Application of the first internal transcribed spacer (ITS-1) of ribosomal DNA as a molecular marker to population analysis in farrer’s scallop Chlamys farreri

1 IntroductionFarrer’s scallopChlamys farreriis a nativescallop species occurring along the northern coast ofChina, the Democratic People’s Republic of Korea(DPRK), Korea and Japan (Wang et al., 1993).It has been one of the major species in scallop aqua…     

不同保存条件下鱼类组织基因组DNA的提取效果分析

对-20℃下冰冻,常温下酒精、甲醛溶液和Bouin氏液等保存条件下的鱼体组织(血液、肌肉、鳞片、鳍条)的DNA提取方法作了比较,并经琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计检测及RAPD扩增结果验证。结果表明,除鳞片外,新鲜组织、-20℃冰冻组织以常规方法可提取出较高质量的DNA;保存于70%酒精或10%甲醛溶液中的组织,经预处理,亦可得高质量DNA;新鲜、冰冻、70%酒精或短时间10%甲醛固定的鳞片经适当预处理也可提取出较高质量的DNA。     

基于低压静电场及高通量测序技术对中华管鞭虾(Solenocera crassicornis)保鲜过程中微生物群落影响分析

中华管鞭虾(Solenocera crassicornis)隶属于十足目、管鞭虾科、管鞭虾属, 主要分布于我国东南沿海。其富含多种必需氨基酸和矿物质, 高蛋白低脂肪, 但易受微生物污染而发生腐败变质, 需引用基于16S rRNA的高通量测序技术准确测定其微生物群落组成成分变化。以中华管鞭虾为试验材料, 采用高通量测序技术对虾肉的微生物群落碱基进行基因测序, 将产生的碱基序列通过OTU聚类、多样性及相关性分析手段研究了贮藏过程中电场处理后影响中华管鞭虾品质的微生物发育信息和群落组成变化规律。分组为新鲜样本(G0), 2 kV、3 kV及对照组贮藏中期(G1、G2、G3), 2 kV、3 kV、对照组贮藏末期(G4、G5、G6), 通过物种韦恩图、Alpha和Beta多样性以及物种组成分析, 研究不同强度电场环境对中华管鞭虾微生物群落组成的影响。结果表明, OTU聚类分析中优势菌群从属水平看为假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和热杀索丝菌属(Brochothrix)等, 其中假交替单胞菌属能够适应高盐浓度环境, 是中华管鞭虾微生物腐败主要致腐菌。贮藏中期微生物物种多样性顺序为3 kV组>2 kV组>对照组(0 kV), 电场能够有效抑制优势菌的生长; 贮藏末期3组物种结构相近, 此时电场对虾肉菌群结构无明显影响。PCoA主成分分析图中发现, 在坐标系中贮藏中期的G1、G2、G3组距离较为接近, 贮藏末期的G4、G5、G6组距离较为接近, 说明在同一贮藏期间的各组微生物种群结构类似。综上, 贮藏前中期低压静电场能够抑制优势菌的生长, 维持微生物物种间平衡并使其物种多样性较高, 且3kV更佳, 贮藏末期时由于优势菌更适应环境, 热杀索丝菌属和肉食杆菌属占比增加, 电场对物种多样性的影响不大。研究结果可为深入探讨影响中华管鞭虾贮藏保鲜效果的微生物群落组成和基础发育信息提供有效依据。     

非洲象的困境

1989年，禁止象牙贸易的国际禁令开始实施。自此，人类对非洲象的屠杀便在“黑暗中”秘密进行，更不惜使用各种方法以逃脱法律的制裁。2002年，一批6.5吨的象牙在新加坡被捕获，这批象牙是由马拉维运至新加坡的，但DNA检测却表明象牙来自干赞比亚中部。最近，美国华盛顿大学生物学教授塞缪尔·瓦塞尔领导的研究小组发现，由于人类的盗猎行为。     

不同保存条件下鱼类组织基因组DNA的提取效果分析

对-20℃下冰冻，常温下酒精、甲醛溶液和Bouin氏液等保存条件下的鱼体组织（血液、肌肉、鳞片、鳍条）的DNA提取方法作了比较，并经琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计检测及RAPD扩增结果验证。结果表明，除鳞片外，新鲜组织、-20℃冰冻组织以常规方法可提取出较高质量的DNA；保存于70％酒精或10％甲醛溶液中的组织，经预处理，亦可得高质量DNA；新鲜、冰冻、70％酒精或短时间10％甲醛固定的鳞片经适当预处理也可提取出较高质量的DNA。     

