半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）野生与养殖群体遗传多样性的比较研究

采用扩增片段长度多态性技术（AFLP技术）对2个野生和2个养殖的半滑舌鳎群体进行了遗传多样性的比较研究。实验采用8对AFLP引物组合,在四个群体的120个个体中共扩增出498个位点。结果表明,半滑舌鳎养殖群体的遗传多样性降低：河北唐山野生群体和江苏连云港野生群体的多态位点百分数分别为45．18％和39．96％,Nei遗...     

基于GBS技术的半滑舌鳎野生与养殖群体遗传多样性分析

目前半滑舌鳎的人工繁育中普遍存在近亲繁殖现象,种质资源和优良性状无法保障,关于半滑舌鳎野生群体和养殖群体的群体结构、混杂程度、遗传多样性分析等研究工作近10a内没有持续跟进,随着大量的半滑舌鳎人工繁育苗种增殖放流入海,野生和养殖种群的混杂程度有待评估。本研究对半滑舌鳎3个海捕野生群体和3个养殖群体进行遗传多样性分析和种质资源状况研究,通过GBS技术对87个半滑舌鳎样本进行测序,产生的高质量序列数据量为55.12Gb,共获563109个高质量的SNP位点用于遗传多样性分析。通过SNP分析遗传多样性发现,野生群体的遗传多样性略高于养殖群体,个别养殖群体高于野生群体,说明近年来增殖放流对野生群体的遗传多样性有所影响,遗传距离最远的是天津野生群体和河北养殖群体。在种群分化方面, 6个群体间不存在明显分化,尚未形成明显的地理隔离,不过聚类分析还是可以把野生群体和养殖群体分成两个亚群。本研究发现了一些高分化位点,计划通过设计引物扩增该段序列找出能够区分野生和养殖群体的候选标记。     

皱纹盘鲍野生与养殖群体遗传多样性的研究

用随机扩增多态DNA（RAPD）技术,对山东长岛（CW）、辽宁大连（DW）两个野生群体和山东崆峒岛（KC）一个养殖群体的皱纹盘鲍遗传多样性进行了分析.结果表明,CW和DW群体间的遗传距离为0.170 3,CW和KC群体间的遗传距离为0.367 3,DW和KC群体间的遗传距离为0.347 7,显示野生群体与养殖群体之间的亲缘关系已发生了变化.CW,DW和KC三个群体的多态位点比例分别为49.22%、50.78%和43.75%;平均杂合度分别为0.350 6,0.340 8和0.307 9.与野生群体相比,养殖群体的多态位点比例和杂合度都有不同程度的降低.     

大黄鱼野生与养殖群体遗传结构的比较研究

采用垂直板型不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对福建野生与养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)4个群体(湄洲野生群体、宁德野生群体、宁德养殖群体、连江养殖群体)的遗传结构进行了比较研究。结果表明,4个大黄鱼群体的平均每位点有效等位基因数为1.1250～1.1293,多态位点百分数为12.50%～18.75%,观察杂合度为0.1250,期望杂合度为0.0636～0.0677。湄洲湾野生群体的遗传多样性高于养殖群体。4个大黄鱼群体间的遗传分化很低,4个大黄鱼群体间遗传距离在0.0000～0.0001,平均遗传距离为0.0005,遗传分化系数(Fst=0.0004)低,基因流(Nm=609.6667)大。     

半滑舌鳎和塞内加尔鳎养殖群体遗传变异的RAPD分析

采用RAPD方法对半滑舌鳎和塞内加尔鳎的养殖群体进行遗传变异分析。从78条随机引物中筛选出20条用于群体遗传学分析,2个群体共扩增出260条DNA片段,其中半滑舌鳎187条,塞内加尔鳎180条,片段大小为200-2 000 bp。半滑舌鳎和塞内加尔鳎养殖群体的多态片段比例分别为63.10%和60.56%,Nei的多样性指数和Shannon的信息指数分别为0.266 4和0.237 5,0.385 2和0.349 8。与其它鲆鲽鱼类养殖群体相比,半滑舌鳎和塞内加尔鳎养殖群体的遗传多样性水平略低;2种鱼群体间的遗传相似性系数和遗传距离分别为0.458 3和0.723 1,它们的遗传变异主要来自群体内。     

