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相似文献
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1.
与其他钵水母相比,倒立水母具有独特行为:在生命周期的大部分时间里,它都在海底呈倒立附着、“睡眠”的状态。为探索与这一独特行为相关的遗传信息,本研究对安朵仙水母(Cassiopea andromeda)和同属于钵水母纲的海蜇(Rhopilema esculentum)、巴布亚硝水母(Mastigias papua)进行首次全基因组测序、拼接和注释,并重点分析了这3种钵水母与感觉功能、神经系统发育相关的重要转录调节因子HoxPOU基因家族的多样性与系统发育关系。遗传分析显示,刺胞动物门中HoxPOU基因家族具有明显的物种间差异性。对Hox基因的分析首次发现钵水母及水螅(Hydra vulgaris)的“前段Hox基因”产生了部分缺失,并进一步印证了刺胞动物不存在“中段Hox基因”的假说。安朵仙水母和海蜇具有相对全面的ParaHox基因种类,即GSXXLOX/CDX基因,而巴布亚硝水母只有GSX基因。在POU基因多样性方面,安朵仙水母、海蜇、星状海葵(Nematostella vectensis)的基因组具有全部4类POU,而巴布亚硝水母、海月水母(Aurelia aurita)、水螅只有2类POU。在本研究分析的刺胞动物中,安朵仙水母的POU-1,-6亚型的核苷酸多态性最高;安朵仙水母与指形鹿角珊瑚(Acropora digitifera)、星状海葵的POU-2/3/5亚型的序列多样性较其他钵水母更高。另外,3种钵水母与水螅粘附蛋白的比较结果表明,安朵仙水母具有巴布亚硝水母和海蜇所不具有的粘附相关鼠李糖结合凝集素和一类抗氧化活性物质铁螯合物还原酶。综上所述,安朵仙水母具有更多POU编码基因和复杂POU亚型,以及具有粘附相关凝集素和还原酶的编码基因,可能是与安朵仙水母倒立附着生活方式相关的关键遗传信息。  相似文献   

2.
黄杆菌种类多、分布广,但从深海海山环境中发现黄杆菌新物种的报道还没有。2017年我们从西太平洋卡罗琳深海海山水域分离到一株细菌XN-5T,经16S rRNA基因序列测定表明,该菌与黄杆菌属(Flavobacterium)内系统发育关系最近模式菌株F.degerlachei LMG 21915TF.frigoris LMG 21922T之间的相似性分别为97.5%和97.8%。本研究采用形态学观察、生理生化特征、遗传特征、脂肪酸和极性脂测定等方法,对该菌株进行了详细的多相分类鉴定。结果表明,XN-5T菌株在16S rRNA基因系统发育、生长温度、淀粉、酪蛋白水解、硝酸盐还原,产α-半乳糖苷酶、α-葡萄糖苷酶、β-葡萄糖苷酶,同化L-阿拉伯糖、D-甘露醇、N-乙酰-氨基葡萄糖、葡萄糖酸钾,发酵蔗糖、阿拉伯糖,以及脂肪酸、极性脂组成等方面,均与相近模式菌株有所差异。综合多相分类鉴定数据,我们判定XN-5T菌株为Flavobacterium属内的一个新种,命名为Flavobacterium pacifica sp. nov。  相似文献   

3.
利用显微观察及生物冷冻切片技术,对采集自河北秦皇岛的多管藻类(Polysiphonia Complex)海藻样品进行形态分类学研究。经鉴定,样品中包括:多管藻属(Polysiphonia)2种:多管藻(Polysiphonia senticulosa Harvey)和丛托多管藻(Polysiphonia morrowii Harvey);新管藻属(Neosiphonia)2种:倾伏新管藻(Neosiphonia decumbens(Segi) Kim et Lee)和球果新管藻(Neosiphonia sphaerocarpa(Børgesen) Kim et Lee),其中丛托多管藻、倾伏新管藻及球果新管藻均为渤海西岸首次记录。本文对样品物种的外部形态及内部结构特征进行了详细描述,并提供了清晰的特征图片。研究结果补充了渤海湾内的藻类资源数据,为多管藻类相关研究提供了分类学参考。  相似文献   

