基于网络药理学和分子对接技术探究柯里拉京治疗卵巢癌的关键靶点及分子机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术相结合的方法探究柯里拉京（Cor）治疗卵巢癌的关键作用靶点和分子机制。方法：利用PharmMapper、TargetNet及Swiss Target Prediction在线工具预测Cor的作用靶点,通过OMIM、TTD、CTD、DisGenet、PharmGKB及MalaCards数据库获取卵巢癌相关的疾病靶点,并将药物靶点与疾病靶点取交集得到Cor治疗卵巢癌的预测靶点。借助STRING数据库、Cytoscape 软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并采用CentiScape插件筛选出PPI网络中的核心靶点。运用GEPIA和Kaplan-Meier Plotter在线平台分别对这些核心靶点进行基因表达差异分析和生存分析,以明确Cor治疗卵巢癌的关键靶点。利用DAVID数据库进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。运用Autodock Vina软件进行正向分子对接,预测关键靶点和Cor之间的结合活性。结果：Cor治疗卵巢癌的预测作用靶点共24个,其中RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)是Cor治疗卵巢癌的关键靶点,主要涉及血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路及叉头样转录因子(FoxO)信号通路,可能通过调控细胞凋亡、细胞增殖、血管内皮细胞迁移等生物过程而发挥治疗卵巢癌的作用。分子对接结果显示,Cor与预测靶点之间具有较好的亲和力,表明通过网络药理学预测作用靶点的方法具有良好的可靠性。结论：Cor是通过多靶点、多通路的协同作用来干预多个生物过程,从而发挥其抗卵巢癌疗效,为进一步研究其治疗卵巢癌的分子机制提供了新的线索。     

长江古河谷早中全新世沉积物碳埋藏通量与来源解析

为了研究长江古河谷地区早中全新世沉积物的碳埋藏速率及来源,进行了ZK1孔沉积物总有机碳（TOC）、总氮（TN）及δ¹³C的测定,结合AMS¹⁴C（植物碎屑、贝壳）测年、有孔虫及粒度数据,分析了长江古河谷碳埋藏的时空分布特征与TOC来源。采用历史地理学、沉积地质学结合测年数据进行了年代地层划分,自下而上分别为U1潮汐河道、U2河口湾、U3潮流砂脊和U4前三角洲。沉积物受到水深、径流、河口余环流、潮流、波浪、风暴与再矿化等作用或因素影响,TOC平均值为0.41%,低于长江河口表层沉积物基准值0.46%。ZK1碳埋藏通量（TOC_BF）介于7.4～110.5 g/(m²·a)之间,差异较大。TOC_BF数值主要受控于沉积速率。δ¹³C与TOC/TN（C/N） 投影点结果表明,TOC来源表现为多源特征,且整体表现为偏陆源特征。C/N与δ¹³C线性拟合相关性高,适合采用C/N与δ¹³C进行TOC来源的定量分析。基于C/N与δ¹³C采用三端源模型进行了TOC来源分析。U2、U3沉积期处于全新世大暖期,其海源碳与陆源碳较U1、U2沉积单元高,这主要与海洋、陆地初级生产力的提高有关。ZK1海洋浮游植物对TOC的贡献量平均值为31%。河口浮游植物对TOC的贡献量平均值为31%。陆源有机碳对TOC的贡献量平均值为38%。整体来看,陆源有机碳的贡献量大于河口浮游植物与海洋浮游植物的贡献量,这与图解法的分析结果基本一致。     

Application of the first internal transcribed spacer(ITS-1) of ribosomal DNA as a molecular marker to population analysis in farrer''s scallop Chlamys farreri

