基于cytb 和D-loop的4个大泷六线鱼群体遗传多样性分析

利用线粒体DNA的细胞色素b(cytb)和控制区(D-loop)的部分序列来研究大泷六线鱼4个群体(包括野生和养殖群体)的遗传多样性。PCR扩增后分别得到365bp(cytb)和387bp(D-loop)的碱基序列。Mega计算结果显示cytb中A+T的含量(52.6%)高于G+C的含量(47.3%);D-loop中A+T的含量(69.3%)同样高于G+C的含量(30.7%)。4个群体平均的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数,cytb基因分别为10,7.75,0.739,0.007 3和2.656;D-loop区分别为18.25,12.75,0.846,0.012 1和4.673。4个群体的遗传多样性由高到低分别为舟山、大连、琅琊台、即墨养殖群体,养殖群体的多样性低于野生群体。基于野生群体cytb和D-loop的分子变异分析(AMOVA)得出的Fst分别为0.318 6和0.271 4,显示了变异主要发生在群体内部。基于Kimura 2-parameter模型构建的NJ树结果表明3个野生群体间没有显著的分化。线粒体cytb基因和D-loop区均可作为检测大泷六线鱼遗传多样性的有效标记。     

福建近海2个鮐鱼群体遗传结构与遗传多样性分析

测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因.     

细条天竺鲷群体线粒体DNA控制区序列比较分析

基于线粒体DNA控制区序列比较分析了细条天竺鲷乳山、胶南、上海和舟山4个群体的遗传多样性。结果显示:114个个体的线粒体DNA控制区序列定义了30个单倍型,并检测到变异位点25个。4个地理群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较低;基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树显示4个群体个体相互混杂,没有明显的分支与之对应;两两群体间的Fst值在-0.015到0.067之间,表明群体间的遗传差异不显著;确切P检验结果显示不同群体间存在随机交配现象。Tajima’s D和Fu’Fs中性检验的结果暗示细条天竺鲷经历过近期的群体扩张事件,核苷酸不配对分布结果也呈单峰型。基于核苷酸不配对分布的峰值τ计算得到细条天竺鲷发生群体扩张事件的时间在62 450～12 490a前,属于更新世晚期。乳山到舟山海域间地理障碍的缺少以及洋流的扩散作用可能是导致不同群体间无明显遗传分化的主要原因。     

南沙群岛密斑马面鲀群体遗传多样性分析

密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。     

基于D-LOOP基因的中国沿海鳓鱼(Ilisha elongata)种群遗传结构研究

采用线粒体控制区基因序列测定技术，分析了我国沿海重要经济鱼类鳓鱼4个地理群体的遗传结构及其变异。结果表明，我国的鳓鱼资源经过度捕捞后仍保持着丰富的遗传多样性，在检测的45个鳓鱼个体中共得到44个单倍型，单倍型多样性指数（H）高达0．964—1．000，平均核苷酸多样性指数（Pi）高达0．0100—0．0152，鳓鱼种群的多样性还表现在线粒体控制区的序列长短上，研究表明，鳓鱼线粒体控制区存在一个40bp长度的重复序列，依据重复次数的多寡而造成鳓鱼个体间的显著差异；对鳓鱼群体的遗传结构进行检测发现，我国鳓鱼群体内部存在明显的遗传分化，青岛群体与广州、厦门、舟山3个群体之间分化系数Fst达0．5284（P〈0．01），群体间基因流则仅有0．4463，而3个群体内部则基因流明显；AMOVA检测和聚类分析也证实了上述观点，遗传距离分析表明青岛群体和其它3个群体净遗传距离达到0．034，仍属于种内群体之间的分化水平，依据分子钟理论推断两群体间的分化时间为更新世晚期，可能由更新世晚期海平面的反复升降导致了这两个类群的隔离与分化，并依靠鳓鱼本身的生物学特性维持至今。     

中部太平洋大眼金枪鱼(Thunnus obesus)种群遗传结构的初步研究

大眼金枪鱼(Thunnus obesus)是世界最重要的渔业资源之一,经济价值较高,捕捞压力的加大使中部太平洋大眼金枪鱼过度捕捞程度愈发严重。开展种群遗传结构研究将为大眼金枪鱼资源的可持续利用与开发提供科学依据。本文以取自中西太平洋和中东太平洋共182尾大眼金枪鱼个体为研究对象,分析研究其线粒体DNA控制区第一个高变区(the first hypervariable region,HVR-1)457bp的序列,共发现115个变异位点,定义了178种单倍型。序列多样性分析结果显示:8个采样点核苷酸多样性在0.03074—0.04362之间,单倍型多样性在各个采样点都较高,变动范围在0.996—1.000之间;分子方差分析显示99.97%的遗传变异性来自于种群内;群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示中东太平洋与中西太平洋群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