4.
本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。  相似文献   

5.
为比较中国不同海域口虾蛄(Oratosqilla oratoria)群体的遗传特性, 作者对采自皮口、绥中、青岛和广州4 个海域的口虾蛄群体的线粒体COI基因序列进行扩增和测序, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。获得585bp 的口虾蛄线粒体COI基因序列, 发现变异位点54 个, 占总位点数的9.2%。COI基因序列A+T 含量(64.8%)显著高于G+T 含量(35.2%), 符合节肢动物线粒体DNA 碱基组成的特点。转换与颠换的平均比值是7.84, 碱基替换未达到饱和。100 个样本的线粒体COI基因序列共定义35 个单倍型, 单倍型多样性(Hd)为0.9162, 平均核苷酸多样性(π)为0.0203。4 个群体均具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性的特点, 说明4 个海域口虾蛄的遗传多样性均处于中等水平, 但广州海域的遗传多样性水平最高。AMOVA 分析表明, 来自于群体间的遗传差异(84.53%)明显高于来自群体内的差异(15.47%)。遗传分化系数(Fst)表明皮口、绥中、青岛3 个海域间几乎没有发生分化(Fst<0), 而广州海域口虾蛄遗传分化较大。从GenBank 上下载了19 条粤东海域口虾蛄的同源序列与本实验获得序列共同构建NJ 系统发育树, 结果显示皮口、绥中、青岛聚为一支, 广州和粤东(深圳和汕尾)聚为另一支。单倍型系统发育树和单倍型进化网络关系图均显示出广州海域口虾蛄群体较大的遗传分化。  相似文献   

6.
为了解海南尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis)线粒体基因组结构特征及其与鲤科(Cyprinidae)鱼类的进化关系, 本文通过二代测序获得海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组全序列, 并对结构特征进行分析, 结果显示具有典型的环状闭环双链分子, 全长16 581 bp, 碱基组成为A (31.96%)、G(15.69%)、C(27.53%)和T(24.82%), 包含13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个可变控制区D环。对碱基含量分析发现尖鳍鲤的碱基组成中具有较高AT含量的偏向性, 13个PCGs中有不少的偏好性密码子, 如CGA(RSCU>3.506)、CCA(RSCU>2.208)等。除tRNAGlntRNAAlatRNAAsntRNACystRNALeu(CUN)、tRNATyrtRNASer(UCN)、tRNAProND6外, 其余基因的排列于H链上。比较海南与广西海域尖鳍鲤线粒体基因组发现, 两者PCGs相似性在96%~100%, ND4CO IICytb基因在起始位置、长度以及起始密码子存在不同程度的差异。另外, 将与尖鳍鲤同属的的鲤(C.carpio)、鲫(C.auratus)的13个PCGs进行两两比较表明, 3种鲤属鱼类的PCGs相似性在85%~99%。通过与其他鲤科鱼类的线粒体基因组序列构建系统发育树, 发现尖鳍鲤和鲤亲缘关系最近。本研究结果有助于理解不同鲤科鱼类的亲缘关系, 为尖鳍鲤线粒体进化分析和种质资源研究提供参考依据。  相似文献   

