一般形式。以黄谐鱼为外群,采用NJ法和ME法构建笛鲷鱼类的分子系统树。分子系统发育分析表明,线粒体DNA控制区序列适合于笛鲷鱼类的系统发育分析,而且支持Allen关于笛鲷属的系统形态分类学观点。     

中国鲽形目鱼类地理分布及区系特征的研究

鲽形目为海洋底层鱼类,多栖息于陆棚浅海水域,仅有少数种类在索饵期进入江河。有些种类在生殖期作短距离移动,其游泳力不强,一般皆不作长距离洄游。鲽形目鱼类对水温的适应随种类不同而异,例如,大口鳒Psettodes erumei(Bloch & Schneider),冠汉鲽Samaris cristatus Gray等,分布于热带与亚热带海区;相反,另一些种类如光鲽Liopsettaglacialis Pallas,棘鲽Acanthopsetta nadeshnyi Schmidt等,则生活于寒温带与寒带。因鲽形目鱼类活动范围较狭,对水温适应的要求比较严格,故为研究鱼类区系与地理分布的良好资料。     

小黄鱼(Larimichthys polyactis)线粒体基因组结构与特征

采用长片段扩增策略,获得鲈形目石首鱼科黄鱼属小黄鱼的线粒体基因组全序列。组装分析结果表明,其长度为16470bp,H链碱基组成呈明显反G偏倚,G含量仅为16%。13个蛋白质基因起始密码子均为ATG。COI基因的终止密码子为AGA,ND1和ND3基因为TAG,COII、ND4和Cytb基因为不完全终止密码子T,其余7个基因都是完整的TAA。在小黄鱼mtDNA中发现2个特殊发夹结构,一个是轻链复制起始区(OL)的发夹环,位于tRNA簇,环区T含量仅为9%,而G含量达45%,这与哺乳动物和爪蟾该区域富含T有所不同。另一个假定发夹结构位于ATP6基因末端,这种二级结构可能与准确转录有关。该mtDNA控制区长度为799bp,5′端含有9个连续TA串联重复和2个5′-ATGTA---TACAT-3′重复,与已报道的鱼类扩展终止相关序列模式恰恰相反;中央控制区仅识别出CSB-E结构;保守序列区含有CSB-1,2,3,其中CSB-2具有高度保守性。对小黄鱼和大黄鱼的mtDNA比较进化研究,根据分子钟假说,估计二者线粒体基因组的进化分歧时间为4.8百万年前。     

日本鬼鲉(Inimicus japonicus)线粒体Cyt b和COⅡ基因的克隆及鲉形目系统发育分析

根据鲉形目鱼类Cyt b和CO Ⅱ上下游保守序列各自设计引物,对日本鬼鲇的线粒体DNA进行PCR扩增,克隆并测定了Cyt b和COⅡ因的全序列,CO Ⅱ基因为691bp,Cyt b为1141bp.从GenBank下载28种鲉形目及外群鱼类的Cyt b部分或全序列和10种形目及外群鱼类的COⅡ部分或全序列,然后进行比对分...     

丝指鳒鲆新种的描述

在编写中国鲽形目鱼类志过程中,发现鳒鲆属(Psettina Hubbs,1915)一新种,现予描述。模式标本分存中国科学院动物研究所与海洋研究所。 丝指鳒鲆(新种)Psettina filimana sp.nov.(图1) 鉴别特征 本种与日本南部的土佐鳒鲆(Psettina tosana Amaoka,1963)很相似而后者较大,体长70—183.2毫米;左胸鳍较圆,第三鳍条不突出;体长为头长3.9—4.5倍,     

中国鱼类名录Ⅹ Ⅲ--鲽形目、鲀形目、海蛾鱼目、鮟鱇目

鲽形目3亚目8科51属142种.鲀形目2亚目9科57属143种.海蛾鱼目1科2属3种,鮟鱇目3亚目11科23属41种.     

