基于线粒体DNA控制区序列的黑鲷亲鱼、放流及海捕群体遗传多样性比较分析

为了解黑鲷(Acanthopayrus schlegelii)种质资源现状以及放流群体可能对野生群体产生的遗传学影响,本研究采用线粒体DNA控制区序列对采自舟山、莱州和南通的黑鲷亲鱼、放流群体和海捕群体进行了遗传学比较研究。研究显示：764尾黑鲷个体共检测到69个单倍型,其中亲鱼群体与放流群体的共享单倍型为5个、亲鱼群体与海捕群体的共享单倍型为6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个。亲鱼群体、放流群体和海捕群体的单倍型多样度分别为0.849,0.786～0.935和0.850～0.951,核苷酸多样度分别为0.011,0.005～0.009和0.008～0.009。群体间遗传分化指数F_ST显示,黑鲷亲鱼群体与放流群体、放流群体间以及放流群体与海捕群体均产生中等程度的遗传分化。研究结果表明,黑鲷亲鱼群体、放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,说明放流群体的种质资源良好,但黑鲷苗种与海捕群体间存在较大的遗传分化,仍需开展其遗传多样性监测工作,以保护黑鲷的优质种质资源。     

基于cytb 和D-loop的4个大泷六线鱼群体遗传多样性分析

利用线粒体DNA的细胞色素b(cytb)和控制区(D-loop)的部分序列来研究大泷六线鱼4个群体(包括野生和养殖群体)的遗传多样性。PCR扩增后分别得到365bp(cytb)和387bp(D-loop)的碱基序列。Mega计算结果显示cytb中A+T的含量(52.6%)高于G+C的含量(47.3%);D-loop中A+T的含量(69.3%)同样高于G+C的含量(30.7%)。4个群体平均的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数,cytb基因分别为10,7.75,0.739,0.007 3和2.656;D-loop区分别为18.25,12.75,0.846,0.012 1和4.673。4个群体的遗传多样性由高到低分别为舟山、大连、琅琊台、即墨养殖群体,养殖群体的多样性低于野生群体。基于野生群体cytb和D-loop的分子变异分析(AMOVA)得出的Fst分别为0.318 6和0.271 4,显示了变异主要发生在群体内部。基于Kimura 2-parameter模型构建的NJ树结果表明3个野生群体间没有显著的分化。线粒体cytb基因和D-loop区均可作为检测大泷六线鱼遗传多样性的有效标记。     

基于线粒体控制区的中国东南沿海黄鳍棘鲷群体遗传多样性和遗传分化

本研究通过对线粒体控制区序列进行分析的技术手段,对中国宁德（ND）、厦门（XM）、漳浦（ZP）、南澳岛（NAD）、湛江（ZJ）、海口（HK）与北海（BH）的7个野生黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）群体的遗传多样性和遗传分化进行比较分析。结果表明：中国东南沿海的野生黄鳍棘鲷群体呈现出中等以上的遗传多样性特征,48个黄鳍棘鲷样品的控制区序列长度为580 bp,单倍型数目为44个,总体的单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.996和0.017 30。7个野生黄鳍棘鲷群体间的遗传分化程度较低,各群体间的遗传距离为0.010 28~0.029 87。群体间的遗传分化系数（FST）为-0.068 41~0.545 86,北海群体和其他群体间存在一定程度的遗传分化。AMOVA分析显示群体内的遗传变异占比为83.34%,大部分遗传变异发生在组群内;但北海群体与其他6个群体分为两个组群后,组群间的遗传变异占比为42.66%,两个组群间存在较大程度的遗传变异。基于Kimrua距离法构建的系统进化树中显示北海群体聚为一个分支,另外6个群体聚为一支。基于TCS network构建的单倍型网络图中44个单倍型混杂在一起,未按照水系格局和地理距离进行分布,表明黄鳍棘鲷群体间未形成多个单系群。本研究可为中国东南沿海野生黄鳍棘鲷群体的种质资源利用和保护提供科学依据。     

