文蛤属(Meretrix)16S rRNA基因及ITS1序列的系统学分析

利用线粒体16SrRNA基因片段及核糖体DNA转录间隔区ITS1序列分析的方法,以近缘属的青蛤(Cyclinasinensis)为外群,对文蛤属的文蛤(M.meretrix)、丽文蛤(M.lusoria)、帘文蛤(M.lyrata)和斧文蛤(M.lamarckii)4种贝类进行了系统学研究。经ClustalX多重比对及DNAsp软件分析后,用PAUP4.0分析软件,计算出种间序列的碱基转换/颠换频率,利用邻接法NJ构建系统发育树。结果表明,帘文蛤与该属其他三种的分歧时间较早,两类序列与其他种类间的相对遗传距离分别在0.25866—0.28218和0.15644—0.20104之间。文蛤与丽文蛤间的16SrDNA及ITS1序列间的遗传距离仅为0.04805和0.04201,拓扑结构图显示关系很近,并且二者的分布区大面积重叠,其序列间的转换/颠换频率接近种内单元型(haplotype)间的序列变化,鉴于它们的贝壳形态有一定差别,应归为同一个种内的不同地理亚种比较恰当。     

2种分子标记应用于澄黄滨珊瑚群体遗传多样性研究中的可行性

利用PCR技术对澄黄滨珊瑚的2种分子标记（线粒体细胞色素氧化酶亚基1基因COI和核糖体RNA内转录间隔区基因ITS）进行测序,探讨COI序列和ITS序列在澄黄滨珊瑚（Porites lutea）群体研究中的适用性,并从中选出最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记．结果显示COI序列变异位点少,成对序列差异在群体内、群体间都很小,不适于澄黄滨珊瑚的群体研究;而ITS区序列个体内成对的序列差异仅为0．35％,可以作为研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记;通过对ITS1、ITS2、5．8SrRNA、ITS1＋ITS2及ITS区序列的比较,认为ITS1＋ITS2序列是最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记．本研究为以后研究我国沿岸造礁石珊瑚澄黄滨珊瑚的群体遗传结构提供方法依据,从而为保护管理扣恢复受损珊瑚礁生态系统提供遗传学数据支持．     

Phylogenetic analyses of four species of Ulva and Monostroma grevillei using ITS, rbc L and 18S rDNA sequence data

Chlorophyta species are common in the southern and northern coastal areas of China. In recent years, frequent green tide incidents in Chinese coastal waters have raised concerns and attracted the attention of scientists. In this paper, we sequenced the 18S rDNA genes, the internal transcribed spacer (ITS) regions and the rbcL genes in seven organisms and obtained 536-566 bp long ITS sequences, 1 377-1 407 bp long rbcL sequences and 1 718-1 761 bp long partial 18S rDNA sequences. The GC base pair content was highest in the ITS regions and lowest in the rbcL genes. The sequencing results showed that the three Ulva prolifera (or U. pertusa) gene sequences from Qingdao and Nan’ao Island were identical. The ITS, 18S rDNA and rbcL genes in U. prolifera and U. pertusa from different sea areas in China were unchanged by geographic distance. U. flexuosa had the least evolutionary distance from U. californica in both the ITS regions (0.009) and the 18S rDNA (0.002). These data verified that Ulva and Enteromorpha are not separate genera.     

长心卡帕藻的形态结构观察与分子鉴定

通过形态构造观察和分子生物学相结合的方法,对栽培于我国海南的长心卡帕藻(Kap-paphycus alvarezii)株系XC-03(陵水)和麒麟菜族未知种株系LD-02(三亚)和LD-06(三亚)进行了鉴定,并与细齿麒麟菜(Eucheuma denticulatum)株系TSNY-05进行比较分析,结果表明:长心卡帕藻株系XC-03与麒麟菜族未知种株系LD-02和LD-06之间在分枝形状、长短、分布以及突起数量等藻体外部形态特征方面具有明显差异;它们的表皮、皮层和髓部细胞大小、皮层细胞层数和胶质层厚度等显微结构特征亦不相同,但分子鉴定表明该3个株系为同一个种,即长心卡帕藻。它们的ITS序列相似度为99.69%~99.85%,株系XC-03与LD-02之间仅有1个碱基转换和1个碱基颠换,株系XC-03与LD-06和株系LD-02与LD-06之间均分别仅有1个碱基转换和1个碱基颠换。长心卡帕藻与细齿麒麟菜的ITS序列相似度只有41.28%,两者差异较大。用RAPD,ISSR和ITS标记分析表明长心卡帕藻3个株系的两两间遗传距离分别介于0.122 9~0.153 5,0.068 8~0.112 4和0.002~0.005。用neighbor-joining和UPGMA聚类分析皆显示长心卡帕藻株系XC-03与LD-06的亲缘关系较近,与株系LD-02相对较远,而细齿麒麟菜单独列为一支。该研究为长心卡帕藻的种质鉴定和遗传育种研究提供了依据。     

