香港牡蛎糖原合酶与糖原磷酸化酶基因多态性研究及糖原含量性状相关分子标记挖掘

香港牡蛎是我国南方沿海地区的主要经济贝类,糖原含量是衡量其品质高低的重要指标之一。本研究在转录组测序基础上,以三墩群体(SD,60只个体)和大风江群体(DFJ,90只个体)为研究对象,采用ELISA方法检测每个香港牡蛎糖原含量,并利用片段长度差异等位基因特异性PCR (Fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)技术开展糖原合酶和糖原磷酸化酶基因多态性研究,开发单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记。结果共开发25个SNPs,其中4个SNPs (Ch_GS680,Ch_GS1248,Ch_GP992和Ch_GP1962)在实验群体中分型成功,SPSS关联分析显示SNP位点Ch_GS680与糖原含量显著关联(P<0.05),暗示其可作为香港牡蛎糖原含量性状的潜在分子标记,研究结果为高糖原含量香港牡蛎新品种的分子标记辅助选育奠定了基础。     

长牡蛎基因组微卫星引物的开发和特性描述

长牡蛎于20世纪80年代从日本引进中国.在我国,长牡蛎已经成为重要的贝类养殖产业之一.本实验从全基因组上筛查微卫星序列,在微卫星筛查的范围、数目和类型上是传统的富集文库法开发微卫星所无法比拟的.利用基因组微卫星序列总共设计了104对引物,54对引物能扩增出目的片段,其中有34对引物显示多态性扩增,占32.7％,20对引...     

长牡蛎转化生长因子受体基因多态性与生长性状和糖原含量的相关性分析

本研究采用PCR-SSCP技术,对长牡蛎(Grassostrea gigas)转化生长因子受体基因(Cg-TGF-βRⅠ)编码区单核苷酸多态性(SNP)与来自5个家系316个长牡蛎个体的生长性状(壳高、壳长、壳宽、总体量和软体部量)和糖原含量进行了关联分析。研究表明,在Cg-TGF-βRⅠ基因编码区扩增出的671bp基因片段中检测到4个SNP,其中3个SNP位点(T726C,A741G,A786G)与经济性状相关;A741G和A786G与生长性状和糖原含量均存在显著相关性(P0.05),T726C仅与壳长和软体部重有显著相关性(P0.05);3个SNP位点构建得到5个单倍型,H1(TAG)和H4(CAG)单倍型的个体在总体重和软体部重上均显著高于其它3种单倍型的个体。研究结果表明,Cg-TGF-βRⅠ基因多态性影响长牡蛎的生长性状和糖原含量,可用于以后的长牡蛎的分子标记辅助育种和遗传性状的改良。     

贝类全基因组遗传育种评估与分析系统的开发

为在贝类育种工作中推广应用准确率高于传统系谱资料最佳线性无偏估计方法的全基因组选择育种评估技术,以实现全基因组选择算法的MixP软件为核心,结合国内贝类育种项目研究,本研究设计开发了一套以网站服务形式为基础的基因组选择网络育种平台。该系统在Ubuntu Linux环境下使用MySQL数据库和基于Java编程语言的服务器端动态页面(Java Server Pages,JSP)技术开发完成,主要包括系统公告、综合查询、信息维护、任务管理、育种评估、选种选配等6个功能模块,能够完成数据模拟,性状测量记录的储存和查询,遗传参数估计,分子标记效应估计从而计算基因组估计育种值,以及选种选配方案定制等主要工作。系统在可行性测试中分析了98个栉孔扇贝,包括2个亲本和96个子代的壳长数据和基因型信息,计算出分布于全基因组的单个苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)分子标记效应以及个体的估计育种值,并简单计算出估计育种值与表型值的相关系数为0.703 9。这些结果表明系统运行正常。该系统在贝类育种工作中的推广和应用能够有效提升行业的整体技术水平,推动中国贝类育种工作的发展。     

