低渗诱导凡纳滨对虾肝胰腺消减文库的构建及其表达序列标签分析

初始体重(0.27±0.01)g的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)分别于盐度2和30中饲养56 d,采用抑制性消减杂交技术构建低渗胁迫诱导的凡纳滨对虾肝胰脏差异表达基因消减cDNA文库。消减杂交效率分析显示,正反向消减文库差异表达的基因各富集大约25和25~10倍。从正反向两个文库中随机挑选200个阳性克隆进行测序(正向文库80个,反向文库120个),共获得179条序列长度大于100 bp的ESTs序列,经CAP3在线拼接程序得到73条Unigenes(19条contigs和54条singlets)。生物学信息分析表明,这些Unigenes所代表的相应基因的功能包括免疫相关蛋白、代谢相关蛋白、核蛋白、细胞凋亡和转移蛋白。这些基因信息表明,凡纳滨对虾在低盐胁迫诱导所导致的生理变化非常复杂,构建的差异表达cDNA文库可较好地反映低盐胁迫对凡纳滨对虾影响的基因信息。     

一种基于标签云的位置关联文本信息可视化方法

互联网的广泛应用产生了越来越多与地理空间位置关联的文本信息。现有地理信息系统一般通过外部链接来浏览这些数据,需要频繁的缩放、漫游和点击操作,而其他方法又难以有效表达出空间位置关系。提出了一种基于标签云的位置关联文本信息可视化方法———标签云地图,给出了标签云地图的设计思路和实现流程,并以腾讯微博的真实数据集为例建立了原型,重点研究了点状和面状地理要素的Cartogram生成算法,关键字和词频的提取算法,面向不同尺度和不同时间的标签云显示规则的标签位置生成算法。实验表明,该方法能够帮助用户从大量的位置关联文本信息中快速感知并把握信息的总体特征和发展趋势。     

Influences of ore formation on biomarkers in the Kupferschiefer from the Lubin mine, Poland

Molecular biomarkers are the important maturity parameters for sedimentary organic matter.They have also been widely used for determining the maturity of organic matter in ore deposits. However,during the study of organic matter in the Kupferschiefer from the Lubin mine, it had been found that the biomarkers were influenced by sulfide formation. In order to probe into the degree of influence on biomarkers, seven samples collected from a Kupferschiefer section from the Lubin mine were analyzed by various geochemical methods. The results indicated that in the samples with higher copper contents, the values of biomarkers are lower than in the samples with lower copper contents. In highly mineralized samples, hydrogen donation for thermochemical sulfate reduction (TSR) occurred in alkylated phenanthrenes and naphthalenes, leading to the decrease of 12 biomarker parameters during the Kupferschiefer mineralization.     

低盐胁迫下凡纳滨对虾鳃丝抑制性消减杂交cDNA文库构建及差异ESTs分析

本研究以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)为对象,分别以低盐度胁迫下(4 ppt)凡纳滨对虾鳃丝cDNA为检测子,正常海水中凡纳滨对虾鳃丝cDNA为驱动予,采用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术构建了急性低盐胁迫诱导下凡纳滨对虾鳃丝消减cDNA文库。文库的重组率均高于95%,插入片段集中在250~750 bp之间,随机测序后在线拼接得到15组片段重叠群和37个单一序列共52个非重复序列。同源检索发现30个非重复序列与GenBank中的已知基因序列有较高的相似性。按差异表达基因编码的蛋白具体功能可分为6小类,依次为:(1)离子通道及转运蛋白;(2)蛋白合成翻译及转录因子;(3)应激抗氧化因子;(4)能量代谢;(5)信号受体和转导;(6)细胞纤维及骨架蛋白,所占比例分别为23.3%、20.0%、20.0%、16.7%、10.0%和10.0%。经功能聚类分析发现文库中含有大量离子通道蛋白及功能转运酶、胞内信号传导分子、细胞骨架蛋白等渗透调节和应激适应性相关基因,表明急性低盐胁迫诱导凡纳滨鳃丝抑制性消减杂交cDNA文库构建成功。     

碳标签对我国水产品出口贸易带来的挑战及其应对研究

碳标签通过赋予消费者有关产品碳排放的知情权,促进企业不断进行低碳技术更新,从而达到减少温室气体排放的目的。碳标签的应用使得温室气体的排放得到了一定程度的控制,但由此也产生了被滥用形成贸易壁垒的可能。文章着重研究了碳标签对我国水产品出口贸易带来的挑战及应采取的对策。     

许氏平鲉(Sebastes schlegelii)EST-SSR标记开发及通用性检测

利用已发表的EST序列设计引物并结合PCR筛选的方法,对许氏平鲉多态EST-SSR引物进行了开发。结果表明:(1)许氏平鲉EST-SSR位点发现率为9.14%,核心序列以二碱基重复出现频率最高,占到33.03%,其中以TG/CA基序最为丰富。(2)共设计引物56对,46对实现有效扩增,其中18对具有多态性。(3)野生群体遗传多样性分析显示,每个位点观测等位基因数(Na)为2—9,平均观测等位基因数为3.89;观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及平均值分别是0.0333—0.8000、0.0333—0.7927和0.3037、0.3757;每个位点的多态信息含量(PIC)在0.0323—0.7522之间,其中高度多态位点5个,中度多态位点5个;经Bonferroni校正后,3个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,但两两位点间不存在连锁不平衡现象。(4)许氏平鲉多态EST-SSR引物对朝鲜平鲉、褐菖鲉通用性检测结果表明,引物对二者的通用率和多态率分别为88.89%、100.00%和33.33%、88.89%。研究表明,这些通用引物可用于相关物种的遗传多样性评价、系统进化分析和比较基因组作图等研究。     

LiDAR标签和栅格占有图结合的LiDAR/IMU空间标定方法

LiDAR和惯性测量单元(inertial measurement unit, IMU)在智能汽车获得了广泛的应用,比如高精度地图构建、车辆实时定位等。两种传感器进行组合测量时,需要知道两者之间的空间关系,包括空间旋转和平移参数。本文提出了一种基于LiDAR标签的自动化LiDAR/IMU空间标定方法。首先分析了LiDAR/IMU标定参数对LiDAR点云拼接的影响,证明了当车辆近似直线运动时,使用概略标定参数即可利用IMU的姿态信息将LiDAR点云转换到轴向近乎一致的坐标系。基于该结论,提出了一种基于IMU姿态约束的LiDAR栅格占有图构建方法,构建高相对精度的点云地图与LiDAR标签的点云进行地图匹配,获得LiDAR标签在图中的位置,相对于单点云帧互匹配方法,提高标签点云匹配的精度和可靠性。然后基于LiDAR标签的已知高精度位置,采用非线性优化方法解算栅格占有图与LiDAR标签的空间转换关系,进而求解LiDAR/IMU的空间标定参数。试验结果表明,利用本文方法获得的标定参数构建的点云地图,可实现厘米级的绝对位置精度,验证了本文方法的正确性和可行性。