Evidence for multiple paternity and confirmation of an Indo-Pacific origin of blacktip shark Carcharhinus limbatus occurring in South Africa

The blacktip shark Carcharhinus limbatus is a cosmopolitan species found in warm-temperate, subtropical and tropical waters around the world. The research here aimed to assess whether multiple paternity exists in South African C. limbatus and to confirm phylogeographic patterns previously observed within the species. A minimum and maximum frequency of 50% and 71% multiple paternity, respectively, were observed in 14 litters genotyped with five microsatellite markers. Based on the mitochondrial control region, relatively high nucleotide and haplotype diversity characterised the South African sampling population, and pairwise φ_ST values indicated that it significantly differed from the populations of the Pacific and the western Atlantic oceans. The haplotype network showed that the South African samples were grouped closely with the Australian, Indo-Pacific and West African C. limbatus samples, which is suggestive of an Indo-Pacific origin for this population. This study is the first to report multiple paternity in this species. Furthermore, the results reveal that C. limbatus from South Africa is genetically diverse and phylogeographically distinct from most other C. limbatus populations.     

淡水湖泊中类蛭弧菌的分离方法

从贵州阿哈湖、百花湖及云南滇池不同深度的湖水中筛选出2株宿主菌株。经16SrRNA基因序列分析,这2株宿主菌分别鉴定为肠杆菌(Enterobacteriales)和黄色单胞菌(Xanthomonadales)。分别利用这2株宿主菌,从湖水样品中获得到了类蛭弧菌噬菌斑。通过吸光度分析、用淡水类蛭弧菌的特异性引物进行基因扩增、DNA序列分析等一系列方法,证实了所分离的菌株为类蛭弧菌。建立了用同一生长环境中的宿主菌来分离类蛭弧菌的方法,并用该方法从淡水湖泊中分离出了不同类群的类蛭弧菌菌株。     

哲罗鱼(Hucho taimen)染色体组型与DNA含量分析

采用体内注射PHA和秋水仙素、肾细胞短期培养、常规空气干燥法制备哲罗鱼(Hucho taimen)的染色体。对其肾细胞染色体数目统计分析表明,哲罗鱼染色体组有84条染色体,核型公式为2n=18m+16sm+34st+16t,其染色体总臂数(NF)为118。采用流式细胞分析仪测定哲罗鱼的DNA含量,与鸡血细胞标准对照的比值为2.23±0.17,以鸡红细胞DNA含量2.30pg·N~(-1)计,则哲罗鱼的体细胞DNA含量为5.12pg·N~(-1)。哲罗鱼染色体数目和DNA含量体现为四倍体特征。     

Effects of DNA extraction and universal primers on 16S rRNA gene-based DGGE analysis of a bacterial community from fish farming water

Among many reports investigating microbial diversity from environmental samples with denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), limited attention has been given to the effects of universal primers and DNA extraction on the outcome of DGGE analysis. In this study, these effects were tested with 16S rRNA gene-based DGGE on a bacterial community from farming water samples. The results indicate that the number of discernable bands in the DGGE fingerprint differed with the primer pairs used; the bands produced by 63f/518r, 341f/926r and 933f/1387r primer pairs were obviously fewer than those by 968f/1401r. Also, we found that each DNA extraction method resulted in different community profiles, reflected by the number and intensity of bands in the DGGE fingerprint. Furthermore, the main bands (theoretically representing dominant bacteria) differed with the extraction methods applied. It is therefore believed that the effects of universal primers and DNA extraction should be given more attention and carefully chosen before performing an investigation into a new environment with DGGE.     

环境DNA技术在长江口水生生物监测中的应用潜力

环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术是一种正在蓬勃发展的生物采样监测技术,可以根据需要同时监测特定对象或多种水生生物,因其便利快捷,对检测对象和生态环境友好等优点而在水生生物资源监测中具有广阔的应用潜力.长江口水域作为我国最大的河口,是诸多水生生物季节性洄游、觅食和栖息的重要场所,因此对该水域...     

湖泊沉积物DNA在气候环境变化和生态系统响应研究中的应用

随着气候与生态问题的不断涌现,气候环境变化与生态系统响应研究的重要性日益凸显,而传统方法逐渐难以满足深入研究的需要.现代分子生物技术的快速发展使针对湖泊沉积物的DNA分析逐渐被引入相关研究中,有效弥补了传统研究方法的不足,为研究者提供了理解过去气候和环境变化、生态系统响应的新视角.湖泊沉积物中的DNA蕴藏着丰富的生物群...     