滤食性贝类对养殖海区环境影响的研究进展

贝类是世界海水养殖的重要组成部分,目前已形成产业的养殖种类多达30余种[4]。以牡蛎养殖等为代表的贝类养殖业,在国内外均有悠久的历史。贝类养殖形式主要有3种:潮间带和潮下带的底播养殖、潮间带插桩养殖和浅海筏式养殖。贝类养殖发展规模日趋扩大,但由于忽视长远的生态效益和社会效益,使得某些海区自身污染加重,生态系统失衡,对养殖海区的影响也逐渐引起了人们的重视。有关滤食性贝类自然种群对海区影响的研究始于50年代,主要研究的对象是贻贝(Mytilusedulis,Pernacanaliculus等)、牡蛎(Crassostreavirginica等)和扇贝(Chlamysislandic…     

我国海水贝类养殖低碳效应评价

食物生产系统的碳排放占人类活动碳排放总量的 30%, 碳汇渔业是一种重要的面向人类社会高质量食物蛋白质供给 的低碳发展路径。本文基于常见的 11 种养殖贝类的固碳系数和蛋白质含量特性研究,系统评估了我国2019 年养殖牡蛎 、蛤 类、扇贝、贻贝和蚶类等在养殖周期内碳捕集特性以及对低碳发展的贡献。研究表明： (1) 11 种养殖贝类之间贝壳和软体 组织含碳量的差异并不明显,但干重比和出肉率差异显著。因此,贝类固碳量核算不能忽视种类差异。 (2)所选 11 种贝类 软体组织皆属于高蛋白食品,虾夷扇贝软体组织 (干重) 的蛋白质含量最高。针对单位质量贝类养殖,长牡蛎的碳封存贡献 度最大,而华贵栉孔扇贝提供的蛋白质最多,两者都是碳汇渔业的优势种。(3) 据估算,我国2019 年海水养殖贝类中牡蛎、蛤 类 、扇贝和蚶类总共吸收固定了约 117.98 万吨 C02,提供了 40.65 万吨蛋白质 。这些蛋白质相比于牛肉源蛋白质可减少 4 048.74 万吨 C02 当量的排放量。由于贝类固碳强度大,探索低碳可持续的贝类养殖是绿色渔业经济的重要引擎, 也是建立可持续高质量“蓝色粮仓”和生物固碳的重要路径, 将在我国低碳产业发展中发挥重要作用。     

缢蛏糖原磷酸化酶基因多态性与糖原含量的关联分析

为探究缢蛏糖原磷酸化酶基因(Sc-GPH)与糖原含量的关系,本研究克隆获得Sc-GPH cDNA全长,检测其在不同组织、不同月份的表达模式,并在Sc-GPH基因编码区筛选与糖原含量关联的SNP位点.结果表明,Sc-GPH cDNA全长为3963 bp,开放阅读框为2541 bp,编码846个氨基酸;氨基酸序列多重比对和系统发育树显示,缢蛏与欧洲大扇贝、虾夷扇贝、长牡蛎等贝类亲缘关系较近,而与哺乳类、甲壳类、昆虫类亲缘关系较远.实时荧光定量PCR结果显示,Sc-GPH在8个组织中均有表达,其中在外套膜和足中表达量最高(p<0.01),推测与其糖原存储能力有关;不同月份的缢蛏外套膜和足中,Sc-GPH在8月表达量最高,而此时糖原含量较低,说明Sc-GPH的表达可能受缢蛏生殖周期的影响.以缢蛏"甬乐1号"群体为实验材料,在Sc-GPH基因编码区筛选到4个与糖原含量相关SNP位点,其中c.930T>C位点在台州野生群体中得到进一步验证,该位点为高糖原缢蛏分子标记辅助选育提供了候选标记.     

缢蛏糖原磷酸化酶基因多态性与糖原含量的关联分析

为探究缢蛏糖原磷酸化酶基因(Sc-GPH)与糖原含量的关系,本研究克隆获得Sc-GPH cDNA全长,检测其在不同组织、不同月份的表达模式,并在Sc-GPH基因编码区筛选与糖原含量关联的SNP位点.结果表明,Sc-GPH cDNA全长为3963 bp,开放阅读框为2541 bp,编码846个氨基酸;氨基酸序列多重比对和系统发育树显示,缢蛏与欧洲大扇贝、虾夷扇贝、长牡蛎等贝类亲缘关系较近,而与哺乳类、甲壳类、昆虫类亲缘关系较远.实时荧光定量PCR结果显示,Sc-GPH在8个组织中均有表达,其中在外套膜和足中表达量最高(p<0.01),推测与其糖原存储能力有关;不同月份的缢蛏外套膜和足中,Sc-GPH在8月表达量最高,而此时糖原含量较低,说明Sc-GPH的表达可能受缢蛏生殖周期的影响.以缢蛏"甬乐1号"群体为实验材料,在Sc-GPH基因编码区筛选到4个与糖原含量相关SNP位点,其中c.930T>C位点在台州野生群体中得到进一步验证,该位点为高糖原缢蛏分子标记辅助选育提供了候选标记.     

