斜带髭鲷养殖群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对广东饶平海水网箱养殖的斜带髭鲷（Hapalogenys nitens Richardson）人工苗养殖群体DNA多样性进行检测。首先从40个引物（S461～S480,S501～S520）中快速筛选出32个引物,它们均能扩增出清晰稳定的DNA片段。再将该32个引物对46尾斜带髭鲷进行RAPD分析,共检测到177个位点,其中多态位点55个（分别由18个引物获得）,占31．07％。由此得出该群体的平均多态性为31．07％,平均遗传差异度为0．089,表明该养殖群体遗传多样性水平较高。     

长江中华鲟遗传多样性变化

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对2000年共30尾长江中华鲟(Acipenser sinensis)幼鲟遗传多样性进行了分析。共用40个10bp长的随机引物,在25个可分析的引物中,只有OPK01,OPK02,OPK03,OPK09和OPK14RAPD-PCR产物有多态现象,多态引物占20%。25个引物共扩增出101条稳定的DNA带。其中12条为多态带,多态座位比例为9.9%。香农遗传多样性指数(H0)为2.6332,遗传多样性指数(H)为0.0261,遗传相似性指数平均为0.9824,遗传距离平均为0.0176。其遗传多样性明显低于葛洲坝截流以前。     

4种笛鲷属鱼类mtDNA的RFLP研究

用RFLP(限制性片段长度多态性,Restriction fragment length polymorphism)技术研究了红鳍笛鲷Lutjanus erythropterus Bloch、紫红笛鲷Lutjanus argentimaculatus Forskal、勒氏笛鲷Lutja-nus russelli Bleeker和约氏笛鲷Lutjanus johni Bloch的遗传多样性关系,检测到4种笛鲷的分子标记。通过差速离心、核酸酶消化、苯酚抽提,从4种笛鲷肝脏组织中分离纯化线粒体DNA(mtDNA),用19种5到6碱基对的限制性内切酶进行单酶、双酶和部分酶切,琼脂糖凝胶电泳,进行了RFLP分析,构建了4种笛鲷mtDNA的物理图谱。红鳍笛鲷、紫红笛鲷、勒氏笛鲷和约氏笛鲷的mtDNA大小分别为17.36±0.09kb、17.58±0.08kb、17.50±0.18kb和17.56±0.12kb。红鳍笛鲷和紫红笛鲷种群间平均mtDNA多态度π为0.106 2,红鳍笛鲷和勒氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.130 5,红鳍笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.151 5,紫红笛鲷和勒氏笛鲷群体间平均mtD-NA多态度π为0.130 3,紫红笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.119 5,勒氏笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.139 4。红鳍笛鲷和紫红笛鲷种群间净遗传距离Pnet为0.102 0,红鳍笛鲷和勒氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.128 5,红鳍笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.149 1,紫红笛鲷和勒氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.127 0,紫红笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.115 7,勒氏笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.137 8。     

香鱼(Plecoglossus altivelis)养殖群体遗传多样性的AFLP分析及性别特异性分子标记筛选

采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术分析了香鱼(Plecoglossus altivelis)养殖群体的遗传多样性,并筛选性别特异性分子标记。结果表明,15对选扩引物组合共扩增到889个位点,其中多态性位点380个,多态率为42.74%;群体Nei氏遗传多样性指数为0.1454,Shannon氏指数I为0.2174。香鱼养殖群体的遗传多样性较丰富,处于中等偏上水平。仅引物组合E-ATG/M-CTG扩增到1条雄性特异性条带,长度为139bp。以该雄性特异性AFLP条带的DNA序列为模板,设计1对特异的PCR引物并在10尾已知性别的香鱼(雌雄各5尾)中扩增检验,结果显示5尾雄鱼均可扩增到目的条带而5尾雌鱼均无扩增。表明该序列是雄性特异性分子标记,可用于鉴别香鱼的遗传性别,并为香鱼的性别决定机制和性别控制研究奠定基础。     