利用线粒体DNA 控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性

利用PCR技本扩增了6个野生地理群体大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)线粒体DNA控制区的部分序列,共获得352bp碱基序列,31尾个体定义了22种单倍型.中性检验Fu's Fs值为-0.14881(P＜0.01).分子变异分析(AMOVA)结果显示:遗传分化指数Fst=0.7398(P＜0.01),73.98％的变异来自群体间,26.02％的变异来自群体内.根据不同个体间的遗传距离构建了NJ和MP系统树,两种方法获得了相似的进化树.其中青岛群体与旅顺群体的一部分个体单独成支,其它群体聚为1支.研究结果表明,大泷六线鱼群体遗传多样性较为丰富,群体间发生了较大的遗传分化,证明线粒体DNA控制区基因可用于大泷六线鱼群体内及群体间遗传多样性的分析.     

基于线粒体COⅢ基因分析厚壳贻贝(Mytilus coruscus)养殖群体遗传多样性

基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类厚壳贻贝3个养殖群体(温州、宁德、福州)的遗传多样性和遗传结构进行了分析。由PCR扩增获得23个体的COⅢ基因787bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,23个个体共检出21个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.978,核苷酸多样性指数(Pi)为0.01045,平均核苷酸差异数(K)为8.534,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,福州群体与宁德群体和温州群体间有一定程度的遗传分化,而宁德群体和温州群体间无遗传分化。     

紫贻贝(Mytilus edulis)养殖群体的遗传多样性及遗传结构分析

基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类紫贻贝3个养殖群体(烟台、乳山、东极)的遗传多样性和遗传结构进行了研究。由PCR扩增获得32个体的COⅢ基因750bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,32个个体共检出18个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.946,核苷酸多样性指数(Pi)为0.0207,平均核苷酸差异数(K)为15.316,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,东极群体与烟台群体及乳山群体已明显分化,而烟台群体和乳山群体间无遗传分化,并且存在着较大的基因流。     

细条天竺鲷群体线粒体DNA控制区序列比较分析

基于线粒体DNA控制区序列比较分析了细条天竺鲷乳山、胶南、上海和舟山4个群体的遗传多样性。结果显示:114个个体的线粒体DNA控制区序列定义了30个单倍型,并检测到变异位点25个。4个地理群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较低;基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树显示4个群体个体相互混杂,没有明显的分支与之对应;两两群体间的Fst值在-0.015到0.067之间,表明群体间的遗传差异不显著;确切P检验结果显示不同群体间存在随机交配现象。Tajima’s D和Fu’Fs中性检验的结果暗示细条天竺鲷经历过近期的群体扩张事件,核苷酸不配对分布结果也呈单峰型。基于核苷酸不配对分布的峰值τ计算得到细条天竺鲷发生群体扩张事件的时间在62 450～12 490a前,属于更新世晚期。乳山到舟山海域间地理障碍的缺少以及洋流的扩散作用可能是导致不同群体间无明显遗传分化的主要原因。     

东海近岸带鱼(Trichiurus japonicus)线粒体控制区序列的群体遗传变异研究

带鱼(Trichiurusjaponicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层经济鱼类,也是东海区最重要的海洋渔业捕捞对象。然而,目前的研究报道对东海近岸带鱼群体遗传变异特性认识不足,不利于其种群的遗传资源保护和管理。本研究利用线粒体控制区序列对东海近岸带鱼6个群体191个个体的遗传多样性、遗传分化和历史动态进行分析。在577 bp长的控制区序列中共检测到70个多态位点,定义了121个单倍型。群体总的单倍型多样性较高(0.9911),但总的核苷酸多样性较低(0.0092),群体间遗传多样性水平差异较小。单倍型遗传学关系、Fst值和分子方差分析结果均表明群体间的遗传分化不显著,存在广泛的基因交流。历史动态分析结果表明东海近岸带鱼群体在更新世中晚期可能经历了瓶颈效应和随后的群体快速扩张,这是导致群体遗传多样性较低的主要原因。带鱼较强的扩散能力、洄游行为、海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成东海近岸带鱼缺乏显著的系统地理种群结构的原因。研究结果提示,在线粒体DNA水平上,东海近岸带鱼群体是一个随机交配的种群,在遗传资源管理上可作为一个单元进行管理。     

