花鲈三种甲状腺激素受体(TRs)基因克隆及表达分析

甲状腺激素受体(TR)介导甲状腺激素发挥生理作用,调控机体生长、发育及代谢。本文采用RACE技术克隆花鲈(Lateolabrax maculatus)甲状腺激素受体TRαA、TRαB和TRβ的cDNA全长序列,并进行表达分析。结果表明,花鲈TRαAcDNA全长序列1851bp,编码416个氨基酸;TRαBcDNA全长序列2370bp,编码409个氨基酸;TRβcDNA全长序列3343bp,编码395个氨基酸。与TRαB和TRβ相比,各组织中TRαA表达量明显较低。TRαA主要在肝脏、脑、心脏中表达。TRαB在垂体中表达量最高,其次是脑、肾脏、心脏、肝脏等。TRβ在脑中表达量最高,垂体表达量次之。TRαB和TRβ在垂体和脑中普遍表达较高。花鲈TRαB与TRβ可能共同参与TH对TSH的负反馈调控过程。TRαB可能在TH对心脏的调控作用中发挥重要作用。     

Cloning and analysis of phycoerythrin genes inGracilaria Lemaneiformis (Rhodophyceae)

Cloning and sequencing of the genes coding for the α- and β- subunit of phycoerythrin (PE) of a red alga—Gracilaria lemaneiformis (GL) are reported. Alignment of 1084 nucleotides sequenced with three known red algal PE genes,Rhodella violacea (RV),Polysiphonia boldii (PB) andAglaothamnion neglectum (AN), showed high level of conservation, and similarities of 77,6% (between GL and RV), 77.9% (GL and AN) and 79.0% (GL and PB). The similarities of amino acids were 84.8% (between GL and RV), 85.7% (GL and PB), and 80.6% (AN and GL), higher than those among nucleotides. Project 39670405 supported by NSFC and Japanese Science Promotion Society (JSPS).     

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)RXR基因克隆及其在蜕皮过程中的表达分析

本研究通过转录组测序和RACE技术克隆了三疣梭子蟹类维甲酸X受体2(PtRXR2)基因cDNA全长(登录号:KF914662),并通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术研究了该基因在三疣梭子蟹不同组织及不同蜕皮阶段的表达情况。结果表明,(1)PtRXR2基因cDNA全长1718bp,包括5’非编码区(5’-UTR)141bp、3’-UTR 209bp和开放阅读框1368bp,编码455个氨基酸,预测分子量和等电点为49.75kDa和6.79。(2)PtRXR2推导氨基酸序列的Blastp结果显示,PtRXR2与已知甲壳动物RXR的一致性为74%—99%,系统进化树分析表明PtRXR2与其它甲壳动物RXR聚为一支。(3)qRT-PCR结果显示PtRXR2在C期三疣梭子蟹Y器官、鳃、眼柄和大颚器中表达水平较高,肝胰腺中的表达水平最低。其它6个组织中的表达水平居中。(4)不同蜕皮阶段,PtRXR2在Y器官、眼柄和胸神经中均是AB期表达水平最高,E期最低,这可能与上述器官的细胞增殖主要发生在AB期有关;肌肉中的PtRXR2表达水平在AB和C期较高,E和D期最低,与肌肉的生长和营养物质积累主要发生在这两个阶段相对应;肝胰腺中的PtRXR2表达水平在AB期最高,C期最低,这暗示PtRXR2主要参与肝胰腺中的上皮细胞增殖和分化,对于C期的营养代谢调控可能不起关键作用。     

企鹅珍珠贝热休克蛋白70基因的克隆与序列比较分析

采用同源克隆和锚定PCR技术,从企鹅珍珠贝Pteria penguin中克隆到热休克蛋白hsp70基因的cDNA全序列.cDNA全长2 308 bp,3'非编码区域(UTR)为234 bp,5'UTR为118 bp,开放阅读框(ORF)为1 956 bp,编码651个氨基酸,分子量为70.97 kd,理论等电点为5.24,有2个糖基化位点:NKSI和NVSA,并含有HSP70家族的3个签名序列:IDLGTTYS,DLGGGTFD和IVLVGGSTRIPKIQK,以及C末端的保守序列EEVD.结合BLAST分析的结果,可以确认获得的cDNA序列为企鹅珍珠贝HSP70的编码序列.与合浦珠母贝Pinctada fucata hsp70的氨基酸序列相比,企鹅珍珠贝多1个糖基化位点NVSA,少1个氨基酸,包括1个氨基酸插入和2个缺失.两者的氨基酸序列一致性高达92%,突变位点52个;两者的核苷酸序列一致性高达79%,突变位点416个.系统发育分析表明两者的亲缘关系最近,与传统分类相符,然后与太平洋牡蛎等聚合在一起.该基因的克隆和比较分析为进一步深入研究珍珠贝类的抗逆机理、抗性育种及其进化具有重要意义.     

