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为研究仿刺参昼伏夜出行为节律的内源性调控机制,需要先筛查出仿刺参是否具有能够调控生物节律的生物钟基因。本研究通过Blastp,将KEGG数据库中哺乳动物和果蝇的昼夜节律通路成员基因与仿刺参全基因组进行同源比对,筛选仿刺参基因组中的同源生物钟基因,并参考不同光照条件下仿刺参触手转录本数据,对相关基因在不同光照条件下的表达量进行初步分析。结果显示,在仿刺参全基因组中找到了绝大部分具有较好注释的同源候选生物钟基因,包括CLOCK(Circadian Locomotor Output Cycles Kaput)、BMAL1 (Brain and Muscle Arnt-Like 1)/CYC(Cycle)、TIM (timeless)等,但PER (Period)和DEC (class B basic helix-loop-helix protein 2/3)基因未能匹配到有效的同源基因;转录本的数据表明,在120 lx光照1 h与120 lx光照5 min比较组中(Lt1h:Lt5m),发现只有CLOCK基因具有显著的下调表达(log2FC=-1.1209),其他生物钟... 相似文献
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