Sequence variation of the first internal transcribed spacer of ribosomal DNA （ ITS - 1 ） was examined and its application to the study of genetic variation was explored in four populations of farter＇ s scallop Chlamys farreri. ITS - 1 fragments, with a length of about 300 bp,of 78 individuals collected from Dalian, Qingdao, Yantai in China and Korea respectively were amplified via PCR, cloned and sequenced. Intra-genomic variation was examined by sequencing several clones of single individuals. Alignment and polymorphism analysis detected 44 haplotypes and 50 polymorphic sites which consist of 30 substitutions and 20 indels, indicating a high level of polymorphisms. Sequence analysis also showed a very low level of intra-individual variation. All these features validated the feasibility of application of ITS - 1 fragment to population analysis. Polymorphism analysis showed that the Korea sample has the richest genetic variation, followed by Yantai and Qingdao samples. AMOVA （analysis of molecular variance） showed that the majority （96.26%） of genetic variation was distributed within populations and 3.74% resulted from among populations, but with P 〈 0.05 （ = 0.042）, indicating that the populations in this study have significant divergence. This output was basically concordant with the result arising from RAPD data and different from that from mitochondrial 16S rDNA sequence data. Discussion on this inconsistency was made accordingly.     

Identification of Epinephelus malabaricus and Epinephelus coioides using DNA markers

1 IntroductionBothEpinephelus malabaricusandE. coioidesbelong to the genusEpinephelus(Perciformes: Ser-ranidae: Epinephelinae).They are warm water reeffishes that have similar distribution ranges as well assimilar morphological characteristics, which have…     

基于网络药理学与分子对接探讨“蒲黄-姜黄”抗动脉粥样硬化的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术对“蒲黄-姜黄”抗动脉粥样硬化的作用机制进行探讨。方法：基于TCMSP数据库获取“蒲黄-姜黄”的有效活性成分及靶点,通过OMIM、GeneCards、DisGeNet、DrugBank数据库挖掘动脉粥样硬化的潜在靶点,将药物与疾病靶点取交集后,利用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,使用R语言进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后使用PyMOL、AutoDock Vina进行分子对接。结果：共筛选出“蒲黄-姜黄”有效成分9个,与动脉粥样硬化相关靶点190个,核心靶点为转录因子激活蛋白1（JUN）、肿瘤蛋白P53（IP53）、丝裂原激活蛋白激酶1（MAPK1）、苏氨酸蛋白激酶（AKT1）等。GO功能富集分析显示生物过程有2438个、细胞组分有97个、分子功能有252个,共计2787个GO功能条目。KEGG通路富集筛选得到信号通路170条,主要涉及血脂和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等。分子对接显示各个成分与靶点均能较好地结合,其中AKT1靶点与这些成分的结合强度最佳。结论：“蒲黄-姜黄”可以多成分、多靶点、多通路地抗动脉粥样硬化。     

TOC-IRMS联用在线高温氧化测定溶解有机碳稳定同位素组成的方法研究

本研究利用总有机碳分析仪联用稳定同位素质谱仪(TOC-IRMS)技术,探讨了高温氧化法测试水体中溶解有机碳(Dissolved Organic Carbon, DOC)含量及稳定碳同位素组成。根据溶解有机碳的组成特征,从氧化难易程度、分子结构等方面选取5种可溶于水的化合物：咖啡因、葡萄糖、邻苯二甲酸、乙酸钾和腐殖酸钠,配置成DOC溶液。通过改变溶液碳含量、氧化温度、通氧量大小,载气流速等参数,研究不同实验条件对DOC碳转化率及δ¹³C值的影响。TOC-IRMS在氧化温度850℃,通氧时长20 s(流速10 cm³/min),载气流速80 cm³/min的条件下,测得5种化合物不同浓度DOC溶液的平均碳转化率为95.69%～103.57%;δ¹³C值与标定参考值基本一致,差值范围为-0.82‰～0.55‰。在上述实验条件下,测得不同类型水样的DOC含量相对标准偏差小于3.7%,δ¹³C值的标准偏差小于0.2‰,结果表明TOC-IRMS联用在线高温氧化法测定不同类型水样的DOC含量...     

