许氏平鲉(Sebastes schlegelii)TRAF基因的鉴定及其响应杀鱼爱德华氏菌侵染的表达模式研究

TRAF是机体内一种具有信息传导作用的胞内因子, 承担多个受体家族的信号转导工作, 在固有免疫以及获得性免疫方面都发挥出重要作用。TRAF作为一类胞内接头蛋白, 对多条信号途径的活化具有一定的影响, 包括细胞的增殖、生存、凋亡、炎症反应、免疫反应等。目前已有研究表明鱼类中的TRAF基因也发挥重要的免疫防疫作用。以许氏平鲉为研究对象, 基于基因组和转录组的数据库, 进行了许氏平鲉TRAF基因家族的系统鉴定。在许氏平中共鉴定到9个TRAF基因, 并对这些TRAF基因的长度和氨基酸个数进行了统计分析。同时, 分析了这9个TRAF基因的结构特征。选取了包括许氏平鲉在内的6种鱼类进行了TRAF基因的共线性分析。结果显示, TRAF基因在硬骨鱼类中具有保守的共线性。通过系统发育分析, 更好地解析了TRAF家族基因的进化关系, 同时也证明了对其鉴定及命名的准确性。此外, 还进行了TRAF家族基因的蛋白质相互作用网络预测以及表达模式分析。通过蛋白质相互作用的网络分析, 得到TRAF基因与其互作蛋白的关联状况。在杀鱼爱德华氏菌侵染许氏平鲉后的不同时间点, 探究TRAF基因在杀鱼爱德华氏菌刺激下的表达模式。定量结果显示, 除TRAF4.1外, 其他TRAF基因在感染后均存在不同程度的上调。综上所述, 从分子水平上揭示了许氏平鲉TRAF家族基因的结构和功能, 揭示了TRAF可能依赖的免疫通路, 为进一步探究TRAF家族基因在许氏平先天免疫过程中的作用奠定了基础。     

顾及时空过程的台风灾害事件知识图谱表示方法

我国是受台风影响最严重的国家之一，台风灾害严重威胁着沿海地区的社会经济和自然环境。近年来，随着知识图谱相关理论和应用技术的发展，其强大的知识整合与表达能力可以为台风灾害事件的动态监测与管理决策提供有力支持。针对当前台风灾害事件相关模型对时空过程表达不足等方面存在的问题，首先，从台风灾害机理出发，通过对台风灾害事件组成要素和动态特性的分析，提出从概念、对象、状态、特征和关系5个层次建立的台风灾害事件知识表达模型。其次，充分顾及台风灾害事件信息的多粒度特性，在模型中将不同的特征信息统一到各个对象中。为了突出台风灾害事件的时空过程，以状态作为过程在特定时空下的截面。最后，以2021年台风烟花事件为案例，构建了台风灾害事件知识图谱。结果表明，该模型不仅突出了事件中不同对象的特征刻画，通过多个对象的状态序列表达出台风灾害事件的时空过程，进一步提高台风灾害事件的全过程信息表达与存储，为应急决策方案提供有效的数据与决策辅助支持。     

中国人居环境研究的总体特征及其知识图谱可视化分析

基于CNKI、CSCD文献搜索引擎，以及文献计量可视化工具，采用传统文献研究与知识图谱相结合的方法，对1992—2017年中国人居环境研究的总体特征与知识图谱进行了定量识别和全景式展现。结果发现：1）近25年来，中国人居环境研究发文数量显著增长，《建筑学报》《城市规划》《城市发展研究》等期刊是学者的主要科研阵地；2）研究的优势机构和团队主要集中在中国科学院地理与资源研究所，以及辽宁师范大学、清华大学等其他建筑、规划类和师范类院校；3）研究经费多元化趋势明显，国家级基金是最主要的来源。4）在研究热点方面，人居环境、居住环境、宜居城市、人类环境、可持续发展、居住空间等是学者长期重点关注的热点词汇。5）在研究主题与知识基础方面，相关研究内容广泛，主题尚不集中，城市人居环境、宜居城市、居住环境、农村人居环境、自然适宜性、居住生活满意度、人居环境科学、人口发展是受到关注较多的8个热点主题，其知识基础建立在31篇经典文献之上。6）在具体演进轨迹方面，相关研究的知识结构呈连续发展且彼此联系紧密的态势，发展脉络较为清晰，并具有较强的问题导向性和政策导向性；社会经济发展的阶段性和动态性，问题或政策的学科发展导向，以及学者间的合作交流、学科间的交叉融合、技术方法的革新与应用等是其演进的主要驱动力。     

