浙江海域天竺鲷科鱼类新纪录种—黑边银口天竺鲷(Jaydia truncata)形态特征与DNA条形码研究

2015年10月中旬,在浙江省舟山市近海的渔业资源调查中采集到天竺鲷标本,经鉴定发现其中黑边银口天竺鲷为浙江新纪录种。本文对采集的6尾黑边银口天竺鲷标本拍摄照片并开展形态特征和DNA条形码研究,对该种的拉丁学名进行校正。黑边银口天竺鲷的有效学名为Jaydia truncata(Bleeker,1854)。具有以下主要形态特征:背鳍鳍条数VII+I,9,胸鳍鳍条数16—17;背前鳞数4;第一鳃弓总鳃耙数3—4+11—13,发达鳃耙数1+9—10,角鳃弓上的鳃耙数9;前鳃盖骨边缘锯齿状;第一背鳍上端黑色,第二背鳍及尾鳍边缘黑色,第二背鳍与臀鳍中部各具一黑色纵纹。本研究分析了浙江海域5种天竺鲷科鱼类的形态差异,并编制了检索表。测定了6尾标本的DNA条形码,结合Gen Bank中所有学名为Jaydia truncata及其同种异名的同源序列分析,发现所有个体明显分为两个分支,且两者遗传距离达到0.149,表明两分支可能为不同的有效种,Gen Bank中只有AB890050和JQ681488与本研究序列结果相近。     

中国海盘海牛科(腹足纲, 裸鳃目)一新记录属和一新记录种

2021年3月在大连进行潮间带生物调查时采集到2个裸鳃类标本,经鉴定发现为欧氏针盘海牛Diaulula odonoghuei (Steinberg, 1963),为中国新记录属和新记录种。在研究中对其进行了活体拍照,利用光学显微镜和扫描电子显微镜对其外部形态和内部解剖特征进行了观察。此外,测定了这两个标本的COI、16S rRNA和H3基因序列,将测得的基因片段与GenBank数据库中的针盘海牛属Diaulula的同源序列进行对比分析,构建了针盘海牛属的系统发育树。欧氏针盘海牛在我国沿海的发现,进一步丰富了中国海软体动物的物种多样性研究。     

中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。     

中国北方习见水母类的DNA 条形码分析

本研究获得了中国北方近海习见水母类24个种共62条线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(mtCOI)序列,结合GenBank中具DNA条形码关键词的mtCOI序列,共比较了水母类mtCOI片段207条,水母mtCOI种内遗传差异在0%-7.4%之间,均值为0.9%(SD=0.014),其中约93%的个体种内差异小于4%;近源种间遗传差异在5.4%(Sarsia)到44.9%(Lensia)之间,均值为25.1%(SD=0.118),97%以上的个体种间遗传差异大于10%。绝大多数(98.8%)水母种类种内遗传差异小于种间遗传差异,条形码间隙明显。本研究涉及的中国北方习见水母种内遗传差异均显著小于种间遗传差异,结果表明以mtCOI作为DNA条形码可以实现对中国北方习见水母种类鉴定。利用DNA条形码序列分析,梳理了中国近海一些常见水母的分类地位。此外,对4种保存液保存方法的比较研究表明,90%乙醇、DMSO、RNA Safer和DNA Conserver4种保存液无法同时保存形态学特征和DNA序列,但DNA Conserver的效果相对较好。     

环境浓度的丁草胺暴露对雌性褐菖鲉卵巢发育的干扰

丁草胺是使用最广泛的酰胺类除草剂之一,目前丁草胺对鱼类的生殖毒性研究集中于淡水种类,近海鱼类鲜有报道。本研究以分布于我国东南海域的近海经济鱼类褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)为受试对象,探讨丁草胺对海洋鱼类卵巢发育的影响及机制。褐菖鲉在以环境相关浓度(2、20、200 ng/L)的丁草胺暴露50 d后,褐菖鮋卵巢生殖细胞发育受到不同程度抑制,卵巢17β-雌二醇(E2)水平下降,Caspase-3活性上升。相对定量PCR分析结果显示,卵巢芳香化酶基因(CYP19s)及雌激素受体基因(ERβ)表达量下降。结果表明：丁草胺对褐菖鮋具有明显的生殖毒性,卵巢CYP19s基因与ERβ基因表达被抑制而导致卵巢雌激素水平的下降引起卵细胞在发育早期的细胞凋亡是主要原因。     

