太平洋延绳钓长鳍金枪鱼及渔场水温分析

根据收集到的渔获量数据、海水表层温度数据及有关文献资料,应用GIS技术对太平洋长鳍金枪鱼延绳钓渔业进行定量和定性综合分析。结果表明:太平洋延绳钓长鳍金枪鱼渔场分布范围广泛,具纬向分布特征,集中分布在30°N线附近的西北太平洋海域和~40°S之间的西南太平洋海域。对渔获产量同海表温度的分月统计显示:太平洋长鳍金枪鱼渔场最适月平均表层水温约28~29℃,渔场出现频次为偏态分布型。文中结合有关文献综合讨论了海表温度、溶解氧含量、海流等环境因子与金枪鱼渔场分布和形成机制的关系。     

太平洋黄鳍金枪鱼延绳钓渔获分布及渔场水温浅析

根据收集到的渔获量数据、海水表层温度数据和有关文献资料,应用GIS技术对太平洋黄鳍金枪鱼延绳钓渔业进行了定量及定性综合分析。结果表明:太平洋延绳钓黄鳍金枪鱼渔场主要分布在20°N—20°S之间的热带太平洋海域,具纬向分布特征。对渔获产量同海表温度的分月统计显示:太平洋黄鳍金枪鱼渔场最适月平均表层水温约28℃～29℃,渔场出现频次为偏态分布型。最后,结合有关文献综合讨论了海表温度、溶解氧含量、海流等环境因子与金枪鱼渔场分布和形成机制的关系。     

黄海潮间带和浅海表层沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法学探索

海洋沉积物中的植物信息具有重要的生态学和古环境意义,但传统方法只能通过研究沉积物中的孢粉获取植物信息。随着分子生物学的进步,探索利用海洋沉积物中的植物分子多样性解释全球变化成为了一种新的尝试。文章首次尝试了对海洋沉积物中的植物DNA进行提取与PCR扩增,通过使用不同的DNA提取方法(DNA提取试剂盒)和PCR扩增条件[2倍浓缩的PCR扩增预混合溶液(Mix)退火温度、循环数、DNA模板量以及引物],探索海洋沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法,并在采自黄海潮间带以及浅海表层的沉积物中进行了检验。共尝试了32种方法,结果表明:强力土壤微生物DNA提取试剂盒(DNeasy PowerSoil)以及2×TransTaq HiFi PCR SuperMixⅠ是较好的DNA提取与扩增条件;对于潮间带表层沉积物样品,最佳退火温度为55°C,最佳循环数为55个循环;而对于浅海表层沉积物样品,最佳退火温度为59°C,最佳循环数为45个循环;此外,相对于rbcL引物, gh引物的扩增结果更好。这项研究首次成功提取并扩增了海洋沉积物中的植物DNA,以期应用于海洋沉积物中植物分子多样性的分析,为研究全球...     

TaqMan-MGB探针法快速检测对虾Taura 综合征病毒的研究

为建立Taura综合征病毒（Taura syndrome virus,简称TSV）的TaqMan—MGB探针荧光定量RT-PC方法,根据TSV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和TaqMan—MGB探针,扩增产物长度为118bp。将PCR产物克隆到pGM—T载体,重组质粒经筛选鉴定、SalⅠ单酶切,得到线性化转录模板DNA,经体外转录获得标准品RNA。以体外转录的RNA作为模板,进行一步法荧光定量RT-PCR反应,根据RNA模板拷贝数与Ct（Cycle threshold,Ct）值制备了标准曲线,制作的标准曲线在2×10^1拷贝／μL≤TSV RNA≤2×10^7拷贝／此的范围内具良好的线性关系,可以用于TSV的定量分析,检测灵敏度为20个拷贝数。特异性、重复性试验结果表明,该方法对SPF对虾组织RNA没有扩增反应,表现出良好的特异性;组内和组间实验变异系数分别为0．32％～1．84％和0．79％-2．71％。利用TaqMan—MGB探针建立检测TSV的一步法荧光定量RT-PCR方法可用于对虾TSV的检测。     

