| 基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 |
| |
| 引用本文： | 王忠良,丁燏,许尤厚,简纪常,鲁义善,王蓓,陈刚,吴灶和. 基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测[J]. 海洋与湖沼, 2015, 46(3): 687-693 |
| |
| 作者姓名： | 王忠良 丁燏 许尤厚 简纪常 鲁义善 王蓓 陈刚 吴灶和 |
| |
| 作者单位： | 广东海洋大学水产学院 湛江 524088;广东海洋大学南海水产经济动物增养殖重点实验室 湛江 524088,广东海洋大学水产学院 湛江 524088;广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江 524088,广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院) 钦州 535000,广东海洋大学水产学院 湛江 524088;广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江 524088,广东海洋大学水产学院 湛江 524088;广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江 524088,广东海洋大学水产学院 湛江 524088;广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江 524088,广东海洋大学水产学院 湛江 524088;广东海洋大学南海水产经济动物增养殖重点实验室 湛江 524088,广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室湛江 524088;仲恺农业工程学院 广州 510225 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目, 31202023 号; 广东海洋大学优秀青年骨干教师特别资助计划, 2014001 号; 广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院)开放课题, 2015KB05 号。 |
| |
| 摘 要： | 为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。
|
| 关 键 词： | 马氏珠母贝 简单重复序列 转录组 分子标记 |
| 收稿时间： | 2014-12-17 |
| 修稿时间： | 2015-01-26 |
POLYMORPHISM OF EST-SSRs FROM PINCTADA MARTENSII BASED ON TRANSCRIPTOME DATASETS |
| |
| WANG Zhong-Liang,DING Yu,XU You-Hou,JIAN Ji-Chang,LU Yi-Shan,WANG Bei,CHEN Gang and WU Zao-He. POLYMORPHISM OF EST-SSRs FROM PINCTADA MARTENSII BASED ON TRANSCRIPTOME DATASETS[J]. Oceanologia Et Limnologia Sinica, 2015, 46(3): 687-693 |
| |
| Authors: | WANG Zhong-Liang DING Yu XU You-Hou JIAN Ji-Chang LU Yi-Shan WANG Bei CHEN Gang WU Zao-He |
| |
| Affiliation: | Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Key Laboratory of Aquaculture in South China Sea for Aquatic Economic Animal, Regular High Education Institute of Guangdong Province, Zhanjiang 524088, China,Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Guangdong Provincial Key Laboratory of Pathogenic Biology and Epidemiology for Aquatic Economic Animals, Zhanjiang 524088, China,Guangxi Key Laboratory of Beibu Gulf Marine Biodiversity Conservation, Qinzhou University, Qinzhou 535000, China,Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Guangdong Provincial Key Laboratory of Pathogenic Biology and Epidemiology for Aquatic Economic Animals, Zhanjiang 524088, China,Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Guangdong Provincial Key Laboratory of Pathogenic Biology and Epidemiology for Aquatic Economic Animals, Zhanjiang 524088, China,Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Guangdong Provincial Key Laboratory of Pathogenic Biology and Epidemiology for Aquatic Economic Animals, Zhanjiang 524088, China,Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Key Laboratory of Aquaculture in South China Sea for Aquatic Economic Animal, Regular High Education Institute of Guangdong Province, Zhanjiang 524088, China and Guangdong Provincial Key Laboratory of Pathogenic Biology and Epidemiology for Aquatic Economic Animals, Zhanjiang 524088, China;Zhongkai University of Agriculture and Engineering, Guangzhou 510225, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《海洋与湖沼》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《海洋与湖沼》下载全文 |
|