7.
2014年自雅浦海沟附近的一座海山通过水下无人遥控潜水器获得3株八放珊瑚样本,通过对其珊瑚虫和骨片观察,并结合线粒体错配修复蛋白基因(mtMutS)的测序分析,进行了分类学和系统发育研究。结果显示,3株八放珊瑚均为鳞侧尖柳珊瑚Paracis squamata (Nutting,1910)。该物种主要特征为具有鳞片状的萼部骨片和无规则板状的共肉组织外层骨片。在基于mtMutS基因构建的系统发育树中,鳞侧尖柳珊瑚与侧尖柳珊瑚未定种(Paracis sp.)以高置信度聚在一起,侧尖柳珊瑚属(Paracis)和鳞尖柳珊瑚属(Lepidomuricea)以高支持率形成姐妹枝。本文对鳞侧尖柳珊瑚的形态学特征进行了全面研究,首次描述了共肉组织内层骨片的特征,揭示侧尖柳珊瑚属与鳞尖柳珊瑚属具有较近的亲缘关系。  相似文献   

8.
作为重要的免疫基因, NK-lysin参与了鱼类非特异性免疫系统对抗病原感染的免疫应答过程。在之前的研究中, 我们已经发现重要经济鱼类大黄鱼(Larimichthys crocea)体内存在2种类型的NK-lysin基因。在本文中我们报道了1种新型大黄鱼NK-lysin基因Lcnkl3, 并对基因序列、表达特征及其多肽片段的抗菌活性进行了分析。Lcnkl3基因的开放阅读框长度为435 bp, 编码144个氨基酸残基, 其多肽序列Lcnkl3中包含Saposin B结构域及6个高度保守的半胱氨酸残基。系统进化分析表明Lcnkl3与大黄鱼Lcnkl2最为相似, 与其他鱼类NK-lysin多肽则差异较大。Lcnkl3基因在未受感染的大黄鱼各组织中具有不同的基础表达量, 表达水平最高的组织为心脏。在病原诱导的免疫应答过程中, Lcnkl3基因在各组织不同感染阶段的表达模式存在差异。源于Lcnkl3成熟肽序列的多肽片段对不同细菌的抑制和杀灭效果差异显著。以上结果表明Lcnkl3属于大黄鱼NK-lysin基因家族, 并参与了大黄鱼对抗病原感染的免疫过程。  相似文献   

9.
泥螺(Bullacta exarata)作为黄河三角洲区域成功引入的滩涂养殖种类, 为当地获得了巨大的经济效益, 但对其生态影响还了解不多。为了解该区域泥螺体内重金属含量并评价其生物质量, 于2012年8月对该区域进行泥螺和沉积物样品采集调查和分析。采用富集系数K、残留量指数I以及金属污染指数IMP进行分析。结果表明, 黄河三角洲沉积物及泥螺体内6种重金属含量均相对较低, 多数符合国家海洋沉积物质量标准第一类。泥螺对不同重金属的富集系数K有明显差别, 其中对Cu 和Cd 的富集能力最强。残留量指数I富集系数K及金属污染指数IMP均表明, 黄河三角洲潮间带泥螺对重金属的富集程度均较低, 说明该海域泥螺未受到重金属离子的污染。根据国家生物质量标准分析, 黄河三角洲潮间带泥螺的生物质量总体较好, 生物体内重金属含量总体上与海水中重金属含量无显著的相关性。  相似文献   

10.
蛟龙号载人潜水器在位于雅普海沟北部6 745 m深处的底栖沉积环境中采集到两只石鳖样本,这是石鳖物种分布于此的新记录。形态学和DNA分子标记均支持两只石鳖为鳞侧石鳖属(Leptochiton)同一物种。该种在形态上与L.vanbelleiL.deforgesi接近;在系统发生方面,与L.vanbelleiL.deforgesiL.boucheti的亲缘关系密切。这是截至目前世界石鳖分布报道的第三深度记录。  相似文献   