基于支持向量机的库克群岛海域长鳍金枪鱼栖息环境综合指数

掌握海洋环境因子对长鳍金枪鱼(Thunnus alalunga)资源密度分布的影响有利于该资源的可持续利用。根据2013年9-12月在库克群岛海域利用延绳钓调查所获得的共计56个站点的长鳍金枪鱼渔获率数据,以及测得的温度、叶绿素a浓度、水平海流及垂直海流等环境因子数据,采用支持向量机方法分析了各水层(40.0~239.9 m,每40 m为一层)及整个水体中各个环境因子与长鳍金枪鱼渔获率的关系并建立了长鳍金枪鱼栖息环境综合指数(IHI)模型,并利用验证站点对模型进行了验证。结果表明:(1)预测渔获率与其对应的名义渔获率无显著性差异;(2)IHI模型的预测能力较好,能有效预测长鳍金枪鱼的分布;(3)不同水层影响长鳍金枪鱼分布的主要因素不同,在40.0~79.9 m、80.0~119.9 m、120.0~159.9 m、160.0~199.9 m和200.0~239.9m水层其分布分别主要受叶绿素a浓度、水温、垂直海流、叶绿素a浓度和温度的影响。整个水体影响长鳍金枪鱼分布的主要因素为温度;(4)长鳍金枪鱼分布密度较高的水层为120.0~199.9 m;(5)长鳍金枪鱼IHI指数分布较高的3个区域分别为9°00′S-12°20′S,159°00′W-164°00′W、13°30′S-14°30′S,159°00′W-161°00′W和10°30′S-12°30′S,167°00′W-168°00′W,建议在上述海域作业时,应使钓具沉降到120~199.9 m水层,以减少其它物种的兼捕率并提高长鳍金枪鱼的渔获率。     

细胞色素B基因PCR-RFLP鉴定阿胶原料

用细胞色素B基因PCR-RFLP方法对阿胶原料进行鉴定。提取马、牛、驴3种动物干皮DNA,PCR扩增细胞色素B基因保守区域的359 bp片段,用限制性内切酶HinfⅠ和HaeⅢ酶切,采用琼脂糖凝胶电泳获得了DNA指纹图谱,根据获得的DNA指纹图谱判定样品所属物种。该方法不仅简便,还可以100%准确鉴定阿胶原料皮样所属物种来源,适合作为常规技术应用于阿胶原料鉴定。     

龙须菜微卫星DNA标记筛查及系统分析

利用生物信息学方法,从龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)公共核苷酸数据库中筛查到8条含有微卫星DNA的序列,并根据筛查出的微卫星DNA序列设计合成了5对引物,此外还使用了细江蓠的4对已知微卫星DNA引物共9对引物在采集自青岛的26株野生龙须菜个体中进行扩增,结果筛选到2对引物可扩增出具有多态性的产物.然后利用5对龙须菜的微卫星引物对6个龙须菜品系和另外2个种外物种细基江蓠和菊花心江蓠进行系统学分析.根据计算得到的不同样品之间Nei氏遗传相似系数进行聚类分析,显示青岛野生龙须菜QD与栽培品系981、石岛的龙须菜样品SD与龙须岛的龙须菜样品LD之间的遗传相似系数最高,而来自委内瑞拉的龙须菜样品LV与青岛野生龙须菜之间的差异远远高于种内水平的差异.     

