中国传统聚落景观区划及景观基因识别要素研究

传统聚落景观区划是一项理论性和实践性都很强的工作,是文化景观区划研究的重要课题之一。基于中国传统聚落景观本身存在的地域性、系统性、稳定性、发展性、一致性、典型性和协调性等特点,本方案以传统聚落景观“意象”(Image) 的内部相似性为前提,以相对一致性原则作为景观区域划分的主导性原则,综合考虑其他原则,如环境制约性原则、文化主导性原则、地域完整性原则、相对一致性原则、面的覆盖性原则、层次性原则和综合性原则等,将全国聚落景观初步划分为3 个大尺度的景观大区、14 个景观区和76 个景观亚区。以往关于文化区的识别,主要从文化特征的角度进行的;关于传统聚落景观区的识别,主要是从景观基因的角度进行的。区域景观基因成为判断传统聚落景观区的核心要素。通常情况下,传统聚落景观基因的判别,可以重点从心理要素、生态要素、美学要素、环境要素、文化要素、时序要素等6 个方面入手。     

一种基于16S rRNA基因检测海洋浮游细菌群落的微阵列基因芯片

A better understanding of bacterioplankton community shifts following change in marine environments is critical to predict the marine ecosystem function. In order to get a snapshot of the microbial taxonomy profiling of a wide range marine area, a quick, convenient and low cost method would be favorable. In this study, we developed a 16S rRNA gene-based microarray using ARB software, which contained 447 probes targeting 160 families of marine bacteria. The specificity, sensitivity and quantitative capability of this microarray were assessed by single cloned16S rRNA genes. The reliability of this microarray was tested by eight environmental samples. The results showed that the microarray was specific, only 1.16% false results were detected in five single-clone hybridization tests. The microarray could detect DNA samples as few as 1 ng/μL and the signal intensity could reflect the relative abundance of the bacteria in the range of 1 ng/μL to 100 ng/μL of DNA concentration. Hybridization with environmental samples showed that it can discriminate bacterioplankton communities by sites and time. High throughput sequencing results from the eight samples confirmed the hybridization results. It indicated that this developed microarray could be used as a convenient tool to monitor the bacterioplankton community in marine environment.     

六溴环十二烷胁迫下红树蚬鳃及肝胰腺线粒体基因表达定量研究

红树蚬(Polymesoda erosa)作为一种主要栖息于潮间带的沼泽地或红树林的双壳贝类,近年来很多研究都证明其具有做为海洋污染监测指示物种的潜力。红树蚬受六溴环十二烷(HBCD)不同浓度(0、0. 086、0. 860、8. 600μg/dm~3)及不同天数(1、3、11、15、22 d)胁迫后,从转录组上调文库中挑取6个线粒体编码基因:细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ、Ⅲ(COXⅠ、COX Ⅲ),NADH脱氢酶亚基Ⅰ、Ⅲ(ND Ⅰ、ND Ⅲ),细胞色素b(Cyt b),无机焦磷酸酶(PPase),并用实时荧光定量PCR研究各基因在红树蚬各组织内的表达情况,因为基因不稳定性,利用β-actin作为内参对各目的基因所得数据进行均一化处理。结果发现:6个基因在HBCD胁迫后都有转录且差异表达。经生物统计学分析,胁迫后鳃及肝胰腺组织中各基因的表达量较对照组中有显著变化,总体上随着胁迫天数及浓度的增加呈增加趋势,但当胁迫浓度过高时,因线粒体产生的应激能力有限,表达量反而降低。最后从酶复合物在呼吸链、ROS生成、ATP合成中的作用等各方面分析了HBCD胁迫导致线粒体基因表达变化的原因,为进一步开展分子毒理研究和开发分子生物标志物在海洋监测中的应用奠定了基础。     

对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒衣壳蛋白基因的克隆表达及抗体制备

本文根据GenBank登录的对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的全基因组序列(NC-002190),设计出主要结构蛋白基因的相应引物,从厦门发病的对虾中,提取DNA,以此为模板,利用PCR扩增目的基因.再将目的基因分别与pGEX-6p1载体和pET-28a载体连接,构建重组表达载体pGEX-Ⅳ、pET-Ⅳ,重组子经酶切和测序鉴定后导入表达型大肠杆菌BL21,IPTG诱导表达,SDS-PAGE检测,大小约为62KDa和41KDa,与预测大小一致.将pET-Ⅳ表达重组蛋白经纯化,免疫小鼠,Western免疫印迹反应结果表明其抗体均可与pGEX-Ⅳ和pET-Ⅳ表达的蛋白发生特异性反应.本研究的结果为对虾IHHNV的快速检测及其免疫提供了研究基础.     