九龙江口潮滩表层沉积物有机质的分布、来源及沉积环境指示意义

本研究旨在揭示九龙江口潮滩有机质含量及其来源的时空分异规律,寻找有效识别潮滩沉积环境的有机碳指标,以便更好地将有机碳应用于河口沉积微相识别和古环境研究。在九龙江口潮滩不同地貌单元,于夏季和冬季采集41个表层沉积物,进行粒度、总有机碳（TOC）、总氮（TN）和稳定碳同位素（δ¹³C）测试。结果显示：从高潮滩至低潮滩,沉积物粒度逐渐变粗,TOC、TN和C/N变小,δ¹³C值偏正。高潮滩有机质来源以陆源和红树林贡献为主,中潮滩以海源和互花米草贡献为主,低潮滩以海源贡献为主。九龙江口潮滩有机质的分布和来源受控于河口陆海相互作用的季节变化、潮滩沉积动力分异和潮滩植被分布。高潮滩与中–低潮滩之间,TOC存在显著性差异,TN、δ¹³C存在极显著性差异,因此参数组合TOC、TN和δ¹³C可作为高潮滩与中–低潮滩的有效判别指标。     

黄河口盐沼湿地沉积物碳储量调查评估

文章依据2021年9月黄河口盐沼湿地沉积物调查数据,分析了沉积物粒度、容重、有机碳分布特征,并对黄河口盐沼湿地沉积物碳密度及碳储量进行评估。结果显示,黄河口盐沼湿地沉积物类型以粉砂为主,部分层次为砂质粉砂和黏土质粉砂;4种植被类型中,不同深度的沉积物容重差异性不大,互花米草和盐地碱蓬分布区容重整体大于柽柳和芦苇分布区;互花米草、盐地碱蓬、芦苇和柽柳分布区沉积物中有机碳含量分别为0.199%、0.200%、0.184%和0.161%,互花米草和盐地碱蓬分布区底质中有机碳含量较芦苇和柽柳分布区偏高,这与互花米草和盐地碱蓬分布区含有更多的黏土组分有关;计算得出,黄河口盐沼湿地沉积物总碳储量为33.47万t,其中互花米草分布区为14.31万t,芦苇分布区为12.05万t,柽柳分布区为5.27万t,盐地碱蓬分布区为1.84万t。     

分子生物学技术在水产养殖动物病原快速检测中的应用

在动植物病原体的检测中,方法学历经了生物培养、显微镜观察、生化检测、免疫学到分子生物学几个阶段的变更,朝着更特异、更快速、更便捷、更安全、集成化、微量化、定量化、费用低廉化的方向发展。传统病原检测主要依据致病病原体在介质或细胞中的培养、分析病原体表型或血清型特征,或采用组织学检测病原体对宿主器官的影响[1]。这类方法耗时、特异性和灵敏度低,远远不能满足日常快速检测工作的需要。免疫学方法可以在一定程度上缩短检验时间,就灵敏度而言,酶联免疫吸附试验(ELISA)要高于免疫荧光、反向免疫凝胶电泳和免疫扩散,是最常用的免疫学检测病原体方法[2]。     

江苏盐城滨海湿地净生态系统碳交换量模拟参数选择

滨海湿地净生态系统碳交换量受到多种环境因素的影响,在进行滨海湿地净碳交换量估算建模时,参数的选择至关重要,如何合理地选择输入参数不仅对于估算结果的精度有影响,同时也会影响预测模型的适用性。本研究使用了Pearson、Spearman、距离相关系数、最大互信息相关系数4种相关系数来计算各个环境因素与净碳交换量之间的相关性,基于相关系数来选择最佳的输入参数组合。利用实际测得的江苏盐城盐沼湿地数据,依次选择各个相关性中最高的8个参数组合,基于卷积神经网络对江苏盐城滨海湿地NEE进行建模,得到了4个预测模型,并使用均方根误差和平均绝对值误差来进行模型精度的验证。研究表明,使用基于最大互信息系数得到的参数组合进行滨海湿地NEE建模时模型的精度最好,误差最小;净光合有效辐射,净辐射,地表辐射与NEE在4个相关系数中都属于强相关,表明这一类辐射类参数对滨海湿地NEE的影响要大于其他参数;各参数与NEE之间的关系既包含线性关系也包含非线性关系,传统的单一线性分析手段无法完整准确地反应各个环境参数与NEE之间的响应关系;基于卷积神经网络的滨海湿地NEE预测模型在精度上要优于其它同类型模型,这表明使用该模型在进行NEE预测建模时具有很好的适用性。