MALBAC技术扩增微生物群落基因组的效率评估

环境样品的低生物量是微生物宏基因组学研究面临的首要挑战,通过基因组扩增技术来满足高通量测序对DNA样品量的需求是最常用的解决策略。MALBAC(Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles)基因组扩增试剂盒最初为扩增和研究哺乳动物的单细胞基因组而研发。本文中,我们通过人工构建的微生物群落来检测该试剂盒在微生物宏基因组扩增方面的效率和应用可行性。结果表明,每个标准反应中,10 pg的DNA模板量足以满足MALBAC试剂盒对样品扩增的需要。每个标准反应DNA模板用量为10和100 pg时,所扩增DNA样品的基因组覆盖度与原始未扩增样品表现出高度的一致性,证明MALBAC试剂盒扩增效果的高度稳定性和一致性。常用的GenomePlex全基因组扩增试剂盒使我们可以在每个标准反应DNA模板量为100 pg的条件下扩增获得足够的DNA样品,但是结果表明该参照试剂盒无法有效的实现对群落中低丰度细菌菌株基因组的线性扩增。对于MALBAC试剂盒和参照试剂盒而言,在扩增高GC含量的微生物物种基因组DNA方面效率低下。我们的实验结果表明MALBAC试剂盒在高效扩增环境样品宏基因组DNA方面的可行性,但对该试剂盒在扩增环境样品中高GC含量微生物物种方面的适用性存在疑虑。     

南海沉积物中有孔虫分子生物学鉴定的初步研究

本文以南海深海表层沉积物中的有孔虫样品为研究对象,提取了样品的总DNA片段,利用特异性DNA探针,进行有孔虫的SSUrDNA扩增,对获得的PCR产物进行克隆,测序及分析,证实确为潜在的有孔虫DNA.进化树分析揭示了研究样品中可能存在的有孔虫种类,该方法的建立为有孔虫壳体的鉴定提供了新的技术手段     

皱纹盘鲍群体选育第四代成鲍4种多糖裂解酶基因表达的初步研究

根据已发表c DNA序列设计引物扩增了2龄皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino)的褐藻酸酶、海带淀粉酶、α-淀粉酶和纤维素酶基因片段并测定其序列,同时用半定量反转录PCR和实时荧光定量PCR技术分析了它们在不同组织中的表达。结果表明:以cDNA为模板的PCR产物序列与已发表的相应基因序列一致;以DNA为模板扩增的a-淀粉酶和纤维素酶基因片段分别含438 bp和667 bp的内含子;在纤维素酶基因片段的外显子和内含子区各检测到2个SNP;4种多糖裂解酶基因均主要在消化腺中表达,褐藻酸酶基因的表达最强,其次为纤维素酶,表明在摄食海带的条件下,褐藻酸是成体皱纹盘鲍可利用的最重要多糖类物质之一。本文的结果为进一步开展皱纹盘鲍"97"选育群体在不同发育期、摄食不同藻类及不同培育环境下的多糖水解酶基因表达研究奠定了基础。     

种的概念及种的界定与鉴定

种是生物学研究中的基本单位,但是种的概念和种的界定却一直是个难题。有关种的探讨延续了几个世纪,种概念的争论也持续了半个多世纪,但是至今仍无定论。种的界定近年来已成为种问题研究的焦点。尽管已提出了多种方法,但由于没有统一的种的概念,种的界定也一直没有标准的原则和统一的方法。种的鉴定随着DNA分类和DNA条形码的提出受到了越来越多的关注。快速准确的种鉴定/界定可以为分类、物种多样性以及遗传演化等研究提供有力的支持。本文综述了种的概念、种的界定和种的鉴定,主要评价了DNA条形码及整合分类法在种鉴定/界定中的应用。     

藤壶亚目物种的系统发育学研究进展

藤壶亚目是目前为止海洋生物群落中种类最丰富和最重要的类群之一,也是海洋污损生物的重要组成部分,主要分布于岩石潮间带栖息地、深海热液口,有的物种会附着在红树林植物、动物和人工构筑物上。文章综述了藤壶亚目的起源以及分类系统的建立和发展,认为藤壶亚目在下白垩纪从有柄目分化而来,其中篱藤壶科(小藤壶总科)是最早分化出的一支,而后逐渐分化为星板藤壶总科、厚藤壶总科、鲸藤壶总科、笠藤壶总科、小藤壶总科和藤壶总科6支;总结了国内藤壶亚目的研究进展;比较了藤壶亚目系统发育学的研究方法;展望了未来的研究方向,即结合形态学方法与分子系统学方法研究藤壶亚目物种的系统发育关系,为今后研究藤壶亚目物种的分类及防治等工作提供借鉴和帮助。     