中部太平洋大眼金枪鱼种群遗传结构的初步研究

大眼金枪鱼是世界最重要的渔业资源之一,经济价值较高,捕捞压力的加大使中部太平洋大眼金枪鱼过度捕捞程度愈发严重。开展种群遗传结构研究将为大眼金枪鱼资源的可持续利用与开发提供科学依据。本文以取自中西太平洋和中东太平洋共182尾大眼金枪鱼个体为研究对象,分析研究其线粒体DNA控制区第一个高变区（the first hypervariable region,HVR-1）457bp的序列,共发现115个变异位点,定义了178种单倍型。序列多样性分析结果显示8个采样点核苷酸多样性在0.03074-0.04362间,单倍型多样性在各个采样点都较高,变动范围在0.996-1.000之间;分子方差分析显示99.97%的遗传变异性来自于种群内;群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示中东太平洋与中西太平洋群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

基于线粒体COⅢ基因分析厚壳贻贝(Mytilus coruscus)养殖群体遗传多样性

基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类厚壳贻贝3个养殖群体(温州、宁德、福州)的遗传多样性和遗传结构进行了分析。由PCR扩增获得23个体的COⅢ基因787bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,23个个体共检出21个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.978,核苷酸多样性指数(Pi)为0.01045,平均核苷酸差异数(K)为8.534,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,福州群体与宁德群体和温州群体间有一定程度的遗传分化,而宁德群体和温州群体间无遗传分化。     

黄渤海松江鲈鱼线粒体控制区结构与序列多态性分析

测定了辽宁丹东、盘锦与河北秦皇岛35尾松江鲈鱼线粒体控制区序列977bp。共检出单倍型30个,多态位点35个,简约信息位点27个,绝大多数变异集中在192-342bp、594-783bp区段,同时识别出了线粒体控制区5’端终止序列区、中央保守区和3’端保守序列区的关键序列。3个群体总的单倍型多样性为0.990,核苷酸多样性为0.00718,丹东群体核苷酸多样性最高(0.00959)。群体间、群体内平均遗传距离低(分别为0.0067和0.0063);在NJ树上不同地理来源的个体混杂分布;Fst分析显示丹东与秦皇岛群体间遗传分化相对较大(0.14222,p0.05),其余不明显(0.02865-0.05616,p0.1),表明3个群体有可能隶属同一个种群。核苷酸不配对分布图表明松江鲈鱼可能未经历过大规模的种群扩张。     

角木叶鲽的群体遗传多样性研究和形态学分析

角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)是中国近海重要的经济鱼类,本研究基于线粒体DNA控制区第一高变区部分序列,对采自青岛和舟山近海的角木叶鲽群体进行遗传多样性研究。线粒体DNA控制区序列分析显示:舟山和青岛两群体均呈现较高的单倍型多样度和较低的核苷酸多样度;单倍型邻接关系树与最小跨度树均显示青岛、舟山两个群体个体相互混杂,无显著的分支;群体间遗传分化指数(F_(ST)=0.027 6;P=0.030 3)揭示了两群体之间存在微弱的遗传分化;TaJima’s D中性检验和贝叶斯天际线分析的结果显示角木叶鲽群体可能经历过近期扩张事件。基础形态学特征测量结果表明,舟山群体的可量性状比值,如体长/尾柄高、体长/头长、体长/有(无)眼侧胸鳍长等均略高于青岛群体,其中体长/有(无)眼侧胸鳍长差异显著。     

单环刺螠染色体核型分析

染色体是细胞遗传学的研究基础,为了补充螠虫动物的核型资料,为单环刺螠(Urechis unicintus)的遗传育种和进化分类研究提供基础,以单环刺螠胚胎、幼体及成体体腔细胞、呼吸肠等为材料,经植物血球凝集素(PHA)和秋水仙素处理后,采用低渗和滴片常规方法制备染色体标本,对单环刺螠染色体数目和核型进行了研究。结果表明:单环刺螠成体经0.4 g/L秋水仙素浸泡12 h后,取体腔细胞,经0.075 mol/L KCl低渗45 min,采用热滴片法制片效果最佳。单环刺螠染色体数目为2N=146,核型公式为2N=58M+26SM+20ST+42T,染色体臂数NF=250,未发现异形性染色体和随体。     

