Methods Comparison for Microsatellite Marker Development： Different Isolation Methods, Different Yield Efficiency

Microsatellite markers have become one kind of the most important molecular tools used in various researches. A large number of microsatellite markers are required for the whole genome survey in the fields of molecular ecology, quantitative genetics and genomics. Therefore, it is extremely necessary to select several versatile, low-cost, efficient and time- and labor-saving methods to develop a large panel of microsatellite markers. In this study, we used Zhikong scallop (Chlamys farreri) as the target species to compare the efficiency of the five methods derived from three strategies for microsatellite marker development. The results showed that the strategy of constructing small insert genomic DNA library resulted in poor efficiency, while the microsatellite-enriched strategy highly improved the isolation efficiency. Although the mining public database strategy is time- and cost-saving, it is difficult to obtain a large number of microsatellite markers, mainly due to the limited sequence data of non-model species deposited in public databases. Based on the results in this study, we recommend two methods, microsatellite-enriched library construction method and FIASCO-colony hybridization method, for large-scale microsatellite marker development. Both methods were derived from the mi-crosatellite-enriched strategy. The experimental results obtained from Zhikong scallop also provide the reference for microsatellite marker development in other species with large genomes.     

ISSR 标记在牙鲆(Paralichthys olivaceus)与石鲽(Kareius bicoloratus)种间杂交一代的分离方式分析

利用ISSR标记对牙鲆♀与石鲽♂单对杂交亲本及其子一代(全同胞家系)的分离方式进行了研究。结果表明,8个ISSR引物共扩增出181个标记,其中116个为多态性,占总数的64.09%;标记在F1代呈三种分离方式:符合孟德尔分离比例、偏离孟德尔分离比例和异常分离。符合孟德尔分离比例的情况包括:不分离(代表了亲本基因型的5种组合:AA×AA、AA×Aa、Aa×AA、AA×aa、aa×AA);1︰1分离(代表了亲本基因型的2种组合:Aa×aa、aa×Aa);3︰1分离(代表了亲本基因型的1种组合:Aa×Aa)。偏分离的标记包括:亲本中呈多态而在子代中偏离1︰1分离的标记和亲本均有而在子代中偏离3︰1分离的标记。异常分离的标记包括:F1代出现双亲均不具备的标记和双亲或单亲有而子代却无的标记。3种分离位点出现的频率和数量分别为:82.87%、150,11.05%、20,6.08%、11;双亲共有标记中85.33%的不发生分离,单亲特有标记中28.57%—35.85%发生正常分离,该研究结果可为进一步利用该群体构建牙鲆和石鲽遗传连锁图谱奠定良好的工作基础并提供一定的理论依据。     

Compass系统与GPS系统L1频段信号干扰仿真分析

全球导航卫星系统间的频率兼容性研究已经成为一个热点问题。首先介绍了国际电联建议的卫星导航系统间干扰分析方法;然后根据该方法对Compass系统和GPS系统在L1频段的信号进行了干扰仿真分析,并比较了系统间互干扰和系统自干扰的影响。仿真计算结果表明,除了互用信号L1C和B1C外,其余信号间的自干扰在总干扰中占主导,互干扰的影响相对较小。     

利用UCD数字航摄影像制作4波段正射影像图

正射影像由于信息量大,内容丰富,直观真实,应用范围越来越广泛。不足的是传统摄影技术获得的影像只有3个波段,用于资源调查信息还不够丰富,航空数码相机的出现解决了这一问题,其获取的多波段数码影像得到广泛的推广和应用。详细阐述了利用现有的应用软件对UCD数字航摄影像4波段数据源进行特殊处理,制作4波段正射影像图的方法以及特殊问题的处理技巧。     

船载ADCP资料的潮流分离方法在厦门港断面重复走航中的应用

本文运用Candela等提出的潮流分离方法,选用高斯函数作为基函数,采用Matlab程序,首次对厦门港嵩鼓水道的船载ADCP断面重复走航资料进行潮流分离计算．通过对14个计算点的Candela方法计算结果与引进差比关系准调和分析方法计算结果的分析比较可见：（1）两种方法计算所得余流在大、小潮的相关系数分别为0．9882和0．8521,余流相对误差在大、小潮分别为0．065和0．150,而所得余流方向在大、小潮的相关系数分别为0．9982和0．9865,余流方向相对误差在大、小潮分别为0．023和0．027．两种方法计算的余流及其方向的相关性很高（在样本数为14,置信度为α=1％时,相关系数大于0．6610,结果是可信的）,而平均相对误差也很小．（2）对14个计算点的M2、S2、K1、O1、M4和MS4等6个分潮的计算结果（共有84个样本数据）进行分析比较,两种方法计算所得6个分潮的长轴、长轴方向和短轴在大潮的相关系数分别为0．9838、0．8960和0．2335,而在小潮的相关系数分别为0．9656、0．7555和0．2209．这两种方法计算所得6个分潮的长轴、长轴方向和短轴在大潮的平均相对误差分别为0．375、0．071和0．753,而在小潮的平均相对误差分别为0．287、0．254和0．845．两种方法计算的分潮长轴及其方向的相关性很高（在样本数为84,置信度为α=1％时,相关系数大于0．283,结果是可信的）．相应的分潮长轴的相关性略低,但是在样本数为84,置信度为α=5％时,相关系数均大于0．217．可认为在置信度为α=5％时,计算结果是可信的,而平均相对误差则略显较大．综上所述,我们认为采用Candela等的方法对船载ADCP断面重复走航资料进行潮流分离计算是可行的．     

