| 大珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选 |
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| 引用本文： | 柳 明,喻达辉,黄桂菊.大珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选[J].海洋科学,2010,34(8):1-5. |
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| 作者姓名： | 柳 明 喻达辉 黄桂菊 |
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| 作者单位： | 1. 农业部海水养殖生态与质量控制重点开放实验室,中国水产科学研究院,南海水产研究所,广东,广州,510300;上海海洋大学,水产与生命学院,上海,201306
2. 农业部海水养殖生态与质量控制重点开放实验室,中国水产科学研究院,南海水产研究所,广东,广州,510300 |
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| 基金项目： | 国家863 计划项目(2006AA10A415); 国家科技支撑计划项目(2007BAD29B01-5); 广东省科技推广项目(A200701C02, A200-899C04, A200900A07); 中央级公益性科研院所基本科研业务费资助项目(2007TS07, 2009YD02) |
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| 摘 要： | 采用生物素标记的(CA)15探针和磁珠富集法构建了大珠母贝(Pinctada maxima)微卫星DNA文库,随机挑选1200个菌落,经PCR筛选得到298个候选克隆,成功测序246个,分析获得251个微卫星序列,其中完美型、非完美型和混合型分别占63%、32%和5%。除探针中使用的CA重复外,还得到AT、GT、TC、AG、GC、TAA、CAA、AGG、GATA、GACA、GTGC、CGTC、GACG、CTGT等重复序列。设计引物90对,挑选其中30对合成并筛选出21对能在大珠母贝基因组有效扩增的引物。种群PCR扩增后利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行检测,获得了10个多态位点,共检测出59个等位基因,片段长度范围为133~444 bp。各位点等位基因数2~8个,平均等位基因数5.9个;有效等位基因数为1.342 3~6.000 0,平均为4.124 0;多态性信息含量(CPI)为0.222 5~0.811 8,平均0.7179;期望杂合度(He)为0.259 3~0.847 5,平均0.717 9;观测杂合度(Ho)为0.300 0~0.800 0,平均0.533 3。这些微卫星多态性标记的获得,为进一步开展大珠母贝遗传育种、保护生物学和种群遗传多样性等研究奠定了一定基础。
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| 关 键 词： | 大珠母贝(Pinctada maxima) 磁珠富集法 微卫星 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2010/2/24 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2010/4/23 0:00:00 |
Isolation and screening of microsatellite DNA markers from silver-lip pearl oyster Pinctada maxima |
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| LIU Ming,YU Da-hui and HUANG Gui-ju.Isolation and screening of microsatellite DNA markers from silver-lip pearl oyster Pinctada maxima[J].Marine Sciences,2010,34(8):1-5. |
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| Authors: | LIU Ming YU Da-hui and HUANG Gui-ju |
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| Institution: | LIU Ming1,2,YU Da-hui1,HUANG Gui-ju1(1.Key Lab.of Mariculture,Ecology and Quality Control,Ministry of Agriculture,South China Sea Fisheries Rsearch Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Guangzhou 510300,China,2.Shanghai Ocean UniversiShanghai 201306,China) |
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| Abstract: | Microsatellite-enhanced genomic library of the silver-lip pearl oyster Pinctada maxima was constructed using the repeat-enrichment method with biotin-labeled oligos(CA)15 and streptavidin coated magnetic beads.From a total of 1200 randomly selected clones,298 positive clones were acquired after PCR selection and 246 clones were sequenced successfully.Among others,251 microsatellite sequences were discovered by hand,of which 159 were perfect(63%),80 imperfect(32%) and 12 compound(5%).Besides the CA repeat,se... |
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| Keywords: | Pinctada maxima microsatellite marker genomic library isolation and screening genetic diversity |
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