| 基于RNA-Seq高通量测序技术的法螺差异表达基因分析 |
| |
| 引用本文： | 刘文广,张格格,岑希彤,何毛贤.基于RNA-Seq高通量测序技术的法螺差异表达基因分析[J].热带海洋学报,2023(4):146-154. |
| |
| 作者姓名： | 刘文广 张格格 岑希彤 何毛贤 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室,广东省应用海洋生物学重点实验室,中国科学院南海海洋研究所;2. 中国科学院大学 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(42176129)；;广东省自然科学基金项目(2022A1515010779)~~； |
| |
| 摘 要： | 法螺是珊瑚礁“杀手”长棘海星为数不多的自然捕食者之一,是珊瑚礁生态系统的重要保卫者。但是,由于海洋环境变化、人类的过度捕捞、珊瑚礁栖息地被破坏等因素,法螺的自然资源遭受严重破坏,已长期处于濒临灭绝的状态。尽快开展法螺基础研究迫在眉睫,但是该物种的基因组资源有限,阻碍了如生物矿化等分子机制的深入研究。本研究借助于Illumina HiSeq TM2000测序平台完成了法螺两种组织(肌肉与外套膜)的高通量测序工作。测序所得原始序列经筛选、组装之后比对到NR、NT、Swissprot、KEGG、GO和InterPro数据库中获得注释结果,并进行差异基因聚类分析。结果表明,测序共获得109722个Unigene,其中有46239个Unigene得到功能注释,共获得7994个差异表达基因,其中在法螺外套膜组织中有3196个上调,4798个下调。对差异表达基因(differentially expressed genes,DEG)的GO注释和KEGG富集分析显示,高表达的DEG显著富集在典型的生物矿化相关通路中,如糖胺聚糖生物合成硫酸软骨素通路(glycosaminoglyc...
|
| 关 键 词： | 法螺 转录组 差异表达基因 生物矿化 |
|
|
