印度-太平洋石鲈亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

为探讨DNA条形码基因COⅠ序列在石鲈亚科鱼类物种鉴定的有效性,本研究分析了印度-太平洋区域的石鲈亚科7个属29种鱼类9个个体长度为651 bp的COⅠ基因序列,利用MEGA 5.0计算石鲈亚科种内与种间的遗传距离,并基于最大简约法与最大似然法构建了其分子系统进化关系。结果显示:石鲈亚科鱼类种间遗传距离在0.021—0.240之间,平均遗传距离0.184;种内遗传距离在0.000—0.009之间,平均0.004。其中种间平均遗传距离(0.184)显著大于种内平均遗传距离(0.004),种间遗传距离是种内的46倍。同时,各物种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0.02(2%)。基于COⅠ序列构建的系统进化树,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系,表明COⅠ基因可作为石鲈亚科物种准确鉴定的有效条形码基因。同时,系统进化树上,石鲈属是非单系类群,主要形成5个分支,而不同分支的种类与其地理分布存在一定的相关性,与近年部分分子系统地理学的研究观点一致。     

COⅠ条形码辅助分析雷州半岛红树林区鱼类的物种多样性

于2014年3月至2015年7月从我国雷州半岛红树林区采集成鱼和幼鱼样本共1720尾,在依据Fish Base等鱼类形态分类系统进行鉴定的基础上,利用COⅠ条形码技术确认存在94个物种,分属11目33科72属。结果表明:红树林区鱼类种群极其丰富,其中鲈形目(Perciformes)鱼类物种最多,为59种,占总物种数的62.77%,其次是鲱形目(Clupeiformes)和鲻形目(Mugiliformes),分别占6.38%和5.32%。鲈形目中又以虾虎鱼科(Gobiidae)为优势类群,含29种(占30.85%)。按生态类群分:海洋洄游鱼类最多,占物种总数的32.98%,其次为海洋偶见鱼类、两侧洄游鱼类,分别占22.34%、17.02%,以虾虎鱼类物种为主的红树林定居鱼类约占11%。本研究表明红树林生态系统是许多海水、淡水和洄游性鱼类在特定生活阶段的重要栖息地和育幼场所。另外,COⅠ条形码技术可有效快捷地鉴定出红树林海域的鱼类。     

超嗜热古菌Palaeococcus pacificus PolB DNA聚合酶和dUTPase在PCR反应中的应用

为了获取具有广泛适用性的DNA聚合酶,将深海热液区获得的超嗜热古菌Palaeococcus pacificus DY20341的Pol B DNA聚合酶和d UTPase进行原核表达和纯化,将得到的Pol B DNA聚合酶及d UTPase混合后用于扩增古菌、细菌和真核生物的基因.通过PCR反应成功地扩增了商业化Pfu DNA聚合酶所不能扩增的Palaeococcus pacificus DY2034的琼脂酶基因.由此可知,尽管商业化的DNA聚合酶多种多样,针对不同扩增目的片段所需的特异DNA聚合酶体系仍然是必要的,这是又一嗜热古菌B家族DNA聚合酶应用的报道.     

节旋藻(螺旋藻)高分子量DNA的两种制备方法

DNA的简便高效制备方法是研究基因结构、功能及开展其它各项研究的基础。首次报道了针对节旋藻的结构和组成特性而建立的制备节旋藻高分子量DNA的两种方法。其中第一个方法是常规方法，可大量提取纯度较高、分子量达50kb的节旋藻DNA，可用于构建节旋藻质粒库、Southern杂交和PCR操作等；第2种方法是用脉冲电场凝胶电泳分离DNA片段，制备的DNA片段达数百kb，可用于构建节旋藻噬菌体库、粘粒库、BAC库等，从而为构建节旋藻物理图谱，定位克隆基因奠定基础。     

Identification of Perkinsus-like parasite in Manila clam, Ruditapes philippinarum using DNA molecular marker at ITS region

Genomic DNA was extracted from hypnospores of Perkinsus-like parasite of Manila clam Ruditapes philippinarum collected at the fishing grounds in Huanghai Sea coast Shicheng Island and East China Sea coast Ningbo, China. The internal transcribed spacer（ITS） in rDNA was PCR-amplified, cloned, sequenced, and compared with that of five Perkinsus species in GenBank. The fragment amplified from DNA of parasite of either Shicheng Island or Ningbo contained 649 bp, including partial ssrRNA（51 bp） and ITS（＋5.8 S） （598 bp） regions. The ITS（＋5.SS） sequences of Perkinsus-like parasite of both Shicheng Island and Ningbo were all 99% identical to those ofPerkinsis atlanticus, and were not more than 95% identical to those of other four Perkinsus species including P. marinus, P. andrewsi, P. qugwadi and P. medierraneus.The ITS （＋5.8S） sequence of Perkinsus-like parasite of Shicheng Island was 99% identical to that of Ningbo. These facts about nucleotide sequences suggested that the Perkinsus-like parasite in Manila clam, Ruditapes philippinarum collected from either the Huanghai Sea coast or the East China Sea coast was P. atlanticus, and might reflect P. atlanticus strains of distinct geographic distribution.     