养殖对曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)群体遗传多样性的影响

采用24条随机引物对曼氏无针乌贼1个野生群体和5代养殖群体共120个个体(每个群体20个个体)进行了RAPD群体遗传多样性分析,共扩增出119个位点,片段大小为400-2800bp,平均每条引物的扩增带数为4.96条。各群体的多态位点数19-24个不等,多态位点比例为13.33%-20.16%,Shannon指数为0.0768-0.1018。6个群体的平均杂合度为0.0825-0.1231,期望杂合度为0.1325-0.1524,平均杂合子偏离指数均为负值,表明存在杂合子缺失的现象。乌贼6个群体遗传分化系数FST值在0.0188-0.2436,其中最大出现在野生群体和第5代养殖群体之间。表明6个群体间遗传分化已基本处于遗传分化中等的范围内,而野生群体和第5代养殖群体之间已接近中等分化的底线。分子方差分析(AMOVA)结果表明,6个群体的遗传变异中有29.34%是由不同群体间的基因差异造成的。而如果将养殖后的5代群体作为一个总的群体,养殖群体内部有19.38%是由群体间的差异造成的。由此可见,养殖后的曼氏无针乌贼群体相比野生群体多样性指数有所降低,且随着养殖时间的增长养殖群体内部开始出现分化。     

福建和广东南部葡萄牙牡蛎养殖群体和野生群体遗传多样性分析

选取10对高多态性、非遗传连锁的微卫星引物对分布于广东和福建南部海区若干葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)养殖群体和野生群体种群进行遗传变异分析。3个养殖群体分别采样于福建漳浦(zp1)、广东饶平(zp2)和广东惠州大亚湾(zp4),一个野生群体采样于福建漳浦(zp3)。结果表明无论养殖群体还是野生群体,其种群遗传多样性均较高:3个葡萄牙牡蛎养殖群体期望杂合度为0.769~0.857,野生群体期望杂合度为0.878;3个养殖群体的观测杂合度为0.410~0.518,野生群体为0.641;3个养殖群体基因多样性为0.769~0.820,野生群体为0.878,表明尚未存在种质衰退问题。4个群体间出现显著分化,表明这几个群体间基因交流有限。养殖群体的遗传多样性低于野生群体,提醒要提防葡萄牙牡蛎资源的种质衰退。     

日本对虾野生种群和养殖种群遗传结构的RAPD标记研究

于１９９７年４月在福建和山东青岛分别采集地虾野生种群和养殖群体的样品,采用ＲＡＰＤ标记技术对其遗传结构进行初步研究。用２０个随机引物在野生种群和养殖群体中分别扩增出１５７和１５３条ＤＮＡ片段,其中多态性段数分别为８５和５８条,多态性片段的比例分别为５４．１４％和３７．９１％,平均杂合度分别为０．２５１７和０．１３４３。     

长江、黄河、辽河水系中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析*

我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域, 经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明：(1) 29个SSR标记共检测到943个等位基因,各位点等位基因数在11-52之间, 平均为32.52个; 各位点的平均观测和期望杂合度分别为0.723和0.876,仅5个位点处于Hardy-Weinberg平衡中;各位点平均多态信息含量(PIC)为0.864,其中28个为高多态性位点(PIC>0.5)。(2) 6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(H_O=0.702-0.744);香农信息指数(I,介于2.566-2.661)显示6群体的遗传多样性水平依次为：长江野生>长江养殖>黄河野生>辽河养殖>黄河养殖>辽河野生。(3)方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体遗传分化指数F_ST仅为0.0008-0.0050,群体间的遗传分化处于较低水平(F_ST<0.05);基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类结果显示,长江野生群体单独聚为一支, 其余5群体共同聚为大一支, 其中长江养殖群体、黄河野生群体与黄河养殖群体聚为一小支,辽河野生群体和养殖群体聚为另一小支。(4) 瓶颈效应分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低。群体遗传结构分析显示显示,6种群内个体的遗传组成混杂,不能根据其遗传结构划分出最佳理论群体数。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。     

长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析

我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域,经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明:(1)6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(Ho=0.702—0.744),香农信息指数(I)显示6群体的遗传多样性水平依次为:长江野生长江养殖黄河野生辽河养殖黄河养殖辽河野生。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体间的遗传分化处于较低水平(FST0.05);(3)瓶颈效应和遗传结构分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低,且6种群内个体的遗传组成混杂。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。     

黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析

利用40个黄颡鱼微卫星分子标记对吉林省月亮湖野生黄颡鱼(YL,30尾)、四川野生黄颡鱼(SC,30尾)、黑龙江省哈尔滨市松花江段黄颡鱼(SH,18尾)、湖北省荆州市长湖野生黄颡鱼子代(YY,30尾)及其亲本(QQ,30尾)、天津市换新国家级原良种场黄颡鱼1号(TJ,30尾)6个黄颡鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,x2检验估计Hardy-weinberg平衡,采用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源.同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树.6个群体共检测到5042个扩增片段,长度在150-650bp,40个基因座扩增出等位基因数从1-8个不等,共计143个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.575个等位基因.结果显示:(1)6个黄颡鱼群体的多态性指标均适中,PIC在0.00-0.79之间,平均值为0.40、0.37、0.35、0.39、0.35和0.19,有效等位基因数(Ae)1.00-5.44个不等,平均有效等位基因数依次为2.05、2.30、1.93、2.07、1.93和1.47,无偏期望杂合度(He)在0.00-0.83之间,平均值为0.45、0.46、0.36、0.46、0.41和0.23;(2)遗传相似系数YY与QQ遗传相似度最高(0.9947),TJ与SC遗传相似系数最低(0.4846),聚类结果与地理分布呈一定相关性.     

10个菲律宾蛤仔野生群体的遗传多样性研究

对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。     

栉孔扇贝不同种群的遗传结构及其杂种优势

采用来自韩国野生的栉孔扇贝和中国养殖的栉孔扇贝以及发病区存活个体作为亲本 ,构建韩国野生×韩国野生、韩国野生×中国养殖、韩国野生×中国养殖发病区存活个体以及中国养殖×中国养殖共 4个交配组合 ,通过对F1 代个体壳宽、壳高和体重的测量 ,比较不同群体的生长情况。同时采用RAPD技术对F1 代不同群体的遗传结构进行比较 ,研究群体内的遗传变异与杂种优势的关系。结果表明 ,杂交后代具有明显的生长优势 ,说明栉孔扇贝种内不同种群之间存在杂种优势。韩国野生种群和中国养殖群体以及发病区存活群体的遗传距离分别为 0 0 3 6 6和 0 0 0 5 7,以上 4个F1 代群体的平均杂合度的理论值分别为 0 2 83、0 2 6 7、0 2 6 8和 0 2 6 6 ;多态位点比例分别为 0 76 5、0 76 0、0 76 0、0 73 5。表明栉孔扇贝不同地理种群之间存在遗传分化 ,其杂种优势与群体的遗传多样性相关     

大黄鱼野生群体与养殖群体遗传多样性研究

利用线粒体COI 基因序列片段与ISSR 标记方法, 研究江苏海域大黄鱼（Pseudosciaena crocea）野生群体（JS）的遗传多样性水平, 并比较其与浙江（ZJ）、福建（FJ）养殖群体的遗传差异。结果表明： （1）扩增COI 基因序列片段625bp, 3 个群体65 个序列中有15 个单倍型, 群体间有3 ...     

大黄鱼(Pseudosciaena crocea)岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异分析

应用RAPD技术对大黄鱼岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异进行研究,选取15条10bp随机引物,共检测出96个RAPD位点。结果表明,岱衢洋选育群体的多态位点比例为33.33%,平均杂合度为0.3008,Shannon多样性信息指数为0.0879,群体内个体间平均遗传相似系数为0.9079,平均遗传距离为0.0921;官井洋养殖群体的多态位点比例为43.75%,平均杂合度为0.3298,Shannon信息指数为0.1221,群体内个体间平均遗传相似系数为0.8784,平均遗传距离为0.1216。大部分遗传变异(93.52%)存在于群体内,少部分遗传变异(6.48%)存在于群体间。两群体间的Nei氏标准遗传距离为0.0123。以上分析表明,大黄鱼官井洋养殖群体的遗传多样性水平高于岱衢洋选育群体,但两个群体都处于较低的遗传多样性水平,需要对大黄鱼的种质资源进行科学管理和保护,以避免遗传多样性下降。     

Genetic variability of half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis populations using microsatellite markers