两种体色三疣梭子蟹线粒体DNA 部分片段序列的比较分析

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)作为重要的海洋经济动物,其常见体色(头胸甲)为茶绿色。近年来在我国沿海海域海捕三疣梭子蟹中开始出现体色为紫色的一类梭子蟹,除体色不同外,二者表型特征并无显著差异。对两种体色三疣梭子蟹不同个体的线粒体COI和16S rRNA基因进行了序列比对分析以判定二者之间的亲缘关系。结果发现COI和16S rRNA基因在两种体色三疣梭子蟹群体中的核苷酸序列一致性分别为99.87%和99.88%,表明紫色三疣梭子蟹并未发生亚种的分化,即紫色和茶绿色群体属于同一个种。并利用GenBank数据库检索了梭子蟹科其他15种海产蟹的16S rRNA序列,进行了序列同源性比对分析和分子系统学方面的探讨,为梭子蟹种属分类学研究提供分子依据。     

基于线粒体COI基因序列分析辽东湾镰鲳(Pampus echinogaster)群体遗传多样性

根据线粒体COI基因序列对辽东湾附近海域的镰鲳(Pampus echinogaster)群体(n=28)的遗传多样性进行了研究。在COI序列中,共检测到17个多态性核苷酸位点,定义了12种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(H=0.49±0.12,π=0.16±0.12%)。与黄海、东海的群体相比,辽东湾镰鲳群体的遗传多样性水平较低。利用GenBank数据库中已有的COI同源序列,系统分析和分子变异分析(AMOVA)的结果都表明来自辽东湾的镰鲳个体和东海、南海个体间存在较小但明显的遗传分化。研究结果表明:中国近海的镰鲳尤其是相距较远的群体在其分布范围内可能存在遗传分化现象。     

中国木叶鲽属鱼类一新纪录种

2008年8月,在浙江舟山附近海域(东海)采集到4尾木叶鲽属鱼类,经鉴定为中国鱼类新纪录种--长木叶鲽,其主要特征为:体棕褐色,有眼侧和无眼侧颢上枝前端有小分枝,鳞片小但不狭长,背鳍鳍条数72～74(73.3);臀鳍鳍条数56～59(57.5);有眼侧胸鳍鳍条数8～10(8.8),无眼侧胸鳍鳍条数为8;有眼侧与无眼侧腹鳍鳍条数均为6;尾鳍鳍条数19～20(19.5),脊椎骨数为36;鳃耙数为3+7.基于线粒体COI基因片段得到的长木叶鲽与角木叶鲽的K2P遗传距离为9.4%,2种间遗传分化达到了种间水平.     

中国木叶鲽属鱼类一新纪录种

2008年8月,在浙江舟山附近海域(东海)采集到4尾木叶鲽属鱼类,经鉴定为中国鱼类新纪录种——长木叶鲽,其主要特征为:体棕褐色,有眼侧和无眼侧颞上枝前端有小分枝,鳞片小但不狭长,背鳍鳍条数72~74(73.3);臀鳍鳍条数56~59(57.5);有眼侧胸鳍鳍条数8~10(8.8),无眼侧胸鳍鳍条数为8;有眼侧与无眼侧腹鳍鳍条数均为6;尾鳍鳍条数19~20(19.5),脊椎骨数为36;鳃耙数为3+7。基于线粒体COI基因片段得到的长木叶鲽与角木叶鲽的K2P遗传距离为9.4%,2种间遗传分化达到了种间水平。     

基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究

采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码,分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征,并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个,成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种（2种未鉴定到种）。其中,以鲈形目（Perciformes）种类和数量最多,种类数占比为51.6%,数量占比为47.91%;其次为鲱形目（Clupeiformes）,种类数占比为25%,数量占比为34.56%。优势种10种,其中凤鲚（Coilia mystus）优势度最高,为0.071;棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）最低,为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示,鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率（95.60%）明显高于COⅠ基因（43.22%）。遗传距离和ABGD分析显示,COⅠ基因种内遗传距离为0～0.005（平均0.003）,种间遗传距离为0.061～0.376（平均0.253）,两者间存在明显的“条形码间隙”,ABGD划分结果与数据库比对结果一致;12S r RNA基因种内遗传距离为0～0.011（平均0...     