太湖梅梁湾水华微囊藻基因型组成和产毒微囊藻丰度的变化

采用基于ITS序列的PCR-DGGE方法分析了太湖梅粱湾水华暴发过程中(6-11月)微囊藻的不同基因型组成的变化,同时利用针对微囊藻毒素合成酶基因mcyA和微囊藻特异性的16S rDNA部分核苷酸序列的引物,应用实时荧光定量PCR方法(qRT-PCR)分析水华样品中产毒微囊藻与总微囊藻的量.通过两者的比值反映产毒微囊藻丰度.结果表明,在发生水华的不同时期,微囊藻的基因型组成发生了变化,其中以8月末、9月和10月的基因型最多,基因型M5和M10存在于整个水华发展过程中.共检测到12种主要的基因型,每个基因型在水华的不同时期所占的比例互不相同.实时荧光定量PCR结果显示从6月到10月,产毒微囊藻的丰度呈增大的趋势,从0.750%增加到32.16%,而11月产毒微囊藻的丰度显著下降.     

智能交通系统(ITS)概述及我国的发展对策选择

智能交通系统（IntelligentTransportSystem , 简称ITS） 作为一种崭新的技术手段和管理思维已成为世界各国目前普遍关注并大力开发的热点领域。智能交通系统代表了世界科技发展的最高水平, 是全面治理、解决交通运输问题的顶端技术, 它第一次真正实现了人、车、路的有机结合和协调发展, 从而充分体现了经济、社会、生态效益的最大化和交通发展的可持续性。本文概述了ITS的基本概念、基本目标及主要内容, 介绍了世界主要国家ITS的发展现状, 在此基础上, 提出了我国发展ITS的四项主张。     

鱼类致病杀鲑诺卡氏菌(Nocardia salmonicida)特异性PCR检测方法的建立

鱼类诺卡氏菌病是全球性的鱼病,杀鲑诺卡氏菌(Nocardia salmonicida)是引起鱼类诺卡氏菌病的主要病原之一。根据杀鲑诺卡氏菌16S-23S转录间隔区(ITS)序列设计引物,建立特异性PCR检测杀鲑诺卡氏菌的方法。结果表明,筛选的PCR引物可特异性地扩增出杀鲑诺卡氏菌的ITS片段,检测灵敏度(DNA浓度)为28.3 pg·μL-1。检测人工感染杀鲑诺卡氏菌的鱼组织,结果显示,该方法可从未分离到病原菌的病鱼组织中检出阳性片段,较传统细菌分离鉴定方法更为高效灵敏。     

基于GDF的道路网完全拓扑生成算法

拓扑关系生成是导航空间数据库构建的一个关键环节。该文根据ISOGDF4.0的要求和道路网拓扑关系的特点,研究了一种道路网完全拓扑关系的生成算法,即根据点的几何坐标生成结点—边拓扑关系的算法,以及从标识点出发利用Qi算子生成部分非传统面拓扑关系的算法。实验表明,此算法的时间效率较高,特别是部分面拓扑关系的定义及生成算法能满足实际导航应用的需要。     

缘管浒苔5.8S rDNA及其转录间隔区的序列测定及分析

利用PCR扩增、克隆和测序的方法对青岛市红岛虾池生长的缘管浒苔(Enteromorpha linza)的5.8S rD-NA及其转录间隔区ITS序列进行了分析,并依据ITS序列构建了浒苔属不同种之间的进化树。结果表明,获得了核糖体DNA完整的ITS和5.8S rDNA序列,ITS1为195 bp,5.8S rDNA为155 bp,ITS2为184 bp,总长度GC含量为63%。缘管浒苔与浒苔和曲浒苔的序列差异百分率较小,分别为2.4%和4.6%,与(U.olivascens)的序列差异百分率最大,为16.7%。Kimura-2参数遗传距离结果表明缘管浒苔和浒苔的遗传进化关系较近。     

江西柘林湖水华蓝藻——长孢藻(Dolichospermum)的形态多样性及其分子特征

长孢藻是具有产多种蓝藻毒素及异味物质潜在能力的丝状异形胞蓝藻.为了探究长孢藻的生物学特性,我们从江西柘林湖分离24株长孢藻,经形态鉴定分成4个种类,分别为浮游长孢藻(Dolichospermum planctonicum)、近亲长孢藻(D. affine)、卷曲长孢藻(D. circinale)、螺旋长孢藻(D. spiroides). 16S rRNA基因序列表明柘林湖长孢藻与日本等地区的长孢藻高度相似,但只有近亲长孢藻与日本近亲长孢藻在分子系统进化树上聚为一支.基于16S-23S rRNA之间高变异性的ITS序列分析,4种长孢藻的D1-D1'螺旋结构相同,藻丝为直型的浮游长孢藻、近亲长孢藻与藻丝为弯型的卷曲长孢藻、螺旋长孢藻的Box-B、V3螺旋结构差异较大.通过对毒素和异味的分子生物学检测显示24株长孢藻均不产毒,但是4株浮游长孢藻及1株卷曲长孢藻含有土腥素合成基因.本研究不仅对柘林湖水华蓝藻的多样性以及潜在生态风险提供科学的基础资料,也在流域层面上为鄱阳湖的水生态系统研究和保护提供了一定的科学基础.