Ten highly variable microsatellite loci were performed in order to evaluate the genetic variability of wild and hatchery samples of half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis. A group of 200 genotypes belonging to four wild samples, Laizhou (LZ), Weihai (WH), Qingdao (QD), Rizhao (RZ) and one hatchery sample, Mingbo (MB), were screened. All of the ten microsatellite loci screened in this study showed marked polymorphism. A total of 70 different alleles were observed over all loci. The number of alleles per locus ranged from 4.2 to 10.6. The average of expected and observed heterozygosity ranged from 0.67 to 0.82, and from 0.77 to 0.87, respectively. A total of 10, 16, 10, 11 and 5 unique alleles each were found in LZ, WH, QD, RZ and MB populations. The effective number of alleles varied from 2.87 for HSTS_7 to 6.83 for HSTS-h. The number of average genotypes ranged from 6.0 for HSTS_a to 15.4 for HSTS_h. As compared with the wild populations, the hatchery population, MB, showed significant genetic changes such as fewer alleles per locus (P <0.05), a smaller number of low frequency alleles (P <0.05), a small number of unique alleles and a small number of genotypes (P <0.05), all indicative of a reduction in genetic diversity.     

长牡蛎(Crassostrea gigas)野生与选育群体的微卫星遗传多样性分析

为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas) 2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构, 用21对多态性丰富的微卫星引物对9个长牡蛎群体的269个个体进行了遗传分析。结果显示: 21个微卫星位点共检测出了460个等位基因(N_a),平均等位基因数为21.905; 21个微卫星位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5, 具有高度遗传多态性; 选育群体LY2-K11的遗传多样性最低(N_a=13, I=2.128,H_e=0.831, PIC=0.825), 野生群体KTD的遗传多样性最高(N_a=29,I=3.112, H_e=0.941, PIC=0. 938); 189个群体位点组合有66%偏离哈代-温伯格平衡, 表明这些群体存在一定程度的杂合子缺失; 9个群体间的遗传分化指数(F_st)为0.012~0.064, 处于较低的遗传分化水平; AMOVA分析显示遗传变异主要来自于个体内; PCoA分析结果与UPGMA聚类树一致, LY2-K11群体单独聚为一类, QHD和HD群体聚为一类, 其他6个群体聚为一类。综上所述, 长牡蛎3个选育群体和6个野生群体遗传多样性均较高, 遗传分化水平较低; 选育群体LY2-K11多样性略有下降, 选育过程中应保证亲本的数量及质量, 防止因近交衰退造成遗传多样性降低, 苗种抗逆性变差。该结果将为长牡蛎新品种的选育和野生种质资源的保护提供科学指导。     

脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)3 个野生群体mtDNA 16S rRNA 序列差异及长臂虾科系统进化关系

采用PCR扩增和序列测定等技术,对脊尾白虾3个野生群体共计58个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行初步研究。结果表明,在获得的长度为509bp核苷酸序列中,共检测到7个变异位点、8种单倍型,除象山湾群体外其它两个群体遗传多样性水平都较低。AMOVA分析表明,象山湾与莱州湾群体有显著的遗传差异,其余群体间的遗传差异不显著。另外,将本研究所得序列与GenBank中长臂虾科11个种的16SrRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类略有不同,并依据16SrRNA序列变异百分比推测了长臂虾科12个种的大致分化时间。     

我国沿海不同地理原种文蛤(Meretrix meretrix)的SRAP分析

采用序列相关扩增多态SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)标记对国家级江苏文蛤良种场(筹)保存的广西北海(GX)、江苏南通(JS)、辽宁大连(LN)三个地理种群原种文蛤进行种质资源分析。结果表明:(1)15对引物在文蛤3种群共扩增223个位点,其中多态位点数为159个,多态性位点百分率为71.30%,显示了较高的多态性;(2)GX、JS、LN3种群的多态性位点百分率分别为69.12%、57.81%、51.85%,平均杂合度分别为0.2532、0.2162、0.1836,香农信息指数分别为0.3649、0.3127、0.2714,均以GX种群最高,表明GX种群遗传多样性更为丰富;(3)3种群扩增位点显性基因频率的分布规律揭示,与LN和JS两种群相比,GX种群中低频基因位点显著增加,而隐性纯合基因位点显著减少,表明GX种群中存在大量稀有等位基因。各地理种群原种文蛤遗传多样性水平相对较高,遗传改良潜力大,GX种群作为选择育种的基础群更为适合。