基于线粒体COI基因的雷州半岛马尾藻属常见种DNA条形码鉴定及系统进化分析

采用DNA条形码技术辅以传统形态分类方法,对雷州半岛马尾藻属(Sargassum)6常见种进行物种鉴定和系统进化分析。测得6种马尾藻线粒体COI基因序列,该序列与Gen Bank和BOLD数据库中马尾藻序列同源性均大于或等于99%,该结果与形态分类学鉴定结果一致。COI基因序列特征分析表明,6种马尾藻保守位点421个,变异位点58个,简约信息位点21个,单一突变位点37个,变异率7.7%,T、C、A、G平均含量分别为39.1%、18.9%、19.1%、22.9%,A+T含量(58.2%)高于C+G含量(41.8%),UUU所编码的苯丙氨酸(F)使用频率最高,达12.5%,最大似然法估算的转换颠换比值为2.42,种间遗传距离多在0.030±0.013~0.100±0.016之间。聚类分析结果与形态学鉴定、同源性分析结果一致。     

罗氏沼虾雌激素相关受体(ERR)基因原核表达与纯化

根据已知罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)雌激素相关受体基因序列(Gen Bank登录号KU899089),设计含有酶切位点的特异性引物,PCR扩增得1 374 bp的开放阅读框序列,构建原核表达载体p ET-32a-ERR,并优化诱导浓度、诱导时间、诱导温度等表达条件。结果表明,ERR蛋白在温度35℃、IPTG浓度0.1 mmol/L条件下,诱导4 h时表达量较佳。     

基因转移技术简介

应用物理、化学或 (和 )生物学等技术和方法将外源基因转移到受体菌或细胞内 ,并使之在细菌或细胞内实现转入基因的扩增和表达称基因转移技术。1　基因转移的物理学方法1 .1　显微注射法应用玻璃显微注射仪器 ,在显微镜下将外源 DNA直接注射入靶细胞的核内。该法的受体细胞主要是体积较大的受精卵细胞 ,是制备转基因动物的常用技术之一。Gordon1 980年报道了用显微注射制作转基因小鼠 ,在出生的 78只小鼠中 ,用 Southern法检测有 2只为阳性 [1]。可惜的是未得到活的转基因小鼠。 1 982年 Palmiter报道了将大鼠的生长激素基因用显微注射法…     

7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析

与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.     

卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析

采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptors-α,PPARα)基因的c DNA序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。结果表明:卵形鲳鲹PPARα基因(Gen Bank登录号KP893147)c DNA全长1 930 bp,开放阅读框(ORF)为1 425 bp,共编码474个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs基因家族典型的DNA结合区(DBD)和配体结合区(LBD);序列对比表明,卵形鲳鲹PPARα基因与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、花鲈(Lateolabrax japonicas)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、金头鲷(Sparus aurata)、军曹鱼(Rachycentron canadum)等有较高的同源性(81%~89%);蛋白系统进化树分析显示,在人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、鸭(Gallus gallus)、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPARα蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切(94%),与人(68%)、鼠(68%)、鸭(67%)等的同源性较低。荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPARαm RNA在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低。     

广西北部湾海洋腐木产孢真菌的分离鉴定和抗菌活性菌株筛选

采集广西北部湾钦州附近月亮湾、钦州港和茅尾海海域海洋腐木,采用稀释法分离纯化得到32株产孢真菌,对真菌的菌落、孢子和菌丝形态进行研究,32株真菌可被分为5种真菌类型,其中第I、II和III种类型的真菌仅分离于月亮湾,第IV和V种类型在3个样品采集地均有分离.通过ITS基因测序表明,32株真菌为5个不同的种,其分别属于子囊菌门(Ascomycota)和接合菌门(Zygomycota),可以确定种属的包括伞状霉属(Umbelopsis)和青霉菌属(Penicillium),其中分离的青霉菌属在数量上具有优势,占分离菌株总数的75%,属于优势种属.采用4种指示菌大肠杆菌(E.coli)、蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、烟草节杆菌(Arthrobacter nicotianae)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)检测抑菌活性,发现两株伞状霉属真菌Umbelopsis sp.B10和Umbelopsis sp.B9菌丝体提取物对四种指示菌均具有较强的抑制作用,另外两株青霉属真菌Penicillium sp.A5和Penicillium sp.B7的菌丝浸出物分别对革兰氏阳性细菌和革兰氏阴性副溶血弧菌具有较强的抑制活性.本研究为首次报道广西北部湾海洋腐木真菌及其抗菌活性.     

真实硬件环境下针对椭圆曲线密码体制的简单功耗分析攻击

介绍了一种椭圆曲线密码体制的实现算法,并分析了针对此算法进行简单功耗分析攻击的可行性,在此基础上设计实现了功耗分析平台,利用该平台获取椭圆曲线密码算法的功耗轨迹图,通过对该功耗信号的分析和处理,利用简单功耗分析的方法成功提取了椭圆曲线密码体制的私钥信息。结果验证了简单功耗分析对于椭圆曲线密码系统进行攻击的可行性和有效性。     

水体细菌碱性磷酸酶及其编码基因研究进展

水体溶解性反应磷是浮游植物可直接利用的主要磷营养形式,细菌碱性磷酸酶催化的有机磷矿化过程则是维持溶解性反应磷供给的重要途径.通过总结细菌碱性磷酸酶的种类与分布特征,发现主要包括Pho A、Pho X和Pho D 3种类型细菌碱性磷酸酶,其中超过50%的Pho X分布于细菌细胞的外部环境,对溶解性反应磷的循环再生尤为重要.综述水体产碱性磷酸酶细菌群落组成的研究进展,以及影响编码基因表达的环境因素,对比分析产碱性磷酸酶细菌群落鉴定方法的特点及发展趋势.细菌碱性磷酸酶编码基因的研究多关注寡营养海洋生态系统,对于同样存在磷限制问题的富营养化湖泊生态系统鲜有涉及,而构建针对典型富营养化湖泊生态系统的细菌宏基因组数据库,则可为建立淡水生态系统细菌碱性磷酸酶及其编码基因的研究方法奠定基础,有助于认识湖泊水华频发的微生物学驱动机制.     

鉴定海参的斑点杂交法及其应用

本研究目的是通过斑点杂交方法对不同种类的海参进行快速准确的鉴定。采用CTAB沉淀法提取海参的DNA,PCR扩增线粒体COⅠ基因并测序,利用Primer premier 5.0软件设计并筛选了仿刺参(Apostichopus japonicus)、北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)、加州红参(Parastichopus californicus)及梅花参(Thelenota ananas)4种海参的特异性探针,设计并进行斑点杂交实验。实验结果显示:4条探针均具有高度的特异性,灵敏度可达100pg,能够实现对仿刺参、北大西洋瓜参、加州红参和梅花参的准确鉴定。本文建立的斑点杂交方法,为海参品种的快速、准确的鉴定提供了可靠的技术方法。