地理数据编码方法GeoRSS初探

GeoRSS是一种向图像,文字和其他数字信息添加地理坐标的计算机标准的新兴技术。目前Yahoo、Microsoft和Google公司均已支持GeoRSS格式的数据。本文从GeoRSS模型、核心概念、编码方式三个方面对GeoRSS技术进行了较为全面的阐述,为学习和应用GeoRSS提供一些参考。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)17个EST-SNP标记的开发

利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性。研究结果表明,通过基于EST数据库的SNP开发,可以有效弥补某些海洋生物因基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。     

刺参(Apostichopus japonicus)EST序列中微卫星分布分析及其标记的筛选

利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个,占整个ESTs数据库的6.48%;其中含双碱基重复序列146个,数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的65.86%;三、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的26.68%、1.68%、0.24%、5.53%。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列利用Primer软件结合人工方法设计合成引物21对,其中13对有扩增产物且均为多态位点。扩增产物变性聚丙烯酰胺胶电泳,统计每个微卫星标记等位基因数目,计算等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度等统计学指标的评价。结果表明,在13个微卫星位点上,等位基因的数目从3到8不等,等位基因长度从175—382bp,观测杂合度和期望杂合度分别为0.158—0.650和0.198—0.841,所筛选微卫星标记可于遗传分析。     

基于编码规则的气象装备全寿命跟踪系统

为了优化气象装备的管理效率和保障能力,加强气象装备应急储备管理,提出一种基于RFID(Radio Frequency Identification)技术、手持设备和Web开发相结合的气象装备全寿命跟踪系统平台。该系统根据气象装备在全国范围内的调配和仓储等业务需求,实现全国气象装备管理一体化和业务统一化,为装备的管理及有效利用提供了方便;通过跟踪气象装备的状态信息(包括仓储信息、基本设备信息、业务状态等),为装备管理提供了更加详细的参考依据。结合气象装备编码规则的研究成果,为每个气象设备进行唯一标识,同时也为气象装备寿命的预测提供了实际参考数据。     

以用户地理位置为中心的兴趣点标签云

以基于位置的服务（Location-Based Service,LBS）为研究场景,针对常规地图表达兴趣点的局限,结合标签云的表达优势,设计了一种以用户地理位置为中心、面向兴趣点可视化的“LBS标签云”,并初步实现了一种基于标签径向移位的布局方法。LBS标签云的主要创新是将一个布局中心点引入常规标签云,并根据标签与中心点的空间关系来确定标签的摆放位置。本文设计的布局方法如下：首先,将LBS用户的地理位置作为布局中心点;然后,基于兴趣点名称生成文字标签,并根据兴趣点属性确定标签的字号、字色及其他视觉变量;最后,在极坐标下根据标签与中心点的关系计算标签的初始摆放位置及布局优先级,并按优先级将标签从初始摆放位置依次向外径向移位至与其他标签无压盖的位置。在标签移位过程中,着重考虑角度相邻关系以确保标签距离远近的顺序关系,利用四叉树剖分字形轮廓提高了标签碰撞检测的效率。实验以景点类兴趣点为例,探讨了LBS标签云在3个场景下的可用性及可扩展性。结果表明,相比常规地图,LBS标签云不仅可以展示更多的兴趣点,而且可以有效突出用户关注的信息,如兴趣点的热度、评分及通行时间等。虽然LBS标签云包含一定的距...     

皱纹盘鲍肝、肾表达序列标签及神经肽Y(NPY)受体基因的克隆与分析

通过构建皱纹盘鲍(Haliotis discus Hannai)cDNA文库并进行大规模测序,获得了1282条高质量的ESTs序列,对这些序列进行拼接,获得了包括650条序列在内的244组片段重叠群(Contigs)和632个单一序列(Singletons).使用BlastX软件对876个Unigenes(Uniger...     

In Silico Screening for Microsatellite Markers from Expressed Sequence Tags of Porphyra yezoensis （Bangiales,Rhodophyta）

The genomic resources of Porphyra yezoensis expressed sequence tags （ESTs） were utilized to identify simple sequence repeats （SSRs）, or microsatellites. This method took the advantage of using ESTs and microsatellites either for the establishment of gene identities or for the acquisition of high polymorphism. The microsatellites can be used as gene markers when microsatellites are tagged to genes. Revealed by bioinformatics analysis, 1162 out of 21954 ESTs contained microsatellites and cluster analysis indicated that 984 of these ESTs fell into 112 contigs, while the other 178 ESTs were singletons. A total of 290 unique SSR-containing genes were identified. The AAC SSRs were the most populous type of microsatellites. GC-rich microsatellites were predominant among all the microsatellites.     

条斑紫菜（Porphyra yezoensis）EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析

利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列，对这1162条EST序列进行聚类，其中984条可聚类为112条重叠群（contig），其余178条不与其他序列聚类，共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中，GC／CG型和GA／TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型，在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。     

海带属褐藻生物学研究成就与进展

以海带(Laminaria ja ponica Aresch)为重点，综述了海带属褐藻生物学研究成就，介绍了海带属褐藻遗传育种技术、育苗技术和分子生物学研究进展。海带属褐藻生物学研究基础好，种质资源丰富，经济、生态价值高，是进行大型海藻遗传学和基因组学研究的理想材料。     

Arc/Info数据格式(Coverage)转换到MapInfo数据格式(Tab)的工艺设计与编程实现

本文针对生产中ARC/INFO数据格式(Coverage)到MapInfo数据格式(Tab)的转换，给出了实施工艺设计思想；介绍了利用VB6.0、采用ODE和跨平台集成地图技术编程实现该工艺的方法。