牙鲆gnrh基因的表达分析

本文通过qPCR方法,研究了我国重要海水鱼类——牙鲆（Paralichthys olivaceus）雌、雄成体组织以及性腺分化期的脑、性腺中gnrh1、gnrh2和gnrh3的表达水平。结果显示,gnrh1分布于所有检测的组织：在脑、垂体、肾脏和肝脏中高表达,在性腺中表达相对较低;gnrh2则在雌、雄性的肝脏以及雄性的肠、肾脏、眼睛和头肾中;而gnrh3只在雄性的肾脏、眼睛和肌肉中检测到微弱表达。人工诱导的牙鲆雌核发育鱼苗分别用17β-雌二醇（E₂）和17α-甲基睾酮（MT）处理,使其分化为雌性或雄性个体表型。在性腺分化期的脑中,gnrh1的表达呈现上升趋势,在全长（total length,TL）4 cm鱼苗中,E₂组的表达显著高于MT组（P<0.05）;gnrh2在2 cm TL时E₂组显著高于MT组（P<0.05）,随后在E₂和对照组的表达水平均出现下降趋势;gnrh3在2 cm TL时E₂和对照组的表达均显著高于MT组（P<0.05）,自6 cm TL时MT和E₂组的表达开始下降。在性腺中,三种gnrh在性腺分化前2 cm TL表达量都相对较高,随后呈现下降趋势。综上,推测牙鲆gnrh1可能参与了性腺分化的启动、分化过程及性腺发育,gnrh2主要参与了性腺分化的启动,gnrh3主要参与了性腺分化的启动和分化过程。     

4 种病原弧菌外膜蛋白的提取及抗原性初步分析

利用十二烷基磺酸钠抽提并结合超速离心的方法提取了鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、河口弧菌(V.aestuarianus)、霍乱弧菌(V.cholerae)和副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)4种致病性弧菌的主要外膜蛋白,通过SDS-PAGE分析比较4种弧菌主要外膜蛋白的组分。结果表明:4株弧菌的外膜蛋白电泳图谱一般可得到5～10条蛋白带,分子量多数集中在26~40 kD和48~85 kD。对所提取的4种弧菌主要外膜蛋白进行SDS-PAGE后,分别与自制的兔抗鳗弧菌血清、抗河口弧菌血清、抗副溶血弧菌血清进行Western-blotting印迹分析。结果显示每种全菌抗血清可与相应菌的外膜蛋白部分组分发生免疫反应,并与其他3种弧菌外膜蛋白的部分组分产生交叉免疫反应,这些反应条带分子量主要集中于30~48 kD之间。本研究为进一步研究致病性弧菌外膜蛋白免疫学特性提供参考。     

棕点石斑鱼循环水养殖系统细菌多样性分析

为探究棕点石斑鱼(Epinephelusfuscoguttatus)在循环水养殖模式中的生长及养殖水体与石斑鱼肠道的菌群特征, 51 000尾平均体质量为(13.72±0.51) g、平均体长为(8.90±0.66) cm的棕点石斑鱼苗被随机平均分配至6个直径为8m的PE养殖水槽中,通过循环水设备进行封闭式养殖。结果显示:经过12个月的养殖,棕点石斑鱼的成活率为83.2%±7.6%,体质量为(487.32±12.68) g、体长为(31.24±1.22) cm,平均日增质量为1.30 g。采取16S rRNA高通量测序技术,定期检测养殖水体和棕点石斑鱼肠道菌群特征。结果显示:循环水养殖系统和棕点石斑鱼肠道中的菌群结构都相对稳定,没有表现出明显的季节差异;水体和棕点石斑鱼肠道的菌群具有一定的关联性,二者之间共有的OTUs(Operational Taxonomic Units)为2259个,主要为发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)等。水体和肠道样品中还含有大量的特异OTUs,其中棕点石斑鱼肠道中检测出19838个特异性OTUs,主要是慢生根瘤菌属(Brad...     

