Evidence for multiple paternity and confirmation of an Indo-Pacific origin of blacktip shark Carcharhinus limbatus occurring in South Africa

The blacktip shark Carcharhinus limbatus is a cosmopolitan species found in warm-temperate, subtropical and tropical waters around the world. The research here aimed to assess whether multiple paternity exists in South African C. limbatus and to confirm phylogeographic patterns previously observed within the species. A minimum and maximum frequency of 50% and 71% multiple paternity, respectively, were observed in 14 litters genotyped with five microsatellite markers. Based on the mitochondrial control region, relatively high nucleotide and haplotype diversity characterised the South African sampling population, and pairwise φ_ST values indicated that it significantly differed from the populations of the Pacific and the western Atlantic oceans. The haplotype network showed that the South African samples were grouped closely with the Australian, Indo-Pacific and West African C. limbatus samples, which is suggestive of an Indo-Pacific origin for this population. This study is the first to report multiple paternity in this species. Furthermore, the results reveal that C. limbatus from South Africa is genetically diverse and phylogeographically distinct from most other C. limbatus populations.     

淡水湖泊中类蛭弧菌的分离方法

从贵州阿哈湖、百花湖及云南滇池不同深度的湖水中筛选出2株宿主菌株。经16SrRNA基因序列分析,这2株宿主菌分别鉴定为肠杆菌(Enterobacteriales)和黄色单胞菌(Xanthomonadales)。分别利用这2株宿主菌,从湖水样品中获得到了类蛭弧菌噬菌斑。通过吸光度分析、用淡水类蛭弧菌的特异性引物进行基因扩增、DNA序列分析等一系列方法,证实了所分离的菌株为类蛭弧菌。建立了用同一生长环境中的宿主菌来分离类蛭弧菌的方法,并用该方法从淡水湖泊中分离出了不同类群的类蛭弧菌菌株。     

哲罗鱼(Hucho taimen)染色体组型与DNA含量分析

采用体内注射PHA和秋水仙素、肾细胞短期培养、常规空气干燥法制备哲罗鱼(Hucho taimen)的染色体。对其肾细胞染色体数目统计分析表明,哲罗鱼染色体组有84条染色体,核型公式为2n=18m+16sm+34st+16t,其染色体总臂数(NF)为118。采用流式细胞分析仪测定哲罗鱼的DNA含量,与鸡血细胞标准对照的比值为2.23±0.17,以鸡红细胞DNA含量2.30pg·N~(-1)计,则哲罗鱼的体细胞DNA含量为5.12pg·N~(-1)。哲罗鱼染色体数目和DNA含量体现为四倍体特征。     

Effects of DNA extraction and universal primers on 16S rRNA gene-based DGGE analysis of a bacterial community from fish farming water

Among many reports investigating microbial diversity from environmental samples with denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), limited attention has been given to the effects of universal primers and DNA extraction on the outcome of DGGE analysis. In this study, these effects were tested with 16S rRNA gene-based DGGE on a bacterial community from farming water samples. The results indicate that the number of discernable bands in the DGGE fingerprint differed with the primer pairs used; the bands produced by 63f/518r, 341f/926r and 933f/1387r primer pairs were obviously fewer than those by 968f/1401r. Also, we found that each DNA extraction method resulted in different community profiles, reflected by the number and intensity of bands in the DGGE fingerprint. Furthermore, the main bands (theoretically representing dominant bacteria) differed with the extraction methods applied. It is therefore believed that the effects of universal primers and DNA extraction should be given more attention and carefully chosen before performing an investigation into a new environment with DGGE.     

企鹅珍珠贝非致死性DNA提取方法的研究

在企鹅珍珠贝遗传育种研究中,为保证在贝类存活的条件下获得其DNA信息,采用企鹅珍珠贝(Pteria penguin)贝壳边缘和足丝研究非致死性DNA提取方法。不同于贝壳获取过程中会对实验贝体产生一定损伤,足丝是无生命的细胞外纤维束,其获取方法简单且属于非损伤性取样,对实验贝几乎无伤害,是潜在的获取具足丝贝类基因组DNA的优良材料。本研究采用脱钙与未脱钙两种处理方式,并结合海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒法及有机溶剂萃取法(OSE)提取贝壳及足丝DNA,对获得的贝壳DNA及足丝DNA进行PCR扩增。结果显示,足丝有机溶剂法(OSE法)提取效率显著高于贝壳DNA提取方法,脱钙足丝与未脱钙足丝的DNA提取效率无显著差异,分别为(0.016 7±0.002 9)μg/mg和(0.016 1±0.003 1)μg/mg。未脱钙足丝的OSE法获得的DNA产物纯度最优, A260/280值为1.400 0±0.040 0,A260/230值显著高于贝壳DNA及足丝DNA的其他提取方法,为0.910 0±0.080 0。除脱钙贝壳OSE法外,其他所有DNA提取方法均可用于后续PCR扩增,测序结果表明...     