藻类磷酸甘露糖异构酶基因的序列结构特点及系统进化分析

磷酸甘露糖异构酶基因(phosphomannose isomerase,PMI)编码磷酸甘露糖异构酶(PMI),可逆催化甘露糖-6-磷酸和果糖-6-磷酸之间的相互转化,在GDP-D-甘露糖的合成中起重要的作用,后者是生物体合成糖蛋白和糖脂必需的前体物质。本文根据在Genbank中已经登录的部分藻类PMI基因序列,与部分细菌、真菌、植物和动物的PMI基因序列做比较,研究其进化趋势和规律及其基因结构,为以后在大型藻类中研究该基因奠定基础。系统进化分析表明,藻类的PMI基因有2个进化方向,绿藻类的PMI基因与高等植物的进化趋势一致;而杂色藻类(硅藻和褐藻)则单独形成一个进化分支。多序列比对表明,磷酸甘露糖异构酶蛋白有3个保守区,其中有4个氨基酸残基位点是金属离子结合位点,分别为2个Glu和2个His。对部分藻类的PMI基因进行结构分析表明:在比较低等的藻类中,PMI基因没有内含子插入,而较高等的藻类中则有不同数目和长度的内含子插入。对部分藻类PMI基因的生物信息学分析结果显示,PMI基因编码的蛋白为酸性蛋白,分子量在40到60kDa之间;二级结构中均以α-螺旋和无规则卷曲为主;三级结构与二级结构相吻合。     

脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)3 个野生群体mtDNA 16S rRNA 序列差异及长臂虾科系统进化关系

采用PCR扩增和序列测定等技术,对脊尾白虾3个野生群体共计58个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行初步研究。结果表明,在获得的长度为509bp核苷酸序列中,共检测到7个变异位点、8种单倍型,除象山湾群体外其它两个群体遗传多样性水平都较低。AMOVA分析表明,象山湾与莱州湾群体有显著的遗传差异,其余群体间的遗传差异不显著。另外,将本研究所得序列与GenBank中长臂虾科11个种的16SrRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类略有不同,并依据16SrRNA序列变异百分比推测了长臂虾科12个种的大致分化时间。     

基于形态学特征和DNA条形码对中国沿海银口天竺鲷属(Jaydia)分类研究

本研究针对中国沿海银口天竺鲷属鱼类分类鉴定不清晰,同种异名多,种类误鉴等分类问题,结合形态特征比较与DNA条形码技术对其分类鉴定问题进行梳理。2014—2019年间于南海北部沿海采集101尾银口天竺鲷属鱼类标本,经形态学特征鉴定为:横带银口天竺鲷Jaydia striata(Smith & Radcliffe, 1912),特征为体侧有7—11褐色宽横带,腹鳍、臀鳍浅灰色;印度洋银口天竺鲷J.striatodes(Gon,1997),特征为体侧有7—11褐色宽横带,臀鳍后缘黑色;白边银口天竺鲷J.novaeguineae(Valenciennes,1832),特征为臀鳍、尾鳍最下缘为白边;黑边银口天竺鲷J.truncata(Bleeker,1855)特征为第二背鳍、臀鳍中部有一平行基底的黑色带,尾鳍后缘黑色带略宽;史密斯银口天竺鲷J.smithi Kotthaus,1970,特征为第二背鳍中部有一平行基底的黑色纵带,尾鳍后缘黑色带略细;斑鳍银口天竺鲷J.carinatus(Cuvier,1828),特征为第二背鳍最末软条基底有一大黑斑;黑鳃银口天竺鲷J.poeciloptera...     

中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。     

分子生物学技术在赤潮毒素分析监测中的应用

有毒赤潮事件的频繁爆发,不仅对海洋生物及自然资源造成了极大的危害,还严重威胁到公众健康。因此,各国都在积极寻求快速灵敏的检测方法,加强对赤潮毒素的分析及监测。现代分子生物学技术的发展为新型快速检测方法的建立提供了可能。对利用分子生物学技术对赤潮毒素进行检测的几种方法——全细胞PCR法、DNA探针法及信使基因细胞受体法进行了讨论。这些新技术旨在检测出环境中的痕量赤潮毒素和有害生物,杜绝赤潮毒素或有毒藻进入到食物链,从而最大限度保护公众健康、水环境及自然资源。