一株海洋细菌铁吸收调节蛋白(Fur)基因的克隆和表达

对海洋细菌来说铁是一种必需元素,对铁吸收与利用的调控在细菌生长和防止铁毒性中起重要作用,在革兰氏阴性细菌中,铁的代谢由铁吸收调节蛋白(Fur) 来调控.橙色交替单胞菌是1种具有广泛抑菌谱的有益菌,本研究克隆表达了橙色交替单胞菌的fur基因,并分析了其相关特征.该基因序列中包含447bp的开放阅读框,编码148个氨基酸残基的蛋白,推导的相对分子量为16.637 kD,与GenBank报道的革兰氏阴性菌的相应序列同源性很高,其中氨基酸序列的中段从G47位至D104位,为高度保守区域.在限铁和富铁培养条件下铁载体分泌量的结果分析表明,fur基因可在大肠杆菌中大量表达,为进一步研究Fur蛋白的结构与功能打下基础.     

牙鲆GHR基因Promoter区微卫星序列多态性与生长性状关系的初步研究

采用牙鲆GHR基因5'端Promoter区的1个微卫星标记,对胶南和日照2个牙鲆养殖群体进行了群体遗传多样性的研究,并探索该基因多态性位点与牙鲆生长性状之间的相关性.结果表明,2个群体在该座位的等位基因数为12和9个,有效等位基因数为6.26和5.04个,多态信息含量为0.84和0.80.2个群体该座位的Hardy-Weinberg遗传偏离指数均为正值,并没有显示出杂合子缺失,但各基因型分布频率都在一定程度上偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01).连锁分析中发现,在胶南群体中,IM基因型对应的个体在全重、全长、体长、头长、体高和眼径形态学数据中均是最大的;在日照群体中,BC基因型对应的个体在全重、全长、体高、尾柄高、尾柄长和眼径数据中均是最大的;而CJ基因型对应的个体在体长和头长这两组数据中是最大的.该结果为研究GHR基因的变异对鱼类生长发育的影响及探索将该基因作为生长遗传标记的可行性奠定了实验基础.     

Genetic diversity analysis with ISSR PCR on green algae Chlorella vulgaris and Chlorella pyrenoidosa

In the present study, genetic polymorphism and diversity in unicellular clones of Chlorella vulgaris Beijerinck and Chlorella pyrenoidosa Chick were studied with Inter Simple Sequence Repeats PCR (ISSR PCR). Samples including four clones of C. vulgaris and three clones of C. pyrenoidosa were purified by single-clone-choice method. For four C. vulgaris unicellular clones, the total number of the bands scored for 18 primers was 298; and the number of the polymorphic bands was 118, of which 39.6% were polymorphic. The size of PCR products ranged from 200 to 2 500 bp. The total number of bands scored for 18 primers, the number of polymorphic bands and the percentage of three C. pyrenoidosa unicellular clones was 194.83 and 30.8%, respectively. POPGENE analysis show that the average Nei genetic diversity (h *) and Shannon index of diversity (I *) in the four C. vulgaris unicellular clones was 0.2181 and 0.3208, respectively, which is slightly higher than those of the three C. pyrenoidosa unicellular clones (0.190 3 and 0.274 8), which agreed with the percentage of polymorphic bands in the mixed samples of the two species. The results suggest that ISSR is a useful method to Chlorella for intra-species genetic analysis.     

Microsatellite Variation in the Oyster Crassostreaplicatula Along the Coast of China

Genetic diversity and differentiation of the oyster Crassostreaplicatula populations from China's coast were studied basedon seven microsatellite loci.All loci showed high polymorphism for all five C.plicatula populations,with an average number of alleleper locus of 19.3-27.9 and an average expected heterozygosity of 0.889-0.952.Significant departures from Hardy-Weinberg equilib-rium and deficits of heterozygotes were observed over most populations at each locus,which were fully explained by null alleles.Microsatellite analysis revealed significant subdivision in the C.plicatula populations.According to the neighbor-joining tree con-structed on the basis of the D,A distance,the five populations fell into three regional groups,showing a relatively homogeneous geneticstructure in geographically close populations.Assignation tests correctly assigned high percentages of individuals to their originalpopulations and groups,and also confirmed the existence of genetic differentiation among C.plicatula populations.The results ob-tained in this study will facilitate the formulation of appropriate fisheries management programs,stock identification and conservationof biodiversity for the species.     

椒江口潮间带大型底栖动物群落beta多样性分析

于2007年10月在椒江口共布设6条潮间带采样断面,每条断面在中潮带上区、中区、下区和低潮区各设1站位进行大型底栖动物采样。分析了不同采样站位数与大型底栖动物种数的关系,选用Wilson-Shmidabeta多样性测度方法,对以下3种空间环境梯度下大型底栖动物群落beta多样性进行了研究:(1)断面内垂直环境梯度;(2)河流到海洋的环境梯度;(3)河口两岸间的距离梯度。分析了不同采样站位数对群落beta多样性指数的影响,结果显示:(1)随着采样站位数的增加,物种数呈增加趋势但增速渐慢,同时beta多样性指数呈下降趋势;(2)不同的潮区间隔下的be-ta多样性指数均有显著差异;(3)在北岸和南岸,随着断面间距的增加beta多样性指数均呈升高趋势,而且与各断面的沉积物粒度、油类含量呈显著相关;(4)椒江口为喇叭形河口,随着河口两岸断面距离的增加beta多样性指数呈升高趋势。     

黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析

利用40个黄颡鱼微卫星分子标记对吉林省月亮湖野生黄颡鱼(YL,30尾)、四川野生黄颡鱼(SC,30尾)、黑龙江省哈尔滨市松花江段黄颡鱼(SH,18尾)、湖北省荆州市长湖野生黄颡鱼子代(YY,30尾)及其亲本(QQ,30尾)、天津市换新国家级原良种场黄颡鱼1号(TJ,30尾)6个黄颡鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,x2检验估计Hardy-weinberg平衡,采用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源.同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树.6个群体共检测到5042个扩增片段,长度在150-650bp,40个基因座扩增出等位基因数从1-8个不等,共计143个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.575个等位基因.结果显示:(1)6个黄颡鱼群体的多态性指标均适中,PIC在0.00-0.79之间,平均值为0.40、0.37、0.35、0.39、0.35和0.19,有效等位基因数(Ae)1.00-5.44个不等,平均有效等位基因数依次为2.05、2.30、1.93、2.07、1.93和1.47,无偏期望杂合度(He)在0.00-0.83之间,平均值为0.45、0.46、0.36、0.46、0.41和0.23;(2)遗传相似系数YY与QQ遗传相似度最高(0.9947),TJ与SC遗传相似系数最低(0.4846),聚类结果与地理分布呈一定相关性.     

基于COI序列的翡翠股贻贝Perna viridis线粒体遗传特性分析及其近缘种间的系统关系探讨

应用通用引物 COIL 1490和 COIH 2198对翡翠股贻贝Perna viridis的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增,获得661bp长度的COI基因片段,经过比对性腺与体细胞的COI片段,发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型,即体内只有一种线粒体DNA类型,没有发现双单性遗传现象,雌、雄性腺的COI基因片段变异率很低（0.31%）。应用PAUP构建了NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树,对股贻贝属3种间的系统关系进行了分析,结果表明,翡翠股贻贝P. viridis与P. canaliculus 和 P. perna 之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。     

黄斑篮子鱼去毒相关基因的克隆与肝脏组成型表达分析

从基因水平探讨海洋鱼类对海洋藻毒素的去毒分子机理。采用RT-PCR法成功克隆了黄斑篮子鱼Siganus oramin肝脏I时相代谢酶细胞色素P450 1A(CYP1A)、II时相代谢酶alpha型谷胱甘肽S-转移酶(GSTA)和rho型谷胱甘肽S-转移酶(GSTR)、热休克蛋白70 (HSP70)、alpha 1型钠钾ATP酶(ATP1A1)及β-肌动蛋白(beta-actin, ACT)基因cDNA核心序列,序列分别长879 bp、582 bp、588 bp、660 bp、749 bp和554 bp。序列同源性分析发现,属鲈形目的黄斑篮子鱼CYP1A、GSTA和GSTR与同属鲈形目的牙鲆Paralichthys olivaceus、欧洲鲽Pleuronectes platessa、真鲷Pagrus major、鲤形目的斑马鱼Brachydanio rerio 相应氨基酸序列同源性较高,CYP1A和GSTA与非洲爪蟾(两栖类)、鸡(鸟类)、小鼠、大鼠和人(哺乳类)相应氨基酸序列同源性低,这可能与鱼类I、II时相去毒酶基因承担水环境毒素去毒代谢的特殊功能有关;而HSP70、ATP1A和β-肌动蛋白在鱼类、两栖类、鸟类、哺乳类中均有较高的同源性,这可能与这些基因在机体中承担的最基本的生命功能相关。应用半定量RT-PCR的方法,以β-肌动蛋白作为外参照,在指数期增长范围内分别得到了CYP1A、GSTA、GSTR、HSP70和ATP1A1 mRNA与β-肌动蛋白mRNA (%)的比值,确定黄斑篮子鱼肝脏去毒相关基因的组成型表达水平。其中,黄斑篮子鱼肝脏CYP1A、GSTA和GSTR基因组成型表达相对较高,HSP70和ATP1A1基因组成型表达相对较低,这可能与不同基因在黄斑篮子鱼海洋藻毒素去毒分子机理中承担的作用相关,为海洋藻毒素在海洋鱼类中的积聚及代谢去毒分子机制的研究提供了相关数据。     

海南昌江沿岸海域石珊瑚的物种多样性及其分布

2009年3月,采用水下照相及摄像方法,对海南昌江沿岸海域的石珊瑚物种多样性、分布及覆盖度进行了调查.结合历史资料,共发现石珊瑚10科15属28种和1未定种.其中鹿角珊瑚属（Acropora）、角蜂巢珊瑚属（Favites）、叶状珊瑚属（Lobophyllia）等为优势类群,常见分布珊瑚种类有角孔珊瑚（Gonioporasp.）、标准蜂巢珊瑚（Favia speciosa）、五边角蜂巢珊瑚（Favites pentagona）、多孔鹿角珊瑚（Acropora millepora）、十字牡丹珊瑚（Pavona decussata）、伞房叶状珊瑚（Lobophyllia corymbosa）等.石珊瑚主要分布于海尾镇三联村以南海域,覆盖率最高为12%.本次调查在海南昌江沿岸海域记录的珊瑚种类数多于以前的记录,但少于海南南岸的三亚鹿回头,也少于北部的广西涠洲岛、广东徐闻、香港等海域,随着调查次数的增加,预计会有更多的种类被发现.该海域是北部湾珊瑚幼虫交流的中间过渡区,对珊瑚礁的保护与恢复具有重要意义.