南太平洋环流区底层水可培养细菌多样性研究

为研究南太平洋环流区底层海水可培养细菌的多样性,通过IODP 329航次获得了该区域7个站点的底层海水样品,利用传统的分离培养法获得菌株后,进行16SrDNA测序及系统发生分析。结果表明,从南太平洋环流区7个站点的底层水中分离出174株深海细菌,这些菌株属于4个门,30个属,78个种。其中γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)有143株,在数量和种类方面均占主导地位;α-变形菌纲(α-Proteobacteria)7株,β-变形菌纲(β-Proteobacteria)2株,厚壁菌门(Firmicutes)11株,放线菌门(Actinobacteria)6株,拟杆菌门(Bacteroidetes)5株。优势属有假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、交替单胞菌属(Alteromonas)、弧菌属(Vibrio)、盐单胞菌属(Halomonas)等10个属;优势种有居珊瑚假交替单胞杆菌(Pseudoalteromonas paragorgicola)、子午盐单胞菌(Halomonas meridiana)、坎氏弧菌(Vibrio campbellii)、西班牙交替单胞菌(Alteromonas hispanica)、河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonas tetraodonis)、琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii)等12个。在7个站点中,位于环流边缘的U1371站点分离出的菌株数量明显多于其他站点,且是7个站点中唯一1个包含了分离出的所有6个门类的站点,多样性最高;而U1369和U1370站点都只分离出γ-变形菌纲1个门类。此外,9株细菌可能为海洋细菌新属或新种。     

Isolation and characterization of a fucoidan-degrading bacterium from Laminaria japonica

Fucoidan, a polysaccharide containing abundant fucose and sulfate ester group, was prepared from Laminaria japonica. In order to obtain fucoidan-degrading enzyme, bacteria capable of degrading fucoidan were screened from kelp. A bacterial strain named RC2-3 was obtained, which degraded fucoidan by the maximum extent of 54% ± 1.3%, the highest among all bacterial isolates. High-performance size exclusion chromatography(HPSEC) showed that the molecular weight of fucoidan was gradually reduced by RC2-3 with culturing time, suggesting the production of fucoidan-degrading enzyme by RC2-3. Phylogenetic analysis of partial 16S ribosomal RNA gene(16S rDNA) sequence showed that RC2-3 belonged to the family Flavobacteriaceae. However, it showed different physiological and biochemical characteristics from the known Flavobacteriaceae members producing fucoidan-degrading enzyme, thus RC2-3 was proposed to be a new member of this family.     

舟山海域一株产碱性蛋白酶海洋放线菌的鉴定、选育及发酵条件的初步研究

从舟山海域潮间带海泥筛选到产碱性蛋白酶的海洋放线菌,利用Folin-酚法进行酶活测定,选取酶活最高的菌株进行鉴定,绘制系统进化树。再通过紫外线和DES诱变从而得到高产碱性蛋白酶的海洋放线菌菌株,并进行初步的发酵条件研究。结果表明:分离筛选得到2株菌株,在脱脂奶筛选平板上能产生较大的水解透明圈,通过Folin-酚法进行酶活测定,挑选出酶活较高的菌株A20(初始酶活为104.7U/mL),生理生化试验和16S rDNA试验结果显示该菌株为Streptomyces roseus。对菌株A20进行紫外线和硫酸二乙酯(DES)诱变,最终得到高产碱性蛋白酶的菌株,酶活为227.5U/mL,酶活提高117.3%,传代试验显示该菌株具有较好的遗传稳定性。单因素试验显示最适发酵温度为50°C、pH值为9.0、培养时间为72h。     

山东半岛北岸不同生境潮间带浮游细菌多样性研究

通过提取山东半岛北岸不同类型潮间带海水样品的总DNA,构建16S r DNA文库,利用群落相似性分析(ANOSIM)和非度量多维尺度转换排序(NMDS),探究潮间带类型对浮游细菌群落结构的影响,并对比了与近海浮游细菌群落结构的差异。分析结果显示,浮游细菌的丰度及多样性受到潮间带类型的影响,烟台养马岛泥滩、石滩、辛安河沙滩、黄河三角洲碱蓬区和天鹅湖海草区以变形菌门占优势,而黄河三角洲米草区以拟杆菌门为优势菌,其中,天鹅湖海草区浮游细菌的丰富度和多样性最高。潮间带海水中浮游细菌的组成与近海存在显著差异,潮间带浮游细菌的丰度及多样性均显著高于近海。推测季节因素、植被类型、有机质来源可能是造成潮间带不同生境与近海浮游细菌多样性差异的重要因素。     