●●以下19篇文章网络预出版（在线出版）于2023年8月20日，预计刊于《地质论评》2023年第69卷第5、6期或2024年第70卷第1期(2023年9、11月或2024年1月15日发行纸质版）

遗迹化石是研究古环境、古气候、地层旋回性及其全球成因动力学研究的有效载体。遗迹化石是某种环境条件下生物行为习性的直接证据,是沉积环境的灵敏指示剂,对探讨生物行为习性的演化、生物的多样性、生物地层学、事件地层学、储层地质学等都具有重要的理论意义和应用价值。基于此,本文选取CNKI核心合集数据库中的数据,对1954~2022年遗迹化石相关文献进行系统整理,采用Microsoft Excel 2016和CiteSpace 6.1.R2 软件对文献类型分布、年度发文数量、国家、机构、期刊、作者、高引文献、突现关键词等进行分析,构建和绘制各单元间相互关系,以探求研究领域关键路径及知识拐点,进而挖掘所蕴含的新知识,预测学科研究趋势。研究表明：①我国遗迹化石领域研究发文量最多的机构是河南理工大学;发文量最多的学者是胡斌;被引频次最多的论文作者是龚一鸣;我国遗迹化石的研究主要以国家层面的基金资助为主。②系统发展阶段,我国遗迹化石研究区主要集中在贵阳、新疆;创新发展阶段,研究区主要集中在河南、四川等地。③中国寒武系的遗迹化石研究主要集中在河南省、云南省和贵州省境内;奥陶系、志留系和泥盆系中的遗迹化石研究主要集中在贵州、陕西、新疆塔里木盆地、准噶尔盆地、湖南等地。石炭系—二叠系的遗迹化石研究主要集中在新疆准噶尔盆地西北部、柴达木盆地南缘等地;三叠系的遗迹化石研究主要集中在扬子地区。本文基于新的研究思路和方法,系统分析了国内遗迹化石研究现状和趋势,对于进一步了解遗迹化石具有指导意义。     

高密度电法勘探数据在Voxler平台的三维可视化展示——及其在尾矿库隐患勘查中的应用

尾矿库内堆放的有污染的固体和液体废物若得不到合理妥善的处理,会对周边的环境造成严重的污染.为了确定尾矿库的稳定性,分析尾矿库内的固、液废弃物对周边土壤和地下水的影响,急需查明尾矿库的形态特征和库容规模.高密度电法作为一种常规的物探方法,以其简便、快捷、高效等特点,在确定尾矿库形态特征方面成为现场探测的首选技术手段.本研究运用高密度电法反演得到尾矿库的底界面范围,并结合钻孔验证,在Voxler平台构建了尾矿库的可视化三维模型,从而更加精确计算尾矿砂的方量,证明了高密度电法在确定尾矿库形态特征中的可行性.     