11.
Codium, one of the largest marine green algal genera, is difficult to delimit species boundary accurately based on morphological identification only. DNA barcoding is a powerful tool for discriminating species of seaweeds. The plastid elongation factor TU(tuf A) is considered as maker to perform DNA barcoding of green algal species than rbc L gene due to universality and rapid evolution rate. We conducted DNA barcoding application to Codium specimens from the Jeju Island, Korea to overcome the limit of morphological identification and to confirm the species diversity. As a result of applying tuf A marker, we newly generated fifty-five tuf A barcodes to resolve eight species. Tuf A marker exhibited 6.1%–21.8% interspecific divergences, wider than the gap of rbc L exon 1,3.5%–11.5%. Molecular analysis of rbc L exon 1 sequences of Codium revealed eight distinct species like tuf A analysis separated in five phylogenetic groups. DNA barcoding of the genus Codium using tuf A marker is more helpful to overcome the limit of morphological identification, and this is more potential to reveal cryptic species and to resolve the relationships among subspecies than rbc L analysis alone. The complement of tuf A barcoding and rbc L analyses including morphology for the genus Codium in the northwestern Pacific will give much more reliable achievement for discovering species diversity and resolving the phylogenetic relationships.  相似文献   

12.
山东半岛濒临渤海和黄海,海岸带复杂,海岸线长,近岸海域赤潮事件频发。然而,由于部分赤潮物种的形态难以识别,或易降解不稳定,加上形态鉴定专业要求高,导致致灾赤潮物种未得到准确鉴定。2021年11月至2022年4月间山东荣成海域海带养殖区暴发严重赤潮事件,面积达1 440 km2,导致海带白化、溃烂,造成严重经济损失。对该海域水样固定样本的观察鉴定到两种致灾赤潮物种,红色赤潮藻(Akashiwo sanguinea)和多纹膝沟藻(Gonyaulax polygramma),二者均为山东近海常见的致灾赤潮物种。该研究通过对赤潮样本中活体单细胞的显微观察和单细胞测序分析,根据藻细胞形态特征与分子标记序列相似性鉴定到三种优势致灾赤潮物种,包括红色赤潮藻、多纹膝沟藻和灰白下沟藻(Katodinium glaucum)。其中灰白下沟藻由于在固定过程中不稳定而较少得到鉴定。对该赤潮海域水样开展宏条形码分析,除了发现上述三种致灾赤潮物种外,还发现了另外一个致灾赤潮物种纺锤环沟藻(Gyrodinium fusiforme)。纺锤环沟藻也由于在固定过程中不稳定而较少得到鉴定。由此可见,...  相似文献   

13.
利用ND1、ITS1序列差异对采自太湖、在形态上被认为是背角无齿蚌、圆背角无齿蚌、椭圆背角无齿蚌的三种个体进行鉴定,并与从NCBI中下载到的同属不同种褶纹冠蚌的ND1、ITS1序列进行对比,分析了基于Kimura2-parameter模型参数得到的遗传距离,并构建了NJ树。结果表明,本研究中所有背角无齿蚌种间遗传距离变...  相似文献   

14.
Eight ophiuroid species, six from the northern Kattegat-eastern Skagerrak and three from the northern Adriatic Sea, were examined for regeneration of arms. The species were separated into groups based upon mode of feeding and habitat. Comparison between groups collected in the northern Kattegat-eastern Skagerrak showed that infaunal suspension- and deposit-feeding species (Amphiura filiformis and A. chiajei) had significantly more scars per arm (mean number 0.78) than epibenthic suspension feeders (Ophiothrix fragilis and Ophiocomina nigra, 0.29) or epibenthic carnivores and deposit feeders (Ophiura ophiura and O. albida, 0.13). Spatial variation in arm regeneration incidence was found between sampling sites in the northern Kattegat-eastern Skagerrak for Amphiura filiformis and in the northern Adriatic Sea for Ophiothrix quinquemaculata. The ash-free dry weight (AFDW) and nitrogen (N) contents were measured in arms of six species of brittle-stars from the northern Kattegat-eastern Skagerrak. Differences between species were found, with highest concentrations of AFDW and N in Amphiura filiformis, intermediate in A. chiajei, Ophiocomina nigra and Ophiothrix fragilis, and lowest in Ophiura ophiura and O. albida. As the infaunal suspension- and deposit-feeding brittle-stars (Amphiura spp.) had the highest proportions of damaged arms and highest AFDW and N contents in their arms in this comparison, it is suggested that selective cropping of arms by demersal fish is the main cause of arm damage on Amphiura spp. in this area.  相似文献   