基于16S rRNA 部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系

通过PCR扩增获得了3科5属6种中国黄渤海海域的鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体16S rRNA基因序列片段约669bp碱基,结合来自 GenBank的5种鳚亚目其他科鱼类的相应基因片段,并以眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树.结果显示:在鳚亚目鱼类的16S rRNA 片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有207 bp变异位点,转换/颠换值为0.8,碱基平均差异为3.36;支持绵鳚(Enchelyopus elongates)归于鳚亚目绵鳚科(Zoarcidae),鳚(Azuma emmnion)归于鳚亚目线鳚科(Stichaeidae);方氏云鳚(Enedrias fangi)和云鳚(Enedrias nebulosus)种间遗传距离只有0.01,亲缘关系最近.     

黄渤海松江鲈鱼线粒体控制区结构与序列多态性分析

测定了辽宁丹东、盘锦与河北秦皇岛35尾松江鲈鱼线粒体控制区序列977bp。共检出单倍型30个,多态位点35个,简约信息位点27个,绝大多数变异集中在192-342bp、594-783bp区段,同时识别出了线粒体控制区5’端终止序列区、中央保守区和3’端保守序列区的关键序列。3个群体总的单倍型多样性为0.990,核苷酸多样性为0.00718,丹东群体核苷酸多样性最高(0.00959)。群体间、群体内平均遗传距离低(分别为0.0067和0.0063);在NJ树上不同地理来源的个体混杂分布;Fst分析显示丹东与秦皇岛群体间遗传分化相对较大(0.14222,p0.05),其余不明显(0.02865-0.05616,p0.1),表明3个群体有可能隶属同一个种群。核苷酸不配对分布图表明松江鲈鱼可能未经历过大规模的种群扩张。     

鲽形目分类信息分析系统的建立与实现

鲽形目鱼类经济价值较高,进化史悠久复杂,形态构造呈特殊的不对称性,分类系统备受关注但至今尚未统一。本文通过创建专项数据库、标准化数据索引和流程化分类学功能模块,将鲽形目分类阶元系统、分类检索表、序列比对搜索、DNA条码检索、分子系统树和分类参考资料等分类学信息研究的各要素有机地融为一体,实现了对传统分类特征与分子序列特征的信息集成、关联、分析和应用,阐明了将数据搜索、挖掘、分析和通用查询等综合应用于分类检索系统的方法,建立了一种特定阶元的分类系统软件开发模式,开发了鲽形目分类信息分析系统。     

营口市海水浴场资源环境容量分析

营口市位于辽宁省的中南部,面对渤海的辽东湾,背依鞍山市平原丘陵,东邻辽东崇山峻岭,西接盘锦市沿海平原,有辽河蜿蜒人海,海岸线绵延曲折。由于受海洋、河流的影响．营口市四季分明,气候宜人,蕴藏着丰富的滨海旅游资源,海蚀景观、地质珍迹、人文景观等资源各显异彩;尤其是海水浴场,条件极为优越,与国际上一流的海水浴场相比．毫不逊色,在某些特征上还稍胜一筹。     

A method of estimation of the results of reconstruction of the trajectories of drifting buoys

A method for the estimation of the results of reconstruction of the trajectories of drifting buoys is proposed. It is based on the comparison of the estimates of power spectral densities for the components of current velocity computed according to three data sets: the data set of the coordinates of a drifting buoy with a built-in GPS receiver, the data set of coordinates formed on the basis of the first set but with data missing and observational errors corresponding to the actual trajectory measurements by the Argos satellite location and data collection system by the Doppler method, and the data set of coordinates obtained as a result of interpolation of the second set. As an example, we consider the procedure of realization of the proposed method and demonstrate the efficiency of its application for the improvement of the reliability of reconstruction of the trajectories of drifting buoys.     