科技论文中名词术语的规范表达

(1)使用名词术语要规范科技术语和名词应使用全国科学技术名词审定委员会公布的名词。外文缩写应大写,首次出现时注明外文全称,之后可用简称。如系作者自译的新名词,在文稿中第一次出现时应注明外文原词。中文简称要在第一次出现时说明,之后再用简称,简称要适当,不引起歧义。     

重组七鳃鳗PHB2蛋白的原核表达及纯化

为了研究PHB2蛋白的生物学活性及后续抗体的制备,作者以前期构建的p MD18-T-Lm-PHB2质粒为模板,PCR扩增Lm-PHB2基因全长CDS区,PCR产物经Hind III和Eco R I双酶切后连接至表达载体p ET-32a,构建重组质粒p ET-32a-Lm-PHB2。将鉴定正确的重组质粒转化入大肠杆菌(Escherichia coli)Rosetta Blue,经IPTG诱导表达后,表达产物通过SDS-PAGE和Western blotting进行检测,利用镍柱亲和层析纯化得到纯度较高的目的蛋白r Lm-PHB2。结果表明,经PCR、双酶切和测序鉴定,所构建的重组质粒p ET-32a-Lm-PHB2序列正确,表达产物存在于裂解菌液的上清和沉淀中,经SDS-PAGE和Western blotting证实在约47 ku处有目的蛋白r Lm-PHB2的表达条带。本研究构建了重组七鳃鳗(Lampetra japonica)PHB2蛋白的原核表达载体,并大量表达和纯化目的蛋白,为该蛋白后续的抗体制备及生物活性研究奠定了基础。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)Wnt4基因cDNA克隆与表达分析

Wnt4作为Wnt基因家族的重要成员,在动物的生长发育过程中起重要调控作用。本文利用RACE技术克隆了长牡蛎Wnt4基因c DNA全长序列,该序列全长1999bp,开放阅读框为1068bp,编码355个氨基酸,该蛋白序列与人(Homo sapiens)、沙蚕(Platynereis dumerilii)和栉孔扇贝(Chlamys farreri)Wnt4蛋白的相似性分别为44%、48%和46%。通过荧光定量RT-PCR分析长牡蛎Wnt4基因在成体不同组织和不同发育阶段的表达情况,发现长牡蛎的Wnt4基因具有广泛的组织表达特点,在所检测的多种组织中(外套膜、鳃、唇瓣、消化腺、雄性性腺、雌性性腺)均有表达,推测长牡蛎的Wnt4以信号分子的形式参与多种组织细胞的生命过程;长牡蛎个体发育过程中Wnt4基因的高表达主要集中在胚胎发育的早期(桑葚期最高,原肠胚期次之),幼贝期该基因的表达量很低,说明Wnt4基因可能在早期发育阶段参与了某些器官的形成。     

大黄鱼(Larimichthys crocea)补体C3和C4基因的分子特征及表达分析

本文测定了大黄鱼C3(L.c-C3)和C4(L.c-C4)基因的c DNA全序列。结果表明,L.c-C3和L.cC4序列全长分别为4962bp和5088bp,分别编码1653和1695个氨基酸,N端信号肽序列分别为23和19个氨基酸。推导的氨基酸序列结构分析表明大黄鱼C3和C4与已报道的补体C3、C4同样都具有在功能上比较重要的残基以及保守的硫酯区。分子进化分析表明,L.c-C3和L.c-C4分别与鮸鱼C3、C4的氨基酸同源性最高。实时荧光定量PCR结果显示,L.c-C3和L.c-C4在健康大黄鱼的肝脏、脾脏、肠、鳃、心脏、脑、肌肉和胃这8种组织中都有表达,其中肝脏的表达量最高。在大黄鱼胚胎不同发育时期(从2细胞期到初生仔鱼)中,L.c-C3在各个阶段没有明显的变化,而L.c-C4的表达量有明显升高。溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)侵染的大黄鱼肝脏和脾脏中,L.c-C3和L.c-C4的m RNA表达量均明显上调。该结果表明,大黄鱼肝组织C3和C4基因表达变化与溶藻弧菌的侵染密切相关,揭示了C3和C4在大黄鱼抗细菌免疫反应中具有重要的作用。