15.
采用分子生物学方法,对分离的米氏凯伦藻4株藻际异养细菌进行分子鉴定和功能分析。结果表明,经16S rRNA序列分析,4株藻际异养细菌分别隶属于Formosa、Erythrobacter、Shewanella和Marinobacter四个属,P1菌株与Formosa的16S rRNA核苷酸序列的同源性为95%,P2、P3和P4菌株与Erythrobacter、Shewanella和Marinobacter的同源性在99%以上。通过4株异养细菌及其同源性大的24株细菌构建进化树得出,28株细菌在系统发育树中主要分成4个分支,与同源性分析相符。  相似文献   

16.
调查了大亚湾海域13种石斑鱼(Epinephelus spp.)寄生单殖吸虫群落,结果发现有10种鱼感染单殖吸虫,占调查鱼种类的四分之三,检获单殖吸虫16种,隶属于3科5属,其中拟合片虫属(Pseudorhabdosynochus spp.)10种;除鞍带石斑(E.lanceolatus)和拟青石斑(E.fasciatomaculosus)外,8种鱼可分别感染3—7种单殖吸虫;感染单殖吸虫种类最多的是玳瑁石斑(E.quoyanus)达7种,次之是青石斑(E.awoara)和养殖的橙点石斑(E.bleekeri)均感染6种;各单殖吸虫种类中,感染强度最大的是拟合片虫(P.serrani))(棕点石斑,E.fuscoguttatus)128只/尾,次之是石斑拟合片虫(P.grouperi)(青石斑)62只/尾,接下来是斜带拟合片虫(P.coioidesis)(大斑石斑,E.macrospilos)59只/尾和杯阴拟合片虫(P.cupatus)(玳瑁石斑)49只/尾;平均密度最高的是棕点石斑上检获的拟合片虫128只/尾;在检获的16种单殖吸虫中,8种可分别寄生于2种或2种以上石斑鱼,石斑鳞盘虫(Diplectanum grouperi)和拟合片虫在6种石斑鱼上都能检获,符合广寄生单殖吸虫种特征。有5种鱼检查尾数5尾以上的,其中玳瑁石斑单殖吸虫感染率最高62.07%,其内群落的物种丰富度与宿主体长呈显著正相关。  相似文献   

17.
The colony-forming Phaeocystis species are causative agents of dense bloom occurrences in coastal waters worldwide. It is difficult to separate them because of the different morphologies associated with their colonial stages. In this study we applied molecular approaches to analyze the genetic variation of Phaeocystis globosa and Phaeocystis pouchetii from several geographic regions, and to assist in tracing the dispersal of bloom-forming Phaeocystis species in coastal waters of China. The sequences of the internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) of rDNA and the 5.8S ribosomal RNA gene of Phaeocystis strains were determined. Sequence comparison shows that P.globosa was the most divergent to P. pouchetii, exhibiting sequence divergence higher than 0.08. However, lower genetic divergences existed between strains of P.globosa. The sequence comparison of the Phaeocystis rDNA ITS clearly shows that the species isolated from the southeast coast of China is identified as P.globosa rather than P. cf. pouchetii or other species. Furthermore, the significance of rDNA variation in distinct global populations of P.globosa suggested it might have had sufficient time to accumulate detectable mutations at the rDNA locus, supporting the hypothesis of ancient dispersal of P.globosa to many areas, meaning that P.globosa blooms in the coastal waters of China are endemic rather than a newly introduced species or a foreign source. Finally, based on the high divergent region of rDNA ITS, a pair of species-specific primers for P.globosa were designed, they could be useful to detect the presence of this species in mixed plankton assemblages or flagellate stages that are recognized with diffculties by means of conventional microscopy.  相似文献   

