三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究

本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。     

烟台海域暴发浒苔ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。     

日本绒螫蟹放流群体12S rRNA序列研究

参考果蝇与蚤状溞序列进行了日本绒螯蟹放流群体的线粒体DNA 12S rRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定,得到457bp的碱基序列,其A、T、G、C含量分别为158bp(34.57%)、178bp(38.95%)、51bp(11.16%),70bp(15.32%),与果蝇与蚤状相同基因片段序列含量相似.     

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。     

日本(虫寻)和底栖短桨蟹线粒体DNA 12SrRNA基因序列的初步研究

以相应引物对日本和底栖短桨蟹的线粒体 DNA1 2 S r RNA基因片段进行了 PCR扩增和序列测定 ,分析比较了 2种间序列差异。结果表明 :日本 1 2 S r RNA基因片段长度为 41 4 bp,底栖短桨蟹为 41 5bp,2种的 A,T,G,C含量分别为 1 51 bp(36.47% ) ,1 53bp(36.96% ) ,43bp(1 0 .39% ) ,67bp(1 6.1 8% )和 1 50 bp(36.1 4 % ) ,1 55bp(37.35% ) ,44bp(1 0 .60 % ) ,66bp(1 5.90 % )。 2种间共出现了 3个碱基的缺失 /插入和 38bp的序列差异 ,其碱基转换与碱基颠换比约为 2 .1 7。     

6种鳗鲡(Anguilla)线粒体DNA COⅠ序列的比较研究

采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅠ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅠ基因片段的长度都为652bp,4种碱基组成非常相似,并且A+T的含量都大于G+C的含量。6种鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列之间有105bp的差异,其中有18处发生碱基颠换,87处发生碱基转换。非洲鳗鲡和欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最大为54bp,同源性为91.72%,而美洲鳗鲡与欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最小为24bp,同源性为96.32%。     

长耳珠母贝核rRNA基因ITS-2序列分析

以相应引物聚合酶链式反应(PCR)扩增长耳珠母贝(Pinctada chemnitzi)核核糖体RNA基因第2转录间隔区(ITS-2),PCR产物大小约500bp,经克隆、测序,所得序列包含5．8S和28SrRNA基因部分序列和ITS-2全序列,4种碱基含量分别为27．11％(A)、24．95％(G)、21．26％(T)和26．68％(C)。5个克隆的DNA序列差异为0．0％-0．4％,不存在个体内变异。对其潜在应用进行了讨论。     

羊鲍(Haliotis ovina)和耳鲍(H.asinina)MtDNA COⅠ和COⅡ基因片段序列的比较研究

采用基因测序的方法,对我国海南产的羊鲍和耳鲍两个自然种群的COⅠ和COⅡ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,羊鲍和耳鲍COⅠ基因片段的核苷酸序列均为193bp,4种碱基组成非常相似,且其A T的含量也非常相似,分别为45.08%和45.60%。羊鲍和耳鲍COⅠ基因片段的核苷酸序列之间有29bp的差异,其中有8处发生碱基颠换,21处发生碱基转换,差异为15.03%,同源性为84.97%;羊鲍和耳鲍COⅡ基因片段的核苷酸序列均为157bp,羊鲍和耳鲍4种碱基组成差异较大,且其A T的含量也不同,分别为59.24%和55.41%。羊鲍和耳鲍COⅡ基因片段的核苷酸序列之间有19bp的差异,其中3处发生碱基颠换,16处发生碱基转换,达到12.10%的差异,同源性为87.90%。分子变异分析表明羊鲍和耳鲍物种间的变异组成为0.50,变异百分数为100.00,羊鲍和耳鲍物种间的遗传分化显著(FST=1,P<0.001)。     

6种鳗鲡（Anguilla）线粒体DNA COⅡ基因序列分析及其系统发育

采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅡ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅡ基因片段的长度都为412bp,4种碱基组成非常相似,并且A＋T的含量都大于G＋C的含量。6种鳗鲡COⅡ基因片段核苷酸序列之间有46bp的差异,其中有6处发生碱基颠换,40处发生碱基转换。非洲鳗鲡（Anguilla mossam...     

