低氧胁迫对军曹鱼幼鱼免疫相关基因转录水平表达的影响

为研究低氧胁迫对军曹鱼幼鱼免疫功能的影响,将幼鱼暴露于溶氧浓度为(3.15±0.21) mg/L的水体28 d,测定不同时间点肿瘤坏死因子α (TNFα)、肿瘤坏死因子α诱导蛋白3 (TNFAIP3)、白细胞介素1β (IL-1β)、白细胞介素1受体2 (IL-1R2)、白细胞介素17C (IL-17C)和热休克蛋白70 (HSP70)等免疫相关基因在幼鱼鳃、肝脏、肠道和脾脏中的转录水平表达量。结果显示:(1)在幼鱼的鳃中,TNFα 和 IL-1R2 基因转录水平表达量在胁迫1 d和14 d时极显著低于对照组(p<0.01),胁迫 28 d则分别表现为极显著(p<0.01)和显著下降(p<0.05);TNFAIP3在胁迫1 d时极显著升高(p<0.01),在胁迫7 d和14 d时则分别表现为显著(p<0.05)和极显著(p<0.01)下降;IL-1β在胁迫1 d时极显著下降(p<0.01)后极显著升高 (p<0.01);IL-17C在胁迫7 d和14 d时极显著下降(p<0.01);HSP70 在胁迫1 d时显著下降(p<0.05),在胁迫14 d和28 d时均极显著降低(p<0.01);(2)在肝脏中,TNFα 和 IL-1R2 基因转录水平表达量在胁迫1 d和28 d时显著下降(p<0.05),在胁迫14 d时则极显著降低(p<0.01);TNFAIP3在胁迫1 d时极显著上升(p<0.01),在胁迫14 d和28 d时则极显著下降(p<0.01);IL-1β在所有胁迫时间点均极显著上升(p<0.01);IL-17C 在胁迫7 d、14 d和28 d时均极显著低于对照水平(p<0.01);HSP70基因表达量持续上升,并于胁迫28 d时达到顶峰(p<0.01);(3)在肠道中,TNFα、IL-1β、IL-1R2、IL-17C和HSP70基因转录水平表达量在胁迫的所有时间点均极显著高于对照组(p<0.01),TNFAIP3在胁迫1 d时表达量极显著升高(p<0.01)后下降,在胁迫7 d和14 d时分别与对照组具有显著(p<0.05)和极显著差异(p<0.01);(4)在脾脏中,TNFα和IL-17C 基因转录水平表达量在胁迫1 d、7 d和14 d时极显著下降(p<0.01),在胁迫28 d时则显著降低(p<0.05);IL-1β在胁迫1 d和28 d时极显著下降(p<0.01),在胁迫7 d和14 d时则显著降低(p<0.05);IL-1R2在胁迫1 d、7 d和28 d时极显著下降(p <0.01),在胁迫14 d时则显著下降(p<0.05);HSP70基因表达量在胁迫1 d、7 d和28 d时均极显著下降(p<0.01)。研究结果表明,28 d的低氧胁迫后,军曹鱼幼鱼免疫基因的转录表达水平发生显著性变化,预示长时间的低氧可能抑制了军曹鱼的免疫功能,引发肠道炎症,并增加了军曹鱼感染病原菌的风险。     

盐度驯化对虹鳟幼鱼鳞片再生过程MMP2和MMP9基因表达的影响

【目的】揭示MMP2和MMP9在虹鳟(Oncorhynchus mykiss)幼鱼鳞片再生过程中的作用及盐度驯化对鳞片再生的影响。【方法】基于虹鳟转录组数据提取MMP2和MMP9基因序列信息,基于二基因氨基酸序列进行MMPs基因的系统进化分析;设置盐度驯化组(盐度27)和对照组(盐度3),分别采集两组虹鳟幼鱼在鳞片再生过程中不同时间(1、3、7、14、21 d)的正常鳞和再生鳞样品,利用实时荧光定量PCR技术检测MMP2和MMP9基因的表达水平。【结果】系统发育树分析表明,虹鳟MMP2和MMP9均与大西洋鲑(Salmo salar)相应MMPs先聚为一支,再与其他鱼类MMPs聚为硬骨鱼类分支;对照组再生鳞MMP2和MMP9表达水平均总体呈先升后降趋势,在7 d时表达量最高;盐度驯化组再生鳞MMP2基因表达水平变化趋势为先升后降,在3 d时表达量达到最大值,而MMP9基因的表达水平呈降低趋势。【结论】MMP2和MMP9在鳞片再生过程中基因表达水平的变化可作为成骨细胞和破骨细胞增殖分化的特征之一;盐度驯化抑制了虹鳟鳞片再生过程中MMP2和MMP9表达水平,表明盐度变化对骨再生过程有抑制作用...     

低氧胁迫对军曹鱼幼鱼免疫相关基因转录水平表达的影响

为研究低氧胁迫对军曹鱼幼鱼免疫功能的影响,将幼鱼暴露于溶氧浓度为(3.15±0.21) mg/L的水体28 d,测定不同时间点肿瘤坏死因子α(TNFα)、肿瘤坏死因子α诱导蛋白3 (TNFAIP3)、白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素1受体2 (IL-1R2)、白细胞介素17C (IL-17C)和热休克蛋白70 (HSP70)等免疫相关基因在幼鱼鳃、肝脏、肠道和脾脏中的转录水平表达量。结果显示:(1)在幼鱼的鳃中,TNFα和IL-1R2基因转录水平表达量在胁迫1 d和14 d时极显著低于对照组(p<0.01),胁迫28 d则分别表现为极显著(p<0.01)和显著下降(p<0.05);TNFAIP3在胁迫1 d时极显著升高(p<0.01),在胁迫7 d和14 d时则分别表现为显著(p<0.05)和极显著(p<0.01)下降;IL-1β在胁迫1 d时极显著下降(p<0.01)后极显著升高(p<0.01);IL-17C在胁迫7 d和14 d时极显著下降(p<0.01);HSP70在胁迫1 d时显著下降(p<0.05),在胁迫1...     

军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析

为了研究低氧胁迫下军曹鱼肠道转录组中单核苷酸多态性(SNP)标记位点及SNP所在基因SNP-Unigene的作用,通过SOAPsnp软件对军曹鱼幼鱼对照组和低氧胁迫转录组测序结果进行SNP检测,并将其比对到GO、KOG、KEGG数据库进行功能注释。结果显示,军曹鱼转录组SNP位点分布在26 120条SNP-Unigene上,共检测到431 845个SNP位点,SNP平均发生频率约为1/171 bp;SNP-Unigene功能注释发现,在低氧胁迫条件下,军曹鱼SNP-Unigene主要涉及信号转导、传染病、癌症和内分泌系统等信号通路。进一步筛选到3 417条SNP-Unigene被注释到MAPK信号通路等35条与免疫相关的通路中。基于转录组差异基因分析,检测了其中7个重要免疫通路中18个免疫相关基因的SNP位点分布情况。同时,也检测了HIF-1信号通路中PIK3CA等8个差异基因的SNP位点分布情况。研究结果将为进一步挖掘免疫及低氧相关SNP的分子遗传标记奠定基础,为军曹鱼低氧适应机制的深入研究提供科学参考。