7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析

与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.     

卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析

采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptors-α,PPARα)基因的c DNA序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。结果表明:卵形鲳鲹PPARα基因(Gen Bank登录号KP893147)c DNA全长1 930 bp,开放阅读框(ORF)为1 425 bp,共编码474个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs基因家族典型的DNA结合区(DBD)和配体结合区(LBD);序列对比表明,卵形鲳鲹PPARα基因与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、花鲈(Lateolabrax japonicas)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、金头鲷(Sparus aurata)、军曹鱼(Rachycentron canadum)等有较高的同源性(81%~89%);蛋白系统进化树分析显示,在人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、鸭(Gallus gallus)、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPARα蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切(94%),与人(68%)、鼠(68%)、鸭(67%)等的同源性较低。荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPARαm RNA在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低。     

广西北部湾海洋腐木产孢真菌的分离鉴定和抗菌活性菌株筛选

采集广西北部湾钦州附近月亮湾、钦州港和茅尾海海域海洋腐木,采用稀释法分离纯化得到32株产孢真菌,对真菌的菌落、孢子和菌丝形态进行研究,32株真菌可被分为5种真菌类型,其中第I、II和III种类型的真菌仅分离于月亮湾,第IV和V种类型在3个样品采集地均有分离.通过ITS基因测序表明,32株真菌为5个不同的种,其分别属于子囊菌门(Ascomycota)和接合菌门(Zygomycota),可以确定种属的包括伞状霉属(Umbelopsis)和青霉菌属(Penicillium),其中分离的青霉菌属在数量上具有优势,占分离菌株总数的75%,属于优势种属.采用4种指示菌大肠杆菌(E.coli)、蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、烟草节杆菌(Arthrobacter nicotianae)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)检测抑菌活性,发现两株伞状霉属真菌Umbelopsis sp.B10和Umbelopsis sp.B9菌丝体提取物对四种指示菌均具有较强的抑制作用,另外两株青霉属真菌Penicillium sp.A5和Penicillium sp.B7的菌丝浸出物分别对革兰氏阳性细菌和革兰氏阴性副溶血弧菌具有较强的抑制活性.本研究为首次报道广西北部湾海洋腐木真菌及其抗菌活性.     

鉴定海参的斑点杂交法及其应用

本研究目的是通过斑点杂交方法对不同种类的海参进行快速准确的鉴定。采用CTAB沉淀法提取海参的DNA,PCR扩增线粒体COⅠ基因并测序,利用Primer premier 5.0软件设计并筛选了仿刺参(Apostichopus japonicus)、北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)、加州红参(Parastichopus californicus)及梅花参(Thelenota ananas)4种海参的特异性探针,设计并进行斑点杂交实验。实验结果显示:4条探针均具有高度的特异性,灵敏度可达100pg,能够实现对仿刺参、北大西洋瓜参、加州红参和梅花参的准确鉴定。本文建立的斑点杂交方法,为海参品种的快速、准确的鉴定提供了可靠的技术方法。     

中华齿米虾胰蛋白酶基因的研究

以中华齿米虾(Neocaridina denticulata sinensis)基因组DNA为模板,根据胰蛋白酶基因保守序列设计简并引物,利用PCR技术获得一个基因。序列分析表明此基因与已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)胰蛋白酶基因有较高的相似度,序列中包含一个内含子和两个不完整的外显子,编码182个氨基酸残基。该氨基酸序列与凡纳滨对虾胰蛋白酶氨基酸序列的相似度为83.5%;含有胰蛋白酶所特有的His、Asp和Ser组成的活性三联体、决定胰蛋白酶底物专一性的Asp、底物结合部位的G1y残基。综合分析认定该基因为胰蛋白酶基因片断。将其氨基酸序列与报道的其他动物胰蛋白酶氨基酸序列进行了系统进化分析。系统进化分析的结果与现有以表型特征为依据的虾分类结果是一致的。     

条斑紫菜SSU 中内含子分析

根据GenBank中已知的条斑紫菜(Porphyra yezoensis)SSU和LSU r RNA基因序列分别设计引物,分别以混合个体和单个个体的基因组DNA以及c DNA为模板进行扩增,测序分析后推测SSU r RNA基因中的内含子转录后加工可能仍被保留,而在LSU r RNA基因上游序列中没有发现内含子。长511bp的内含子位于SSU r RNA基因序列的上游,其插入位点为TCTGGTG-CCAGCAGCC,内含子5′和3′端的核苷酸序列分别为AAC-和-ATGG。该内含子的剪接位点以及保守区P,Q,R,S与I型内含子是不同的。研究发现,在同种紫菜中,不同个体SSU基因中内含子的有无、分布及结构特征是不同的,说明内含子对于分类是不太适合的。但是内含子的长度以及核苷酸序列在种间又具有一定的特异性,可以为红藻种间以及种内亲缘关系较远的亚种和不同地理群的区分和鉴定提供参考。     

牙鲆GHR基因Promoter区微卫星序列多态性与生长性状关系的初步研究

采用牙鲆GHR基因5'端Promoter区的1个微卫星标记,对胶南和日照2个牙鲆养殖群体进行了群体遗传多样性的研究,并探索该基因多态性位点与牙鲆生长性状之间的相关性.结果表明,2个群体在该座位的等位基因数为12和9个,有效等位基因数为6.26和5.04个,多态信息含量为0.84和0.80.2个群体该座位的Hardy-Weinberg遗传偏离指数均为正值,并没有显示出杂合子缺失,但各基因型分布频率都在一定程度上偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01).连锁分析中发现,在胶南群体中,IM基因型对应的个体在全重、全长、体长、头长、体高和眼径形态学数据中均是最大的;在日照群体中,BC基因型对应的个体在全重、全长、体高、尾柄高、尾柄长和眼径数据中均是最大的;而CJ基因型对应的个体在体长和头长这两组数据中是最大的.该结果为研究GHR基因的变异对鱼类生长发育的影响及探索将该基因作为生长遗传标记的可行性奠定了实验基础.     

分子生物学技术在赤潮毒素分析监测中的应用

有毒赤潮事件的频繁爆发,不仅对海洋生物及自然资源造成了极大的危害,还严重威胁到公众健康。因此,各国都在积极寻求快速灵敏的检测方法,加强对赤潮毒素的分析及监测。现代分子生物学技术的发展为新型快速检测方法的建立提供了可能。对利用分子生物学技术对赤潮毒素进行检测的几种方法——全细胞PCR法、DNA探针法及信使基因细胞受体法进行了讨论。这些新技术旨在检测出环境中的痕量赤潮毒素和有害生物,杜绝赤潮毒素或有毒藻进入到食物链,从而最大限度保护公众健康、水环境及自然资源。     

妖娆的日尔曼(一) 墨绿色的柏林

<正>早在时光被规规矩矩地定义计算之前,日尔曼民族就凭借着他们的智慧和力量在那段还未被精确划分的岁月里繁荣,生生不息。即便经过了岁月长河的洗礼和冲刷,德国人骨子里还是保留着来自他们祖先的得天独厚的智慧基因,而在动荡变迁中又逐渐成就了内敛、克制、严谨的性格。而柏林,更是把这种性格发挥到了极致。有一句谚语说整个柏林就像一片白云说得浪漫又贴切。云一样纯净,明媚,没有固定的形状,放肆地发展出多种碰撞的气氛来。穿着呢子短大衣的上班族脚步匆忙,身材高挑的年轻女子散发