多鳞(Sillago sihama)鱚4个野生地理群体的微卫星标记分析

采用微卫星DNA分子标记方法对中国南部沿海多鳞鱚(Sillago sihama)广西北海、广东湛江、汕尾及海南三亚4个野生地理群体进行了遗传多样性及遗传分化等研究。结果表明:(1)用于研究的34对微卫星引物在4个群体中具有丰富的多态性,有效等位基因数介于1.71—20.46之间,多态信息含量PIC介于0.40—0.95之间。4个群体总的平均期望杂合度(He)为0.598,观测杂合度(Ho)为0.572,SY群体的杂合度最大(He=0.606,Ho=0.623),SW群体的最小(He=0.586,Ho=0.508)。(2)群体间F-统计量分析表明,群体遗传分化处于高度分化水平(Fst平均值为0.306);基于奈氏遗传距离(DA)构建的NJ和UPGMA聚类树均显示地理位置相邻的群体聚在一起。     

基于线粒体D-loop区分析黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)五个淡水湖泊群体的遗传多样性

采用线粒体D-loop区测序技术,对巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖和太湖5个地理群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及种群遗传结构进行了研究。结果表明,890个位点中变异位点有151个,简约信息位点24个。143个个体共检测到72个单倍型,平均单倍型多样性指数为0.951±0.011,核苷酸多样性为指数为0.00614±0.00087。鄱阳湖群体和其它4个湖泊群体的遗传距离相对比较大,滆湖和巢湖的遗传距离最小,总体遗传分化指数Fst为0.0896(P<0.01)。群体间基因流系数Nm=2.22,表明5个黄颡鱼种群间存在着一定的基因流动。     

基于线粒体cox1片段序列的胶州湾浮游动物DNA条形码分析

采用cox1基因特异扩增测序的方法,分析了胶州湾45种常见海洋动物的DNA条形码序列82条,联合GenBank中28条cox1序列的分析结果表明：种内个体间遗传差异均值为0.013（0—0.11）;属内不同种间遗传差异均值为0.265（0.137—0.369）,是种内遗传差异的20多倍,条形码间隙明显。在分子系统树中,...     

虾夷扇贝选育群体与野生群体基因组DNA甲基化的MSAP分析

基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分析了两群体的DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果表明,筛选得到11对引物组合能够在两个群体中得到稳定扩增、清晰且多态性丰富的片段;11对引物在"玉贝"和对照群体中分别共检测到1432和1442个位点,其中发生甲基化的位点分别为306和341个,总甲基化率分别为21.5%和23.65%,"玉贝"总甲基化率下降2.15%;全甲基化位点分别为152和236个,全甲基化率为10.68%和16.37%,"玉贝"全甲基化率下降5.69%;半甲基化位点分别为154和105个,半甲基化率为10.82%和7.28%,"玉贝"半甲基化率上升3.54%;"玉贝"群体的甲基化多态性条带所占比例高于对照群体,分别为31%和29.167%,尤其是B类型条带链,"玉贝"群体明显高于对照群体。这说明,通过对虾夷扇贝生长和耐热性状的累代选育导致了DNA甲基化水平和模式的改变,本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了参考数据,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。     

东太平洋赤道海域鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)和茎柔鱼(Dosidicus gigas)的食性比较研究

柔鱼亚科(Ommastrephinae)近缘种鸢乌贼(Sthenoteuthisoualaniensis)和茎柔鱼(Dosidicus gigas)为重要的大洋性经济头足类,二者在东太平洋赤道海域均有分布。研究以同一航次捕获的两种头足类为研究对象,结合传统胃含物分析和DNA条形码技术对二者食物组成及其差异开展研究,以分析同域近缘头足类间的摄食习性及差异。结果表明,鸢乌贼和茎柔鱼均以鱼类、头足类和甲壳类为主要食物来源,ANOVA显示,两者在Shannon多样性指数和饵料生物头足类和鱼类N%上均存在显著差异, SIMPER分析进一步表明,种间胃含物组成差异最主要体现在鱼类的种类组成和个数百分比上。研究结论直观反映了同域近缘头足类物种食物特化的现象,为后续探究头足类近缘种共存机制提供了数据支持。     

镉胁迫对大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)血细胞遗传损伤的研究

以大弹涂鱼为研究对象,应用单细胞凝胶电泳技术并结合外周血基因组DNA琼脂糖凝胶电泳,研究了镉胁迫对大弹涂鱼外周血细胞的遗传损伤。结果表明:(1)镉对大弹涂鱼外周血细胞是遗传毒性而非细胞毒性,并且产生的遗传损伤存在显著(P0.01或P0.05)的剂量效应,染毒1h的大弹涂鱼的全长和尾长与浓度的相关方程分别是y=29.592x-10.576(r2=0.9786),y=28.417x-14.859(r2=0.9857),染毒2h的大弹涂鱼的全长和尾长与浓度的相关方程分别是y=32.044x-5.0235(r2=0.941),y=29.911x-9.539(r2=0.9635)。(2)DNA的损伤程度和污染胁迫之间存在着时间效应。以上结果表明,DNA损伤可作为大弹涂鱼受镉胁迫时的生物指标。     

