凡纳滨对虾C-型凝集素LvLec2 对不同刺激的免疫应答

克隆获得了与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)C-type lectin 3同源的C-型凝集素LvLec2基因序列,并通过Real-time PCR研究了其在脂多糖(lipopolysaccharide,简称LPS)、灭活溶壁微球菌(Micrococcus lysodeikticus)和白斑综合症病毒(white spot syndrome virus,简称WSSV)刺激后的转录表达变化。结果表明,LvLec2编码157个氨基酸,含有1个糖识别结构域(carbohydrate recognition domain,简称CRD),其CRD结构域中具有决定糖结合特异性的基序"EPS"(Glu118-Pro119-Ser120)序列。系统进化树分析表明LvLec2与已发表的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)C-型凝集素亲缘较远。LPS、灭活溶壁微球菌和WSSV刺激后,LvLec2基因在肝胰脏中的转录表达有明显的变化但表达模式不同。LvLec2可能作为模式识别受体参与了对虾对病原的识别或防御。     

BAC end sequencing of Pacific white shrimp <Emphasis Type="Italic">Litopenaeus vannamei</Emphasis>: a glimpse into the genome of Penaeid shrimp

Little is known about the genome of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). To address this, we conducted BAC (bacterial artificial chromosome) end sequencing of L. vannamei. We selected and sequenced 7 812 BAC clones from the BAC library LvHE from the two ends of the inserts by Sanger sequencing. After trimming and quality filtering, 11 279 BAC end sequences (BESs) including 4 609 paired- ends BESs were obtained. The total length of the BESs was 4 340 753 bp, representing 0.18% of the L. vannamei haploid genome. The lengths of the BESs ranged from 100 bp to 660 bp with an average length of 385 bp. Analysis of the BESs indicated that the L. vannamei genome is AT-rich and that the primary repeats patterns were simple sequence repeats (SSRs) and low complexity sequences. Dinucleotide and hexanucleotide repeats were the most common SSR types in the BESs. The most abundant transposable element was gypsy, which may contribute to the generation of the large genome size of L. vannamei. We successfully annotated 4 519 BESs by BLAST searching, including genes involved in immunity and sex determination. Our results provide an important resource for functional gene studies, map construction and integration, and complete genome assembly for this species.     

东海二甲基硫丙酸的分布及其制约因素的初步研究

于１９９４年４月对海水域二甲基硫丙酸浓度进行观测,结合对叶绿素和营养盐的监测结果,分析研究了了ＤＭＳＰ分布及其调控因素。结果表明,ＤＭＳＰ浓度范围为０．１７－５．６６ｎｍｏｌ／Ｌ,最高浓度出现一４１０站。     

凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析

凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST(expressed sequence tags)测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础,本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法,并对公共数据库中161 241条凡纳滨对虾EST序列进行分析,获得了20 410 条unigenes,包括14 236条contigs和6 174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7 984条,并对其余12 426条未知基因中的4 702条进行了功能域注释。对有NR注释的基因的GO 分类分析获得其中2 715条基因的生物学过程、细胞定位和分子功能分类信息。此外,通过与模式生物通路图进行比对和定位,将3738条基因定位到270个KEGG通路图中,发现凡纳滨对虾的9条unigenes与果蝇丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路的5个关键基因对应,提示凡纳滨对虾很可能存在类似的重要信号转导通路。另外,通过对6种组织,包括肝胰腺、淋巴器官、血细胞、鳃、眼柄和神经的EST进行比较分析,筛选获得了组织特异性转录本共7 000余条,并对这些特异性转录本进行了功能分类。本研究不仅开发了公共基因资源发掘的方法,也为对虾功能基因的研究利用提供了重要参考数据。     

淡水枝角水蚤(Daphnia pulex)微小RNA(miRNA)的生物信息学发掘与分析

微小RNA(microRNA或miRNA), 是广泛存在于多细胞生物及其病毒的一类由22个左右核苷酸组成的内源性非编码RNA, 具有转录后水平上的基因表达调控功能。本文在淡水枝角水蚤的全基因组序列的基础上, 通过生物信息学方法对淡水枝角水蚤(Daphnia pulex) miRNA进行了发掘, 得到miRNA前体(pre-miRNA) 252个、可编码262个功能miRNA; 发现了6个miRNA簇。8号染色体miRNA的出现频率显著高于其他染色体, 而4号染色体miRNA频率明显显著较低。通过与几种两侧对称动物的聚类分析将pre-miRNA归为191个miRNA家族, 其中105个家族为淡水枝角水蚤所特有, 15个家族为节肢动物门特有。在几种两侧对称动物中, 淡水枝角水蚤的miRNA与果蝇最为相似。     

分子生物学技术在海洋微生物多样性研究中的应用

微生物群落在海洋的碳、氮［４］、磷 ［６］和硫 ［１４］的循环中具有重要的作用 ,是海洋微食物环的重要组分 ,作为分解者和二次生产者 ,影响着颗粒有机物的溶解与沉降、溶解有机物的形成和消耗、无机营养盐的形成等生态过程 ;有些微生物是初级生产者 ,能通过光合自养、化能自养等营养方式生产有机物。早期的海洋微生物多样性研究建立在传统的微生物培养技术的基础上。然而由于培养条件与自然条件的差异 ,实际上培养所得到的只是自然环境中的少部分菌种(０．００１ %～１５ % ) ［２，５，１２，２５］，而且往往加入了浓度远高于自然状况…