同型半胱氨酸水平与脑梗死患者MTHFR基因C677T多态性之间的相关性研究

目的 探讨研究同型半胱氨酸（homocysteine,Hcy）水平与脑梗死患者亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）基因C677T的多态性之间的相关性。方法 选择2012年2月~2015年8月期间在笔者医院住院就诊的450例脑梗死患者作为研究组,其中糖尿病患者181例,非糖尿病患者269例,另外选择285例笔者医院门诊部健康的体检人员作为对照组,分别采用焦磷酸测序的方法检测分析MTHFR基因C677T的多态性,并分析各基因型与Hcy水平之间的相关性。结果 脑梗死组与健康对照组的MTHFR基因型分布之间的差异具有统计学意义（P<0.05）,脑梗死组T基因的频率明显比对照组高,差异有统计学意义（χ²=13.67,P=0.00）。脑梗死组患者的Hcy浓度明显高于健康对照组,差异有统计学意义（t=12.71,P=0.00）。脑梗死组患者各MTHFR基因型患者的Hcy水平之间比较,差异有统计学意义（F=17.68,P=0.00）。非糖尿病脑梗死患者的Hcy水平明显高于糖尿病脑梗死患者,差异有统计学意义（t=2.97,P=0.00）,非糖尿病组TT型的Hcy浓度明显高于糖尿病组,CC型的Hcy浓度明显低于糖尿病组,差异均有统计学意义（t=5.67,2.18;P=0.00,0.03）。糖尿病性脑梗死患者和非糖尿病脑梗死患者中,MTHFR基因为TT型的Hcy水平明显高于CC型和CT型,差异均有统计学意义（P<0.05）,而CC型和CT型的Hcy水平之间比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论 脑梗死患者比健康人的MTHFR基因C677T的T等位基因频率高,且脑梗死患者的MTHFR基因C677T为TT基因型时血清中Hcy的水平更高,由此判断TT基因型可能是脑梗死发生的危险因素。     

三亚天涯海角潮间带趋磁细菌特性

在三亚天涯海角潮间带沉积物中发现了一定量的海洋趋磁细菌,最大丰度可达100个/cm3。透射电子显微镜(TEM)观察发现该区域趋磁细菌绝大多数为趋磁球菌。磁小体形状单一,皆为棱柱形;磁小体排列方式多样,以链状排列为主,包括单链、双链,也有少数成簇排列。高分辨率透射电子显微镜(HRTEM)与X-射线能谱仪(EDXS)结果表明,磁小体成分为Fe3O4。趋磁细菌的铁含量平均为2.05%(0.70%~7.53%)。通过16S r RNA基因文库的构建与测序,在78个阳性克隆中得到了16个趋磁细菌序列,分属9个OTU。系统发育分析结果表明,其中8个OTU属于α-变形菌纲,1个OTU属于γ-变形菌纲。在全部9个OTU中,有8个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于97%,有5个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于93%,说明该区域存在可观的趋磁细菌资源。     

基于线粒体16S rRNA基因序列对3种珍珠贝的鉴定

传统的形态鉴定主要依赖于分类者的经验和水平,容易产生分类错误。为提高物种鉴定的准确性,作者采用形态学与线粒体16S rRNA基因序列分析相结合的方式对广西北海涠洲岛采获的3种珍珠贝进行了鉴定。研究结果表明,基于形态学可将3种珍珠贝分别鉴定为企鹅珍珠贝(Pteria penguin)、宽珍珠贝(P.loveni)和中国珍珠贝(P.chinensis),但基于16S r RNA基因序列,形态学鉴定为P.loveni的标本应为P.lata。P.loveni和P.lata是两个完全独立的种,并非为同物异名。珍珠贝属16S rRNA基因序列的种间遗传距离明显大于种内遗传距离,适宜作为该属种类鉴定的分子标记。在基于16S r RNA基因序列构建的系统树中,相同种类的不同个体均形成单系群,并获得很高的支持率。分布于中国沿海的珍珠贝属种类应包括P.lata,是否有P.loveni的分布尚需进一步证实。     

印度-太平洋石鲈亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

为探讨DNA条形码基因COⅠ序列在石鲈亚科鱼类物种鉴定的有效性,本研究分析了印度-太平洋区域的石鲈亚科7个属29种鱼类9个个体长度为651 bp的COⅠ基因序列,利用MEGA 5.0计算石鲈亚科种内与种间的遗传距离,并基于最大简约法与最大似然法构建了其分子系统进化关系。结果显示:石鲈亚科鱼类种间遗传距离在0.021—0.240之间,平均遗传距离0.184;种内遗传距离在0.000—0.009之间,平均0.004。其中种间平均遗传距离(0.184)显著大于种内平均遗传距离(0.004),种间遗传距离是种内的46倍。同时,各物种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0.02(2%)。基于COⅠ序列构建的系统进化树,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系,表明COⅠ基因可作为石鲈亚科物种准确鉴定的有效条形码基因。同时,系统进化树上,石鲈属是非单系类群,主要形成5个分支,而不同分支的种类与其地理分布存在一定的相关性,与近年部分分子系统地理学的研究观点一致。     

