长牡蛎(Crassostrea gigas)Wnt4基因cDNA克隆与表达分析

Wnt4作为Wnt基因家族的重要成员,在动物的生长发育过程中起重要调控作用。本文利用RACE技术克隆了长牡蛎Wnt4基因c DNA全长序列,该序列全长1999bp,开放阅读框为1068bp,编码355个氨基酸,该蛋白序列与人(Homo sapiens)、沙蚕(Platynereis dumerilii)和栉孔扇贝(Chlamys farreri)Wnt4蛋白的相似性分别为44%、48%和46%。通过荧光定量RT-PCR分析长牡蛎Wnt4基因在成体不同组织和不同发育阶段的表达情况,发现长牡蛎的Wnt4基因具有广泛的组织表达特点,在所检测的多种组织中(外套膜、鳃、唇瓣、消化腺、雄性性腺、雌性性腺)均有表达,推测长牡蛎的Wnt4以信号分子的形式参与多种组织细胞的生命过程;长牡蛎个体发育过程中Wnt4基因的高表达主要集中在胚胎发育的早期(桑葚期最高,原肠胚期次之),幼贝期该基因的表达量很低,说明Wnt4基因可能在早期发育阶段参与了某些器官的形成。     

凡纳滨对虾输入蛋白α1基因的克隆与表达分析

输入蛋白α(importinα)是核转运蛋白家族的重要成员,可通过帮助具有核定位信号(Nuclear location signal,NLS)蛋白入核而参与免疫过程。克隆并鉴定凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的importinα1基因,命名为Lv IMα1,基因全长c DNA为2 181 bp,包括1 575 bp的开放阅读框,编码525个氨基酸,5′非编码区长110 bp,3′非编码区长496 bp。Smart分析显示,Lv IMα1蛋白包含一个N端的输入蛋白β结合域和一个包含8个串联重复序列的NLS中央结合结构域。同源性分析发现,Lv IMα1与原鸡(Gallus gallus)IMα1的相似度最高,为73%;与水蚤(Daphnia magna)IMα1相似度最低,为61%。系统进化分析显示,Lv IMα1和多种无脊椎动物IMα1聚为一类。实时荧光定量PCR(QRT-PCR)分析表明,Lv IMα1在所测试组织中均有表达,在神经组织中表达量最高。白斑综合征病毒感染后,凡纳滨对虾血液中Lv IMα1基因的表达量呈先下降后上升趋势,除感染后4 h外,其余时间点的表达量均低于对照组(P0.05),12 h最低,为对照组的0.22倍,随后逐渐升高。副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)感染后,凡纳滨对虾血细胞中Lv IMα1基因表达量低于对照组,在感染后4、24、48、72 h尤为显著,24 h时最低,为对照组的0.38倍。Lv IMα1基因可能参与凡纳滨对虾抗病免疫应答途径。     

杂色鲍血蓝蛋白多克隆抗体的制备与血蓝蛋白35kDa片段鉴定

以杂色鲍(Haliotis diversicolor Reeve)为研究对象,通过密度梯度离心方法纯化得到高纯度血蓝蛋白,以其作为抗原皮下注射免疫新西兰大白兔,从而获得高效价的兔源多克隆抗血清。进一步通过Protein A抗原亲和纯化的方法对该抗血清纯化,最终获得效价更高、检测特异性更好的血蓝蛋白多克隆抗体。应用该抗体进行Western检测发现,鲍血淋巴中存在着多样的血蓝蛋白衍生产物;进一步结合质谱技术对其中35 kDa条带进行鉴定发现,其来源于血蓝蛋白I型亚基的H结构域。     

一株产琼胶酶海洋细菌的分离与鉴定

为获得琼胶酶活性高产菌株,对采集的海水样品进行了产酶微生物的分离、筛选和鉴定。经过平板培养预筛和两次摇瓶培养筛选,从浙江省舟山市普陀区近海海水样品中分离到一株琼胶酶产生菌G-5,该菌株液体培养产酶活力可达到413.8 U/mL。G-5菌株的菌落呈乳白色、半透明、表面湿润;菌体革兰氏染色阴性,大小0.58~0.69μm×1.50~2.26μm;光学显微镜下呈短杆状,略有弧形。G-5菌株的16S rDNA序列与NCBI数据库中15个弧菌属(Vibrio)菌株的16S rDNA有98%的同源性,可以确定G-5菌株是一株弧菌(Vibrio sp.)。     

基于人工免疫系统的遥感图像检索

为了提高遥感图像检索的准确性,提出了一种基于人工免疫系统(artificial immune system)的遥感图像检索算法。该算法根据相关反馈技术及免疫机理,利用克隆选择算法对用户反馈的图像特征进行泛化学习,从而提高了系统对用户语义的理解能力。实验结果表明,该算法能有效理解用户的反馈信息,能提高检索的准确性。     

