三种鳜鱼(Siniperca)生长激素基因的克隆及序列比较

采用长片段PCR及T-A克隆技术,从基因组DNA成功克隆翘嘴鳜、大眼鳜和斑鳜含完整阅读框的生长激素（Growth Hormone,GH）基因DNA全序列,翘嘴鳜序列全长5548bp,大眼鳜序列全长5483bp,斑鳜序列全长5789bp,提交GenBank数据库后获得注册号分别为EF205280、EF205281、EF441623。三种鳜鱼GH基因均由六个外显子、五个内含子组成;均在第二内含子中相同位置发现“AG”微卫星重复序列;均在第三内含子末端发现一处剪接位点序列的相邻重复。三种GH基因在第一、二、三内含子处存在碱基长度差异。序列间差异主要表现为邻近序列的重复、DNA片段的缺失或插入及单核苷酸多态性（SNP）。翘嘴鳜与大眼鳜GH基因编码氨基酸序列完全相同,两者与斑鳜序列在第150位有一个氨基酸残基差异。采用MEGA软件对三种鳜鱼GH基因DNA序列及编码氨基酸序列分别构建UPGMA系统发育树,结果表明,在系统发育中,斑鳜可能最先从共有祖先物种中分化出来。     

高灵敏靶标自环化滚环扩增检测的动态接头构建

针对靶标自环化滚环扩增(TC-RCA)难以高灵敏度检测的难题,本文探究了扩增过程中靶标环化效率低的原因,并构建了新型动态接头以提高靶标DNA的环化灵敏度.通过采用含有发卡结构的动态接头(18 nt),使接头的两端产生连接活性差异,探讨发卡接头打开与闭合的动态平衡在提高环化灵敏度中的作用.具体研究了发卡动态接头的稳定性和...     

海湾扇贝样品不同保存条件下DNA的提取及RAPD扩增比较

以海湾扇贝为材料，研究了鲜活样品以及采用冷冻保存、70％乙醇固定和10％福尔马林固定等方法保存的闭壳肌样品用于DNA提取的不同效果，并分析了不同保存条件下所提得DNA用于RAPD扩增的结果，研究表明，鲜活样品以及采肜冷冻保存和70％乙醇固定的样品可以得到很好的DNA，其质量和得率没有显著差异，利用上述DNA模板进行RAPD分析，可以获得一致性很好的扩增结果。10％福尔马林休固定样品则没有得到可用的DNA模板。采用70％乙醇固定保存海洋生物组织，是用于DNA提取及相关的分子生物学研究的快速、简易和有效的方法。     

不同保存方法的大黄鱼肌肉样品基因组DNA提取及RAPD分析

以－20℃冷藏、70％（V／V）乙醇、含50mmol/dm^3 EDTA的70％（V／V）乙醇和10％（V／V）福尔马林保存等方法处理大黄鱼肌肉样品，进行了DNA的提取及RAPD分析，并与新鲜样品作了对照。实验结果表明，鲜活样品以及冷冻保存、70％（V／V）乙醇以及含50mmol/dm^3EDTA的70％（V／V）乙醇保存的样品均可得到高质量的DNA，大小在21kbp左右，含量为100μm/cm^3左右。而从10％（V／V）福尔马林保存样品也能提到DNA，但其DNA得率低，约10μg/cm^3。分别以上述提取的DNA为模板进行RAPD扩增，未见有明显的差异。     

基于线粒体CO1基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用

采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。     

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)黄、渤海3个野生地理群遗传多样性的微卫星DNA分析

提要运用微卫星DNA技术，以中国对虾渤海湾群体(BH)、辽东湾群体(LD)和海州湾群体(HZ)的3个野生群共计60个个体为实验材料，进行了7个基因位点的遗传参数分析。同时对7对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估，EN0021位点提供的信息含量低于0.5，其他6对微卫星引物的PIC值均在0.5以上，适于应用于中国对虾的群体分析。结果表明，这7个微卫星位点在中国对虾3个地理群60个样品的分析中共获得了56个等位基因，对3个野生群体的7个基因位点共计21个群体位点进行了杂合度观测值(H0)和杂合度期望值(H0)计算；在Hardy-Weinberg平衡条件下，进行了P检验，发现BH和HZ各有1个群体位点发生平衡偏离，而LD有1个群体位点发生平衡偏离，还有2个群体位点已发生显著平衡偏离。但除此之外，对3个地理群间的遗传分化指数Fst值进行的计算结果表明，BH和LD之间遗传分化较弱，HZ与另2个地理群间则产生了中等程度的分化。从变异贡献率来看，有92.83％的遗传变异来自个体之间，只有7.17％的遗传变异来自群体之间。经过UPGMA聚类，发现BH群体和LD群体的亲缘关系较近，而HZ群体与前两者亲缘关系较远。     