COⅠ条形码辅助分析雷州半岛红树林区鱼类的物种多样性

于2014年3月至2015年7月从我国雷州半岛红树林区采集成鱼和幼鱼样本共1720尾,在依据Fish Base等鱼类形态分类系统进行鉴定的基础上,利用COⅠ条形码技术确认存在94个物种,分属11目33科72属。结果表明:红树林区鱼类种群极其丰富,其中鲈形目(Perciformes)鱼类物种最多,为59种,占总物种数的62.77%,其次是鲱形目(Clupeiformes)和鲻形目(Mugiliformes),分别占6.38%和5.32%。鲈形目中又以虾虎鱼科(Gobiidae)为优势类群,含29种(占30.85%)。按生态类群分:海洋洄游鱼类最多,占物种总数的32.98%,其次为海洋偶见鱼类、两侧洄游鱼类,分别占22.34%、17.02%,以虾虎鱼类物种为主的红树林定居鱼类约占11%。本研究表明红树林生态系统是许多海水、淡水和洄游性鱼类在特定生活阶段的重要栖息地和育幼场所。另外,COⅠ条形码技术可有效快捷地鉴定出红树林海域的鱼类。     

基于线粒体细胞色素b基因的光倒刺鲃遗传多样性与遗传结构研究

光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是华南地区重要的经济鱼类,现已成为重要的养殖鱼类之一。为了解光倒刺鲃的遗传多样性及遗传结构特征,作者对8个水系共191尾样本的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列进行了测定与分析。在所有序列中,共有51个变异位点,共检测出16个单倍型,单倍型多样性为0.761,核苷酸多样性为0.012。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,所有种群合聚为两大支,其中资江、钱塘江、郁江和柳江的全部样本以及北江、赣江和九龙江的部分样本组成了Ⅰ支,而东江水系的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本则组成了Ⅱ支。单倍型网络图显示,东江的全部单倍型与北江及赣江的部分单倍型有着较近的亲缘关系,而与其他单倍型发生了较大的遗传分化;而九龙江种群内部不同的单倍型间亦有着较大的遗传差异;北江的部分单倍型、柳江及郁江种群的全部单倍型与资江、钱塘江的全部单倍型、赣江和九龙江的部分单倍型之间的亲缘关系亦较为密切。我们推测光倒刺鲃存在两个扩散中心:西江、北江水系扩散中心及东江水系扩散中心。其扩散路径为:西江及北江水系的种群往北向长江水系扩散,长江种群然后往钱塘江及九龙江等水系扩散;东江水系的种群扩散路径可分为3支,一支往北向长江水系扩散,一支往西向北江水系扩散,一支往东向九龙江等水系扩散。AMOVA分析表明,光倒刺鲃地理区之间变异占1.61%,地理区内种群间约占56.47%,种群内的变异占45.14%。错配分析及中性检验显示,全部种群、各个种群在历史上均没有发生过明显的扩张。本研究结果可为光倒刺鲃种质资源保护和利用提供科学依据。     

10个菲律宾蛤仔野生群体的遗传多样性研究

对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。     

凡纳滨对虾输入蛋白α1基因的克隆与表达分析

输入蛋白α(importinα)是核转运蛋白家族的重要成员,可通过帮助具有核定位信号(Nuclear location signal,NLS)蛋白入核而参与免疫过程。克隆并鉴定凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的importinα1基因,命名为Lv IMα1,基因全长c DNA为2 181 bp,包括1 575 bp的开放阅读框,编码525个氨基酸,5′非编码区长110 bp,3′非编码区长496 bp。Smart分析显示,Lv IMα1蛋白包含一个N端的输入蛋白β结合域和一个包含8个串联重复序列的NLS中央结合结构域。同源性分析发现,Lv IMα1与原鸡(Gallus gallus)IMα1的相似度最高,为73%;与水蚤(Daphnia magna)IMα1相似度最低,为61%。系统进化分析显示,Lv IMα1和多种无脊椎动物IMα1聚为一类。实时荧光定量PCR(QRT-PCR)分析表明,Lv IMα1在所测试组织中均有表达,在神经组织中表达量最高。白斑综合征病毒感染后,凡纳滨对虾血液中Lv IMα1基因的表达量呈先下降后上升趋势,除感染后4 h外,其余时间点的表达量均低于对照组(P0.05),12 h最低,为对照组的0.22倍,随后逐渐升高。副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)感染后,凡纳滨对虾血细胞中Lv IMα1基因表达量低于对照组,在感染后4、24、48、72 h尤为显著,24 h时最低,为对照组的0.38倍。Lv IMα1基因可能参与凡纳滨对虾抗病免疫应答途径。     

细胞色素b基因序列与7种石首鱼类的系统进化

通过比较一段381bp细胞色素b基因序列，分析了石首鱼科7种石首鱼的系统发育关系．该序列有51个单变异多态位点、128个简约信息多态位点，对应的氨基酸序列有41个氨基酸变异位点．根据Kimura 2参数构建的邻接树(NJ tree)和最大简约树(MP tree)都显示同样的结果：7种石首鱼类构成一个单系群．皮氏叫姑鱼位于单系群的基部，且与其他石首鱼分离时间很早；大黄鱼和棘头梅童鱼亲缘关系最近。并与钩牙皇石首鱼和波纹短须石首鱼构成姐妹群．黄姑鱼和鱿鱼也接近树的基部．     

大洋协会召开生物基因资源研究开发战略研讨会

为加强我国大洋领域生物基因资源的研究开发力度，了解国际相关研究领域的进展趋势，推动深海生命科学研究的发展及其基因资源的产业化。2005年术，中国大洋矿产资源研究开发协会邀请近40位来自中科院、全国齐地儿所高校、国家海洋局第一、三海洋研究所、厦门特宝生物工程股份有限公司等从事大洋领域生物基因资源研究、开发和产业化的专家、国家自然科学基金委和有关方面的领导，在厦门召开“2005中国大洋生物基因资源研究开发战略研讨会”。