一种提取高质量贝类基因组DNA的简易方法

以企鹅珍珠贝(Pteria penguin)闭壳肌为样品,利用高盐+十二烷基硫酸钠(SDS)除去蛋白和多糖,用低盐+十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)进一步纯化DNA,建立一种贝类基因组DNA简便、安全、经济的提取方法。改进后的SDS-CTAB法提取的DNA纯度较高,无蛋白质和RNA污染;酶切和AFLP实验验证表明,所提取DNA可满足酶切分析和分子标记等实验的要求。     

深海沉积物中微量DNA的提取及应用

采用化学裂解和酶解相结合的方法，进行了深海沉积物中微量DNA的提取，并采用DNA吸附树脂进行纯化。结果表明，该方法能有效地去除沉积物中的腐殖酸等抑制剂，每克湿重沉积物样品可得到DNA约16μg，回收率可达95％，所得到的DNA分子片段均在23kb左右，纯化后的DNA可直接应用于各种分子生物学操作。利用细菌16SrDNA通用引物对所提取的深海沉积物DNA进行了PCR—RRJ及系统发育分析，各主要细菌类群均能检出，证实该方法可以应用于深海等极端环境中微生物的多样性调查、系统发育分析以及特殊功能基因的筛选，同时还可应用于环境样品中生物量的半定量估计。     

福建省沿海鱚属（Sillago）鱼类新纪录种——中国鱚（Sillago sinica Gao and Xue,2011）

本研究报道了在福建省晋江和厦门近海采集到的新记录种——中国鱚,将其分布区向南延伸至福建省沿海,并对采集到的中国鱚进行形态特征的重新描述,及扩增其DNA条形码.中国鱚的主要鉴别特征为：第一背鳍鳍膜具不规则的、呈弥散状的黑色斑点,由前往后逐渐稀疏;第二背鳍沿鳍条具3～4行规则的黑色斑点;侧线上鳞数为6～7;脊椎骨数为37～39.结合Gen Bank中鱚属鱼类的同源序列进行比对研究,结果显示本研究采集到的中国鱚与中国鱚模式种聚类到一起,并与其余种类明显分开,在遗传距离和氨基酸水平上与其他种类产生了明显地分化,进一步证明了DNA条形码能高效快速的鉴别鱚属鱼类.本研究为鱚属鱼类分类与研究提供理论基础,通过调查发现中国鱚主要分布在有大量淡水注入的河口区,南至韩国光阳沿海,北至中国福建省沿海,数量较少并不能形成渔汛.     

军曹鱼全人工繁殖群体遗传特征的SSR分析

利用8个微卫星DNA位点分析南海海域5个军曹鱼全人工繁育群体(HN1、HN2、ZJ、FJ和LS)子代的遗传多样性特征和群体间遗传分化。结果显示,军曹鱼养殖群体与天然群体的遗传结构特征基本一致:1)平均有效等位基因数为3.910±0.440,观测杂合度为0.595±0.049,分子方差分析(AMOVA)表明,个体内分化占主导(46%),军曹鱼养殖群体整体遗传多样性较高;2)群体间基因流明显(N_m=2.5959,F_(st)=0.0878),整体分化程度较低。各养殖群体表现出不同于天然大群体的特征:1)绝大部分位点均明显偏离哈温平衡,杂合子缺失或过剩现象普遍存在;2)聚类和群体分配分析等表明HN2与另四个养殖群体(HN1、ZJ、FJ和LS)分化明显。     

RAPD分析中最适样本量和位点数的研究

用25个引物，对40个样本扩增，研究了勒氏笛鲷随机扩增多态性DNA（啪）分析中的最适样本量和位点数。结果显示：在样本量达到20且位点数达到70个以上时，遗传距离趋于一个稳定的数值，即在RAPD分析中，样本数应达到20且位点数应达到70才能保证结果的可靠性。     

羊栖菜养殖品系DNA指纹图谱的研究

对羊栖菜(Hizikia fusiformis (Harv) Okamura)养殖中常见的3个品系进行了DNA指纹分析及遗传变异的研究,构建了其遗传指纹图谱,分析了不同种群的遗传关系,为羊栖菜的种质鉴定及选育提供了理论依据.运用RAPD分子标记技术,对5个羊栖菜的种群中共125个个体进行了分析,从300个引物中筛选出12条随机扩增引物共扩增135个位点,多态位点比率为84.4%.从中选择了4个多态性位点,构建了DNA指纹图谱.相关结果对羊栖菜遗传选育和种质鉴定等有参考价值.     

牛山湖浮游生物群落DNA指纹结构与物种组成的关系

利用RAPD及DGGE指纹技术揭示牛山湖5个采样点浮游生物群落的DNA多态性,并定性地探讨其与物种组成的关系.结果如下:(1)从40条随机引物中筛选出9条引物,共获得93条谱带,多态率为58%;各采样点所得谱带平均为67条,其中Ⅰ站最少,为61条,Ⅴ站最多,为74条;(2)PCR-DGGE指纹图谱共含102条谱带,其中原核生物56条,真核生物46条,谱带总数以Ⅲ站、Ⅳ站和Ⅴ站较多.Ⅰ站和Ⅱ站较少;(3)5个采样点共观察到62种/类浮游生物,其中Ⅰ站和Ⅱ站种类较少.Ⅲ站、Ⅳ站和Ⅴ站种类较多,分布概率在100%的种类达19种.多维尺度(MDS)分析表明:基于RAPD指纹和DGGE指纹,Ⅰ站和Ⅱ站最相似,Ⅲ站、Ⅳ站和Ⅴ站最相似;基于物种组成.Ⅳ站和Ⅴ站相似性最高,Ⅲ站和Ⅳ站次之,相对RAPD指纹和DGGE指纹,Ⅰ站和Ⅱ站相似性较低.研究表明:浮游生物群落DNA指纹结构与物种组成有一定的相关性,可能因部分物种信息的缺失导致些许偏差.     

Characterization of marine microplankton communities of Qingdao coastal areas using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)

Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPDprimers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similarities were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0.504 2—0.763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5—0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, corresponding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morphological data did not correspond with each other well.     

Cytogenetic characterization of olive flounder Paralichthys olivaceus: DNA content, karyotype, AgNORs and location of major ribosomal genes

A cytogenetic analysis of Paralichthys olivaceus was carried out using the flow cytometry method for DNA content, silver staining for the nucleolus organizer region (AgNORs) identification and one-color fluorescence in situ hybridization (FISH) for chromosomal mapping of major ribosomal genes. Nuclear DNA content was estimated by flow cytometry method using Gallus domesticus erythrocytes as the internal reference standard. The C-value of this species was (0.737±0.024) pg, and the DNA contents of each chromo...