| 基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺SSR 标记开发 |
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| 引用本文： | 吴 欣,沈和定,王冬凤,刘 宸,杨铁柱,刁 亚. 基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺SSR 标记开发[J]. 海洋科学, 2015, 39(11): 20-25 |
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| 作者姓名： | 吴 欣 沈和定 王冬凤 刘 宸 杨铁柱 刁 亚 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(41276157), 上海高校水产学一流学科建设项目 |
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| 摘 要： | 为给石磺科贝类系统进化研究和资源保育工作提供更有效的分子标记,使用Illumina Hiseq TM2000高通量测序技术对里氏拟石磺进行转录组测序,以所得的拼接序列为基础,利用MISA和SSR Hunter1.3软件进行微卫星序列的查找,对选出的51个微卫星位点进行引物设计,经PCR扩增得到单一清晰扩增条带的位点24个,研究湛江里氏拟石磺群体扩增。结果表明,其中14个位点表现多态性。14个多态性位点得到的等位基因数为2~4,其中观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.031 3~0.714 3和0.031 3~0.708 4,多态性信息含量(PIC)为0.089 5~0.640 5,14个位点中的2个位点表现为高度多态性(PIC0.5),10个位点表现为中度多态性(0.5PIC0.25),另外2个位点表现为低度多态性(PIC0.25)。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,9个位点不偏离平衡(P0.05)。开发的SSR标记可用于里氏拟石磺群体遗传学和石磺科贝类间的系统发生研究,并为里氏拟石磺的群体种质保护提供数据支持。
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| 关 键 词： | 里氏拟石磺 转录组 微卫星标记 |
| 收稿时间： | 2015-08-03 |
| 修稿时间： | 2015-10-11 |
Development of microsatellite markers for Paraoncidium reevesii based on transcriptome sequencing Illumina HiseqTM 2000 |
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| Wu Xin,Shen Heding,Wang Dongfeng,Liu Chen,Yang Tiezhu and Diao Ya. Development of microsatellite markers for Paraoncidium reevesii based on transcriptome sequencing Illumina HiseqTM 2000[J]. Marine Sciences, 2015, 39(11): 20-25 |
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| Authors: | Wu Xin Shen Heding Wang Dongfeng Liu Chen Yang Tiezhu Diao Ya |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources,Shanghai Ocean University,Ministry of Education,Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources,Shanghai Ocean University,Ministry of Education,Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources,Shanghai Ocean University,Ministry of Education,Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources,Shanghai Ocean University,Ministry of Education,Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources,Shanghai Ocean University,Ministry of Education,Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources,Shanghai Ocean University,Ministry of Education |
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