18.
In the past two decades, many studies have focused on the classification within genus Laminaria, ultimately trying to divide it into two subgroups or genera: Laminaria and Saccharina. A significant debate still surrounds the question of its division, as the conflicting phylogenetic hypotheses that have resulted from the classification studies are based on different taxon sampling, molecular markers, or analysis methods. It is aimed at elucidate the molecular phylogeny within Laminaria and Saccharina. The nine species of Laminariales are sampled from northern Asia and Europe, and 23 new sequences in the nuclear, plastid, and mitochondrial genomes are determined to identify their taxonomic status. The phylogenetic analyses of 71 species are performed, including representatives from six of the seven families of the order Laminariales, based on three separate data sets. An evidence is provided to strongly support a clear split that maintains the two recognized genera, Laminaria and Saccharina, with Laminaria appearing to be the ancestor group. Further, analyses indicate that all taxa in Saccharina and Laminaria did not form a monophyletic lineage, instead Laminariaceae and Lessoniaceae grouped together interlacedly, and Costariaceae appeared as the sister taxon of the Lessoniaceae–Laminariaceae clade. In the phylogenetic analysis, mitochondrial c oxidase I(COI) sequences appeared to be the most credible molecular marker which was more befitting than nuclear encoded internal transcribed spacer(ITS) and plastid encoded rbcL for establishment of Laminariales systematics. It is the most comprehensive phylogeny of the order Laminariales, and contributes to an enhanced understanding and estimation of the phylogenetic relationships for the economically important seaweeds, Laminaria and Saccharina.  相似文献   

19.
传统的形态鉴定主要依赖于分类者的经验和水平,容易产生分类错误。为提高物种鉴定的准确性,作者采用形态学与线粒体16S rRNA基因序列分析相结合的方式对广西北海涠洲岛采获的3种珍珠贝进行了鉴定。研究结果表明,基于形态学可将3种珍珠贝分别鉴定为企鹅珍珠贝(Pteria penguin)、宽珍珠贝(P.loveni)和中国珍珠贝(P.chinensis),但基于16S r RNA基因序列,形态学鉴定为P.loveni的标本应为P.lata。P.loveni和P.lata是两个完全独立的种,并非为同物异名。珍珠贝属16S rRNA基因序列的种间遗传距离明显大于种内遗传距离,适宜作为该属种类鉴定的分子标记。在基于16S r RNA基因序列构建的系统树中,相同种类的不同个体均形成单系群,并获得很高的支持率。分布于中国沿海的珍珠贝属种类应包括P.lata,是否有P.loveni的分布尚需进一步证实。  相似文献   

20.
肉芝软珊瑚属(Sarcophyton)是珊瑚礁生态系统中常见的软珊瑚,具有极强的药用价值.我国肉芝软珊瑚种类资源十分丰富,但目前国内对此种珊瑚的分类研究处于停滞状态,肉芝软珊瑚外部形态差异较小,难以直接进行种类鉴定.本研究采集海南省三亚市西瑁岛、万宁市甘蔗岛和大洲岛珊瑚礁区的26个肉芝软珊瑚样品,根据骨针形态学初步鉴定,并分析线粒体msh1基因和COI基因序列进行种类鉴定.结果显示:所有采集的26个样品,鉴定为5个种,分别为:Sarcophyton cherbonnieri、Sarcophyton crassum、Sarcophyton trocheliophorum、Sarcophyton glaucum和Sarcophyton ehrenbergi.其中S. cherbonnieri和S. crassum为我国新纪录种.本研究为海南岛附近海域肉芝软珊瑚的鉴定提供参考,并为我国软珊瑚种类鉴定和生物多样性的研究提供基础数据.  相似文献   

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