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利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性。研究结果表明,通过基于EST数据库的SNP开发,可以有效弥补某些海洋生物因基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。 相似文献
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香港牡蛎是我国南方沿海地区的主要经济贝类,糖原含量是衡量其品质高低的重要指标之一。本研究在转录组测序基础上,以三墩群体(SD,60只个体)和大风江群体(DFJ,90只个体)为研究对象,采用ELISA方法检测每个香港牡蛎糖原含量,并利用片段长度差异等位基因特异性PCR (Fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)技术开展糖原合酶和糖原磷酸化酶基因多态性研究,开发单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记。结果共开发25个SNPs,其中4个SNPs (Ch_GS680,Ch_GS1248,Ch_GP992和Ch_GP1962)在实验群体中分型成功,SPSS关联分析显示SNP位点Ch_GS680与糖原含量显著关联(P<0.05),暗示其可作为香港牡蛎糖原含量性状的潜在分子标记,研究结果为高糖原含量香港牡蛎新品种的分子标记辅助选育奠定了基础。 相似文献
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