冻融循环对青藏高原腹地不同生态系统土壤细菌群落结构的影响

通过构建16S rRNA基因克隆文库,研究了冻融循环对青藏高原腹地北麓河的高寒沼泽草甸和高寒沙化草原两种不同生态系统土壤细菌群落结构的影响. 结果表明: α-、 β-、 γ- 和δ-变形菌门(α-、 β-、 γ- 和δ-Proteobacteria)、 酸杆菌门(Acidobacteria)、 放线菌门(Actinobacteria)、 拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)为两个生态系统土壤共有的细菌类群, 其中, 变形菌门、 酸杆菌门及浮霉菌门细菌为研究区域优势菌, 而厚壁菌门(Firmicutes)为高寒沼泽草甸土壤所特有, 疣微菌门(Verrucomicrobia)和绿弯菌门(Chloroflexi)细菌是高寒沙化草原土壤特有的细菌类群, 表明青藏高原腹地两种生态系统土壤具有丰富的细菌多样性. 冻融循环会降低区域土壤的细菌多样性, 随冻融循环, 高寒沼泽草甸和高寒沙化草原生态系统土壤放线菌门丰度均呈现下降趋势, 但大部分细菌随冻融循环的变化在两种生态类型中呈现不同的变化规律, 结果说明冻融循环对于不同生态系统土壤细菌群落结构的影响既存在相似性, 也存在着较大的差异.     

南极菲尔德斯半岛表层土壤样品中细菌多样性的系统发育分析

通过PCR结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对从南极长城站附近表层土壤样品中获得16SrDNA序列特征片段V3区序列进行分离。对其中的主要12条DGGE条带进行胶回收,获得的DNA片段经测序以及计算机比对分析发现,它们分别属于β、γ、δ-变形细菌(Proteobac-teria)、噬纤维菌-屈挠杆菌-拟杆菌(Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides,CFB)群细菌、放线细菌(Actinobacteria)、蓝细菌属(Cyanobacteria)、酸杆菌属(Acidobacteria)和绿屈挠菌属(Chlo-roflexi)等系统分类群。南极表层土壤样品中的大部分16S rDNA序列与从其他土壤或沉积物样品中直接获得的序列相似性较高(93%-100%)。     

中国沿海亚历山大藻(Alexandrium)核糖体rDNA部分序列分析及该藻属分子系统进化研究

分析了几株自南海及东海分离的亚历山大藻的rDNA部分序列信息,其中包括核糖体大亚基(LSU)rDNA的5′端D1-D2区序列,以及5.8SrDNA和ITS区序列;同时也对实验室保种的部分来自其它国家和地区的亚历山大藻相关序列进行了测序和分析,并以此作为序列分析中的参考。采用ClustalX及MEGA2软件对所得到的序列信息进行了综合分析与对比。结果表明,分离自南海的塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)和分离自东海的链状亚历山大藻(A.catenella),即便是在ITS区和LSUrDNA等高变区,其序列信息也完全一致。与基因库中搜索到的其它亚历山大藻rDNA序列信息相比较,中国沿海的塔玛/链状亚历山大藻序列更接近于塔玛复合种的“亚洲温带”基因型。对于分离自南海的另外两株未定种的亚历山大藻,通过对比序列信息,发现它们与相关亚历山大藻(A.affine)非常接近。分离于我国台湾地区的微小亚历山大藻(A.minutum)在序列上与分离自新西兰的藻株相似,而与分离自欧洲的微小亚历山大藻藻株相差较大。中国沿海亚历山大藻rDNA序列信息的获得为针对有毒藻种设计特异性核酸探针,发展灵敏快速的生物检测技术奠定了基础。     

大菱鲆2种类胰岛素样生长因子结合蛋白基因克隆及在成鱼和早期发育期中的表达

类胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP)在调节IGF的生物学功能上起着重要的作用,利用简并引物扩增及RACE克隆技术,首次克隆得到大菱鲆IGFBP-1,-2基因cDNA全长序列。两个基因氨基酸序列都分为保守的N端和C端以及高度特异的L区域3个部分,其中N端和C端共包含18个半胱氨酸残基,N端存在一段保守的(GCGCCXXC)结构,C端存在一段保守的(CWCV)结构,这些结构在与IGF相互作用以及调节与IGF结合的亲和性和稳定性起重要作用。组织表达分析表明,igfbp-1主要在肝脏及脾中大量表达,在其他组织中表达量较少,igfbp-2除在肌肉中没有检测到表达外,在其他组织中均有表达,其中肝脏脑、心、肾、肠中表达量较高。广泛的组织表达模式表明IGFBP是通过自分泌和旁分泌来调节IGF的功能。对于胚胎发育期表达分析表明,igfbp-1在整个发育期均检测到表达,igfbp-2在胚体期开始有表达,结果表明igfbp-1和igfbp-2在胚胎发育过程中的细胞生长以及组织器官分化都起着重要的生理学作用。     