中国花鲈细胞色素b基因片段的序列研究(英文)

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

Application of the first internal transcribed spacer(ITS-1) of ribosomal DNA as a molecular marker to population analysis in farrer''s scallop Chlamys farreri

Sequence variation of the first internal transcribed spacer of ribosomal DNA （ ITS - 1 ） was examined and its application to the study of genetic variation was explored in four populations of farter＇ s scallop Chlamys farreri. ITS - 1 fragments, with a length of about 300 bp,of 78 individuals collected from Dalian, Qingdao, Yantai in China and Korea respectively were amplified via PCR, cloned and sequenced. Intra-genomic variation was examined by sequencing several clones of single individuals. Alignment and polymorphism analysis detected 44 haplotypes and 50 polymorphic sites which consist of 30 substitutions and 20 indels, indicating a high level of polymorphisms. Sequence analysis also showed a very low level of intra-individual variation. All these features validated the feasibility of application of ITS - 1 fragment to population analysis. Polymorphism analysis showed that the Korea sample has the richest genetic variation, followed by Yantai and Qingdao samples. AMOVA （analysis of molecular variance） showed that the majority （96.26%） of genetic variation was distributed within populations and 3.74% resulted from among populations, but with P 〈 0.05 （ = 0.042）, indicating that the populations in this study have significant divergence. This output was basically concordant with the result arising from RAPD data and different from that from mitochondrial 16S rDNA sequence data. Discussion on this inconsistency was made accordingly.     

几种海水贝类甲醛浸渍标本DNA的提取及rRNA基因ITS序列的扩增

从中国科学院海洋生物标本馆收藏的8种甲醛浸渍的海水贝类标本中提取DNA并对其rRNA编码基因的ITS序列进行特异性扩增,在牡蛎Crassostrea sp．、长肋日月贝Amussium pleurondectes (Linnaeus)、扇贝Volachlamys ringaporinug(Sowerby)与华贵栉孔扇贝Chlamys nobilis(Reeve)等4个物种的标本中成功获得扩增产物。利用图片分析软什得出牡蛎标本的ITS-1和ITS-2扩增片段分别为408bp和524bp,长肋日月贝标本分别521bp和537bp,而扇贝Volachlamys ringaporinug(Sowerby)与华贵栉孔扇贝标本只获得ITS-1扩增片段,长度均为545bp。     

魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景

魁蚶（Ｓｃａｐｈａｒｃａｂｒｏｕｇｈｔｏｎｉｉ）是蚶科贝类的一种大型经济种类，主要分布于我国、日本和朝鲜半岛及俄罗斯东南部沿海。在我国，主要分布于辽宁、河北和山东沿海，生活在３～５０ｍ（多为２０～３０ｍ）水深的软泥或泥沙质海底，是我国北方沿海重要的经济贝类之一。但但有有关关其其自自然然群群体体的的遗遗传传变变异异及及群群体体间间遗遗传传分分化化等等方方面面的的研研究究不不多多 ;;同同时时，，作作者者和和日日本本研研究究者者发发现现，，中中国国、、韩韩国国和和日日本本魁魁蚶蚶群群体体在在形形态态和…     

中国沿海长蛸(Octopus variabilis)自然群体线粒体COI基因遗传多样性研究

对我国沿海5个自然群体长蛸的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得658bp核苷酸片段,其中碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.02%、18.46%、30.15%和14.35%,AT的含量明显高于GC的含量。5个自然群体的长蛸中共发现18个变异位点,得到15个单倍型,包括4个共享单倍型,其中青岛群体的核苷酸差异数K以及平均核苷酸多样性指数Pi最高,烟台群体最低;群体间,青岛群体在群体间核苷酸差异数K、群体间平均每位点核苷酸替代数Dxy和群体间每位点净核苷酸替代数Da三个指标上都表现出比其它群体之间较高的水平,说明青岛群体具有最为丰富的遗传多样性。MEGA3.1软件计算5个群体间的Kimura2-paramter遗传距离,大连群体和青岛群体之间的遗传距离最远为0.0077,而大连群体与烟台群体之间的遗传距离最低,为0.0029。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.17410(P0.05),群体间遗传分化远小于群体内。NJ法和UPGMA法构建的分子进化树,5个地理群体的长蛸聚为两个族群,大连、烟台群体聚为一族群,青岛、连云港和舟山群体聚为另一族群。     