基于环境DNA宏条形码技术的赣江下游(南昌段)鱼类多样性

随着人类活动对自然生态系统的负面影响不断加剧,无创性生物多样性评估变得越来越重要。本研究旨在利用环境DNA宏条形码技术研究赣江下游南昌段鱼类多样性,并从不同季节（春、夏、秋、冬）、不同水层（上层、中层和下层）和不同取样位置（近岸和离岸）比较鱼类环境DNA信息的物种组成和多样性。结果表明：利用环境DNA宏条形码技术在赣江下游南昌段检测到鱼类114种,其中83种为历史记录种。不同季节的鱼类环境DNA信息的多样性和组成显示出极显著差异。上层水检测到的鱼类物种数分别显著多于中层水和下层水,且中层水和下层水检测到的鱼类在上层水中绝大多数都被检测到。上层水、中层水和下层水的鱼类环境DNA信息的多样性和组成不具有显著性差异。近岸检测到鱼类物种数多于离岸的,鱼类多样性指数无显著性差异,但群落结构具有显著性差异。RDA分析表明,赣江下游鱼类环境DNA受温度和pH的影响较大。本研究能够为基于环境DNA宏条形码的赣江鱼类资源的调查提供基线数据,并对后续赣江鱼类资源环境DNA宏条形码监测实施不同目的的采样策略提供依据;可为使用环境DNA宏条形码技术研究流水系统鱼类多样性提供技术参考,为环境DNA宏条形码技术应...     

基于DNA条形码技术的浮游动物休眠卵种类鉴定:以洞庭湖流域常德柳叶湖为例

以洞庭湖流域的典型城市湖泊常德柳叶湖表层沉积物中浮游动物休眠卵为研究对象,采用DNA条形码技术进行种类鉴定,从191个休眠卵中成功获得101条有效序列,鉴定成功率约为53%.根据NCBI数据库比对成功鉴定休眠卵9科12属11种,另有6个样品鉴定到属或科;3个类群的种间遗传距离平均为种内遗传距离的68倍,表明可以利用线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基编码基因(COⅠ)对休眠卵进行有效物种鉴定.通过Neighbor-Joining树进行系统发育分析,发现所鉴定的物种与其参比序列聚类为一支,所有物种分别聚为独立的一个支系,不同物种可有效区分.研究结果均表明,COⅠ基因作为DNA条形码可以实现沉积物中浮游动物休眠卵的物种鉴定.     

分子生物学在微藻分类研究中的应用

通过与传统微藻分类方法的比较,说明微藻分子分类技术的产生与发展,并从线粒体DNA（mtDNA）、叶绿体DNA（cpDNA）和核基因组DNA（nDNA）3个方面列举了分子分类技术在微藻鉴定和生理生态方面的应用,着重说明了核基困组在藻类分子检测中的作用。并对微藻分子分类技术的问题与发展进行了总结与展望。     

企鹅珍珠贝非致死性DNA提取方法的研究

在企鹅珍珠贝遗传育种研究中,为保证在贝类存活的条件下获得其DNA信息,采用企鹅珍珠贝(Pteria penguin)贝壳边缘和足丝研究非致死性DNA提取方法。不同于贝壳获取过程中会对实验贝体产生一定损伤,足丝是无生命的细胞外纤维束,其获取方法简单且属于非损伤性取样,对实验贝几乎无伤害,是潜在的获取具足丝贝类基因组DNA的优良材料。本研究采用脱钙与未脱钙两种处理方式,并结合海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒法及有机溶剂萃取法(OSE)提取贝壳及足丝DNA,对获得的贝壳DNA及足丝DNA进行PCR扩增。结果显示,足丝有机溶剂法(OSE法)提取效率显著高于贝壳DNA提取方法,脱钙足丝与未脱钙足丝的DNA提取效率无显著差异,分别为(0.016 7±0.002 9)μg/mg和(0.016 1±0.003 1)μg/mg。未脱钙足丝的OSE法获得的DNA产物纯度最优, A260/280值为1.400 0±0.040 0,A260/230值显著高于贝壳DNA及足丝DNA的其他提取方法,为0.910 0±0.080 0。除脱钙贝壳OSE法外,其他所有DNA提取方法均可用于后续PCR扩增,测序结果表明...