土地转让过程中出现程序瑕疵应如何处理

2010年5月，某市A建筑工程公司到市地产交易中心申请办理土地转让手续，欲把该公司名下用途为住宅用地的土地使用权一部分转让给B置业公司，转让面积为1465．5平方米。市地产交易中心经过核实：A建筑工程公司于2002年拍卖取得国有建设用地使用权（住宅用地）面积为3800．5平方米，同年10月进行登记发证。2007年5月A建筑工程公司在施工建设中，向B置业公司拆借资金人民币30万，逾期未还，因借贷超期时间太长，便想把其中一部分土地转让给B置业公司顶债。地产交易中心在审验企业资质时，发现A建筑工程公司的营业执照从2005年开始，连续7年没有年检。