Molecular identification of ascaridoid nematodes from the deep-sea onion-eye grenadier (Macrourus berglax) from the East Greenland Sea

Macrourus berglax from the East Greenland Sea was studied for the presence of ascaridoid nematodes in 2001, 2002 and 2003. The fishes were collected between 278 and 413 m water depth using a benthopelagic net. Based on the amplification of the internal transcribed spacer ITS-1, 5.8S, ITS-2 and flanking sequences (=ITS+), three ascaridoid nematode species were identified. The prevalence of infestation during the 3 years ranged from 42.9% to 62.9% and 22.9% to 40.0% for the anisakids Anisakis simplex (s.s.) and Pseudoterranova decipiens (s.s.), respectively, and from 28.6% to 60.0% for the raphidascarid Hysterothylacium aduncum. A total of 18 specimens, two of each species and examination year, revealed no sibling species, suggesting a limited distribution of other ascaridoid siblings into the deep sea. The ITS-1, 5.8S and ITS-2 sequences of A. simplex (s.s.) from the East Greenland Sea did not differ from previously published sequence data (GenBank) from other regions in the Atlantic and Pacific oceans. The sequences of P. decipiens (s.s.) corresponded most closely to those of specimens from Richardson Bay, western Pacific, and differed in four positions (0.5%). They corresponded least to those of specimens from Japan (1.5%). The sequence data for H. aduncum differed in two positions in the ITS-1 (0.2%) and three positions in the ITS-2 (0.3%) from sequences from Japan. A high genetic similarity between the regions can be explained by (a) extensive final host migration in the case of A. simplex (s.s.), (b) an overlapping distribution of final host populations along the continental shelves for P. decipiens (s.s.) and (c) a low host specificity and large population size in the intermediate and final hosts for H. aduncum. The occurrence of the identified species in the macrourid fish underlines the potential of cosmopolitan ascaridoid nematodes to distribute not only horizontally but also vertically in the deep sea.     

不同流域光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)子一代及其亲本的线粒体COI 基因遗传变异分析

对2 组光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)杂交子一代(长江♀×北江♂子一代, 北江♀×长江♂子 一代)及其亲本(北江♀、♂, 长江♀、♂)的线粒体COI 基因序列进行了分析。在18 个样品中共检测到 8 个单倍型和35 个核苷酸多态位点。通过序列差异分析和遗传距离比较发现, 核苷酸序列同源性在 98.1%-99.9%之间, 遗传分化不明显。杂交子一代的5 个单倍型与其母本的2 个单倍型的核苷酸同 源性在99.4%-99.8%之间。而与父本的同源性分别为98.5%、98.2%、98.2%、98.4%、98.1%.实验 结果表明两种杂交子一代的线粒体 COI 基因严格遵循母性遗传规律。     

富含古罗糖醛酸的褐藻多糖生产菌株的构建

为获得古罗糖醛酸(Guluronate)含量高的细菌胞外褐藻多糖,利用PCR从海洋细菌Pseudomonassp.QDA中克隆了其甘露糖醛酸C-5差向异构酶基因(algG),连接入质粒pMF 54Km,构建了重组表达载体pMF54 Km-algG。利用三亲接合法将pMF54 Km-algG转入菌株QDA中,获得algG过量表达重组菌株QDA-G1。H-NMR测定结果表明,QDA-G所产的褐藻多糖中β-D-甘露糖醛酸(M)与它的C-5差向异构体α-L-古罗糖醛酸(G)的比值为0.38,G的质量分数达到74.2%,比野生菌株QDA提高了26.4%。且重组菌株遗传稳定性良好,连续传代20代后,M/G的比值无明显变化。