缢蛏六群体线粒体DNA-COI基因序列变异及群体遗传结构分析

利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基(COI)基因序列片段对江浙闵沿海地区缢蛏三个野生群体(江苏射阳-WS、浙江象山-WX,福建霞浦-WP)和三个养殖群体(江苏射阳-CS、浙江象山-CX、福建焦城-CJ)的遗传结构进行初步分析.以特异引物进行PCR扩增,经纯化、测序、同源序列比对获得长度为556bp的核苷酸序列,其中A+T含量为66.2%,显著高于G+C含量.在缢蛏六群体98个个体中共检测到了56个单倍型和66个核苷酸多态位点,多态位点比例为11.7%.野生群体的平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数略高于养殖群体,但是野生群体和养殖群体的单倍型多态性指数均大于0.9,其单倍型较为丰富.此外,六群体均有各自特有的单倍型,但只有射阳野生群体与其他群体无共享单倍型,具有鉴定该群体的特异碱基序列.遗传距离和聚类结果显示,养殖群体与象山野生群体和霞浦野生群体间亲缘关系较近.     

南沙群岛密斑马面鲀群体遗传多样性分析

密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。     

基于线粒体COI基因序列的金乌贼群体遗传学研究

利用线粒体COI基因片段序列比较分析了金乌贼(Sepia esculenta)4个地理群体(乳山、青岛、日照和舟山)的遗传多样性和遗传结构。在4个群体117个样本的线粒体COI基因部分序列中,检测到27个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样度为0.478~0.956,核苷酸多样性为0.001~0.006,舟山群体的遗传多样性远高于乳山、青岛和日照群体。群体间遗传分化指数显示,舟山群体与其他3个群体之间存在较大的遗传分化(0.186~0.292),而乳山、青岛和日照群体之间遗传分化较小(-0.007~0.039)。本研究结果暗示,增殖放流活动可能对山东省近海的金乌贼群体的遗传多样性产生了一定的影响。     

角木叶鲽的群体遗传多样性研究和形态学分析

角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)是中国近海重要的经济鱼类,本研究基于线粒体DNA控制区第一高变区部分序列,对采自青岛和舟山近海的角木叶鲽群体进行遗传多样性研究。线粒体DNA控制区序列分析显示:舟山和青岛两群体均呈现较高的单倍型多样度和较低的核苷酸多样度;单倍型邻接关系树与最小跨度树均显示青岛、舟山两个群体个体相互混杂,无显著的分支;群体间遗传分化指数(F_(ST)=0.027 6;P=0.030 3)揭示了两群体之间存在微弱的遗传分化;TaJima’s D中性检验和贝叶斯天际线分析的结果显示角木叶鲽群体可能经历过近期扩张事件。基础形态学特征测量结果表明,舟山群体的可量性状比值,如体长/尾柄高、体长/头长、体长/有(无)眼侧胸鳍长等均略高于青岛群体,其中体长/有(无)眼侧胸鳍长差异显著。     

福建近海2个鮐鱼群体遗传结构与遗传多样性分析

测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因.     