长牡蛎(Crassostrea gigas)中ChIP-seq 方法的建立

染色质免疫共沉淀技术(ChIP)作为研究DNA 结合蛋白与DNA 相互作用最有力的工具, 越 来越受到重视。但目前该技术在牡蛎等贝类中的应用尚未见相关报道。为了研究长牡蛎早期胚胎发 育过程中表观遗传信息的变化模式, 本文在长牡蛎胚胎中探索并建立了一套完整的染色质免疫共沉 淀方法, 构建了高质量的高通量测序文库, 首次获得了牡蛎全基因组水平的组蛋白H3K4me3 修饰分 布, 从而为研究牡蛎的表观遗传调控奠定了基础。     

贝类养殖风险控制体系建设的基本构想

随着贝类养殖技术的提高,贝类养殖种类与养殖方式日趋多元化,养殖规模逐步扩大,养殖产量不断增加,现已成为中国水产养殖的重要组成部分。基于对中国贝类养殖发展现状的分析,将贝类养殖风险归纳为自然、生态、经济社会与技术风险等四类,并对四大风险的来源进行了深入分析,提出了建立贝类养殖"一体两翼"风险控制体系的基本构想。最后,从政府扶持、团队建设、科技攻关、融资等方面提出了保障措施与建议。     

Geomorphology and sediment dynamics of the Liyashan oyster reefs,Jiangsu Coast,China

Oyster reefs and their spatial patterns are deemed to change the local hydrodynamic condition and exert profound impacts on the grain size, concentration and transportation of suspended sediments. Meanwhile, high suspended sediment concentration often results in excess mortality among oysters. Oyster reefs are rare and vital ecosystem in Liyashan national marine park, Jiangsu Coast, China. However, urgent conservation efforts should be made on account of the drastic reduction in reef areas. To investigate the sediment dynamics and the geomorphology, two tripod observation systems were deployed and UAV aerial surveys with elevation measurement using Real Time Kinematic (RTK) were also carried out. High mud content (60%) was found in the bed sediment at the reef ridge, causing much lower drag coefficient than other recorded values of living oyster reefs, indicating the death of oysters and the degradation of reefs in Liyashan. Ridgelines of the string reefs at 45° to the current direction and high suspended sediment concentration in the water body (50–370 mg/L) that exceeds the threshold (200 mg/L), which would affect nutrient uptake efficiency and further result in gill saturation, decrease of clearance rate and associated deposition, were probably crucial causes of the death of oysters. The findings are useful for restoring natural oyster reefs and designing artificial reefs for nature-based coastal defense.     

二倍体和三倍体太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)繁殖前后生化成分及氨基酸组成的比较研究

对太平洋蛎二倍体和三倍体在繁殖前后的几种生化成分和氨基酸组成进行了比较研究，为牡蛎的生理生化研究提供了基础数据。结果显示：太平洋牡蛎的总糖，糖原，脂肪和蛋白的含量与其繁密切相关，二倍体牡蛎在繁殖后的总糖，糖原，脂肪的含量比繁殖前分别降低了24．31％，30．37％，14．91％，三倍体分别降低了9．45％，7．17％，20．29％，而二倍体和三倍体牡蛎粗蛋白的含量在繁殖后较繁殖前分别增高了14．91％，12．285，表明了糖类和脂肪是牡蛎殖能量的主要来源，繁殖前三倍体牡蛎的糖原含量比二倍体高23．30％，繁殖后二倍体糖原含量明显降低，三倍体的糖原含量比二倍体高了73．83％，表明三倍体牡蛎由于可育性低而体内一直保持较高水平的糖原含量，从而在繁殖季节也保持了鲜美的口味。二倍体太平洋牡蛎与三倍体的氨基酸组成和含量的分析比较也表明，二倍体牡蛎的氨基酸组分在繁殖前后变化较大，而三倍体的氨基酸组分相对稳定。     

