| 黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐,贾超峰,陈自强,曾海峰,汤晓建. 黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析[J]. 海洋与湖沼, 2019, 50(5): 1108-1115 |
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| 作者姓名： | 曹广勇 张志勇 张志伟 陈淑吟 祝斐 贾超峰 陈自强 曾海峰 汤晓建 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学水产与生命学院 上海201306;江苏省海洋水产研究所 江苏省海水鱼类遗传育种重点实验室 南通 226007;江苏省海洋水产研究所 江苏省海水鱼类遗传育种重点实验室 南通 226007 |
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| 基金项目： | 江苏省重点研发计划（现代农业）项目，BE2016326号；江苏省农业科技自主创新资金项目，CX（17）2021号；江苏省农业重大新品种创制项目，PZCZ201744号；江苏省自然科学基金项目，BK20181202号。 |
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| 摘 要： | 本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以三碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在三、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在三碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第三位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。
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| 关 键 词： | 黑鲷 真鲷 CDS序列 微卫星 密码子偏好性 |
| 收稿时间： | 2019-02-22 |
| 修稿时间： | 2019-05-05 |
ANALYSIS OF THE MICROSATELLITE SEQUENCES AND CODON BIAS OF THE CODING SEQUENCE IN ACANTHOPAGRUS SCHLEGELII, PAGRUS MAJOR AND THEIR HYBRID PROGENIES |
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| CAO Guang-Yong,ZHANG Zhi-Yong,ZHANG Zhi-Wei,CHEN Shu-Yin,ZHU Fei,JIA Chao-Feng,CHEN Zi-Qiang,ZENG Hai-Feng and TANG Xiao-Jian. ANALYSIS OF THE MICROSATELLITE SEQUENCES AND CODON BIAS OF THE CODING SEQUENCE IN ACANTHOPAGRUS SCHLEGELII, PAGRUS MAJOR AND THEIR HYBRID PROGENIES[J]. Oceanologia Et Limnologia Sinica, 2019, 50(5): 1108-1115 |
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| Authors: | CAO Guang-Yong ZHANG Zhi-Yong ZHANG Zhi-Wei CHEN Shu-Yin ZHU Fei JIA Chao-Feng CHEN Zi-Qiang ZENG Hai-Feng TANG Xiao-Jian |
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| Affiliation: | Fishery and Life Science College, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China,Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China,Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China,Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China,Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China,Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China,Fishery and Life Science College, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China,Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China and Jiangsu Marine Fisheries Research Institute, Nantong 226007, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Acanthopagrus schlegelii Pagrus major coding sequence microsatellite codon usage bias |
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