中国海洋吸虫纲物种多样性的研究

在国家908专项调查和成果集成工作的基础上,结合对海洋吸虫文献资料的收集,分析研究了中国海洋吸虫的物种多样性.其结果表明中国海洋吸虫有1 184种,其中单殖目吸虫410种,复殖目吸虫774种.单殖目的宿主都是硬骨鱼.复殖目物种成虫的宿主主要是鱼,也有爬行纲和兽纲.吸虫感染宿主有些具有专一性,但也有些具有普遍性.宿主的食性、地理分布和季节分布与吸虫感染密切相关.不同于以往70多年来主要进行的分类研究,本文主要探讨海洋吸虫的生活史及与其宿主的关系,这将为水生生物病虫害的防治和海洋物种多样性的研究提供基础资料,具有重要生物学和生态学的意义.     

Macrofauna Associated With Sponge Species of Different Morphology

Abstract. The macrofaunas associated with the three morphologically different North Aegean Sea sponge species Agelas oroides, Aplysina aerophoba , and Axinella cannabina were compared. The faunal abundance was not related to sponge surface area for any of the three species. Each sponge species supported a significantly different number of individuals per unit canal volume; A. aerophoba supported the most, A. oroides the least. A. aerophoba supported the highest species richness, A. cannabina the lowest. Canal volume was a good predictor of associated faunal abundance and species richness for two of the three sponge species. Faunal abundance was also directly related to sponge mean canal diameter. The species composition of associated fauna was similar on A. aerophoba and A. oroides and significantly different on A. cannabina .     

大连沿海蓝藻植物新记录

报道 6种产自大连沿海的蓝藻植物 ,分别为栖石隐杆藻 Aphanothece saxicola Naeg.、色合藻 Chroothece littorinae Tseng et Hua、附钙管鞘藻 H ormathonema ep ilithicum Ercegovic、短丝颤藻 Oscillatoria brevis Kuetzing、丰裕颤藻 Oscillatoria limosa(Dillw.) Ag.ex Gom.、中央席藻海生变种 Phormidium naveanum var.marina Tseng et Hua,它们均是大连沿海新记录。     

赤潮生物种类特征光谱获取技术

较为系统地研究了赤潮生物水体反射率曲线获取方法。通过对 2类反射率反演方法得出的反射率曲线与实际反射率曲线进行比较 ,得出在不具备大气环境参数的情况下 ,经验线性法的反演结果与实际反射率曲线最接近的结论 ,并进一步对正常海水和赤潮生物水体的光谱特性进行分析 ,提取出赤潮生物水体的特征光谱。这是进行赤潮监测和识别的重要前提     

盐单胞菌属一新种的分离与鉴定

对即墨市大桥盐场的底泥样本进行微生物的可培养研究,分离出1株革兰氏阴性的中度嗜盐菌YC-SA28T.16SrRNA序列比对及系统发育分析结果表明.YCSA28T可能为γ-变形菌纲盐单胞菌属的新种,通过系统分类学研究发现,YCSA28T的16SrRNA序列与亲缘关系最近的盐单胞菌属模式菌株Halomonas ventos...     

链霉素对海洋微藻的毒物刺激效应

实验选用链霉素对六种海洋微藻进行实验 ,发现六种海洋微藻普遍对链霉素具有抗性。其中只有角毛藻和三角褐指藻在实验范围内 (0～ 50 0 mg/ L)测到了 72 h的半抑制浓度 ,EC50 分别为346 mg/ L和 4 4 5mg/ L。其它四种均未测到。而且当链霉素浓度为 30 mg/ L时 ,对六种海洋微藻普遍具有生长刺激效应 ,即毒物刺激效应。