大菱鲆mIgD重链基因的克隆与表达分析

利用RACE技术克隆获得大菱鲆(Scophthalmus maximus)膜结合型免疫球蛋白D(Membrane-bounded Ig,mIgD)重链基因的cDNA序列全长,该基因全长3 357bp,包含1个2 997bp的开放阅读框,编码999个氨基酸,基因结构为VDJ-μ1-δ1-δ2-δ3-δ4-δ5-δ6-δ7-TM。重链恒定区δ1~δ7氨基酸序列同源比对结果显示,其与庸鲽(78%)、鳜(71%)、牙鲆(68%)具有较高的同源性;多序列比对结果显示,大菱鲆mIgD的每个δ恒定区内均存在色氨酸与半胱氨酸保守位点。利用邻位相连法构建硬骨鱼类免疫球蛋白系统发育树,结果显示,鱼类IgD聚为一大支,大菱鲆IgD与庸鲽及牙鲆聚为一支。利用RT-PCR分析了大菱鲆IgD重链基因的组织差异表达,结果显示,其在外周血白细胞、脾脏、前肾及中肾组织中具有较高的表达。将大菱鲆腹腔注射福尔马林灭活鳗弧菌后,实时荧光定量PCR检测其前肾组织中mIgD重链基因应答表达量,结果显示,mIgD重链基因在注射鳗弧菌后呈显著下调趋势,在注射后8h时降至最低值,其相对表达量约为对照组的1/28,然后呈逐渐恢复上调趋势,在48h时mIgD相对表达量与对照组无显著差异。     

新基因功能验证技术及其在微藻基因克隆中的适用性分析

微藻是指1群真核、单细胞、行光合作用的生物。微藻种类多,分布广泛,有关键生态学功能,也有水产、生物能源应用价值。与模式生物和经济动植物一样,新基因克隆是微藻生物学研究的主要内容。基因组注释、转录组分析和基因分离等依据序列和结构同源性,是从已知到已知的过程;而新基因克隆需锁定序列和验证功能,其中,功能验证是基因克隆的最重要内容。已有的基因功能验证方法有基因敲除、基因沉默、插入突变、基因组编辑等。多种微藻已有遗传转化技术,有望直接采用模式生物和经济动植物的基因功能验证技术克隆新基因。本文归纳了已有新基因功能验证技术,并分析了它们在微藻新基因克隆中的适用性,以促进微藻新基因克隆研究。     

菲律宾蛤仔(Venerupis philippinarum)Rho型GST和微粒体型GST的序列分析及表达特征研究

谷胱甘肽硫转移酶是一类在细胞解毒和抗氧化过程中发挥重要作用的超家族酶系。采用cDNA末端快速扩增技术,从菲律宾蛤仔中克隆获得Rho型GST和微粒体型GST基因的全长序列(分别命名为VpGSTR和VpGSTMi)。序列分析显示,VpGSTR和VpGSTMi的cDNA全长分别为942bp和661bp,编码234和149个氨基酸。系统分析结果表明,菲律宾蛤仔GSTR与GSTMi在进化树上的位置与其分类所处的位置一致。荧光定量PCR结果发现,VpGSTR和VpGSTMi广泛分布于所检测组织中,且在肝胰腺组织中表达量最高。在鳗弧菌侵染后,VpGSTR和VpGSTMi基因表达量在24h内均表现出明显的上升趋势。上述结果表明,VpGSTR和VpGSTMi可能在菲律宾蛤仔抵御细菌侵染导致的氧化应激中发挥重要功能。     

Identification of genes expressed in juvenile Haliotis rufescens in response to different copper concentrations in the north of Chile under controlled conditions

This study reports molecular markers potentially associated with resistance or sensitivity to the impact of copper in juvenile red abalone, Haliotis rufescens, in the north of Chile under experimental conditions. Genomic analysis was made applying subtractive hybridization libraries (SSH) to identify genes up-and down regulated during cooper exposure in abalone over periods of 12 and 168 h exposed to 2.5 and 10 μg/L of Cu⁺². Results obtained from the SSH library revealed 368 different sequences regulated by copper, that correspond to eight major physiological functions. The validation of these sequences obtained by SSH as well as their expression kinetics were made by PCR in real time on 14 potential genes regulated by metal stress. This study provides information for the characterization of potential genomic markers that may be used in future environmental monitoring and to investigate new mechanisms of stress to copper in this commercially important marine species.     

曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)血蓝蛋白酚氧化酶样活性研究和相关功能单元片段的克隆

采用分光光度法对曼氏无针乌贼血蓝蛋白及相关功能单元(FUs)的酚氧化酶活性进行研究,并获得该功能单元的序列信息.结果表明,曼氏无针乌贼血蓝蛋白能氧化左旋多巴和邻苯二酚而不能氧化酪氨酸单酚,说明该血蓝蛋白可能具有酚氧化酶活性,并属于儿茶酚酶类;进一步研究显示,曼氏无针乌贼血蓝蛋白酶解片段FUg的酶活特性显著区别于其它功能...     

鳜鱼（Siniperca chuatsi）幽门垂中两种胰蛋白酶的cDNA克隆及其生物信息学分析

采用RT-PCR、3′-RACE及5′-RACE技术从鳜鱼幽门垂组织中克隆了两种胰蛋白酶（分别命名为TRS-A与TRS-B）cDNA全长序列。将测序结果递交GenBank数据库,分别获得登录号为ACD70339和ACD70340。采用生物信息学的方法和工具预测了鳜鱼胰蛋白酶的理化参数及其高级结构,并构建了系统进化树。结...