二倍体和三倍体太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)肉重和生化成分的周年变化

太平洋牡蛎二倍体和三倍体软体肉重和生化成分含量的周年变化表明,牡蛎 软体肉重和３种生化成分含量的变化与牡励繁殖季节密切相关。三倍体周年软体肉重,糖元和脂类含量均比二倍体高,水分含量比二倍体低,三倍体蛋白质含量在１－７月份比二倍体低,８－１２月份二倍体高。     

天津大神堂海洋牧场影响新生牡蛎因素初探

海洋牧场是维持海洋生态平衡、促进海洋可持续发展,以及满足人类对海洋资源需求的一种新兴技术和产业,海域中投放的人工鱼礁可以为牡蛎生物提供理想的繁殖和栖息生境。天津大神堂海洋牧场中已发现大量新生的牡蛎生物体,然而牡蛎的空间分布并不均衡,存在异质性,其影响因素尚未明确,需进一步探索和研究。本文立足于天津大神堂海域国家级海洋牧场示范区,基于线性相关和逐步多元回归分析,量化了礁体与牡蛎分布之间的相关性,明确了牡蛎分布的影响因素并识别了主次关系。结果表明：区域水深、坐底时长、礁体密度、牡蛎礁距离均对牡蛎生物量有重要影响,其中,坐底时长、礁体密度与牡蛎生物量为正相关,区域水深、牡蛎礁距离与牡蛎生物量为负相关,坐底时长、礁体密度及牡蛎礁距离等3 个环境变量对牡蛎生物量影响更为显著。本文研究成果可以为海洋牧场的建设和牡蛎礁的修复提供重要的技术支持。     

The effect of PCBs on glycogen reserves in the eastern oyster Crassostrea virginica

Recent declines in Chesapeake Bay oyster populations have been attributed to disease, and reduced water quality from pollution. The stress associated with pollutant exposure may reduce energy available for growth and reproduction. Polychlorinated biphenyls (PCBs) are lipophilic contaminants that may potentially affect mobilization of lipid reserves, increasing reliance on glycogen stores, which could otherwise be utilized to supply energy for gametogenesis. Thus, PCBs may indirectly affect glycogen stores in oysters in a deleterious manner. To test for this effect, reproductively inactive oysters were exposed to PCBs by feeding individuals 0.7 g of algal paste containing 0, 0.35, or 3.5 μg PCBs daily for 8 weeks. Additionally, a group of oysters was exposed to PCBs (0, 0.35, and 3.5 μg) plus 0.3 g of non-toxic artificial sediment to examine interactive effects of sediment particles and PCBs. Adductor muscle, mantle, and gonadal tissues were analyzed for glycogen content. Results suggest that glycogen content is reduced in the adductor muscle with increasing PCB exposure, but there are no effects of PCBs in the mantle and gonadal tissues.     

The effect of PCBs on glycogen reserves in the eastern oyster Crassostrea virginica.

Recent declines in Chesapeake Bay oyster populations have been attributed to disease, and reduced water quality from pollution. The stress associated with pollutant exposure may reduce energy available for growth and reproduction. Polychlorinated biphenyls (PCBs) are lipophilic contaminants that may potentially affect mobilization of lipid reserves, increasing reliance on glycogen stores, which could otherwise be utilized to supply energy for gametogenesis. Thus, PCBs may indirectly affect glycogen stores in oysters in a deleterious manner. To test for this effect, reproductively inactive oysters were exposed to PCBs by feeding individuals 0.7 g of algal paste containing 0, 0.35, or 3.5 micrograms PCBs daily for 8 weeks. Additionally, a group of oysters was exposed to PCBs (0, 0.35, and 3.5 micrograms) plus 0.3 g of non-toxic artificial sediment to examine interactive effects of sediment particles and PCBs. Adductor muscle, mantle, and gonadal tissues were analyzed for glycogen content. Results suggest that glycogen content is reduced in the adductor muscle with increasing PCB exposure, but there are no effects of PCBs in the mantle and gonadal tissues.     