DNA条形码技术在鱼类浮游生物鉴定中的应用及研究展望

鱼类浮游生物的准确鉴定是鱼类浮游生物研究的基础。传统的基于形态特征的鉴定不仅费时费力,而且由于缺乏足够信息,鉴定存在困难,导致物种多样性被低估。为了对物种进行准确、快速地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,就像在商店里扫描仪读取条形码那样,对每一种生物也能通过快速分析其DNA中的一小段(线粒体细胞色素c氧化酶I亚基,mt COI)加以识别。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来生物类群的研究热点。文章介绍了DNA条形码的概念、原理、工作流程及其优点,分析了其在鱼类浮游生物鉴定中的应用可行性,并展望未来鱼类浮游生物学发展的前景:分子技术鉴定鱼类浮游生物相关规范标准的建立,传统形态鉴定与分子方法相结合的分类学研究,以及鱼类浮游生物的生态学研究。     

无机砷As(Ⅲ、Ⅴ)对牟氏角毛藻生长、叶绿素荧光特性及基因组DNA甲基化水平的影响

以AsO2-和HAsO42-分别暴露处理牟氏角毛藻(Chaetocerosmulleri)研究As(Ⅲ、V)毒性作用,As(Ⅲ)浓度梯度为0、10、50、100、300和500 μmol/L,As(V)浓度梯度为0、30、60、120、300和600 μmol/L,分别在第1、3、7d取样,研究不同浓度的As(Ⅲ、V)...     

基于COI基因序列的太湖新银鱼遗传多样性

利用线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)分子标记分析长江中下游太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)8个地理种群132个样本的遗传多样性.该基因630 bp片段的碱基序列共检出8个核苷酸变异位点(变异率1.27%),其中局域性单倍型居多(75%),群体单倍型多样性较高(h=0.576±0.036),而核苷酸多样性较低(π=0.00112±0.00204).不同地理种群遗传多样性差异显著:有人工移植历史种群遗传多样性较高、隔离度较高的种群遗传多样性较低,但大部分的遗传变异来自于种群内(54.83%),反映出地理隔离和人为干扰对太湖新银鱼遗传格局影响显著.研究表明COI基因适于银鱼科鱼类物种鉴别和系统发育研究,同时可为同种种群间遗传关系分析提供一定的信息.     

河南安阳殷墟孝民屯遗址出土家养黄牛的DNA研究

作为晚商的都城和当时最大都市的殷墟(1300~1046 BCE),家养黄牛是最重要的大型家养动物之一.殷墟的家养黄牛可以肉食、可以役用,骨料可做骨器,是最主要的祭牲,其肩胛骨还可以用于占卜、可以记载甲骨文.本文对安阳殷墟孝民屯遗址普通灰坑和祭祀坑出土的15例牛骨线粒体DNA控制区285 bp的片段进行分析研究,其中有13例获取了所需的DNA序列.DNA分析表明12例属于家养普通牛(Bos taurus),1例属于野生原始牛(Bos primigenius).殷墟孝民屯家养普通牛的单倍型类群分布频率为以T3为主约占58.3%,T4次之约占33.3%,T2最少约占8.3%,该遗传多样性在当时已经达到或保持在可能的最高水平了.推测作为都城和大都市的殷墟聚集了中国早期各个地区的黄牛.孝民屯祭祀坑和普通灰坑出土牛骨线粒体DNA单倍型类群没有明显的差异,表明孝民屯用于祭祀的黄牛没有经过特殊的"母系"筛选,但不排除有对核DNA控制的特殊体质、生理或行为等性状进行有意识地筛选,以示祭祀的神圣性和特殊性.本文有限的DNA数据显示普通灰坑出土牛骨的DNA保存相对较差,暗示着普通灰坑的牛骨作为食余废弃物可能经历了更多炊煮活动中的高温处理,坑内埋藏环境不同也可能使普通灰坑的牛骨保存状况不如祭祀坑内的牛骨,普通灰坑牛骨样本DNA降解和破坏得更厉害.