基于线粒体控制区序列的花斑蛇鲻遗传多态性分析

花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)是一种重要的底层经济鱼类, 本研究利用线粒体控制区(D-loop区)序列分析了中国近海分布的花斑蛇鲻的遗传结构和遗传多样性, 一共测定了6个地理群体129尾样本的D-loop区全序列。结果显示, 全长为921bp的序列包含71个多态性位点, 共检测到101个单倍型。花斑蛇鲻总体呈现很高的单倍型多样性(0.9873 ± 0.0048)和较低的核苷酸多样性(0.0132 ± 0.0067)的特征。基于邻接法构建的单倍型系统发育树的拓扑结构很浅, 没有形成分化明显的支系。单倍型在各个地理群体中的分布呈分散交叉状态, 表明地理群体间没有显著的遗传分化。6个群体的分子方差分析显示, 花斑蛇鲻绝大部分的遗传变异(99.87%)来源于群体内的个体之间, 而群体间的变异仅占0.13%。大部分地理群体之间的遗传分化指数(F_ST)均很小, 揭示了群体间的基因交流很频繁, 存在高度的遗传同质性。这些研究结果表明中国近海的花斑蛇鲻遗传多样性丰富, 没有明显的遗传分化, 是一个随机交配群, 可以作为同一个渔业单元来管理。     

北极地区萨氏真蛇尾(Ophiura sarsii)群体遗传多样性研究

为了解萨氏真蛇尾(Ophiura sarsii)群体遗传特性,本研究采用线粒体控制区(CR)、NADH脱氢酶亚基2(nad2)和NADH脱氢酶亚基6(nad6)三个标记对白令海、楚科奇海、巴伦支海萨氏真蛇尾进行群体遗传多样性、系统发育以及群体遗传结构分析。结果显示,CR、nad2和nad6三个分子标记经扩增后分别获得322、598 bp和449 bp的序列,并在59个个体中依次检测出15、27和24个单倍型。研究分析可知:(1) 3个分子标记显示3个群体单倍型多样性与核苷酸多样性较高,表明该种类在北极海域有较高的遗传多样性;(2)nad2与nad6揭示的单倍型多样性明显高于控制区片段;(3)遗传分化分析(F_(st)和AMOVA)与系统发育分析结果一致。白令海与楚科奇海萨氏真蛇尾分化不明显,而巴伦支海萨氏真蛇尾群体形成明显不同的谱系,与上述两海域萨氏真蛇尾分化较为明显,显示了巴伦支海与白令海、楚科奇海萨氏真蛇尾出现明显的分化。综上所述,本文研究了北极海域萨氏真蛇尾的群体遗传结构,丰富了北极地区大型底栖生物的群体研究。     

基于线粒体COI序列的矛尾复虾虎鱼5个野生群体的遗传多样性分析

由于近年来过度捕捞及滩涂开发,野生矛尾复虾虎鱼资源量急剧下降.因此,对我国矛尾复虾虎鱼开展遗传多样性研究,有利于掌握矛尾复虾虎鱼种质资源现状.本文基于线粒体COI序列对大连、如东、连云港、长江口和宁波的5个矛尾复虾虎鱼群体开展了遗传多样性研究.结果 表明,5个群体中共有17个单倍型,在427个位点中,共检测到15个变异位点,其中简约信息位点11个,单独位点4个.碱基A、T、G、C的平均含量分别为24.6％、29.6％、20.1％、25.7％.5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0652和000255.野生矛尾复虾虎鱼整体的遗传多样性水平为中等偏下,宁波群体的遗传多样性最高,如东群体最低.群体间遗传分化系数FST及遗传距离分析表明,宁波群体与其他群体遗传距离相对较远,并存在显著的遗传分化;AMOVA分析表明,群体内的遗传变异高于群体间变异(81.45％＞ 18.55％);中性检验结果显示,大连、连云港、长江群体在历史上可能经历过扩张.本研究为野生矛尾复虾虎鱼种质资源保护和合理开发利用提供了理论依据.     