青藏高原多年冻土沉积物中埋藏植物DNA特征的初步分析

多年冻土沉积物长期处于负温及封闭条件下,使得其中埋藏植物材料得到较好的保存,成为获取古DNA分子的理想材料.采用常规的CTAB法提取多年冻土中埋藏植物材料的DNA,并用琼脂糖凝胶凝胶电泳检测.结果表明,从多年冻土埋藏植物材料中可以提出DNA,而且所提出的DNA不仅具有降解的小分子量DNA分子,而且还有大分子量DNA.提取的埋藏植物材料的DNA多呈棕褐色,指示了在埋藏过程可能发生一定的聚合.电泳结果表明,随埋藏时间的增加(深度增加),埋藏植物材料中DNA含量呈下降趋势.由于埋藏植物材料在不同时代的多年冻土中均有发现,其DNA分子的提取为深入研究其特征所带遗传信息,重现植物大分子物质在地质历史中的演化提供了可能。     

流沙区不同立地条件下防护林土壤微生物多样性分析

土壤微生物在极端干旱区土壤发育过程中至关重要。结合传统培养、PLFA和PCR-DGGE 3种方法,研究了塔里木沙漠公路防护林不同立地条件下土壤微生物数量、脂肪酸种类和DNA片段多样性。结果表明,不同立地条件下土壤微生物数量明显不同,脂肪酸种类和DNA片段多样性指数亦有显著差异 （F84%）,放线菌次之,真菌很少（<0.05%）;0～35 cm采样范围内,土壤微生物多样性垂直差异不明显;相关分析表明,土壤微生物多样性指数高时林木生长也较好。说明塔里木沙漠公路防护林建设后土壤生物活性明显增强,但在防护林生态工程的营造、恢复与重建实践中需考虑地形地貌因素,以充分发挥防护林防风固沙效益,有效促进流沙地土壤的发育。     

A Preliminary Genetic Investigation of Rastrelliger Kanagurta Based on Random Amplified Polymorphic DNA and Mitochondrial ND2 Gene

In a preliminary investigation, Random Amplified Polymorphie DNA (RAPD) analysis and partial mitochon-drial ND2 gene sequencing were conducted to study the genetic variation of the Indian mackerel, Rastrelliger kanagurta along a 450 km stretch of its distribution on the west coast of Peninsular Malaysia. A total of 53 individuals from 6 popu-lations were analyzed using 4 RAPD primers and a sub-sample of 15 individuals was chosen for sequencing of partial ND2 gene. Comparison between the 2 markers revealed genetic structuring in the RAPD results but genetic homogeneity for ND2 gene. Based on the former there may be at least 2 genetically differentiated groups of Rastrelliger kanagurta a-long this stretch.     

盐藻分子生物学研究概况

杜氏藻(Dunaliella sp．)又称盐藻,是一类极端耐盐的单细胞真核绿藻,属于真绿藻纲、杜氏藻目、杜氏藻科、杜氏藻属．有些杜氏藻能够耐受环境中NaCl浓度在0．05％～39．4％之间的变化,可以在pH5．5～9．5的范围内生存。杜氏藻细胞体内能储存大量的甘油和胡萝卜素等有机化合物。可通过大量培养杜氏藻来提取β-胡萝卜素。天然甘油是良好的化妆品基质。而β-胡萝卜素是食品添加剂和着色剂。且具有医疗保健功能;     

梭鱼人工养殖群体与自然群体的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对黄河口海域棱鱼人工养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析比较,以期由分子水平了解梭鱼的种群遗传多样性背景及人为干涉因素对梭鱼种群遗传多样性造成的影响.选用OPC组20个10碱基对(bp)的随机引物,对采自河北省黄骅市的24尾野生梭鱼和15尾人工养殖梭鱼进行了分析.选出11个扩增效果稳定的引物用于群体分析,扩增结果具有较好的可重复性.11个引物共检出112个位点,其中养殖群体中有94个表现多态,多态比例为83.93%;自然群体在96个位点上表现多态,多态比例为85.71%.经计算,养殖群体的遗传多样性指数为0.2124,自然群体的遗传多样性指数为0.2271;梭鱼两群体间的相似系数为92.82%,遗传距离为0.0718.研究结果表明,目前黄河口海域梭鱼群体的遗传多样性比较丰富,人工养殖过程对其未造成明显的影响,估计这与人工养殖过程中人为干涉因素少(如育苗历史短、亲鱼来源于自然群体、无定向选择和近亲繁殖等)有关.这一结果表明,梭鱼的人工养殖业在黄河口海域有很好的发展前景.