基于线粒体cox1片段序列胶州湾浮游动物物种组成分析

基于cox1片段序列的DNA条形码为浮游动物种类鉴定提供了新的可靠手段,构建了胶州湾网采浮游动物DNA条形码文库,在国内首次使用宏遗传组学方法研究夏季胶州湾海洋浮游动物的群落组成。共获得环境样品DNA条形码149条;以6%为阈值共检出37个OUT,其中19个与DNA条形码数据库中序列程度非常高（〉97%）,可以鉴定到种...     

中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)群体遗传多样性线粒体DNA序列分析

采用线粒体(mtDNA)DNACOI和Cytb基因片段序列分析方法,进行了中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)舟山和胶南群体遗传多样性及其遗传结构现状研究。结果表明,基于mtDNACOI分子标记揭示条石鲷舟山群体遗传多样性水平(h=0.814±0.060,π=0.009±0.005,k=5.653±2.789)显著高于胶南群体(h=0.742±0.116,π=0.003±0.002,k=1.970±1.196);MST分析、NJ系统分析和核苷酸不配对分布分析结果皆显示两群体内存在三个显著分化的单倍型类群,支系间的遗传距离为0.018—0.025;遗传分化指数结果(Fst=0.331,P=0.000)和确切P检验结果显示(P=0.000)两群体间存在显著遗传分化。基于mtDNACytb分子标记显示条石鲷群体遗传多样性总体上呈现较低水平(h=0.874±0.023,π=0.006±0.003,k=2.761±1.492),舟山群体核苷酸多样度水平显著高于胶南群体;NJ系统发育和群体遗传分化研究结果显示,条石鲷群体间未检测到显著的遗传分化。     

海洋线虫Litoditis marina早期发育的转录组分析

全球气候和环境变化影响海洋动物的生长发育和繁殖等生命过程,探究环境因子调控发育的分子机制,需要深入了解海洋动物早期发育的生理和分子特征。以实验室驯化的潜在模式动物海洋线虫Litoditis marina为研究对象,对其胚胎期和孵化后发育早期2h、4h和6h的L1幼虫样品进行了转录组测序和分析。结果表明,2h、4h和6h的L1幼虫间差异较小,而三个L1幼虫样品与胚胎期相比,基因表达发生了显著变化。通过KEGG富集分析,发现与胚胎期相比,三个L1幼虫样品的多个通路如核糖体、核糖体生物发生、糖酵解/糖原异生、TCA循环和氧化磷酸化通路相关基因发生了显著上调。另外还发现多个神经递质和神经肽受体基因如dop-和npr-等在L1期转录水平显著上调。与胚胎期相比,L1幼虫的多个DNA复制和修复相关、Notch、Hippo和Hedgehog信号和剪切体等通路相关基因发生了显著下调。发现的L. marina早期发育转录组变化模式与已经发表的陆生模式生物秀丽线虫Caenorhabditis elegans从胚胎期到L1幼虫的转录组变化特征非常相似,但同一上调或下调通路中具体发生表达变化的基因有些不同。另外,L1幼虫显著上调的核糖体生物发生通路相关基因在秀丽线虫中发生了显著下调。进一步通过基因编辑等技术和方法深入研究发育调控关键基因的功能将为海陆近缘线虫间的发育进化机制、海洋线虫对潮间带环境适应以及全球气候变化应答的分子机制研究提供新认知。     

6个虾种基因组DNA多态性分析

采用RAPD方法检测了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii)、绿须虾（Aristeus virilis)、长毛对虾（Penaeus penicillatus)、日本对虾（P.japonicus)、斑节对虾（P.monodon)和周氏新对虾（Metapenaeus joyneri)等6个虾种的基因组DNA的多态性。用20个随机引物扩增得到492个DNA片段，根据这些片段的共享度计算出遗传距离并构建系统树。所得结果从DNA水平上反映出虾类在科属种不同分类阶元亲缘关系的远近，并为虾类现行的分类系统提供了分子生物学依据。