应用巢式逆转录聚合酶链反应检测鱼类病毒性出血性败血症病毒(VHSV)

参照鱼类病毒性出血性败血症病毒序列,根据PCR引物设计的原则,设计巢式PCR引物,采用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,对如何快速检测鱼类病毒性出血性败血症病的方法进行了较为系统的研究,并对RT-PCR的反应条件进行了优化.结果表明,巢式RT-PCR扩增获得279bp的特异性片断,阴性对照无扩增条带.巢式RT-PCR扩增出的特异性片段经测序分析,结果证实与报道的序列完全一致.该方法最低可检测出0.1pg的鱼类病毒性出血性败血症病毒RNA.初步建立了VHSV的巢式RT-PCR检测方法,该方法灵敏、特异,可为VHSV的检测提供一个快速、有效的手段.     

基于16S rRNA 部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系

通过PCR扩增获得了3科5属6种中国黄渤海海域的鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体16S rRNA基因序列片段约669bp碱基,结合来自 GenBank的5种鳚亚目其他科鱼类的相应基因片段,并以眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树.结果显示:在鳚亚目鱼类的16S rRNA 片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有207 bp变异位点,转换/颠换值为0.8,碱基平均差异为3.36;支持绵鳚(Enchelyopus elongates)归于鳚亚目绵鳚科(Zoarcidae),鳚(Azuma emmnion)归于鳚亚目线鳚科(Stichaeidae);方氏云鳚(Enedrias fangi)和云鳚(Enedrias nebulosus)种间遗传距离只有0.01,亲缘关系最近.     

基于COⅠ基因序列的长腹剑水蚤系统进化关系

长腹剑水蚤属（Oithona）是广泛分布于海洋近岸和外海海域的中小型桡足类中最为丰富的类群之一,由于个体小且形态差异微小,通过传统的形态学分类法对其进行准确鉴定难度较大。本文对南海分布的长腹剑水蚤属内的5个种,即瘦长腹剑水蚤（O.tenuis）、羽长腹剑水蚤（O.plumifera）、刺长腹剑水蚤（O.setigera）、伪长腹剑水蚤（O.fallax）和长刺长腹剑水蚤（O.longispina）线粒体COⅠ基因序列以及DNA数据库中长腹剑水蚤属其他地区种类COⅠ基因序列进行比较分析,使用ABGD （Automatic Barcode Gap Discovery）和GMYC （Generalized Mixed Yule Coalescent）模型进行物种界定,分析种间种内遗传距离,并构建系统进化关系。结果显示ABGD和GMYC模型均可以很好地对长腹剑水蚤进行种类划分;种内遗传距离为0.0%~1.6%,种间遗传距离为17.7%~44.5%（Kimura 2-parameter双参数模型）,表明种间出现较高的分化;贝叶斯系统树和最大似然树进化树结果均表明,简长腹剑水蚤（O.simplex）与其他种类相距较远,羽长腹剑水蚤和拟长腹剑水蚤（O.similis）中存在隐种的分化,分别是我国南海海域和地中海的羽长腹剑水蚤以及朝鲜海峡和北海的拟长腹剑水蚤,种间遗传距离分别为18.6%、22.9%。     

镉胁迫对大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)血细胞遗传损伤的研究

以大弹涂鱼为研究对象,应用单细胞凝胶电泳技术并结合外周血基因组DNA琼脂糖凝胶电泳,研究了镉胁迫对大弹涂鱼外周血细胞的遗传损伤。结果表明:(1)镉对大弹涂鱼外周血细胞是遗传毒性而非细胞毒性,并且产生的遗传损伤存在显著(P0.01或P0.05)的剂量效应,染毒1h的大弹涂鱼的全长和尾长与浓度的相关方程分别是y=29.592x-10.576(r2=0.9786),y=28.417x-14.859(r2=0.9857),染毒2h的大弹涂鱼的全长和尾长与浓度的相关方程分别是y=32.044x-5.0235(r2=0.941),y=29.911x-9.539(r2=0.9635)。(2)DNA的损伤程度和污染胁迫之间存在着时间效应。以上结果表明,DNA损伤可作为大弹涂鱼受镉胁迫时的生物指标。     

两种体色三疣梭子蟹线粒体DNA 部分片段序列的比较分析

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)作为重要的海洋经济动物,其常见体色(头胸甲)为茶绿色。近年来在我国沿海海域海捕三疣梭子蟹中开始出现体色为紫色的一类梭子蟹,除体色不同外,二者表型特征并无显著差异。对两种体色三疣梭子蟹不同个体的线粒体COI和16S rRNA基因进行了序列比对分析以判定二者之间的亲缘关系。结果发现COI和16S rRNA基因在两种体色三疣梭子蟹群体中的核苷酸序列一致性分别为99.87%和99.88%,表明紫色三疣梭子蟹并未发生亚种的分化,即紫色和茶绿色群体属于同一个种。并利用GenBank数据库检索了梭子蟹科其他15种海产蟹的16S rRNA序列,进行了序列同源性比对分析和分子系统学方面的探讨,为梭子蟹种属分类学研究提供分子依据。     