条石鲷(Oplegnathus fasciatus)养殖群体与野生群体线粒体控制区序列遗传变异研究

采用线粒体(mtDNA)控制区序列分析方法,进行了条石鲷养殖群体(F1代和F2代)与野生群体的遗传变异比较研究.结果表明:在长度为484bp的mtDNA控制区片段中,条石鲷养殖群体F1代单倍型多样度水平(h=0.955±0.047)略低于野生群体(h=1.000±0.034),却显著高于养殖F2代群体(h=0.797±0.070);条石鲷野生群体(π=0.021±0.012)、养殖群体F1代(π=0.018士0.010)和养殖群体F2代(π=0.014±0.008)的核苷酸多样度水平呈现明显的递减趋势;核苷酸不配对分布和两两序列相比较碱基差异结果显示条石鲷野生群体、养殖群体F1代和养殖群体F2代也呈现明显的递减趋势.分子方差分析(AMOVA)、两两群体相比较的ΦsT和确切P检验结果皆显示条石鲷养殖群体F1代和F2代与野生群体存在显著的遗传分化.单倍型最小跨度分析和NJ系统分析结果均未检测到显著的谱系结构.     

基于GBS技术的半滑舌鳎野生与养殖群体遗传多样性分析

目前半滑舌鳎的人工繁育中普遍存在近亲繁殖现象,种质资源和优良性状无法保障,关于半滑舌鳎野生群体和养殖群体的群体结构、混杂程度、遗传多样性分析等研究工作近10a内没有持续跟进,随着大量的半滑舌鳎人工繁育苗种增殖放流入海,野生和养殖种群的混杂程度有待评估。本研究对半滑舌鳎3个海捕野生群体和3个养殖群体进行遗传多样性分析和种质资源状况研究,通过GBS技术对87个半滑舌鳎样本进行测序,产生的高质量序列数据量为55.12Gb,共获563109个高质量的SNP位点用于遗传多样性分析。通过SNP分析遗传多样性发现,野生群体的遗传多样性略高于养殖群体,个别养殖群体高于野生群体,说明近年来增殖放流对野生群体的遗传多样性有所影响,遗传距离最远的是天津野生群体和河北养殖群体。在种群分化方面, 6个群体间不存在明显分化,尚未形成明显的地理隔离,不过聚类分析还是可以把野生群体和养殖群体分成两个亚群。本研究发现了一些高分化位点,计划通过设计引物扩增该段序列找出能够区分野生和养殖群体的候选标记。     

THE GENETIC DIVERSITY OF CULTURED MYTIL US CORUSCUS POPULATIONS BASED ON SEQUENCE ANALYSIS OF MITOCHONDRIAL CO Ⅲ GENE

基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类厚壳贻贝3个养殖群体（温州、宁德、福州）的遗传多样性和遗传结构进行了分析。由PCR扩增获得23个体的CON基因787bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,23个个体共检出21个单倍型,总群体单倍型多样性指数（Hd）为0．978,核苷酸多样性指数（Pi）为0．01045,平均核苷酸差异数（的为8．534,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数（Fst）表明,福州群体与宁德群体和温州群体间有一定程度的遗传分化,而宁德群体和温州群体间无遗传分化。     

条纹斑竹鲨线粒体控制区和细胞色素b基因序列分析

对厦门和湛江海域的条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum（Bennett，1830）]的线粒体DNA控制区和细胞色素6（Cytb）基因进行PCR扩增和测序，获得线粒体DNA控制区、Cytb基因和tRNA^Pro。基因全序列（GenBank序列号：EU363740～EU363752）。结果表明，tRNA^Pro。基因长度为69bp，控制区长度为1094～1096bp，Cytb基因全序列长度为1146bp。tRNA^Pro。基因非常保守，未发现碱基变异。所测30个个体中，控制区只有4个多态位点，5种不同的单倍型；Cytb基因全序列共有10个多态性位点，7种单倍型。Cytb基因的1146个碱基编码381个氨基酸，氨基酸链共有3个变异位点，4种单倍型，厦门群体具有4种单倍型，湛江群体只有1种单倍型。综合Cytb基因和控制区序列，2个条纹斑竹鲨群体共有10种单倍型，其中厦门群体有9种单倍型，湛江群体仅4种单倍型。研究结果表明条纹斑竹鲨在控制区和Cytb基因序列上的遗传多样性均较低，厦门群体的遗传多样性水平高于湛江群体。