电子探针技术探究钪在白云鄂博矿床不同矿物中的赋存特征

随着对钪资源需求的不断增加,世界各国近年陆续开展钪成矿机理研究及找矿工作,核心内容之一是厘清钪的赋存特征.据前人研究,各类钪矿床中钪主要以类质同象、离子吸附形式存在,目前发现的含钪矿物种类已逾800种.对于白云鄂博矿床,钪资源储量较大,无独立钪矿物产出,钪以类质同象形式进入其他矿物,分布分散、含量低.囿于测试技术及取样...     

慢性氨氮胁迫对鲻鱼(Mugil cephalus)幼鱼组织细胞免疫指标的影响研究

以鲻鱼(Mugil cephalus)幼鱼为研究对象,研究低浓度氨氮长时间胁迫对组织细胞免疫指标和遗传物质代谢的影响。实验分0.35、0.7、1.5和3mg/L氨氮处理组,分别于0、5、10、15、20d取样并进行相关指标测定。结果显示:肝脏和鳃丝的丙二醛(MDA)含量表现出先上升后下降的趋势,MDA活性与氨氮浓度呈一定的正相关。氨氮对MDA的影响具有不同组织和不同时序的选择性。不同浓度氨氮胁迫下,鳃丝和肝脏Na+-K+-ATP活性均呈现先升高后降低,并随着时间的增加逐渐趋于稳定。Na+-K+-ATP活性与氨氮浓度呈一定的负相关性,尤其是3mg/L处理组与对照组差异性显著(P0.05)。在氨氮浓度0.7mg/L和1.5mg/L时,肌肉中RNA/DNA均表现出不同程度的增加,各浓度组与对照组差异不显著;而高浓度(3mg/L)比值基本无变化。肝脏和鳃丝的Na+-K+-ATP酶的mRNA表达量,在氨氮胁迫第5d时检测到达最高,随后表达量缓慢回落,实验20d除3mg/L处理组表达量仍高于对照组水平外,其他处理组均降至对照组水平。Na+-K+-ATP酶的表达水平变化趋势与Na+-K+-ATP活性基本一致。结果表明,在一定浓度的氨氮长时间胁迫作用下,抗氧化免疫系统和肌肉中的核酸代谢受到了一定的影响。     

东海几种鳗鲡目鱼类DNA条形码研究

本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。     

云南思茅盆地大平掌铜金多金属矿床金的赋存状态

大平掌矿床是西南三江地区重要的铜金多金属矿床，为系统地对比研究矿区16号勘探线新发现两类金矿体，即V₁块状硫化物矿体中顺层产出的层状金矿体、穿层断裂带中的网脉状金矿体中金的赋存状态、载金矿物类型，探讨金的沉淀机制。文章基于详实的野外地质调查，运用光学显微镜、扫描电镜(SEM)观察，结合电子探针(EPMA)分析和激光剥蚀电感耦合等离子体质谱(LA-ICP-MS)原位微量元素分析。结果表明，两类金矿体矿石中可见金为金的独立矿物(银金矿、碲金矿、碲金银矿)，以裂隙金形式赋存，层状金矿体矿石中还可见晶隙金；热液型黄铁矿是两类金矿体矿石的主要载金矿物，其中“不可见金”均以固溶体金(Au⁺)为主，存在极少数的纳米金(Au⁰)。两类金矿体金的成矿均受后期东西向断裂带影响，为后期具有较高碲逸度的成矿热液充填成矿提供有利空间，金的独立矿物颗粒细小且分布不均，是由流体的沸腾和混合作用以及不平衡、不稳定的流体体系造成；两类金矿体中固溶体金(Au⁺)均由Au⁺占据黄铁矿晶格空位或缺陷等畸变形成。