翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis Bleeker)种群遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对翘嘴红鲌养殖群体进行了DNA多态性检测.共采用40个随机引物进行扩增,其中14个引物可获得清晰且重复性好的扩增图谱,共扩增出121个RAPD位点,具有多态现象的位点为40个,多态位点比例为33.06%.翘嘴红鲌群体的遗传相似系数为 0.8878-0.9600,平均为0.9201,遗传变异度为0.0799.Shannon多样性指数为10.8824,Shannon多样性值为0.0899.研究表明,翘嘴红鲌目前的种质资源状况令人堪忧,改变目前人工繁育模式,建立原种、良种场,丰富物种遗传多样性是资源保护的基础.     

程序化设计的简并引物克隆半滑舌鳎CYP17基因

采用1种新的简并引物设计方法--CODEHOP法来克隆半滑舌鳎CYP17基因.该法结合NCBI、Blastp、BlockMaker、CODEHOP等生物信息学资源和DNAMAN、Oligo6.0等生物软件,程序性设计半滑舌鳎CYP17基因的CODEHOP引物,从半滑舌鳎卵巢组织中成功克隆了CYP17基因,该基因片段与其它物种的CYP17家族具有较高的同源性,经鉴定,该基因属于整个脊椎动物的CYP17基因群,尤其是鱼类亚群.实验结果表明,程序性设计的简并引物较传统简并引物特异性更高,假阳性率少,更有利于实验成功.     

孟加拉笛鲷与四带笛鲷的微卫星分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷（Lutjanuscampechanus）和勒氏笛鲷（L．russel—lii）的微卫星引物中筛选出适用于孟加拉笛鲷（L．bengalensis）和四带笛鲷（三．kasmira）的微卫星引物,并应用于三亚和湛江群体的遗传结构分析．结果表明：25对引物中筛选出13对可以稳定扩增出特异片段的引物,其中12对可在孟加拉笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带;10对可在四带笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态;9对为两个种通用．孟加拉笛鲷的湛江群体（zMJ）和三亚群体（SMJ）、四带笛鲷的湛江群体（ZSD）和三亚群体（SSD）的平均等位基因数分别为：3．8889、4．1111、4．3333、4．2222;平均观测杂合度分别为：0．5833、0．6389、0．5944、0．6389;平均多态信息含量分别为：0．4720、0．4692、0．5474、0．5257．将本实验所得结果与笛鲷鱼其他研究结果进行比较分析,可以看出目前湛江海域野生笛鲷的遗传多样性整体比较丰富,但部分野生笛鲷已表现出杂合子缺失的趋势,这势必会引起将来遗传多样性的降低,所以要尽旱对野生群体进行摸底调查。并找出解决养殖群体污染野生群体这一问题的方法．     

CPA-核酸试纸条快速检测副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)方法的建立及其在海产品检测中的应用

本研究将交叉引物恒温扩增技术(cross priming amplification,CPA)与核酸试纸条相结合建立一种副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)快速可视化检测方法。针对副溶血性弧菌特有的不耐热溶血素基因tlh的六个不同区域设计两对特异性引物和一对检测探针,通过优化反应条件确定了最佳反应体系。CPA-核酸试纸条方法对副溶血性弧菌的检测具有较强的特异性,对纯培养物的检测灵敏度达到58 cfu/m L,对污染牡蛎中副溶血性弧菌的检测灵敏度为5.2 cfu/g,比传统的PCR技术灵敏度提高了10倍,且具有较高的稳定性。交叉引物恒温扩增技术与核酸试纸条相结合的方法操作简便、特异性强、灵敏度高且能有效防止污染,可用于现场及基层单位副溶血性弧菌的快速检测。     

南海海域4种笛鲷的微卫星DNA分析

摘要：采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，从20对西大西洋笛鲷（Lutjanus campechamus）的微卫星引物中筛选适用于红鳍笛鲷（L．erythopterus）、勒氏笛鲷（L.russellii）、紫红笛鲷（L.argentimaculatus）和约氏笛鲷（L.johnii）基因组分析的微卫星引物，分析4种笛鲷的遗传多样性及系统发生。经反应条件的优化，从20对引物中筛选出17对可稳定扩增出特异片段的引物。通过测序证实扩增产物含微卫星位点后，以该17对引物对4个种的群体进行遗传多样性分析。其中16对可在约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带，分别有65％、65％、60％呈现出种内多态：15对可在红鳍笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带，并且全部呈现出种内多态。四种笛鲷中，红鳍笛鲷的多态性最高，高度多态基因座占检测座位的66．67％；勒氏笛鲷的多态性最低，低度多态基因座占43．75％。获得3个种间特异性分子标记。用风和DA两种方法计算4种笛鲷的遗传距离，构建了系统发生树。     

