Phylogenetic analysis of Pectinidae(Bivalvia) based on the ribosomal DNA internal transcribed spacer region

The ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) region is a useful genomic region for understanding evolutionary and genetic relationships. In the current study, the molecular phylogenetic analysis of Pectinidae (Mollusca: Bivalvia) was performed using the nucleotide sequences of the nuclear ITS region in nine species of this family. The sequences were obtained from the scallop species Argopecten irradians, Mizuhopecten yessoensis, Amusium pleuronectes and Mimachlamys nobilis, and compared with the published sequences of Aequipecten opercularis, Chlamys farreri, C. distorta, M. varia, Pecten maximus, and an outgroup species Perna viridis. The molecular phylogenetic tree was constructed by the neighbor-joining and maximum parsimony methods. Phylogenetic analysis based on ITS1, ITS2, or their combination always yielded trees of similar topology. The results support the morphological classifications of bivalve and are nearly consistent with classification of two subfamilies (Chlamydinae and Pectininae) formulated by Waller. However, A. irradians, together with A. opercularis made up of genera Amusium, evidences that they may belong to the subfamily Pectinidae. The data are incompatible with the conclusion of Waller who placed them in Chlamydinae by morphological characteristics. These results provide new insights into the evolutionary relationships among scallop species and contribute to the improvement of existing classification systems.     

仿刺参体壁再生过程中两个核糖体蛋白基因的表达差异

本研究首次从仿刺参(Apostichopus japonicus)体壁中克隆得到核糖体蛋白L30(ribosomal protein L30,RPL30)的c DNA全长序列(Gen Bank:JQ770165),该序列包括56 bp的5′-UTR,162 bp的3′-UTR和339b p的开放阅读框,共编码112个氨基酸;Blast比对分析结果显示该序列的核苷酸序列以及推导的氨基酸序列与其他物种的同源性均在75%以上;RPL30基因在仿刺参各组织中均有表达,其中肠、体腔细胞、纵肌、体壁中表达量分别为呼吸树的7.24倍(P0.01)、4.47倍(P0.01)、3.12倍(P0.05)、1.35倍(P0.05);仿刺参体壁再生不同阶段核糖体蛋白基因RPL30和RPL17的表达存在差异,体壁再生第7 d时RPL30基因的表达出现峰值,为对照组的2.13倍(P0.05),其余天数的相对表达量均低于对照组,其中第1、5、6d的表达量与对照组差异均显著(P0.05);RPL17基因在再生第2、5d分别出现峰值,分别为对照组的7.47倍和5.60倍(P0.05),其余各天的表达量与对照组差异不显著(P0.05)。研究结果表明核糖体蛋白基因除构成核糖体参与蛋白质合成外,还有着各自的核糖体外功能。本研究结果将为进一步研究仿刺参蛋白质合成、再生及多种生理活动的调控机制奠定基础。     

2株无抗肿瘤活性放线菌野生株的抗生素抗性突变株及其抗肿瘤活性筛选

以2株放线菌无活性野生株M15(海洋)和M13(陆地)为原始菌,利用核糖体工程抗性筛选技术,通过对M15的链霉素、新霉素、利福平、庆大霉素抗性筛选,得到抗性突变株共63株,经对M13的链霉素抗性筛选,得到链霉素抗性突变株18株。其中,6株M15突变株在活性测试中示有抗肿瘤活性,100μg/mL样品对K562细胞的抑制率大于30%,活性最强的1株新霉素8μg/mL抗性突变株CTM154-8N抑制率高达93.3%,而从M13突变株中没有发现活性突变株。     

陆地与海洋来源放线菌次级代谢能力的核糖体工程改造

以3株抗肿瘤活性新化合物产生菌放线菌野生株YN17707(陆地)、18522(陆地)和007(海洋)为出发菌,用核糖体工程抗生素抗性筛选技术,改造次级产物代谢生产能力。通过链霉素抗性筛选,得到突变株212株,经发酵产物的TLC和HPLC分析,高产原始菌所产化合物的突变株87株(41%),可产新产物的突变株22株(10%)。在18522的108株突变株中,高产突变株达53.7%(58株),产新产物突变株达11.1%(12株),链霉素抗性筛选对18522的效果较为理想。     

福建东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻的分子系统分类和遗传多样性研究

本研究利用核糖体大亚基5'端序列PCR-RFLP以及转录单元内间隔区(Internal TranlsclqIbed Sppacer,rrS)序列分析相结合的方法,首次对福建东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻进行了分子系统分类和遗传多样性研究.PCR-RFLP分析发现东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻都属于C系群共生藻,而ITS序列的序列分析结果表明东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻都属于C1亚系群.研究结果表明ITS序列进化速度快,适合于造礁石珊瑚共生藻属亚系群水平的鉴定.而东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻的多样性低,暗示东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻共生系统面对外界环境压力的适应能力较低.     

柳珊瑚分子系统发育学的研究进展

珊瑚分子系统发育学研究始于90年代初,用于柳珊瑚分子系统学研究的主要分子标记是线粒体DNA和核糖体RNA。本文在重点介绍了柳珊瑚种群遗传多样性和柳珊瑚种上阶元系统发育学两方面的研究进展和所取得研究成果的同时,也讨论了珊瑚虫纲的系统发生关系。最后在简单引述了柳珊瑚分子系统发育学同传统形态分类学方法之间关系的同时,也对柳珊瑚分子系统发育学今后的重点研究方向做了预测。     

睡莲类植物ITS nrDNA序列的分子系统发育分析

睡莲类植物是目前植物分子系统学与进化研究的一个重要类群。核基因组的ITS区是核核糖体（nrDNA)转录单位的一部分。测定和分析了5个属的7种睡莲类植物的核核糖体ITS序列，并与GenBank中提取的相关序列进行了组合分析，初步获得了睡莲类植物的2个ITS系统树，结果也支持现有分子系统学研究中有关金鱼藻处于较原始位置的观点。     

鄂霍次克海冷泉沉积物真核生物多样性的初步研究

从鄂霍次克海沉积物样品中提取总基因组DNA,进行核糖体rRNA基因内转录间隔区(ITS)的扩增,构建克隆文库并进行测序,对该环境下真核生物的多样性进行了初步研究。结果发现,该环境下的真核生物具有较高的多样性,主要为3大类,真核藻类、真菌和微型浮游动物。藻类和微型浮游动物的组成与前人在该海域浮游生物生态学的研究相吻合,而真菌群落具有较高的多样性,这为该区域真核生物多样性、所参与的生物地球化学过程及生态学意义的研究奠定了基础。     

巨蛎属牡蛎DNA序列的比较及鉴定

【目的】了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。【方法】对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。【结果】无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。【结论】tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。     

胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因序列变异分析

设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18S核糖体RNA基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18S核糖体RNA基因片段进行了V,sp I和Bsh NI RFLP分析,发现5种操作分类单元(OTU),并对这些OTU的代表克隆进行了测序。分析发现获得的克隆均属于桡足亚纲。根据各OTU覆盖的克隆数计算的胶州湾浮游桡足类遗传多样性指数为0．96。特定基因序列分析能提供易整合、易比较的多样性数据,也是建立浮游生物群落结构分子生物学剖分方法的基础和形态分类的补充。