基于18S和ITS-5.8S rDNA基因序列的白色霞水母(Cyanea nozakii)的分子鉴定与检测

采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。     

山东半岛南北两侧海域真核浮游生物群落特征及与环境因子的相关性分析

为了解山东半岛南北两侧的烟台崆峒岛(KTD)海域和日照东港(DG)海域真核浮游生物群落特征,采用高通量测序技术,以18S rDNA V4区为目标基因,对2017年10月至2018年7月两海域的真核浮游生物多样性进行了检测;同期测定两海域的环境因子(溶解氧、氨氮含量等10个理化指标),并与真核浮游生物丰富度做相关性分析。实验结果表明:通过高通量测序技术共鉴定出浮游生物455种,其中,KTD海域共检测出真核浮游生物36个门类424种;DG海域共检测出真核浮游生物34个门类365种。绿藻门(Chlorophyta)、硅藻门(Diatomea)是两海域浮游植物中整体丰度最高的门类。KTD海域,绿藻门各月丰度在3.0%—21.3%之间,其中2018年7月(K1807)最高,达到了21.3%;硅藻门各月丰度在2.0%—16.59%之间,其中2018年2月(K1802)最高,达到了16.59%。DG海域,绿藻门各月丰度在2.0%—12.3%之间,其中2017年11月份(D1711)最高,达到了12.3%;硅藻门各月丰度在2.0%—47.0%之间,其中1月(D1801)最高,达到了47.0%。占优势地位的浮游动物主要是节肢动物门类的物种,其每月丰度分别在6.0%—38.9%和7.6%—48.6%之间。环境因子相关性分析表明水温、DO、pH、硅酸盐、硝酸盐氮等环境因子为影响该海域浮游生物群落结构的主要因子。研究结果对了解双壳经济贝类养殖区饵料组成及其在时空的变化,对海岸带食物网、生态基础管理和海洋经济贝类养殖生产等方面提供数据支撑。     

川纹笛鲷消化道优势菌群PCR-DGGE指纹图谱比较分析

采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术（DGGE）对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷（Lutjanus sebae）的消化道胃壁、胃内容物、肠壁、肠内容物优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示,川纹笛鲷消化道存在着丰富多样的细菌群落,对DGGE指纹图谱聚类分析表明菌群组成相似度高于55％,其中胃内容物及胃壁细菌组成相似度最高（90％）,这可能与摄食饵料在消化道推移有关;而胃壁与肠壁相似度相对最差,可能反应了由于生理环境不同引起的宿主差异性。通过建立川纹笛鲷消化道16S rDNA-DGGE指纹图谱及比较分析,为澄清川纹笛鲷消化道微生物区系奠定了基础。     

有棘无棘两种表型栉江珧28S和COI基因序列差异的比较

在形态学分析的基础上,对有棘和无棘两种不同表型栉江珧(Atrina pectinata)的28S rDNA和COI基因片段进行序列分析比较.结果显示这两种表型的DNA序列差异很小,28S rDNA(1 075 bp)无差异,而COI(659 bp)碱基差异最大为1.5%,不能提供这两种表型的栉江珧划分为两个种的证据.     

Molecular phylogenetic analysis of attached Ulvaceae species and free-floating Enteromorpha from Qingdao coasts in 2007

Based on the sequence data of the nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer(ITS) 1,5.8 S,and ITS 2,the molecular phylogeny was analyzed on Ulvaceae species collected from Qingdao coasts in summer of 2007,including 15 attached Ulva and Enteromorpha samples from 10 locations and 10 free-floating Enteromorpha samples from seven locations.The result supported the monophyly of all free-floating Enteromorpha samples,implying the unialgal composition of the free-floating Enteromorpha,and the attached Ulvaceae species from Qingdao coasts were grouped into other five clades,suggesting that they were not the biogeographic origin of the free-floating Enteromorpha in that season.     

Molecular phylogenetic analysis of attached Ulvaceae species and free-floating <Emphasis Type="Italic">Enteromorpha</Emphasis> from Qingdao coasts in 2007

Based on the sequence data of the nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) 1, 5.8 S, and ITS 2, the molecular phylogeny was analyzed on Ulvaceae species collected from Qingdao coasts in summer of 2007, including 15 attached Ulva and Enteromorpha samples from 10 locations and 10 free-floating Enteromorpha samples from seven locations. The result supported the monophyly of all free-floating Enteromorpha samples, implying the unialgal composition of the free-floating Enteromorpha, and the attached Ulvaceae species from Qingdao coasts were grouped into other five clades, suggesting that they were not the biogeographic origin of the free-floating Enteromorpha in that season. Supported by NSFC (40506030); the Innovative Key Project of the Chinese Academy of Sciences (KZCX2-YW-209); Science & Technology Project of Qingdao City (06-2-2-12-JCH)     