Primers to block the amplification of symbiotic apostome ciliate 18S rRNA gene in a PCR-based copepod diet study

Pelagic copepods play an important role in the marine food web. However, a full understanding of the ecological status of this zooplankton group depends on the careful study of their natural diets. In previous PCR-based copepod diet studies, we found many apostome ciliates that live symbiotically under the exoskeleton of the copepods, and their sequences were often over-represented in the 18S rRNA gene （18S rDNA） libraries. As a first step to address this issue, we designed three apostome ciliate 18S rDNA blocking primers, and tested their blocking efficiency against apostome ciliate 18S rDNA under various PCR conditions. Using a semi-quantitative PCR method, we optimized the conditions to efficiently amplify the 18S rDNA of the prey while simultaneously excluding the symbiotic apostome ciliates. This technique will facilitate PCR-based diet studies of copepods and other zooplankton in their natural environments.     

Use of species-specific PCR for the identification of 10 sea cucumber species

We developed a species-specific PCR method to identify species among dehydrated products of 10 sea cucumber species. Ten reverse species-specific primers designed from the 16S rRNA gene, in combination with one forward universal primer, generated PCR fragments of ca. 270 bp length for each species. The specificity of the PCR assay was tested with DNA of samples of 21 sea cucumber species. Amplification was observed in specific species only. The species-specific PCR method we developed was successfully applied to authenticate species of commercial products of dehydrated sea cucumber, and was proven to be a useful, rapid, and low-cost technique to identify the origin of the sea cucumber product.     

利用RAPD和ISSR引物对三系杂交水稻及其父母本的鉴定

为了鉴定杂交种子与父母本的亲缘关系，用20条随机引物和21条ISSR引物在供试的一组三系杂交水稻F1、父母本及对照进行扩增。20条RAPD引物共扩增出78个条带，其中28条为多态性条带；21条ISSR引物共扩增出72个条带，其中多态性条带为20条。将这些多态性条带进行聚类分析，F1与父、母亲缘关系较近归为一类．随后它们才与对照归为一类。结果表明RAPD和ISSR引物的PCR扩增均能有效地鉴定三系杂交水稻的杂种F1与组合中父、母本的遗传关系。与RAPD相比ISSR引物在三系杂交水稻及其父母本的鉴定中具有稳定性更好的优点。     

不同保存条件下中华哲水蚤基因组DNA提取的比较

以采自厦门港的中华哲水蚤(Calanus sinicus)为对象，研究多种保存条件对中华哲水蚤基因组DNA提取的影响。结果表明，除5％福尔马林保存的样品没有提取到DNA之外，其余样品均能成功提取出基因组DNA；以该DNA为模板通过相应引物成功扩增出线粒体DNACOI基因片段。其中无水乙醇保存样品提取可靠的基因组DNA方法的建立，为野外样品保存工作提供了一个简便，经济的途径。     

南黄海和渤海近海海域中华哲水蚤的现场摄食研究

桡足类是海洋生态系统中初级生产者和较高营养级消费者之间的关键联系环节,掌握桡足类的现场食物组成对于准确评估海洋食物网中的营养关系和能量转移至关重要。本研究中,我们以中华哲水蚤这一在中国、日本以及韩国近海具有重要生态地位的大型哲水蚤属桡足类为研究对象,应用之前开发的基于PCR的克隆技术,通过分析中华哲水蚤所摄食生物的18S rDNA序列,研究了中华哲水蚤的现场食物组成。结果揭示了南黄海（Y19站位）和渤海（B49站位）中华哲水蚤食物组成的多样性。共检测出43个操作分类单元（OTUs）,分别隶属于13个类群：硅藻（Bacillariophyta）、甲藻（Dinoflagellata）、硅鞭藻（Dictyochophyceae）、金藻（Chrysophyta）、Katablepharidophyta、浮生藻（Pelagophyceae）、无根虫（Apusozoa）、水螅水母（Hydrozoa）、栉水母（Ctenophora）、棘皮动物（Echinodermata）、被囊动物（Tunicata）、毛颚动物（Chaetognatha）以及海洋真菌。结果还表明,当发生藻类暴发时,中华哲水蚤可以摄食引发藻类暴发的藻种。当周围海域浮游植物的丰度相对较低时,中华哲水蚤可以选择摄食各种后生动物尤其是水螅水母和栉水母的卵、幼虫或者有机碎屑。我们的研究结果表明中华哲水蚤是一种杂食性桡足类,它对食物的选择依赖其生活海域中食物的可获得性。