养殖浅色黄姑鱼体表溃烂症病原菌的分离与鉴定

浅色黄姑鱼的高密度养殖一直受到病害的困扰,导致成鱼养殖成活率低,直接影响了浅色黄姑鱼养殖业的发展.以汕头南澳岛患皮肤溃烂症的养殖浅色黄姑鱼为材料,从其溃烂头部组织中分离得到优势菌KLg,人工感染实验证实菌株KLg为浅色黄姑鱼的致病菌.药敏试验表明菌株KLg对头孢哌酮、红霉素、头孢曲松、先锋霉素V、复达欣、头孢呋辛和氧哌嗪青霉素等7种抗生素敏感,革兰氏染色、生理生化测定等手段初步确定菌株KLg为哈维氏弧菌(Vibrio harveyi),这一结果通过16S rDNA基因序列及进化树分析得到进一步确认.哈维氏弧菌是海水养殖鱼类的常见致病菌,但在浅色黄姑鱼养殖中尚属首次报道.实验结果可为我国沿海地区浅色黄姑鱼养殖中弧菌病害的防治提供重要参考.     

成团泛菌依赖型磷酸甘油酸变位酶基因的克隆、序列分析及产氢中的差异表达

为研究高效产氢菌株成团泛菌(Pantoea agglomerans)BH-18中依赖型磷酸甘油酸变位酶(cofactor-dependent phosphoglycerate mutase, dPGM)与产氢之间的关系,本研究根据GenBank上已登录的肠杆菌中编码 dPGM的基因序列设计一对引物,从细菌基因组 DNA中克隆得到编码 dPGM基因的完整开放阅读框,其长度为753 bp,编码250 aa。采用BLAST对其与NCBI GenBank中的核苷酸序列进行比较分析,结果表明该基因保守性相对较高,与肠杆菌科众多菌株中的 dPGM 基因相似性达100%。采用Bioedit和Mega4软件构建NJ系统进化树,结果表明成团泛菌BH-18的dPGM氨基酸序列与Enterobacter asburiae的dPGM聚为一类,而与成团泛菌属中其他菌株的该蛋白关系较远, dPGM的氨基酸序列在属内不保守。最后,根据已获得的基因序列设计引物,采用RT-PCR的方法分析了成团泛菌BH-18产氢过程中dPGM基因的转录情况,结果表明dPGM基因的转录与产氢呈正相关,依赖型磷酸甘油酸变位酶是产氢过程中的关键酶。     

承德地区两温泉中古细菌基因型多样性分析

通过构建16S rDNA克隆文库,对承德地区两个不同温度的温泉中古细菌的基因型多样性进行了分子生态学研究。结果表明:山湾子温泉(A12)74.5℃热水中的古细菌主要分属泉古菌门(Crenarchaeota)和广古菌门(Euryarchaeota)两个门;七家温泉(A14)61.4℃热水中的古细菌则只属于泉古菌门,没有广古菌门微生物的分布。样品A12中的古细菌序列只可分为3种基因型,而A14中的古细菌序列可分为10种基因型。古细菌多样性的差异表明,温度是影响温泉中古细菌多样性水平的重要因素。样品A12中古细菌群落具有厌氧发酵乙酸产甲烷的生理功能,而A14中大多数古细菌均与氨氧化古菌有密切的亲缘关系,其主要生理功能为好氧氨氧化。     

Lytic Characteristics and Identification of Two Alga-lysing Bacterial Strains

Lytic Characteristics and Identification of Two Alga-lysing Bacterial StrainsBeaulieu, S. E., M. R. Sengco, and D. M. Anderson, 2005. Using clay to control harmful algal blooms: deposition and resuspension of clay/algal flocs. Harmful Algae . (4): 123-138…     

南海细菌胞外多聚物的神经保护活性筛选

本文采取传统的醇沉水溶的工艺提取了深海细菌的胞外聚合物(extracellularpolymericsubstance,EPS),使用过氧化氢作为损伤剂建立SH-SY5Y人神经母细胞瘤体外氧化损伤模型。在安全剂量下评价EPS的体外神经保护活性,确定16种活性良好(细胞活力>90%)的EPS。16种EPS的成分分析结果如下:1)16种EPS的分子量分布呈三段式,分别为>200 kDa, 10～200 kDa和<10 kDa; 2)16种EPS单糖组成中除甘露糖、葡萄糖外,还有稀有单糖氨基葡萄糖、鼠李糖、葡萄糖醛酸、氨基半乳糖、半乳糖、岩藻糖; 3)EPS的总糖含量为14.06%～21.40%,蛋白含量为10.66%～31.05%,硫酸基含量为2.91%～26.53%。通过对相应菌株进行16SrDNA全序列分析并与GenBank比对,完成了活性菌株的鉴定,通过MEGA7.0和Figtree构建系统进化树。鉴定结果表明,16株深海细菌归属于3门8科9属16种,分布在三个门类:厚壁菌门(Firmicutes, 9/16),变形菌门(Proteobacteria, 6/16)和...