海鞘血细胞培养和细菌污染控制

以海鞘(Ciona savignyi)为研究对象,考察了海鞘血细胞原代培养方法及培养中细菌污染的鉴定和控制.血细胞在培养1 h后贴壁,细胞基本以圆形细胞为主,变形细胞一般呈不规则形.变形细胞存活时间较短,而圆形细胞存活时间较长.对于培养过程中的细菌污染,通过细菌分离、培养和纯培养发现两类菌株检出率较高,均为革兰氏阴性菌.经PCR扩增16S rDNA基因序列片断,结果显示这两类菌株分别属于弧菌属(Vibrio)和施万氏菌属(Shewanella).药敏试验结果显示,弧菌属对氯霉素和环丙沙星等具有较强的敏感性;对施万氏菌属较敏感的药物依次为亚胺培南和氯霉素等.最后比较了几种抗生素组合控制血细胞培养中细菌污染的使用效果,其中氯霉素、亚胺培南加双抗的组合有较好的抑菌效果并对培养细胞的贴壁和生长没有影响.     

冬季刺参养殖环境与肠道内细菌菌群的研究

运用传统细菌分离培养与分子生物学技术相结合的方法,对2008年11月至2009年1月冬季刺参(Apostichopus japonicus Liao)养殖池塘环境(养殖水、底泥、附着基)及刺参肠道内的细菌菌群进行了分析。应用平板稀释涂布培养计数法测得刺参养殖池塘水体、底泥、附着基和肠道细菌数量分别为0.75×102～1.4×104cfu/mL、8.7×104～8.1×105cfu/g、3.8×105～2.8×106cfu/g、7.1×105～1.5×107cfu/g;根据形态学差异从培养所得的细菌中筛选得到22株菌,用限制性内切酶Rsa I和Msp I对所分离菌株进行ARDRA(Amplified rDNA Restriction Analysis)分析,这22株菌被分为8种不同的分类单元(Operational Taxonomic Unit,OTU),其中OTU2与OTU3所包含的菌株分别占分离菌株种数的30%和20%;此外,作者对不同环境培养所得的优势度最高的细菌进行分子鉴定分析。结果表明:水环境中优势菌为施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)、门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina)及巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium),沉积物中优势菌为巨大芽孢杆菌(B.megaterium)、施氏假单胞菌(P.stutzeri)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis),附着基中优势菌为巨大芽孢杆菌(B.megaterium)、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis),灿烂弧菌(Vibrio splendidus),肠道中优势菌为巨大芽孢杆菌(B.megaterium)、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis),灿烂弧菌(V.splendidus)、施氏假单胞菌(P.stutzeri)。通过对冬季刺参池塘细菌菌群多样性分析和优势菌鉴定,为筛选低温益生菌和防治刺参疾病提供了有益参考。     

3 株深海细菌的生理及分子生物学鉴定

从西菲律宾海底4954 m深的沉积物中分离到一批深海细菌,对其中编号为B2、B5、B6的3株细菌进行了生理、光学显微镜和扫描电镜观察,并且进行了分子水平鉴定。菌落呈圆球形,光滑,3株菌均带有颜色, B6菌呈乳白色, B2和 B5菌分别呈现鲜艳的橙色和红色。扫描电镜观察表明 B2和B6呈杆状,但B6菌外面覆有鞘膜, B5菌呈球状。生理实验表明,3株菌温度生长范围在37℃以下,最适生长温度分别为20、28、28℃,属于耐冷菌范畴。pH耐受范围为6~14,最适pH分别为8、8、12。3株细菌16S rRNA基因序列同源性分析表明,它们分属于芽孢杆菌(Bacillus)、节杆菌(Arthrobacter)、蛋白菌(Acinetobacter)3个不同的菌属。     

青岛潮间带沉积物可培养厌氧细菌多样性的研究

为了验证设计的简易厌氧培养方法,作者以青岛潮间带沉积物为研究对象,采用5种培养基,从青岛潮间带沉积物共分离获得138株厌氧细菌。16S r DNA序列分析表明,这些细菌分属3个门15个属32个种,其中γ-变形菌纲64株18个种,在种类上处于优势地位;此外还包括δ-变形菌纲(δ-Proteobacteria)16株2个种,ε-变形菌纲4株1个种,拟杆菌门(Bacteroidetes)29株8个种,梭杆菌门(Fusobacteria)25株3个种。在属水平上,弧菌属(Vibrio)、Marinifilum属、泥杆菌属(Ilyobacter)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、希瓦氏菌属(Shewanella)在数量上占优势。此外,有26株8种细菌(占总菌株数的18.84%)与已知菌的同源性介于89.38%~94.22%,为潜在的海洋细菌新科或新属,表明此简易厌氧菌培养方法在获得新菌方面具有较大优势。另外,研究结果还表明,不同培养基对特定的类群具有选择性:2216E培养基对γ-变形菌纲分离培养效率较高;SPG培养基在获得新菌方面具有优势(占新菌数62.5%),且这些新菌大多属于拟杆菌门和梭杆菌门,其中SPG-1培养基对于分离硫酸盐还原菌和难培养的ε-变形菌纲细菌具有优势,SPG-4培养基对分离硝酸盐还原菌具有优势。