Estimates of fishery potentials of the EEZ of India

An attempt has been made to estimate the fishery potentials of the EEZ of India on the basis of data on primary and secondary production. The total column primary production and zooplankton production have been calculated to be 265·9 and 9 million tonnes of carbon per year, respectively. From these values the fishery potential has been estimated as 2·5 million tonnes per year. To this, if we add the estimated demersal fish catch, being 1·2 million tonnes per year, the total potential yield comes to 3·7 million tonnes per year. Since the present average total catch is about 1·6 million tonnes in a year, the fish catch could be doubled.     

韩国的海岸带综合管理

1992年，联合国21世纪议程提出了综合管理的概念，并认为它是海岸管理的最重要目标，而海岸管理的目的就是改进业已存在的管理实践的效率和效果。在21世纪议程的实施过程中，沿海国家面临着巨大的困难，即：为了使综合管理在实践中具有可操作性而建立适合的政府机构。韩国正是在国家范围和次一级区域进行这项工作的实验场所。这项工作的最重要成就是在1996年成立了具有综合协调各涉海部门职能的韩国海洋事务与渔业部（MOMAF）。这篇文章的内容主要来自于这些观察，即韩国政府为建立海岸带综合机制而进行了各种努力，特别是1992年联合国环发大会召开后到1997年初海洋事务与渔业部成立了海岸带管理处这段时间里开展的各种工作，文章重点在于评价在建立海岸带综合机制的过程中综合的概念是如何被应用并被挑战的。文章提出了在东亚地区沿海国家开展合作的可能区域的建议。     

天然气水合物地球化学特征

天然气水合物是在低温、高压以及有足够气体供应条件下形成的一种天然气(主要为甲烷)与水组成的似冰状固态化合物。天然气水合物中包含的甲烷碳是全球甲烷资源的重要组成部分,是一种数量巨大的潜在能源[1]。而且由于甲烷的温室效应,天然气水合物分解释放的甲烷进入大气中会严重     

海鸟系列CTD数据预处理分析

介绍了海鸟系列温盐深测量仪(CTD)原始数据预处理的方法和步骤,解释各个过程中的原理,根据规范和工作实际对处理过程中存在的问题进行分析,提出解决方案,针对资料的标准化提出建议和意见。     

A model of the dynamics of the ecosystem of the Sea of Azov

We use many-year archival observations of hydrologic and hydrobiologic state of the Sea of Azov for the identification of the structure of a model of its ecosystem. The ecosystem model, supplemented with expert estimates of bioresource consumption (fish reserve), contamination level, and possible ecologic fines for violation of the sea natural state, is formalized by the method of system dynamics. Hereat, the major part of influence functions is found in terms of observational data with application of self-organization algorithms. We also present the results of simulated experiments with the model of the ecosystem, which enable us to analyse scenarios of its behaviour under the influence of various external factors (wind, river discharge, water exchange with the Black Sea, etc.). Translated by Peter V. Malyshev and Dmitry V. Malyshev     

Analysis of photographic images of the structure of the surface of the sea near a speck of light

Values of root mean square slope ₀ and its variations -₀ are estimated using the brightness field of an image of the surface of the sea near a speck of light. When ₀ and -₀ are defined it is highly important to take into account direct as well as dissipated solar radiation.The space-time analysis of the structure of the image brightness field is performed. This gives an opportunity to estimate dispersion relationship and the running effect of a brightness contrast packet. Comparison of the parameters obtained with the theoretical dispersion ratio of internal waves (IW) allows one to make a conclusion that IW surface manifestations are recorded in a frame.UDK 551.463.5     

Generation of long waves in a basin of variable depth in the process of formation of a region of perturbations of atmospheric pressure

We perform the numerical analysis of the long-wave response of the free surface of a fluid in a basin of variable depth to the formation of an anomaly of the baric field for a finite period of time. In numerical experiments, we use the distribution of depths typical of the south coast of the Crimea. We also study the dependence of the dynamics of the sea level in the zone of the baric anomaly and in the shelf zone on the space and time scales of local changes in the field of atmospheric pressure in the open part of the basin. Translated by Peter V. Malyshev and Dmitry V. Malyshev