水产品鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)细菌多样性及优势微生物分析

为研究鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)在不同冻藏时期的优势微生物,并且得到一个较全面的细菌群落组成结构,采用16SrDNA基因克隆文库及克隆子分析等方法,分别对冻藏1d、8d和20d条件下鲐鱼鳃体系中的细菌种群多样性、优势微生物及其中产组胺菌的变化进行分析。结果表明,不同时期鲐鱼鳃内的细菌多样性均较强;冻藏1天的鳃体系中不动杆菌属(Acinetobacter)占优势为总数的77.5%,产组胺细菌如泛菌属(Pantoea)和肠杆菌属(Enterobacter)较少;第8天优势细菌种群是梭杆菌属(Fusobacteria bacterium)和希瓦氏菌属(Shewanella),而产组胺菌如发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)较前期数量有所增加;冻藏到第20天的优势种群为哈夫尼菌属(Hafnia)和沙雷菌属(Serratia),它们均是产组胺的菌群。鲐鱼中细菌多样性及其优势微生物的变化等全面信息可为了解鲐鱼水产品组胺发生的微生物机制及其控制方法提供重要依据。     

Development of a real-time PCR method for Thalassiosira rotula rapid detection

Gene specific primers and DNA probe were designed based on the sequence of 18S rDNA cloned from the red tide alga Thalassiosira rotula. A real-time fluorescent quantitative PCR (RFQ-PCR) method was developed for quantitative detection of T.rotula. The RFQ-PCR assay data showed that the results obtained with the RFQ-PCR quite good agreement with those with the light microscope (LM) counting method, which suggested that the RFQ-PCR could be a useful method for red tide alga detection.     

脱壳病和吻肿病东风螺体内致病菌及条件致病菌菌相研究

为探讨东风螺脱壳病和吻肿病与体内外致病菌及条件致病菌的相关性,测定了东风螺养殖水体环境中异养菌菌落总数,并对病螺及健康螺体内致病菌及条件致病菌进行了分离鉴定.经兔血培养基、TCBS培养基和弧菌显色培养基分离培养,用生化试验和细菌16S rDNA序列分析鉴定,结果显示:发生脱壳病的方斑东风螺螺池水体中的异养菌菌落总数为1.34×106 cfu/mL,病螺体内分离的致病菌及条件致病菌有副溶血弧菌、哈氏弧菌、河流弧菌、Vibrio hepatarius、腐败希瓦氏菌、海藻希瓦氏菌和芽孢杆菌,其中优势菌株为副溶血性弧菌溶血菌株和哈氏弧菌;脱壳病与吻肿病共患的泥螺螺池水体中异养菌的菌落总数为1.46×107 cfu/mL,病螺体内分离的致病菌及条件致病菌有副溶血弧菌、哈氏弧菌、鲍鱼希瓦氏菌、海藻希瓦氏菌和芽胞杆菌,优势菌株为海藻希瓦氏菌、鲍鱼希瓦氏菌和哈氏弧菌;健康东风螺螺池水体异养菌菌落总数为7.6×104 cfu/mL,健康东风螺螺体内的优势菌株为副溶血性弧菌非溶血菌株和Vibrio hepatarius.试验结果表明,东风螺脱壳病和吻肿病与养殖水体环境中异养菌的总数及螺体内部致病菌及条件致病菌分布具有一定相关性.     

海带杂种优势苗种繁育技术研究

用生物反应技术进行海带配子体克隆的连续培养,将丝状体克隆细胞粉碎后,用两系法培育杂种优势苗种.实验结果表明,雌、雄海带配子体克隆细胞的日增重速率可达14.03%和13.87%,经42d培养增重6.9倍和6.8倍;雌、雄配子体克隆细胞杂交16d,排卵率为100%;培养40d后幼孢子体长度为2~3cm,经海上养殖实验,初步筛选出了一个较好的杂交组合.     

热液区管状蠕虫几丁质结合蛋白的克隆表达及功能鉴定

本文应用PCR技术对四种管状蠕虫几丁质结合蛋白进行了扩增,进而连接到pIZ-FLAG构建了重组表达载体,并在昆虫细胞中实现了几丁质结合蛋白的异源重组表达.我们对几丁质结合蛋白的功能进行了初步研究,亲和活性实验结果表明这四种几丁质结合蛋白对α-chitin具有亲和活性,并且可以辅助几丁质酶,对降解α-chitin和β-chitin均有不同程度的促进作用,且作用效果明显.结果表明,这四种几丁质结合蛋白均为α型,且可以促进几丁质酶的活性,对降解几丁质多糖具有巨大的应用潜力和应用价值.     

象山港养殖大黄鱼寄生新贝尼登虫成虫形态学和28S rDNA,ITS1分子鉴定

贝尼登类单殖吸虫是象山港海水养殖鱼类中一类危害严重的寄生虫。应用PCR扩增及DNA序列分析的分子生物学手段,并结合对成虫的形态学分析,对象山港养殖大黄鱼体表寄生的贝尼登类单殖吸虫(记作XSp)进行了种类鉴定,结果表明XSp从形态特征上属于新贝尼登虫属,与梅氏新贝尼登虫高度相似。扩增得到XSp的28S rDNA和ITS1序列长度分别为393和427 bp,与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫的5个28S rDNA 序列、2个ITS1序列的比对分析显示相似性除1个为97.4%外其余均大于99%,提示XSp与这几个鱾新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫为种内关系,而XSp与贝尼登虫的3个28S rDNA 和1个ITS1序列相似性分别为84.3%~89.5%和60.2%。系统进化树显示该吸虫与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫形成一个紧密的簇,而与贝尼登虫亲缘关系较远。根据普通生物学和序列特征分析,将XSp定种为梅氏新贝尼登虫,并且支持Whittington和Horton (1996)提出的梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫为同种异名的分类观点。