4种笛鲷的线粒体DNA多样性分析

取红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterusBloch)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatusFor-skal)、勒氏笛鲷(Lutjanus russelliBleeker)和约氏笛鲷(Lutjanus johniBloch)肝脏组织,分离纯化其线粒体DNA,用限制性内切酶酶切进行了限制性片段长度多态性分析。在红鳍笛鲷共发现4种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.010 1,其mtDNA多态度为0.002 9。在紫红笛鲷共发现6种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.015 1,其mtDNA多态度为0.005 5。在勒氏笛鲷共发现3种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 6,其mtDNA多态度为0.001 2。在约氏笛鲷共发现5种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 3,其mtDNA多态度为0.002 0。     

羊鲍野生群体遗传多样性与分化的研究

运用随机扩增片段长度多态性DNA标记(RAPD)技术对中国海南省英州、安游和亚龙湾海域的3个羊鲍(Haliotis ovina)野生群体进行遗传多样性与分化的研究.利用14个10bp随机引物,在90个个体中共检测到72个位点,其中英州,安游和亚龙湾群体的多态位点数分别为65,61和62个,多态位点百分数(P)分别为90...     

橙色莫桑比克罗非鱼和荷那龙罗非鱼的AFLP分析

运用AFLP分子标记技术检测了橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）和荷那龙罗非鱼（Oreochromis hornorum）的种群遗传多样性。提取2种鱼的基因组DNA，经EcoR Ⅰ和Mse Ⅰ限制性内切酶酶切并加接头，从16对选扩引物组合中选出3对扩增结果较好的引物进行PCR扩增。扩增产物经PAGE胶电泳、银染，检测其多态性。3对引物在2种罗非鱼的40个个体中共扩增出94条带，其中多态性条带76条，占总扩增条带的80．9％，2个群体的多态性条带比例分别为71．6％和52．4％。根据Nei氏（1978）统计分析得出橙色莫桑比克罗非鱼种群内遗传相似系数为0．765。荷那龙罗非鱼的为0，821，表明2个罗非鱼种群均具有较高的遗传多样性，橙色莫桑比克罗非鱼种群内遗传多样性相对更高些。2种罗非鱼的种间遗传距离为0．279，推测该杂交组合可能具有杂种优势。     

RAPD对圆斑星鲽和条斑星鲽养殖群体的遗传多样性研究

应用RAPD分子标记技术对圆斑星鲽(Verasper variegatus)和条斑星鲽(Verasper moseri)的养殖群体进行群体遗传多样性分析.每个群体各取鱼30尾,并从78条随机引物中筛选出20条用于群体遗传学研究.两个群体共扩增出218条DNA片段,大多数片段大小为250～1500 bp,其中圆斑星鲽185条,条斑星鲽183条.多态片段比例分别为56.76%和64.48%,Nei的多样性指数和Shannon的信息指数分别为0.232 2和0.278 1、0.339 1和0.398 9.这两种星鲽养殖群体间的遗传相似性系数和遗传距离分别为0.672 0和0.397 5.     

几种紫菜种质资源遗传多样性的RAPD分析

用随机多态DNA(RAPD)标记方法对11个紫菜(Porphyra)样品进行遗传多样性检测,从46个随机引物中筛选出27个有效引物,共扩增出282条DNA带,其中多态位点224个,占79．4％。用类间平均链锁法对各样品间的遗传距离进行聚类分析。结果显示,2个条斑紫菜之间的亲缘关系很近,遗传相似系数达98．1％,和坛紫菜的亲缘关系较远;坛紫菜不同样品间的遗传相似系数在75．8％～90．6％之间,表明坛紫菜种质资源具有丰富的遗传多样性,是良种选育的遗传基础。     

大弹涂鱼自然种群遗传多样性的RAPD分析

2002年9月以采自浙江宁海三门湾海区的大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris L．)为材料,对大弹涂鱼自然种群的遗传多样性进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,20个引物共扩增出100个DNA片段,多态位点比例(P)为21％,任意两个个体间遗传相似度(F)最大为0．9938,最小为0．9239,平均为0．9645。任意两个个体间的遗传距离(D)最大为0．0761,最小为0．0062,绝大多数为0．02000～0．0500;大弹涂鱼自然种群的平均杂合度(He)为0．2018,D平均值为0．0355;Shannon多样性指数(Ho)和Shannon多样性值(H)分别为5．918和0．0592。研究结果表明大弹涂鱼的遗传多样性水平比较低,应加强大弹涂鱼种质资源的保护。     

栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究

采用PCR技术扩增了栉孔扇贝（Chlamys farreri)线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经T载体连接之后进行了克隆，测序，得到634bp的核苷酸序列；分析了该片段的大连，烟台，青岛，朝鲜4个自然群体31个个体的核苷酸序列多态性，共检测到26个多态性核苷酸位点，18种单倍型，结果表明，4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高，其次为烟台，青岛群体，大连群体最低；不同自然分布区的栉孔扇贝未出现明显的遗传分化。     

基于16S rRNA 部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系

通过PCR扩增获得了3科5属6种中国黄渤海海域的鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体16S rRNA基因序列片段约669bp碱基,结合来自 GenBank的5种鳚亚目其他科鱼类的相应基因片段,并以眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树.结果显示:在鳚亚目鱼类的16S rRNA 片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有207 bp变异位点,转换/颠换值为0.8,碱基平均差异为3.36;支持绵鳚(Enchelyopus elongates)归于鳚亚目绵鳚科(Zoarcidae),鳚(Azuma emmnion)归于鳚亚目线鳚科(Stichaeidae);方氏云鳚(Enedrias fangi)和云鳚(Enedrias nebulosus)种间遗传距离只有0.01,亲缘关系最近.     

白斑综合症病毒(WSSV)的宿主调查

用地高辛 (DIG)标记的WSSVDNA探针斑点杂交与原位杂交技术 ,在中国对虾、斑节对虾、南美白对虾、刀额新对虾、脊尾白虾、天津厚蟹、日本大眼蟹体内检测到了WSSV ,它们是WSSV的天然宿主 ;在经人工感染的哈氏美人虾、短脊鼓虾、克氏原螯虾、肉球近方蟹、滕壶体内检测到了WSSV ;在球形侧腕水母、病虾池的桡足类等浮游生物、卤虫无节幼体以及人工浸泡感染卤虫成体体内没有检测到WSSV。经原位杂交检测 ,虾类的甲壳下上皮、胃上皮、附肢、造血组织、鳃等组织器官均可被WSSV侵染 ,其中甲壳下上皮和鳃对WSSV敏感 ;蟹类的甲壳下上皮和鳃对WSSV敏感 ;在中国对虾、南美白对虾、脊尾白虾、注射感染的克氏原螯虾的精巢中 ,精荚的结缔组织细胞和血细胞呈阳性 ,在中国对虾、脊尾白虾以及注射感染的短脊鼓虾的卵巢中 ,结缔组织细胞和滤泡细胞被WSSV感染。     

Genetic analysis of selected Sargassum fusiforme (Harvey) Setchell (Sargassaceae,Phaeophyta) strains with RAPD and ISSR markers

Since the 1980s,Sargassum fusiforme has been cultivated in Zhejiang,South China,and nowadays it becomes one of the important commercial seaweeds in China.With traditions of eating habits in the East Asian countries,this brown alga is used as food,because it contained functional oligo/polysaccharides and chemical components,and was regarded playing roles in antioxidant activities and regulating immunology.Through over 15 years’selection,breeding and cultivation,we obtained three strains with good traits and testified their characters during the production,which included the cultivars with high yield and other two good characters,either all the selected strains were applied in the Sargassum production.To avoid confusion during the selection and nursery,it was preferred to establish one fingerprint for distinguishing the Sargassum cultivars from different strains.Random amplified polymorphic DNA(RAPD)and inter-simple sequence repeat(ISSR)methods were adopted to analyze the genetic diversities of the selected S.fusiforme strains.With that,one fingerprint with RAPD markers was constructed,and one sequence characterized amplifi ed region(SCAR)marker to S.fusiforme was obtained.It is indicated that the applied fingerprint could be valid in S.fusiforme genetic and germplasm justification,and will be positive to molecular marker assistance in its selection and cultivation.     

