双链DNA片段的碱基空间模式BSP——基因组调控区的一种可能的信息编码方式

生物体可看作是一种特殊的信息处理系统 ,论文的第二章从这种观点出发讨论了生物细胞内最大的信息源基因组DNA序列的信息编码问题。首先探讨了基因组蛋白质编码区的信息编码问题 ;简要回顾转录水平的基因表达调控后 ,讨论了基因组基因表达调控区的信息编码问题。第三章介绍了我们利用internet上可获取的开放的生物信息学资源 ,对基因组DNA调控区的一种可能的编码方式所进行的理论研究。这种可能的编码方式我们称之为双链DNA上的碱基空间模式BSP (BaseSpatialPattern)。首先 ,我们发现了由三联体BSP介导的一种 4与 2 0的关系 ,称为 4 -BSP -2 0关系。并推测 4 -BSP -2 0关系也许是某些DNA—蛋白质相互作用中的一种识别密码 ;第二 ,研究真核细胞转录调控中的DNA—蛋白质相互作用的实验数据表明 :某些DNA结合蛋白质对双螺旋核酸的专一性识别可能与BSP有关。并找到了 7组由其他生物学家公开发表的实验数据支持这一猜测 ;第三 ,研究了BSP的形式化描述问题 ,找到了一种基于等价类的BSP描述方法 ,并开发了相应的计算机处理算法。该描述方法简明且便于用计算机进行处理 ,更重要的是它提供了一种研究途径 ,可把BSP和 4 -BSP -2 0关系推广到单链DNA (ssDNA)和ssDNA -蛋白质相互作用的研究中 ,从而可进一步推广到RN     

矢量剪切技术在地质三维建模中的应用

三维地质建模方法是地学三维模拟与可视化系统的核心和难点。基于BSP树的矢量剪切的原理及算法,提出了利用矢量剪切技术快速构建复杂的地质体开挖模型,可视化表达地质体内部信息的方法,并以地质开挖工程及三维地层分析为例,验证了算法的高效性和实用性。     

基于二叉树思想的任意多边形三角剖分递归算法

提出了一种基于二叉树思想的任意多边形三角剖分递归算法。该算法采用二叉树思想，确定剖分三角形的二叉树状结构，并采用递归算法实现。这算法可适用于任意形状的凹或凸多边形，也适用于包含岛屿的多边形。此外，在考虑边界点高程的基础上，可充分顾及地形特征。该算法完全适用于长距离河流流域的三维面状表达。     

一种基于钻孔地质数据的快速递进三维地质建模方法

三维地质建模是地质数据可视化和空间分析的关键技术之一。针对传统建模方法建模速度慢、建模效率和精度较低的问题,提出了一种直接基于钻孔的点→线→面→体快速递进三维地质建模方法。该方法先对钻孔地层信息进行人机交互对比构成地质剖面,再按钻孔实际坐标在三维空间中还原地质剖面的实际位置,接着通过对剖面间的地层连线进行Kriging插值,形成一系列地层面模型,然后以此为基础构建三维地质框架模型,最后利用BSP矢量剪切技术来裁剪模型边界,形成研究区三维地质模型。该方法在福州市上街镇三维城市地质模型构建的实际应用中得到了验证。实践结果表明,该方法不仅可以实现三维地质模型的快速构建,还可以显著提高三维地质模型的精度。