拟穴青蟹MnSOD基因的克隆及表达分析

超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)可清除生物体内超氧阴离子自由基,有效地预防氧自由基对有机体的伤害。本研究从拟穴青蟹（Scylla paramamosain）的性腺中克隆了两种SOD基因的全长cDNA, 分别为线粒体型锰型超氧化物歧化酶基因（SpmtMnSOD）和细胞质型锰型超氧化物歧化酶基因（SpcytMnSOD）。SpmtMnSOD基因cDNA全长1 154 bp,编码218个氨基酸,含有16个氨基酸的靶向线粒体的信号肽;SpcytMnSOD基因cDNA全长1 184 bp,编码286个氨基酸,未发现信号肽序列。两种MnSOD均含有锰型SOD的标签序列,以及4个保守的锰离子结合位点。荧光定量PCR分析显示SpmtMnSOD和SpcytMnSOD均主要在代谢活跃或参与免疫的心脏、鳃、卵巢和肝胰腺等器官中表达;均在卵巢O6期（完全成熟期）显著高于其他卵巢发育阶段,在精巢发育过程中表达量低,且没有显著性差异,推测其主要参与卵巢成熟过程自由基的清除。在副溶血弧菌（Vibrio parahemolyticus）感染后,SpmtMnSOD的表达量在鳃中（12 h）有所增加（P<0.05）,SpcytMnSOD的表达量在肝胰腺（12 h）和鳃（3、12 h）中显著升高（P<0.05）;在肽聚糖（peptidoglycan,PGN）刺激后,SpmtMnSOD的表达量在肝胰腺中（3、6、12 h）显著上升（P<0.05）,SpcytMnSOD的表达量在肝胰腺（3、6、12 h）、鳃（6、24 h）和血（6、12 h）中均显著上调（P<0.05）;在聚肌苷酸胞苷酸（polyinosinic:polycytidylic acid, Poly I:C）刺激后,SpmtMnSOD的表达量在肝胰腺（6、12 h）、鳃和血（3、6 h）中均显著增加（P<0.05）,SpcytMnSOD的表达量在肝胰腺（12 h）、鳃（6、12 h）和血（3、6 h）中均显著增加（P<0.05）。推测这两种SOD参与了青蟹对外界环境的应激反应,对青蟹清除免疫应激产生的自由基起重要作用。     

斑节对虾TSG101基因的克隆及表达分析

为探究肿瘤易感基因101(简称TSG101)对斑节对虾(Penaeusmonodon)的免疫应答作用,了解在细菌刺激下斑节对虾的机体发生的变化机制,本研究以哈维弧菌(Vibrioharveyi)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)为实验组,以磷酸缓冲液(PBS)为对照组,通过荧光定量分析展开对斑节对虾对菌刺激的免疫应答作用。结果显示,斑节对虾的TSG101在各组织中均有表达,在肝胰腺中的表达量最高。在金黄色葡萄球菌刺激下,斑节对虾的TSG101在肝胰腺中的表达量与对照组相比呈极显著上调(P0.01),第12小时的TSG101 mRNA的表达量达到最大(为对照组的21.60倍);在鳃中的表达量与对照组相比呈极显著上调(P0.01),第6小时斑节对虾TSG101的表达量达到最大值(为对照组的3.64倍)。在注射哈维弧菌第9小时,肝胰腺中的PmTSG101 mRNA表达量极显著上调(P0.01)且达到最大(为对照组的2.50倍)。实验结果初步表明,斑节TSG101参与斑节对虾的先天免疫反应,在金黄色葡萄球菌和哈维弧菌的刺激的情况下,该基因RNA水平的表达情况发生明显变化。     

Feeding ecology of five commercial shark species of the Celtic Sea through stable isotope and trace metal analysis

In order to trace their feeding habits, stable carbon and nitrogen isotope ratios (delta15N and delta13C), as well as trace metal concentrations (Zn, Cd, Fe, Cu, Se and Hg) were analysed in the tissues of five commercial shark species from the Celtic Sea: the tope shark Galeorhinus galeus, the black-mouthed catshark Galeus melastomus, the starry smooth hound Mustelus asterias, the spiny dogfish Squalus acanthias and the lesser-spotted dogfish Scyliorhinus canicula. Our results were compared to previously described stomach contents and isotopic composition of potential preys. Isotopic ratio delta15N suggested that tope sharks fed at a higher trophic level (16.7 per thousand in the muscle) than the other species, reflecting its piscivorous diet. The lower values of spiny dogfish (11.6 per thousand in the muscle) might be explained, amongst other things, by either its migratory behaviour or its preference for preys from lower trophic levels. Cd and Hg were correlated with isotopic ratios delta13C and delta15N, and were shown to be diet-related whereas Zn, Fe and Cu seemed much more linked to species-specific metabolism. Although this multidisciplinary approach is revealed as a useful tool for the study of shark ecology, the lack of known trophic fractionation suggests that isotopic data be compared to traditional diet analyses.     

黑足鲍COⅠ基因序列在遗传分析中的初步研究

对引自新西兰的黑足鲍(Haliotis iris)的线粒体DNA 13个蛋白基因之一细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因进行了特异性扩增和测序,并分析了524 bp的碱基序列。结果显示,在37个野生个体的基因序列中检测到3个变异位点,定义了3个单倍型,个体间序列差异很小。单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.249和0.000 79,遗传多样性水平很低。在以贻贝(Mytilus edulis)为外群构建的系统发育树上,黑足鲍处于相对适中的位置。本次研究以期为了解黑足鲍的遗传学背景提供科学依据,同时为鲍COⅠ基因的研究提供资料。