利用正交本征模态函数分析日长变化的主要激发源

利用本征模态函数的正交分解方法对日长(LOD,length of day)数据序列进行分解,得到了日长变化的101个正交本征模态函数.通过对其中几个主要模态函数进行分析,发现日月地的相对位置与其中几个模态函数极值发生的时间极其吻合,并据此推断出日长变化的主要激发源.同时还发现日长变化存在准周期约为206 d的波动.     

大豆蛋白废水处理中泡沫分离过程的数学模型

假设吸附过程始终处于平衡态、气泡大小均一以及每一个气泡均为正十二面体,构建了泡沫分离过程的数学模型.模拟了液池中蛋白质在气液界面上的吸附过程和泡沫层中气泡的失水过程,得出了富集比的表达式,可用于分离效果的预测.经验证,模型与实验条件下的泡沫分离过程基本符合.     

基于Barnes滤波原理的降水场客观分析及尺度分离

基于Barnes滤波原理（又称高斯加权客观分析）,在进行网格点插值的同时,通过选择适当的滤波参数C、G滤去原始场中的短波噪音,使分析结果平稳光滑;另外可通过它构成一带通滤波器,根据实际需要分离出影响天气过程的各种次天气尺度,达到尺度分离的目的。以全国160个国家基准代表站1954—2006年共53a的年平均降水场为例作实例分析,并同用Grads内插函数（Oacres函数）、九点平滑函数（Smth9函数）的绘图结果进行对比分析,结果表明客观分析结果同Grads内插平滑分析结果基本相似,都能反映出我国53a年平均降水场从东南向西北逐渐递减的趋势且与实际情况相符,降水场高值中心位于长江流域及以南的华南等地区,低值中心位于黄河流域以北的广大西部地区。取不同的参数C和G得到的尺度分离后的带通滤波值,既抑止了长波,又抑制了短波,达到较好的尺度分离效果。     

大菱鲆卵黄原蛋白的分离纯化及Native-PAGE、SDS-PAGE性质鉴定

采用5 mg/kg 17β-雌二醇对大菱鲆(Scophthalmus maximus)进行肌肉注射,一周后尾静脉取血,离心分离获得血浆,经Sephacryl S-300(高分辨)分子筛纯化卵黄原蛋白,对卵黄原蛋白进行常规聚丙烯酰胺凝胶电泳,考马斯亮蓝染色和糖、磷、脂的特征性基团染色.结果表明,17β-雌二醇能诱导大菱鲆产生卵黄原蛋白,以N-ative-PAGE方法计算得到大菱鲆卵黄原蛋白的分子质量为538 ku,以SDS-PAGE方法得出其两种亚基的分子质量分别为100 ku和82 ku.分子筛凝胶过滤能较好地纯化大菱鲆血浆中的卵黄原蛋白.     

海湾扇贝微卫星标记开发及其分离方式分析

利用尼龙膜吸附杂交法构建了海湾扇贝的(AC)_(15)、(AG)_(15)微卫星富集文库,随机挑取3 000个克隆,经菌落原位杂交二次筛选共获得阳性克隆1 268个(42.3%).经序列测定和生物信息学分析后得到521个独立的阳性克隆,其中微卫星506个,小卫星15个.微卫星中,完美型248个,占总数的49.0%;非完美型216个,占42.7%;复合型42个,占8.3%;其中AG/TC重复占70.4%(356个),AC/TG重复29.6%(150个).选择其中的55条序列设计引物,筛选出其中的20对引物检测它们在海湾扇贝CC10家系的双亲和94个子代个体中的分离情况,结果表明:(1) 其中6个位点在母本和子代中发生分离,10个位点在父本和子代中发生分离,4个为双亲共享位点;(2) 2个位点存在无效等位基因;(3) 16个位点符合孟德尔遗传定律,4个位点的子代个体基因型频率偏离孟德尔遗传定律.上述结果表明,这些微卫星引物可以用于构建海湾扇贝的遗传连锁图谱,并且所构建的富集文库适用于微卫星标记的大规模开发.