| 基于沉积物eDNA评估三疣梭子蟹资源量的方法初探 |
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| 引用本文： | 张凡瑶,张再美,陈萌琦,韦东升,徐严欢,姚冰,孙振宁,李慧,杨艳艳,周兴,李凡,陈翠霞. 基于沉积物eDNA评估三疣梭子蟹资源量的方法初探[J]. 海洋科学, 2023, 47(5): 113-120 |
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| 作者姓名： | 张凡瑶 张再美 陈萌琦 韦东升 徐严欢 姚冰 孙振宁 李慧 杨艳艳 周兴 李凡 陈翠霞 |
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| 作者单位： | 中国石油大学(华东)化学化工学院, 山东 青岛 266580;山东省海洋资源与环境研究院, 山东省海洋生态修复重点实验室, 山东 烟台 264006;山东省青岛市黄岛区海洋发展局, 山东 青岛 266499 |
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| 基金项目： | 烟台市科技创新发展计划(2020MSGY056);山东省自然科学基金重点项目(ZR2020KE050);烟台市科技创新发展计划(2021XDHZ053);山东省教学改革重点项目(Z2022114) |
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| 摘 要： | 本文旨在通过沉积物eDNA (environmental DNA)的分析,建立一种快速评估三疣梭子蟹资源量的方法。采用柱状采泥器对莱州湾同一地点(37°30″E、119°20″N)不同深度(0~24 cm,7个深度)进行样品采集,提取不同深度地层沉积物中的eDNA,并以此为模板,运用三疣梭子蟹COI基因通用型引物和特异性引物分别进行普通PCR和实时荧光定量PCR (quantitative PCR,qPCR)扩增,评估莱州湾近年来三疣梭子蟹的资源量变化。结果显示:7个样品的eDNA中均能扩增出700 bp长度的DNA产物,表明在不同深度沉积物所代表的年份均有三疣梭子蟹的存在;通过Clustal X与MEGA 7.0软件比对各序列碱基之间的差异性,发现不同柱深沉积物中的COI基因共出现11个变化位点,包括8个转换位点、2个颠换位点和1个插入位点;qPCR结果显示,8~9 cm处的三疣梭子蟹COI基因拷贝数要大于其他深度地层沉积物,说明此柱深代表的年份中三疣梭子蟹的资源量高于其他年份。利用沉积物eDNA评估莱州湾海域内的三疣梭子蟹资源量的方法,可以打破时间和空间的限制,检测不同年份三疣梭子蟹的资源量的变化。
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| 关 键 词： | eDNA 三疣梭子蟹 COI基因 qPCR 资源量 |
| 收稿时间： | 2022-05-20 |
| 修稿时间： | 2022-07-27 |
A preliminary method to assess the Portunus trituberculatus resource based on sedimentary eDNA |
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| ZHANG Fan-yao,ZHANG Zai-mei,CHEN Meng-qi,WEI Dong-sheng,XU Yan-huan,YAO Bing,SUN Zhen-ning,LI Hui,YANG Yan-yan,ZHOU Xing,LI Fan,CHEN Cui-xia. A preliminary method to assess the Portunus trituberculatus resource based on sedimentary eDNA[J]. Marine Sciences, 2023, 47(5): 113-120 |
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| Authors: | ZHANG Fan-yao ZHANG Zai-mei CHEN Meng-qi WEI Dong-sheng XU Yan-huan YAO Bing SUN Zhen-ning LI Hui YANG Yan-yan ZHOU Xing LI Fan CHEN Cui-xia |
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| Affiliation: | College of Chemistry and Chemical Engineering, China University of Petroleum, Qingdao 266580, China;The Key Laboratory of Restoration for Marine Ecology of Shandong Province, Shandong Marine Resources and Environment Research Institute, Yantai 264006, China;Qingdao Municipal Marine Development Bureau, Qingdao 266499, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | eDNA Portunus trituberculatus COI gene qPCR resource |
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