凡纳滨对虾碱性磷酸酶和酸性磷酸酶基因的克隆、表达及盐度应答效应

本研究通过c DNA末端快速扩增法(RACE)首次克隆得到凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)和酸性磷酸酶(acid phosphatase,ACP)基因的c DNA全长序列,其中ALP基因全长序列1 910 bp,编码536个氨基酸;ACP基因全长序列1 544 bp,编码439个氨基酸。盐度调控设3个盐度组:31(对照)、16和3。养殖45 d后,荧光定量PCR测定对虾肝胰腺、肌肉、胃、肠和鳃5个组织中的ALP和ACP基因m RNA的表达情况。RT-PCR显示,ALP基因在5个组织中普遍表达,在肝胰腺中表达量最高(P0.05),肠道中的表达量最低(P0.05);ACP基因在5个组织中也均表达,在肝胰腺和鳃中表达量明显高于其他3个组织(P0.05)。盐度应答实验表明,不同盐度条件下,不同组织中,ALP和ACP基因存在不同的表达模式。在胃和鳃组织中,ALP基因在31盐度组的表达量显著高于其他两组(P0.05);在肝胰腺和肠道中,ALP基因在16盐度下的表达量明显低于其他两组(P0.05);在肌肉中,ALP基因的表达与其他组织均不同,31盐度组表达量最高,而16盐度组最低(P0.05);在肝胰腺中,ACP基因在31盐度组的表达量明显低于其他盐度组(P0.05);在肌肉和鳃两个组织中,ACP基因在31盐度下的表达量明显高于其余两个盐度组(P0.05);在肠道中,ACP基因的表达量在3盐度组明显高于其他两组(P0.05);而在胃中,ACP基因在3个盐度下的表达量没有显著性差异。上述结果为研究低盐条件下凡纳滨对虾的磷酸酶基因的变化机制提供了参考。     

斜带石斑鱼烂尾病病原菌的分离与鉴定

2008年5月从海南省三亚红沙港与陵水新村湾网箱养殖的患"烂尾病"的斜带石斑鱼Epinephelus coioides中分离到3株优势菌株HS08001、HS08002和XC08001.人工感染试验表明,这3株菌株为斜带石斑鱼的致病菌.经菌株形态特征、培养特性和生理生化反应等表型测定以及16S rDNA测序分析,这3株细菌被鉴定为哈维氏弧菌Vibrio harveyi.其中,HS08001对斜带石斑鱼的半致死剂量为1.05×104CFU·g-1 鱼体重.药敏试验表明,该菌具有较强的耐药性,在所检测的25中抗菌药物中,仅对庆大霉素、氯霉素和利福平高度敏感,而对阿莫西林等18种抗菌药物不敏感.     

卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析

采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ(carnitine palmitoyltransferaseⅠ,CPTⅠ)c DNA序列全长,并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明,卵形鲳鲹CPTⅠ基因(Gen Bank登录号KP987456)c DNA序列全长2 841 bp,其开放阅读框(ORF)为2 363 bp,编码787个氨基酸,3'非编码区(URT)335 bp,5'非编码区142 bp;生物信息预测显示CPTⅠ基因编码的蛋白无信号肽序列,脂溶指数高达85.63,亲水性平均值(GRAVY)为-0.213,具有2个跨膜区螺旋,在第312和367氨基酸残基处存在N-糖基化位点,在19个丝氨酸(Ser)、9个苏氨酸(Thr)和14个酪氨酸(Tyr)残基上可能发生磷酸化;二级结构中α螺旋(Alpha helix)占比例最大,为40.66%;该蛋白亚细胞定位预测其主要分布于细胞质和线粒体中;分子系统进化分析显示,卵形鲳鲹CPTⅠ蛋白与花鲈(Lateolabrax japonicas)的同源性最高,达94%,与大黄鱼(Larimichthys crocea)、金鲷(Sparus aurata)的次之,均为93%,与人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)等的同源性较低(65%)。     

利用克隆选择算法构建的土地用途分区模型

采用空间聚类的思想,构建了利用GIS与克隆选择算法的土地用途分区模型,针对模型实现的编码、抗体-抗原亲和度、抗体多样性等关键技术进行了改进。以海南省昌江县乌烈镇为例对模型进行了验证,结果表明,利用克隆选择算法构建的土地用途分区模型能够在多约束下进行土地用途分区,可以实现全局优化,具有稳定、结果可靠等优点。提供的土地用途分区方案科学合理,可以为土地利用规划和土地利用调控和管理提供支持。     

海洋石油烃降解细菌T1和T2的分子鉴定分类

从天津滨海潮间带被石油烃严重污染的沉积物（千样含油量0．2g／g）中,筛选分离出能够以柴油为唯一碳源生长的细菌,对其中生物量大、单株菌降解效率较高的两株细菌T1和T2进行16SrDNA克隆,通过测定和比较16SrDNA的部分序列对这两株细菌进行分子鉴定,以期用于石油污染的微生物修复中。结果表明,T1与深红红螺菌（Rhodospirillum rubrum）的同源性为89％,．r2与施氏甲单孢杆菌（Pseudomonas stutzeri）的同源性为99％。