近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)规模化人工育苗及养成

近江牡蛎(Crassostreaariakensis)为广温、广盐分布的河口区大型种,曾在中国南北方河口区都有分布。由于近岸河口环境的变化,在中国北方河口区一度难以寻觅,甚至被认为濒临灭绝。利用黄河三角洲区域滨州、东营主要河口近江牡蛎资源,借助南方丰富的淡水资源,在福建宁德迅速开展了近江牡蛎的规模化人工育苗工作,总计获得了1092万粒种苗。在近江牡蛎原产地滨州进行中间培养及海上养成,在长牡蛎主养海区山东乳山进行转场育肥试养并获得初步成功。与同期养殖的长牡蛎相比,近江牡蛎的氨基酸种类及含量无明显差异,且生长速度快,这些特点将有助于推动其成为我国北方沿海的牡蛎养殖新品种。规模化育苗及养殖还有助于降低对野生近江牡蛎资源的采捕需求,对其资源的保护、牡蛎礁的恢复重构能够起到促进作用。     

基于AFLP技术的海南三亚野生和养殖牡蛎遗传多样性研究

2008年夏季,从海南三亚分别采集26份养殖牡蛎和32份野生牡蛎样品(1份样品代表1个体),开展扩增片断长度多态性(AFLP)和数量性状分析,采用POPGENE 32软件计算多态性位点百分率、遗传多样性指数、Hardy-Weinberg遗传偏离指数、群体遗传相似度和遗传距离。基于AFLP分析获得的遗传距离和线粒体细胞色素氧化酶I亚基(CO I)基因序列,采用邻接法构建养殖和野生牡蛎的系统发育树。结果表明,选择性引物对牡蛎品种具有较好的鉴别效率;相比养殖牡蛎,野生牡蛎多样性丰富、品种间同源性较低、亲缘关系相差较远、遗传基础较宽;通过CO I基因序列分析可知,养殖牡蛎均为香港巨牡蛎Crassostrea hongkongensis,而野生牡蛎属于囊牡蛎属Saccostrea,主要为僧帽牡蛎Saccostrea cucullata。目前海南三亚牡蛎种质资源多样性相对丰富,引种还未对三亚自然环境的牡蛎资源造成明显影响。     

乳山长牡蛎(Crassostrea gigas)的抗性基因表达和生存环境的季节差异

长牡蛎 （Crassostrea gigas） 是我国重要的海水养殖贝类，近年其大规模死亡现象频繁发生。为了解长牡蛎的免疫基因在季节上的表达模式变化规律及死亡爆发高峰期的水环境情况，在其主养区山东乳山进行了相关研究。分别在 2018 年 1、 3、5—9 月对该地区牡蛎鳃样品做了免疫基因定量分析，在 6、7、9 月对养殖海域的环境因子 （水温、盐度、pH、溶解氧）、各时间点水体里的浮游植物数量及各采样点牡蛎条件指数的变化进行了研究。结果显示，HSP70 在 7 月份高表达，其余 5 个抗性相关基因在 8 月表达水平达到峰值。在测量的三个月中，7 月水温最高，6 月和 9 月水温略低于 7 月，这一结果和表达模式相关。研究表明近岸的藻类丰度更大。因此，温度是影响长牡蛎存活的各环境因子中的主要因素，温度显著影响到体内抗性基因的表达情况并且间接影响到夏季牡蛎的条件指数。     

单体全三倍体太平洋牡蛎育苗技术的研究

本文利用四倍体太平洋牡蛎雄贝与二倍体雌贝杂交生产出的全三倍体牡蛎,幼虫经常规方法培育至60%出现眼点幼虫时,投放聚乙烯塑料纸、废旧筛绢网和聚乙烯波纹板作附着基,经过附着变态后,当达到2～3 mm时,可脱基生产单体牡蛎,也可中间培育至10 mm边脱基边出售到养殖单位进行养殖,采用此法生产的单体牡蛎方法简便,成本低,脱基致残率极低,是一种生产单体牡蛎好方法之一.2005-2006年在50m3水体中生产单体牡蛎1000万粒 (1cm),单位水体出苗量为20万粒/m3.