苯并芘对褐菖鲉肝细胞DNA交联的影响

以褐菖鲉（Sebastiscus marmoratus）为实验材料,设定苯并芘[B（a）P]的注射剂量梯度分别为0.00、0.05、0.50、5.00 mg/kg,分别于实验的第0、3、6天对每一条鱼进行腹腔注射,于第1、4、7天取样,测定胆汁中的B（a）P及其代谢物含量.采用荧光检测法检测B（a）P染毒后褐菖鲉肝细胞DNA-DNA交联（DDC）交联系数的变化,并用KC l-SDS沉淀法检测DNA蛋-白质交联（DPC）交联系数的变化.结果表明：（1）经注射染毒后鱼体胆汁中的B（a）P及其代谢物含量蓄积程度存在着明显的剂量效应和时间效应;（2）B（a）P的注射剂量分别为0.05、0.50 mg/kg时各时间点褐菖鲉肝细胞DDC交联系数均无显著增大（p〉0.05）,在5.00 mg/kg剂量组,随着时间延长DDC交联系数逐渐增大,第4天即有显著差异（p〈0.05）,第7天差异极显著（p〈0.01）;（3）B（a）P诱导DPC的趋势与DDC类似,但0.5 mg/kg剂量组在第7天DPC交联系数即出现显著增大（p〈0.05）.这表明B（a）P对DPC的诱导高于DDC.这为进一步研究B（a）P的遗传毒性提供了依据,并为探讨B（a）P致癌的作用机理提供了新的信息.     

大口鳒线粒体DNA控制区结构和鲽形目鱼类的系统进化初步研究

测定大口鳒Psettodes erumei线粒体控制区全序列,并与其他7种鲽形目鱼类控制区结构进行比较分析.结果表明,大口鳒线粒体控制区全长大约1601bp,5'端和3'端分别存在56bp和8bp的串联重复序列.除此之外,其控制区结构和其他种类相似,分为终止相关序列区(TAS)、中央保守区(CSB-D、CSB-E、CSB-F)、保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),同时在CSB-D后还识别出鲽形目保守的Poly-T结构.比较了8种鲽形目鱼类控制区全序列和去除重复序列后控制区序列的碱基组成变化,结果显示前者的种间差异明显大于后者,变异系数约是后者的两倍.这种差异主要是由于重复序列的异质性如长度及其拷贝数不同、碱基组成不同所造成的.基于控制区部分序列对鲽形目12种鱼类进行系统分析,结果显示,在鲽形目内部大口鳒分类地位最原始;鲽亚目先与鳎亚目聚在一起,后与鳒亚目聚在一起,这个结果与基于形态特征的系统关系相符.     

Methods Comparison for Microsatellite Marker Development： Different Isolation Methods, Different Yield Efficiency

Microsatellite markers have become one kind of the most important molecular tools used in various researches. A large number of microsatellite markers are required for the whole genome survey in the fields of molecular ecology, quantitative genetics and genomics. Therefore, it is extremely necessary to select several versatile, low-cost, efficient and time- and labor-saving methods to develop a large panel of microsatellite markers. In this study, we used Zhikong scallop (Chlamys farreri) as the target species to compare the efficiency of the five methods derived from three strategies for microsatellite marker development. The results showed that the strategy of constructing small insert genomic DNA library resulted in poor efficiency, while the microsatellite-enriched strategy highly improved the isolation efficiency. Although the mining public database strategy is time- and cost-saving, it is difficult to obtain a large number of microsatellite markers, mainly due to the limited sequence data of non-model species deposited in public databases. Based on the results in this study, we recommend two methods, microsatellite-enriched library construction method and FIASCO-colony hybridization method, for large-scale microsatellite marker development. Both methods were derived from the mi-crosatellite-enriched strategy. The experimental results obtained from Zhikong scallop also provide the reference for microsatellite marker development in other species with large genomes.     

人工育珠对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)遗传基因影响的初步研究

采用酚-氯仿和试剂盒两种提取法对三角帆蚌怀珠群与非怀珠群各6个个体进行基因组DNA的提取,然后在优化RAPD(随机扩增多态性DNA)检测条件基础上,从80个随机引物中筛选出12个扩增较好且多态性强的引物进行RAPD扩增,产物通过水平板琼脂糖凝胶电泳和垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳两种方法进行检验并对DNA的多态性进行分析。结果显示在怀珠群和非怀珠群检测到的位点数、多态位点比例、平均Shannon多态性信息指数、平均Nei's基因多样性指数、群体内个体间平均遗传相似率和平均遗传距离分别为100、33%、0.1927、0.1324、0.904、0.096,95、47.37%、0.2711、0.1879、0.861、0.139,群体间的平均遗传距离为0.821,非怀珠群的变异性大于怀珠群;本研究还获得了两群体各自的特异扩增谱带及两群体间表达差异较大谱带,这些位点很可能是由人工育珠所引起。根据MEGA4.0软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树可直观地将两群体分开。     

沙拐枣属（Calligonum L.）7种植物总DNA提取方法的改进及鉴定

 摸索沙拐枣属（Calligonum L.）七种植物沙拐枣（Calligonum mongolicum Turcz. ）、泡果沙拐枣（C. junceum (Fisch. et Mey.) Endl.）、无叶沙拐枣（C. aphyllum (Pall.) Gürke）、红果沙拐枣（C. rubicundum Bge.）、心形沙拐枣（C. cordatum E. Kor. ex N. Pavl.）、密刺沙拐枣(C. densum Borszcz.)、乔木状沙拐枣（C. arborescens Litv.）的总DNA提取方法并对DNA样品的纯度和浓度进行鉴定,对传统的CTAB法进行方法和材料的改进,开展与总DNA相关的PCR扩增和其他遗传学分析,并取得满意的结果。其结果对于沙拐枣属植物的有关研究提供了有效的实验手段。