| 栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析 |
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| 引用本文： | 程洁,张玲玲,黄晓婷,张灿,王师,胡景杰,包振民.栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析[J].中国海洋大学学报(自然科学版),2008,38(1):78-88. |
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| 作者姓名： | 程洁 张玲玲 黄晓婷 张灿 王师 胡景杰 包振民 |
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| 作者单位： | 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与种质工程实验室,山东,青岛,266003 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863计划)
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教育部高等学校博士学科点专项科研基金
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教育部留学回国人员科学启动基金 |
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| 摘 要： | 研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍.栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排.所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间.由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究.2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646 条序列.序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰.共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条.共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%.查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA 转座子、LTR 反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多.BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E＜e-5),占测序总数的37.93%.BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条.BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%.
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| 关 键 词： | 栉孔扇贝 Chlamys farreri fosmid文库构建 序列分析 |
| 文章编号： | 1672-5174（2008）01-078-11 |
| 收稿时间： | 2007-06-08 |
| 修稿时间： | 2007-09-10 |
Fosmid Library Construction and Genomic Structure Analysis in Zhikong Scallop(Chlamys farreri) |
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| CHENG Jie,ZHANG Ling-Ling,HUANG Xiao-Ting,ZHANG Can,WANG Shi,HU Jing-Jie,BAO Zhen-Min.Fosmid Library Construction and Genomic Structure Analysis in Zhikong Scallop(Chlamys farreri)[J].Periodical of Ocean University of China,2008,38(1):78-88. |
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| Authors: | CHENG Jie ZHANG Ling-Ling HUANG Xiao-Ting ZHANG Can WANG Shi HU Jing-Jie BAO Zhen-Min |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Zhikong scallop Chlamys farreri fosmid library contruction sequence analysis |
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