中国对虾一种C型杆状病毒随机扩增多态性DNA分析

于１９９４年和１９９５两年的７月从青岛崂山上马镇养虾场中染病的中国地虾中分离纯化出一种Ｃ型杆状病毒。为建立中国对虾病毒的鉴别和检测技术，利用随机扩增多态性ＤＮＡ技术对电泳纯化的病毒ＤＮＡ进行分析和研究。将病虾匀浆、经差速离心和蔗糖密度梯度离心纯化获得完整病毒粒子；从病毒中提取ＤＮＡ后再进行电泳纯化，收集长度完整，均一的病毒ＤＮＡ：在其他参数保持不变的情况下，对Ｏｐｅｒｏｎ生产的１０碱基随机引物Ｋ试     

Identification of Porphyra lines using computerized DNA fingerprinting

ImpIONPorghyra is one of the most important rnarine a1gae with glObal distribution and importanterenomic value. AIthOtJgh the yield of POrPhpo is lower than that of kelp, the output valueof Porghpp occupies the first place in rnarine algae in China. The traditional taxonomy ishanly had on the morpbolOgical characteristics, such as the morpbobeical traits size, rnar-gin celIs and the number of repnductive cells. However, most of morPhobeical traits are af:fected by environrnntal factOrs …     

卵磷脂对花尾胡椒401幼鱼谷肤甘肤一硫一转移酶，谷肤甘肤过氧化物酶和DNA完整性的影响

采用不同卵磷脂添加量的配合饲料投喂花尾胡椒鲷(Plectorhyncchus cinctus）幼鱼，同步测定幼鱼的谷胱甘肽-硫-转移酶和谷胱甘肽过氧化物酶活性以及DNA完整程度。结果表明，谷胱甘肽-硫-转移酶和谷胱甘肽过氧化物酶活性随着饲料中卵磷脂含量的增加而提高，而DNA单链断裂程度随着饲料中卵磷脂含量的增加而减少。这提示卵磷脂能够提高鱼体的抗氧化防御系统的机能。     

墨西哥湾气体水合物微生物群落结构特征：DNA与RNA源的克隆文库比较分析

为了更好的了解微生物活动在墨西哥湾水合物生态系统中的作用和贡献，我们对固态气水合物中的微生物，尤其在原位水合物环境下生理上比较活跃的微生物组合特征进行了研究。本次研究首先从含沉积物水合物层（SEH）和水合物层内部（IH）提取RNA和DNA，然后对RNA和DNA源的16SrRNA克隆文库进行系统发育学分析，从而确定细菌和古菌的群落组成。克隆分析所用的水合物样品是由水下载入深潜器上的Johnson Sea Link水合物取样器在墨西哥湾北部大陆坡一个有明显水合物活动特征的裸露的隆丘上获得的（水深：550m）。较早时的地球化学分析表明，微生物群落在SHE层中的新陈代谢能力要比在珊层中的新陈代谢能力强（B．N．Orcutt，A．Boetius，S．K．Lugo，I．R．Macdonald，V．A．Samarkin，and S．Joye，Chem．Geol．205：239—251）。RNA和DNA源的克隆文库系统发育学分析表明，SHE层的克隆文库的多样性要比在珊层中的大。从微生物群落新陈代谢活动部分所获得的克隆大多数与推测的硫酸盐还原细菌和厌氧氧化甲烷古菌密切相关。在RNA和DNA源的克隆文库中也发现一些先前未经人工隔离培养的新的细菌和古菌种群。本次研究是首次对赋存在墨西哥湾水合物丘的SHE层和珊层微生物群落新陈代谢活动进行分子系统发育学分析。     

福建太平洋牡蛎种群微卫星DNA分析

本文采用Ucdcg153、157、202微卫星引物对福建两个太平洋牡蛎(学名为长牡蛎Crassostrea gigas)养殖种群进行扩增分析和序列测定.与采自漳浦旧镇的近江牡蛎(C. ariakensis)比较,前者对以上三种引物全部呈阳性反应,后者只对Ucdcg157显阳性.与Genebank提供的相关序列比较,福建太平洋牡蛎与Genebank样品应属同源,其中漳浦霞美和厦门白礁的样品则可能代表同一种群的两个衍生品系.本项调查结果同时显示,近亲繁殖的育苗方式已经导致福建太平洋牡蛎种群裂化;任其发展不利于维护良种优势.本次采集的样品中未发现显示葡萄牙牡蛎、熊本牡蛎和美洲牡蛎微卫星特征的个体.