白缘(鱼央)5S rDNA的扩增分析及其在染色体上的FISH定位

本文分别对雌雄白缘(鱼央)的5S rDNA进行了PCR扩增和序列分析,并采用双色荧光原位杂交(FISH)技术,以白缘(鱼央)的5S rDNA序列和小麦的45S rDNA为探针,对其在白缘(鱼央)雌雄中期染色体上进行了FISH定位研究。结果表明,白缘(鱼央)5S rDNA序列无雌雄差异;5S rDNA的保守区序列为117 bp;5S rDNA和45S rDNA分别被定位于白缘(鱼央)的性染色体和第5号染色体上。同时从GenBank中获得了22种鱼的5S rDNA,运用DNAman软件构建了23种鱼的系统发育树,对白缘(鱼央)的进化地位进行了初步研究。本研究为阐明白缘(鱼央)在鱼类系统进化中的位置、重复序列在脊椎动物性染色体上的分布状况以及与性别决定与分化的关系,提供了资料积累和分析依据。     

海洋细菌胞外蛋白酶PPC结构域序列特性与系统进化分析

PPC(Pre-Peptidase C-terminal)结构域广泛分布于分泌型海洋细菌蛋白酶的C末端,对蛋白酶的分泌,锚定及与底物相互吸附起到重要作用。对PPC结构域序列分析发现,PPC结构域存在两个较为保守序列区,且这两个保守区空间结构为β-折叠。尽管有的PPC结构域序列一致性较低,但不同结构域间存在相同的保守序列,且其三维结构相似。为了进一步对不同来源的PPC结构域的进化关系进行系统研究,本研究选取公开发表的PPC结构域,通过在NCBI数据库中搜索得到61条来自于39个细菌所分泌的不同蛋白酶的PPC的氨基酸序列进行系统发育分析。发现PPC结构域在生物进化过程中序列变异性大,保守性弱。其中,有些细菌PPC结构域可能来源于自身基因重复产生,有些细菌PPC结构域则可能由水平基因转移产生。     

基于进化树模型的河南省城市紧凑度综合评价

城市紧凑度是区域可持续发展的重要衡量标准。运用熵权灰色关联方法及进化树模型对2006年和2016年河南省18个省辖市的城市紧凑度特征进行研究。结果表明:在紧凑度评价方面,城市紧凑度差异较大,河南省域整体城市紧凑度下降,城市呈蔓延状发展,但并不显著。在空间分异规律方面,省会郑州的核心带动能力逐渐增强,但未形成清晰的集聚格局;新乡、鹤壁、濮阳、商丘、周口和信阳的城市紧凑度亦有不同程度的提升,而安阳、南阳、驻马店、平顶山和三门峡呈现出扩散发展的态势。在关联特征方面,进化树模型和相关分析均显示城市空间发展形态的集聚扩散特征与城市综合发展水平之间没有必然联系。     

南海沉积物中有孔虫分子生物学鉴定的初步研究

本文以南海深海表层沉积物中的有孔虫样品为研究对象,提取了样品的总DNA片段,利用特异性DNA探针,进行有孔虫的SSUrDNA扩增,对获得的PCR产物进行克隆,测序及分析,证实确为潜在的有孔虫DNA.进化树分析揭示了研究样品中可能存在的有孔虫种类,该方法的建立为有孔虫壳体的鉴定提供了新的技术手段     

安徽铜陵尾矿堆中三价砷抗性菌株的分离、鉴定及16S rDNA分析

从安徽铜陵杨山冲尾矿库采集表层尾矿样品,通过砷富集培养,从3份样品中筛选得到3株具有较强As(Ⅲ) 抗性的细菌 WK-21、WK-31 和 WK-32,用不同 NaAsO2 浓度的 LB 培养基对菌株进行砷抗性检测,结果这3株菌分别能耐受32、56和50 mmol/L的As(Ⅲ),具有较高的耐砷性.对这3株菌进行不同梯度浓度 As(Ⅲ) 环境中的生长规律研究,结果表明砷在低浓度时对细菌生长有轻微促进作用或者几乎没影响,但随着砷浓度增大,抑制作用明显增强.根据对这3株菌进行形态观察、生理生化鉴定以及16S rDNA序列比对分析,鉴定出这3株菌分别属于Arthrobacter sp.、Rhodococcus equi和Paenibacillus sp.菌属.由于这些菌株分离于尾矿库的尾矿堆中,因此,本文研究结果为进一步研究尾矿库金属污染的微生物修复及微生物抗金属机制提供了材料.     

一种基于氨基酸物理化学性质上的DNA序列图形表示及相似性分析

基于氨基酸的物理化学性质,将氨基酸分为4类,疏水,带电荷,有极性,甘氨酸,在此基础上给出DNA序列一种新的图形表示方法:将1列DNA序列表示为二维空间中的3条特征曲线,利用计算C(i,j)矩阵的主特征值,给出DNA序列的3维特征向量,得到相似距离矩阵.最后计算10种不同物种β-球蛋白第一段外显子的欧式空间距离矩阵D(i,j),并利用UPGMA算法给出了这10种不同物种基于这种相似关系的系统发生树.     

分离自铜矿山尾矿区的铁还原菌nju-T1菌株:菌种鉴定及其还原Fe3+的最适条件

对安徽铜陵狮子山杨山冲尾矿库采集的酸矿水(AMD)及表层尾砂样品,采用FeTo选择性培养基,利用Overlay分离技术,获得了一株具有铁还原功能的细菌nju-Tl.形态观察、生理生化鉴定以及16S rRNA基因序列同源性分析结果表明,该菌株属于Acidithobacillus属.平板培养和液体培养实验证明,nju-Tl...     

安徽铜陵狮子山硫化物矿山酸矿水中微生物功能群的研究

从安徽铜陵狮子山硫化物矿山酸矿水溪流获得样品,采用YE、Feo、FeSo、FeTo 4种选择性培养基,利用overlay分离技术,获得7株细菌菌株.利用16S rRNA基因序列同源性分析,与目前已分离得到的酸矿水微生物进行了比较.利用分离菌株16S rRNA基因序列构建系统进化树,结果表明获得的菌株可分为3个功能群:嗜酸性异养菌、嗜酸性自养菌、中度嗜酸性铁氧化细菌.嗜酸性异养菌主要与酸矿水中三价铁的异化还原和寡营养状态的维持有关;嗜酸性自养菌与酸矿水中铁、硫元素的氧化有关,是酸水中的生产者;中度嗜酸性铁氧化细菌能将二价铁氧化成三价铁,并产生难溶性的矿物,可实现酸矿水与酸矿水底泥之间铁元素的动态平衡.