海岸环境中两类软质微塑料表面生物膜DNA的提取方法比较与优化

微塑料因粒径小、比表面积大,可作为重金属、有机污染物以及病原微生物的载体。已有研究表明,微塑料表面附着的微生物主要以生物膜的形式存在。本研究以山东省海岸带环境中常见的两类软质塑料——发泡类聚苯乙烯（expanded polystyrene,EPS）和聚乙烯薄膜（polyethylene films,PE）为研究对象,比较了MP FastDNA®和MOBIO PowerSoil®两种DNA提取试剂盒对微塑料表面生物膜DNA的提取效果,探讨了不同的微塑料粒径和数量对DNA提取效果的影响。结果表明,MP FastDNA®试剂盒对两种软质微塑料表面生物膜DNA的提取浓度显著低于MOBIO PowerSoil®试剂盒（1.0~12.5倍）。采用MP FastDNA®试剂盒提取的PE表面DNA的浓度约为EPS的1.3~4.4倍。当微塑料数量不大于20片时,小粒径（1~3 mm）的EPS表面生物膜DNA浓度显著高于大粒径（3~5 mm） EPS,而对于PE薄膜则相反。对于两种粒径的EPS,微塑料表面DNA浓度均随着微塑料数量的增加而显著增加,但对于小粒径（1~3 mm）的PE薄膜,DNA浓度随微塑料数量的增加呈先增后减的趋势;而大粒径（3~5 mm）的PE薄膜表面DNA浓度随微塑料数量的增加而降低。微塑料的粒径和数量对其表面DNA提取效果影响的差异与微塑料的类型及其理化性质有关。本研究可为海洋与海岸环境中微塑料表面微生物群落组成与多样性研究提供方法支撑。     

凡纳滨对虾引进亲虾及其子一代的遗传多样性研究

采用Operon公司的16个引物对两个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进亲本群体及其子一代对虾的基因组DNA多态性进行了检测。第一个亲虾群体对16个引物共获得78个位点,其中多态位点数为48个,占61.54%;其子代对虾共获得89个位点,其中多态位点数为50个,占56.18%。第二个亲虾群体对16个引物共获得97个位点,其中多态位点数为49个,占50.52%,其子代对虾共获得93个位点,多态位点数为28个,占30.11%。单个引物获得的标记数为1～8个。第一个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别是0.1959±0.0392和0.1435±0.0268;第二个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别为0.0922±0.0189和0.0621±0.0148。两个亲本群体间的遗传距离为0.6546±0.0794,两个子代群体间的遗传距离为0.7087±0.0656。在OPF-09、OPZ-11两个引物的扩增结果中,发现两个亲本群体及其子代有差异标记。     

用RAPD技术对养殖环境溶藻弧菌遗传多样性的研究

利用RAPD技术对不同宿主，不同环境分离的8个溶藻弧菌Vibrio alginolyticus株系进行了遗传多样性分析，8个引物共获得了46条多态性条带，将8个株系分为3个类群，不同宿主（石斑鱼Einephelus fario和凡纳对虾Penaeus vannamei)，不同环境及药物处理前后的株系之间有很高的遗传多样性，使用药物后，溶藻弧菌株系遗传多样性和基因型发生了明显的变化，而同一环境和同一时间分离的菌株之间有较高的同源性。从患病石斑鱼上分离到的致病朱与非致病株有极高的相似性，但有一个约2kb的条带的差异，该差异条带可能与溶藻弧菌的致病性相关。     

两种海蜇毒素的分子标记研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了8种同工酶在海蜇的刺胞和中胶层的表达特异性,利用RAPD技术对海蜇刺胞组织的DNA标记进行研究。结果表明,作为生物体防御清除自由基的SOD,在刺胞和中胶层均有表达。而与酯类化合物代谢相关的EST、维持细胞正常的能量代谢的ATPase,能在海蜇和口冠海蜇的刺胞中表达,而不能在中胶层中表达,所以,EST和ATPase可作为刺胞毒素的分子标记。碳水化合物代谢中重要的酶类MDH和ADH、清除细胞内H2O2的POD、催化磷酸单酯水解的重要酶类(与磷脂的转移、消化、吸收等活动密切相关的)ACP、在体外碱性环境下能水解有机磷脂键而产生一个有机基团和无机磷酸根的ALP,这5种酶仅在毒性较强的口冠海蜇刺胞中表达,MDH和ACP活性很高,在毒性相对较弱的海蜇刺胞中不表达。所以,这5种酶可作为海蜇毒性强弱的标记。以两种海蜇刺胞DNA为模板,S11、S32、S38、S95等4个随机引物的RAPD谱图差异明显,亦可作为毒素强弱的间接分子标记。